伏望皇上特敕法司，今后问刑，凡有拟议未当者，容臣等查照旧规，照驳再问。驳回三次，改拟不当，将当该官吏具奏送问。若问有冤枉，囚自翻异不服，取供改调隔别衙门问拟。二次不服，止照条例，会同三法司及锦衣卫上官会审。十分重情，遵照《会典》，会同九卿2审。原问官及改问官若容私偏向，仍有冤枉不明者，一体参提问罪。其余事情，均乞敕本寺及各衙门钦遵施行。
关于《诸司职掌》所定大理寺复审京师案件的三种处理方式（按适用期间自洪武二十六年至弘治十八年前后），兹详述如下：
（一）关于罪名合律时的处理方式《诸司职掌》定曰：“如罪名合律者准拟。本寺依式具本，同将原来奏本，缴送该科给事中，编号收掌。然后印押平允，仍由通政使司回报原衙门，如拟施行。”（《大明会典》所载文字与《诸司职掌》相同。）至其复审作业方式，《大明会典》定曰：
凡两法司发审罪囚，本寺承行历事监生，即于来文上，粘小方纸一幅。横列本寺卿、少卿寺丞之姓于上，寺正、寺副及该掌行评事之姓于其下，若奏本，粘于护纸上。连囚犯先送评事看详审复。若情词不悖，议拟相符，囚犯服辩，文移停当，即书允字于姓之下。
大理寺复审京师案件，罪名合律的案例颇多，兹举例说明如下：
例一：成化二十三年（１４８８）二月丁酉，巡按山东监察御史刘规、按察司副使潘瑄有罪下狱，“刑部论罪俱当赎杖，规前坐事当徒，得免论；瑄时已去官，犹坐之。大理寺以具狱上，报可。”
例二：弘治元年（１４８９）十一月甲申，京师妖僧继晓有罪下狱，“至是，刑部拟晓罪死，妻子流二千里。以犯在赦前，请发原籍为民。大理寺审允。”
（二）关于罪名不合律时的处理方式《诸司职掌》定曰：“如罪名不合律者，依律照驳。亦依式具本，将原来奏本缴送该科收编，驳回原衙门再拟。如二次改拟不当，仍前驳回议拟。但三次改拟不当，照例将当官吏，具奏送问。或中间招情有未明者，必须驳回再问。”（《大明会典》所载文字与《诸司职掌》相同。）至其复审作业方式，《大明会典》定曰：
（凡两法司发审罪囚，）其或情词有异，议拟未当，囚犯番异，文移舛错，则直随其事明白批之。次以传于寺正、寺副各批讫。承行监生呈于卿、少卿、寺丞，复各看详。若可允，即各书行于其姓之下。不然，亦随事批下该寺附案。候2审相同，或参驳，或调问，各依《诸司职掌》定制施行。
《诸司职掌》定有《合律照驳式》。（《大明会典》所载文字与《诸司职掌》相同。）所谓“合律照驳式”是指大理寺复审京师案件时，所为“合律”及“照驳”文字的范式。亦即大理寺对于刑部初审的京师案件定拟出“合律”及“照驳”的复审判决意见的范式。兹抄录《诸司职掌》所载“合律照驳式”如下：
合律照驳式大理寺卿臣某等谨奏为李甲不应事，刑部某部问拟李甲等一十六名，数内合律一十五名，不合律张丙一名，有照驳，谨具奏。
一照驳前件本寺照律，张丙合得计赃准窃盗一贯之上律，杖七十，罪无出入。
其刑部某部却依不应律，笞四十，未审故失，已出张丙杖罪三十，所据不当。
官吏除尚书某、侍郎某取自上裁，其子部某部官吏某人合送法司问罪，仍令改正。
一准拟
事内干连人王乙等合得笞罪十名，陈丁等合得杖罪四名，李甲一名，无罪释放。
洪武年月日
依《诸司职掌》所定，大理寺复审京师案件，认为不合律或招情未明，得驳回原问衙问再拟（再行定拟）或再问（再行审问）。但实际上，除不合律或招情未明两种情形外，“囚人称冤”时，大理寺亦得驳回原问衙门再问。弘治十七年（１５０４）八月乙丑，“刑部主事朱瑬奏：‘旧例，刑部所称问罪囚议拟既成，送大理寺审录，有拟罪不当、狱情未明及囚人称冤者，则驳之。’”由朱瑬所说的情形看来，在弘治十七年以前，大理寺遇有“囚人称冤”者，即得驳回原问衙门（刑部）再问。依笔者考察，至迟景泰年间，即已如此。如此一来，“囚人称冤”番异者，即无可能行移隔别衙门再问（即所谓“调隔别衙门问拟”）。
