（一）依刑部定拟判决之裁决京师案件经刑部初审，大理寺复审（或复核）平允后，大理寺奏闻皇帝裁决，奉旨钦依（即依刑部拟之判决），该京师案件始为结案。其中死罪案件，刑部即可依一定程序执行死刑。
（二）命法司再拟或再问之裁决皇帝如认案件拟罪不合律，得命法司再行定拟判决意见。皇帝如认案情未明，得命法司再行审问人犯。
１命法司再拟之裁决皇帝命法司再拟，多系命刑部再拟，兹举例说明如下：
例一：正统三年（１４３８）各十月丁丑，“行在兵部主事章文昭有罪，坐纹。
初文昭怒妻侄□约生通其妾，杀约生，佯言为贼所害，令义男天禄告官，遂推罪天禄。文昭嘱刑部主事徐禄锻炼成狱。事觉，法司拟文昭赎罪复职，上不从，（刑部）乃更拟绞”。
例二：嘉靖三十四年（１５５５）闰十一月庚辰，山东道御史曾佩有罪，上命锦衣卫执付镇抚司严讯。“镇抚司以佩不谙宪典复，下法司拟罪。坐佩违例，宜黜为民。上以所拟太轻，应从重别议。于是（刑部）改议谪戌边卫。诏可，仍杖而遣之”。
２命法司再问之裁决皇帝命法司再问，有系命刑部再问，有系命都察院再问，有系命大理寺再问。兹举例说明如下：
例一：宣德六年（１４３１）六月丁未，“行在刑部奏：‘钱成孙党与王忠相殴，忠妻郭氏从旁救之，误坠所抱婴儿，伤脑死。忠诬成孙踢杀，论以绞罪。’大理审允具奏。上以为狱有疑，命再鞫之，具得实状，成孙得免死”（本案系送大理寺再问）。
例二：宣德六年（１４３１）六月庚子，“初，直隶定兴县民王林子锁定虚实输草实收，事觉，行在刑部逮林，当斩罪，以瞽得赎，大理寺审允以闻。上曰：
‘瞽者能输草乎？更详审之，勿使辜受杜，奸慝幸免。’命刑部再问。”（本案系送刑部再问）
（三）命多官会审之裁决皇帝命多官会审时，其会审官1组成方式不一。其方式多种多样，兹举例说明如下：
例一：弘治元年（１４８８）十一月甲申，京师妖僧继晓有罪案发，“至是，刑部拟罪死，妻子流二千里，以犯在赦前，请发原籍为民。大理寺审允。有旨：
‘令科道官看详。’”例二：弘治五年（１４９２）四月癸卯，陕西巡抚都御史韩文奏陕西巡按御史李兴“陵侮方面，不朝亲王，酷刑致死人命诸事。命锦衣卫民往械兴至京下狱……上以兴酷暴过期，命拟罪以闻。刑部拟兴赎杖为民。上以为未当，命法司会官廷鞫之。”（本案系由皇帝直接命刑部拟罪，故本案未经大理寺复审）
例三：正德元年（１５０６）十月甲戌，“天寿山守备太监贾性所为多不法，淫刑致死无罪者六人，为东厂所发，下锦衣卫镇抚司逮问。狱具，送刑部拟徒，（大理寺审允，）诏以所拟未当，令部察院会锦衣卫堂上官及科道官于阙下会审，改拟斩。”
（四）另为处置之裁决关于皇帝另为处置之裁决，兹举例说明如下：
１加重其刑之裁决例一：宣德四年（１４２９）八月庚寅，“浙江道监察御史宋准奉命盘粮至金华，娶妾又索官白金及私通民妇。事觉，妄奏求免。行在刑部以所犯在赦前，但坐奏事不以实，应徒。上曰：‘8佐已劾此人贪淫无耻，其追所受赃，杖之，发戍辽东。’”
例二：天顺七年（１４６３）闰七月庚午，锦衣卫鞫问浙江宁波府知府陆阜侵盗粮米等事，“刑部论罪赎斩为民。上曰：‘陆阜贪婪虐民如此，不可以常例处，赎罪毕，发广西南丹卫充军。’”
例三：嘉靖三十五年（１５５６）二月戊午，吏部尚书李默与大学士严嵩颇为异同，严嵩义子赵文华告讦李默谤讪，“上览疏大恕，诏礼部三法司及该科参看，复称默偏执自用，失大臣礼，至其策问引汉唐事尤非所宜言。……刑部尚书何鳌遂坐默比拟子骂父者律纹。上曰：‘律不着臣骂君父，谓必无也。
今有之，其加等处斩，锢于狱。’……默竟瘐死狱中。”
２减轻其刑之裁决
案例：成化二十年（１４８４）六月壬申，监察御史许潜及监察御史戴仁有罪案发，“命下潜、仁锦衣卫狱问状。刑部拟潜故勘平人至死罪斩；仁嘱托且诬告人罪徒。狱上，有旨：‘潜减死，发口外卫分充军；仁免赎，发原籍为民。’”
３赦免之裁决
例一：永乐二年（１４０４）秋七月甲寅，刑部尚书郑赐等劾奏：“太子太师曹国公李景隆包藏祸心，不守臣节，隐匿凶命蒋阿演等二十八人。”又景隆常语其家人杨思美曰：“善养此辈，后将得用。”夫春秋无将，将则必诛。乞置景隆于法。”上曰：“勿问。”令送所匿于官。
例二：天顺二年（１４５８）八月甲戌，都督枉忠有罪案发，“下锦衣卫狱，复究得忠尝诬良民李清喜谋反，赂尚书陈汝言不下千金。狱具，太监曹吉祥为之祈恩，上特宥之。”
例三：嘉靖四年（１５２５）十二月庚戌，给事中陈洗凌雪乡人，为9家奏诸不法事，上遣官鞫问之，“具列罪状以闻。法司复审无异，坐洗以大辟，上特宥洗死，发回原籍为民。”（陈洗上疏辩言，因抗议大礼，以致群奸侧目，上动之）
皇帝对于京师案件加减其刑或赦免其罪，基本上是对三法司的司法审判（依律问罪拟刑）有所干扰。对于皇帝的干扰，明代的官1偶亦上疏谏言。
正统八年（１４４３），翰林院侍讲刘球上疏言：“迩者法司上狱状，有奉敕旨减重为轻，加轻为重者，法司既不能执奏，及讯他囚，又因有所观望以轻重之，岂得无冤。臣以为既任法司，刑狱宜从其所拟。其或徇私不当，则加以罪。”
又万历二十四年（１５９６）二月戊寅，大学士赵志皋等亦曾上疏：“朝廷所守者，祖宗之法度，刑官所据者，钦定之律令，近日刑部问拟囚犯，据律定罪，而明旨每有加重，司官且被严谴，此虽皇上惩奸锄恶之意，而使执法之臣无所措手，似亦可暂而不可久，夫法不可纵，亦不可枉。”对于官1的上疏谏言，明代的皇帝大多采取不理会的态度。此外，皇帝对于京师案件亦得以内批裁决之。所谓“内批”是指未经内阁票拟而由皇帝（或皇帝授权的司礼监太监）直接裁决的批示。关于内批之弊，万历初年，内阁大学士高拱疏言：
国朝设内阁之官，看详章奏拟旨，盖所以议处也。今后伏望皇上将一应章奏俱发内阁看详拟票上进，若不当上意；仍发内阁再详拟上。若或有未经发拟，自内批者，容臣等执奏明白，方可施行，庶事得停当，而亦可免假借之弊。其推升庶官，及各项陈乞，与凡一应杂本，近年以来，司礼监径行批出，以其不费处分，而可径行也。
关于京师案件，皇帝内批之案例，兹举例说明如下：
例一：正德九年（１５１４）正月戊子，先是，陕西镇守太监廖堂劾奏前后任陕西巡按监察御史刘天和及王延相，“诏遣官校械系二人至京，送镇抚司拷讯，狱久未释，诸多求之，乃付法司拟罪，当赎杖还职，内批特降之。”是日，降监察御史刘天和为金坛县丞，王延相为赣榆县丞。
例二：嘉靖二年（１５２３）十月癸未，内批特降，“命贷重犯王钦、王锦、王铨死，各发边卫永6充军，仍免追赃。”（按王钦等原已奉钦依处决，左右有为之营脱者）
（第四节）都察院初审程序（附大理寺复审或复核程序）
一都察院初审程序
明代中央的司法审判采行“平行的两组司法审判系统”。就京师案件而言，绝大多数京师案件系由刑部初审，大理寺复审。但亦有少数京师案件系由都察院初审，大理寺复审。明代中央“平行的两组司法审判系统”最初定制于洪武十七年（１３８４），明太祖谕法司曰：“布政、按察司所拟刑名，其间人命重狱，具奏转达刑部、都察院参考，大理寺详拟。着为令。”洪武末年制定《诸司职掌》时，确立“平行的两组司法审判系统”。
明代中央三法司中，都察院是仅次于刑剖的司法审判机关。大理寺虽系中央的复审或复核机关，但其司法审判权小于刑部与都察院。有明一代，刑部与都察院并称“二法司”，都察院司法审判权之重可见一斑。据笔者考察，明代成化以前，都察院奉旨审理京师案件之情形较多。弘治以后，此种情形逐渐减少，刑部奉旨审理京师案件之情形更为增加，而三法司会审或多官会审亦逐渐增多。但无论如何，迄至明末，都察院仍可单独进行京师案件的司法审判，“平行的两组司法审判系统”基本上仍维持不变。