大理寺复审京师案件，认有不合律或招情未明时，得驳回原问衙门再拟或再问。原问衙门如“调他司问拟”，此种调问系广义之调问。大理寺复审京师案件时，如遇“囚人告诉冤枉”（即番异）时，得行移隔别衙门再问，此种调问系狭义之调问。洪武末年订定《诸司职掌》时，仅规定狭义之调问，并未规定广义之调问。广义之调问系永乐以后逐渐发展出来的。
关于大理寺复审京师案件驳回刑部再拟或再问的情形，兹举例说明如下：
例一：景泰二年（１４５５）八月丙戌，“尚宝司丞杨寿因责家奴不服，殴死之。奴乃宣宗皇帝赐其祖少保溥者也。事觉，刑部尚书俞士悦谓：‘寿罪虽律当徒，然议由恩赐，又祖所遗爱者。今寿杀之，有亏忠孝，请勿以常律论。’
大理寺卿萧维祯驳之，以为傅致非罪，请一依律断。从之。”例二：成化七年（１４７１）四月丙寅，“浙江嘉善县知县林弘伏诛。弘初在任时贪虐，以县吏周显尝讼己，以挟私诬己罪，杖杀显一家四人，并其亲属被累死者十八人。显妻孕将产，既死，孕在腹尚动，逼焚其尸。既而为仇家所发，下狱。岁久屡辩，法司得实，拟罪坐斩。大理寺审录，以有正律驳回再拟，遂坐以凌迟处死。”
例三：弘治十七年（１５０４）八月乙丑，刑部与大理寺因复审京师案件意见不同一事发生争执，大理寺卿杨守随即以二例说明大理寺之驳审：（一）有张文学者，因殴人而践死其幼女，乃略其人以求解，妄称有驴惊蹄之而死，而本司听之。（二）有高三汉者，盗其未婚之嫂，事觉而逃，本司仍令其兄代议，左右二寺皆究其实驳之。
大理寺复审京师案件的驳审意见，皇帝或采纳或不采纳，兹举一案例说明如下：
案例：万历十三年（１５８５），王用汲为大理寺少卿，“会法司议胡檟、龙宗武杀吴仕期狱，傅以谪戌。用汲驳奏曰：‘按律，刑部及大小官吏，不依法律、听从上司主使、出入入罪者，罪如之。盖谓如上文，罪斩，妻子为奴、财产皆入官之律也。仕期之死，非主使者乎？宗武非听上司主使者乎？今仅谪戌，不知所遵何律也。’上欲用用汲言，阁臣申时行等谓仕期自毙，宜减等，狱遂定。”
关于大理寺复审京师案件，大理寺驳审，调隔别衙门（都察院）问拟的情形颇为少见，兹举一案例说明如下：
案例：正统八年（１４４３）秋七月乙卯，“坐大理寺左少卿薛瑄死罪。初有妇，其夫死，人告其妇魇魅所致。锦衣卫指挥马顺鞫送刑部议罪，坐以凌迟处死，瑄等驳，调都察院问，亦如之。”（本案上命下群臣廷鞫，瑄论斩）。
大理寺“掌审谳平反刑狱之政令”，永乐年间，吏部尚书蹇义论大理疏：“刑部、都察院职典刑名，而大理寺尤专详谳。”《春明梦余录》亦曰：
“（大理寺）职专审录天下刑名，凡刑部、都察院问拟内外刑名，俱送寺复审。”大理寺之职责不可谓之不重，但弘治末年，大理寺的职权受刑部侵夺，渐渐失去与刑部平起平坐的地位。嘉靖年间大理寺卿刘玉即言：
法司所以专理刑名，至于大理寺，职司参驳，关系尤重。凡任两寺官，非精律例，见出原问官1之上，何以评其轻重，服其心乎？近见两寺官，其间历年既久，谙谏事体，尽心职业者固多；亦有初入仕途，律之名例尚未通晓，即却断按庶狱，未免有差。原问官因得指摘罅漏，借为口实。至于参驳，本寺亦不降心听从，辄逞雄辩，往复数次，淹累囚众。至不得已，只得将就允行。亦有彼此腾谤，遂相挤陷，本5公务，反成私隙，以致刑狱不清，多此故也。
对于大理寺的驳回刑部再拟或再问，嘉靖年间订有一些新的敕令，规定刑部的再拟或再问：
（一）嘉靖十一年（１５３２），刑部题，奉钦依：“今后奏诉冤抑，与称冤不服，调问人犯。中间果有冤枉者，问官即与辩问改拟，不得避嫌畏忌，因袭前弊。其招拟未当，该寺驳回再问者，原问官即当更改，不得偏执己见。如招情已明，罪无出入，该寺即与平允，不得驳论一文一字，以致往返驳辩，有累罪犯。”
（二）嘉靖十二年（１５３３），大理寺奏准：“法司堂上官将原问官1严加戒饬，仍将发问囚犯，按驳行查。凡经驳回再问者，照依《大明令》，小事五日，中事七日，大事十日，并要限内结绝。如原问官1敢有负气挟司，似前停阁淹延，凌虐罪囚者，听本寺指寔参奏。其名司擅准词状，径自发落，既不呈堂具报，送寺审录，又已经审允，而擅拟改变者，俱听本寺及科道官参究。”（三）关于“番异”时的处理方式《诸司职掌》定曰：“若审得囚人告诉冤枉，果有明白证佐，取责所诉词状，案呈本寺。连囚引领赴堂（本寺）2审相同，将囚连案依前发回原问衙门，听候发落。……（本寺）行移隔别衙门再问。若二次番异者，再取本囚供状在官，照例具奏。（本寺）会同六部、都察院、通政司等衙门堂上官2审回奏施行。”（《大明会典》所载文字与《诸司职掌》相同）至其复审作业方式，《大明会典》定曰：
（凡两法司发审罪囚，）其或情词有异，议拟未当，囚犯番异，文移舛错，则直随其事明白批之。次以传于寺正、寺副各批讫。承行监生呈于卿、少卿、寺丞，复各看详。若可允，即各书行于其姓之下。不然，亦随事批下该寺附案。候2审相同，或参驳，或调问，各依《诸司职掌》定制施行。
依《诸司职掌》的规定，囚人告诉冤枉，即番异时，大理寺得为下列两种处理方式：
１一次番异，大理寺2审（会审）相同后，行移隔别衙门再问。
２二次番异，大理寺会同各衙门堂上官2审（会审）后，奏闻皇帝裁决。
但《大明会典》对于“囚犯番异”的处理方式却是“候（大理寺）2审（会审）相同，或参驳，或调问。”依《大明会典》的规定，“囚犯番异，（大理寺）2审相同”时，得或为参驳，或为调问，这项规定与《诸司职掌》规定不同。遇有番异时，依《诸司职掌》规定，大理寺仅得为调问，亦即行移隔别衙门再问。但依《大明会典》规定，大理寺得或为参驳，或为调问。换言之，大理寺未必即为调问，亦得仅为参驳。
弘治末年以后，大理寺于人犯一次番异时已改变处理方式，并未依照《诸司职掌》规定办理。大理寺于人犯二次番异时，更未依照《诸司职掌》规定，会同各衙门堂上官2审（会审）。《诸司职掌》所定大理寺复审京师案件的处理方式几成具文，造成这种“典制与现实不符合”的情形，可能是因为京师案件移送大理寺复审时，人犯番异的情形很多，大理寺无法依典制来处理这些京师番异案件，亦即无法行移隔别衙门再问。
《诸司职掌》定有“番异式”及“二次番异式”，（《大明会典》所载文字与《诸司职掌》相同。）兹抄录如下：
番异式
大理寺卿臣某等，谨奏为某事。某衙门问拟某人一名，审问番异原招。
某囚合隔别衙门再问，谨具奏闻。
洪武年月日
二次番异式
大理寺卿臣某等，谨奏为某事。某衙门问拟某人等二名。除审拟允当外，数内某人一名，先为某衙门具本发审。（若原系公文者，则云公文发审。）
本囚告诉冤枉，取责供词在官，已经照例行移隔别衙门再问去后。今据某衙门发审，仍前执称冤枉，除再取供词在官外。本囚合照例会各衙门堂上官2审。谨具奏闻。
准拟某人合得某罪一名。
洪武年月日
据笔者考察，正德初年以后，因大理寺审理京师案件时，人犯俱不到寺，大理寺之审理系书面审理，而非言词审理，故大理寺之审理应称为“复核”，而非“复审”。《诸司职掌》所定有关“合律”、“不合律”的规定，大体上仍能适用，但有关“番异”、“二次番异”的规定，已无适用可能。
至于大理寺驳回原问衙门，三次改拟不当，即行参驳（或称参问）一事，早在成化年间，即已未必照典制施行。按成化五年（１４６９），大理寺评事言：
“大理之设，所以审录刑部、都察院鞫问重囚。其间，或拟罪不当者，一再驳还，并令改拟；或仍不当，许参问。此系旧制。近见南京法司，多用严刑，迫囚诬服。其被纠者，亦止改正而无罪。乞自今许本寺参问。”寺卿王概复奏如议。据笔者考察，正德初年以后，已不施行参驳之制。
三皇帝裁决
大理寺复审或复核京师案件完结后，大理寺应将审理情形奏闻皇帝裁决。皇帝通常均将大理寺题本发内阁票拟，内阁票拟后再奏闻皇帝，皇帝或亲自批示，或授权司礼盛太监批示。大理寺题本经朱批后，案件即为确定。
其详细内容，请参阅本书第二章（第二节）（内阁）及（第三节）（司礼监），兹不赘述。
明代皇帝处理国家政务（含司法审判），有时在三大殿，即奉天殿（嘉靖四十一年改称皇极殿）、华盖殿（嘉靖四十一年改称中极殿）及谨身殿（万历四十一年改称建极殿），有时在文华殿或武英殿，并无一定。明代朝会有常朝（早期）与午朝两种，皇帝常朝（早期）时，或于奉天殿及华盖殿两大殿举行，或于奉天门（即嘉靖四十一年后之皇极门举行）。在两大殿举行之常朝，宣德以后即不举行。在奉天门（即皇极门）所举行的仪式称为“御门听政”，皇帝有时经由御门听政处理国家政务（含司法审判）。惟正德以后，御门听政即少举行。《大明会典》定有“常朝御门仪”，关于洪武初年至弘治初年的“常朝御门仪”，《大明会典》定曰：
洪武初定：凡早朝文官自左掖门入。武官自右掖门人。如奉天门朝，至金水桥南，各依品级东西序立。候鸣鞭讫。以次随行，至丹墀内，东西相向序立。守卫官先行礼毕，东西序立。文武官人班行礼，有事者，以次进奏。无事奏者，随即入班。朝退，卷班分东西出。
至于弘治末年以后的“常朝御门仪”，《大明会典》定曰：凡早朝，鼓起。文武官各于左右掖门外序立，候钟鸣开门，各以次进。过金水桥，至皇极门丹墀，东西相向立。候上御宝座，鸣鞭。鸿胪寺官替入班，文武官俱入班，行一拜叩头礼。分班侍立，鸿胪寺官宣念谢恩见辞人1。传替午门外行礼毕，鸿胪寺官唱奏事。各衙门应奏事件，以次奏讫。御史序班纠仪。（无失仪，则一躬而退。）鸿胪寺官跪奏奏事毕，鸣鞭。驾兴，百官以次出。
关于明代的“御门听政”，万历初年，大学士高拱曾上疏建言：
祖宗旧规，御门听政，凡各衙门奏事，俱是玉音亲答，以见政令出自主上，臣下不敢预也。隆庆初，阁臣拟令代答，以致人心生玩，甚非事体。昨皇上于劝进时，荷蒙谕答，天语庄严，玉音清亮，诸臣无不忭仰。
当日即传偏京城，小民亦无不欢悦，则其所关系可知也。若临朝时不一亲答，臣下必以为上不省理，政令皆出他人之口，岂不解体。合无今后令司礼监每日将该衙门应奏事件，开一小揭帖，明写某件不该答，某件该答，某件该某衙门知道，及是知道了之类。皇上御门时收入袖中，待各官奏事，取出一览，照件亲答。至于临时裁决，如朝官数少，奏请查究，则答曰：“着该衙门查点。”其纠奏失仪者，重则锦衣卫拿了，次则法司提了问，轻则饶他，亦须亲答。如此则政令自然精彩，可以系属人心，伏乞圣裁。
大学士高拱除对御门听政有所建言外，另对“面奏”一事有所建言。高拱建言：
事必面奏，乃得尽其情理。况皇上新政，尤宜讲究，天下之事始得周知。伏望于每二、七日临朝之后，一御文华殿，令臣等随入叩见，有当奏者，就便陈奏，无则叩头而出。此外若有紧急密切事情，容臣等不时请见。其开讲之时，臣等皆日侍左右，有当奏者，即于讲后奏之。如此，则事得精详，情无壅蔽，不惟睿聪日启，亦且权不下移，而诸司之奉行者者当自谨畏，不敢草率塞责矣，伏乞圣裁。
大理寺将题本奏闻皇帝后，经内阁票拟，送皇帝（或皇帝授权的司礼监太监）裁决。皇帝所为之裁决，主要有下列几种：１依刑部定拟判决之裁决；２命法司再拟或再问之裁决；３命多官会审之裁决；４另为处置之裁决。兹分述如下：