明代都察院有关京师案件的司法审判，系以奉旨审理的情节重大案件为主，这些情节重大案件如职官案件及谋反、谋叛、谋大逆案件等。大体言之，都察院审理京师案件，系以职官案件为主，民人案件次之。反之，刑部审理京师案件，则系以民人案件为主，职官案件为辅。
正德以后，都察院有关京师案件的司法审判权逐渐缩小，这可从都察院所属衙门司狱司的设官情形得到印证。《大明会典》载，明代司狱司“旧六1，嘉靖八年，革三1。万历九年，革一1，又住补一1。”故《大明会典》定曰：“司狱司，司狱一1。”有明一代，都察院的监狱始终设置着，但狱官的人数，在嘉靖八年（１５２９）时，由六人删为三人，在万历九年（１５８１）时，由三人删为一人。狱官人数的急遽删减，代表着都察院监狱囚犯人数的减少，也代表着都察院审理京师案件数量的减少。
京师案件发文到院时，由都察院十三道代管，所有发交到院的京师案件，系由都察院十三道轮流签分。都察院十三道系各自分别直接审理京师案件，原则上，都察院某道应自始至终审理签分到道之某一特定案件。遇有特殊情况（如皇帝谕令调问，或依典制应调问者等情形），已签分到道之某一特定案件，亦可能调问至他道，亦即由甲道调至乙道问拟。例如正统五年（１４４０）年，都察院审理某京师案件，即由山西道审理后，再移贵州道审理。
关于都察院审理京师刑名案件的基本原则，洪武末年编定的《诸司职掌》已有规定。《诸司职掌》定曰：
凡鼓下或通政司发下告人，连状到院，责令供状明白，保管听候。
照出状内被告人数、入流官1，具呈本院，奏闻提取。其军民人等，给批差人提取。对理招供明白，取讫服辩，无招干连，随即保管听候。有罪人数，牢固监候，追徵所招赃仗完足，责令库子收贮。议拟罪名，开写原发事由，问拟招罪，照行事理。
徒流迁徙死罪充军人数，具写奏本。笞杖以下，止具牒文，佥押完备，连囚赴堂，备说所犯情节罪名，审无异词，然后入递。将囚押送大理寺审录，候平允回报。若罪名不当，驳回再问。仍将所驳招罪，参详明白，再拟改正。或有番异，则监收听候，调别衙门再问。
其余审允人数，除笞杖徒流徙罪准工囚人，备开年甲工址，略节招罪，工役限期，呈堂编发工役。的决笞杖人数书写断单，开具合得罪名，会请刑部等官公同断决。取完佥批单入卷。其充军囚人，具手本，送编军御史处，照地方编发，取收管附卷。绞斩死罪，仍令司狱司转送重囚监，牢固枷收听候。大理寺依时复奏回报，具手本会请刑部等官，公同处决，仍取决讫月日批单附卷。无招放，并笞杖的决，还职着役宁家人数。
另具公文，差人管送各该衙门，给凭发回，取批收附卷，原收赃仗，候季终通类具呈本院，出给长单，差委御史，解赴内府该库交纳足备，取获库收附卷。如有追无见赃囚人，责供明白，类行原籍追徵。及照出合问人数，随即呈提。
前项审过囚人，设有病故，请官相视明白，取获批单附卷。若干系重囚，牒报大理寺知会。候本宗事完通具结5由，呈堂照验（余与刑部同）。
《大明会典》所载洪武二十六年（１３９３）定例之文字与《诸司职掌》所定都察院初审程序之文字，完全相同，兹不赘引。《诸司职掌》所定都察院初审程序，基本上沿用至明末。
都察院十三道审讯京师案件时，其审讯原则有三：１依告状鞫狱；２依法拷讯；３狱囚取服辩。至于都察院十三道官1审理京师案件时，应依《大明律》及《问刑条例》审理。都察院定拟判决时，应注意下列四项定拟判决原则：
（一）断罪依新领律。
（二）引律比附，议定奏闻。
（三）断罪不得听从上司主使。
（四）断罪引律令。
上述四项定拟判决原则之详细内容，请参照本书第三章（第二节）三，兹不赘述。
都察院十三道审理京师刑名案件完结后，应定拟判决呈堂官（都御史及副都御史）核阅。都察院十三道审理京师刑名案件完结后，可以有下列两种处理方式：
（一）徒流迁徙死罪充军人数，具写奏本，奏闻皇帝，将囚押送大理寺审录。
（二）笞杖以下，止具牒文，将囚押送大理寺审录。
上述第一种处理方式，即由都察院具本，奏闻皇帝，发大理寺复审。上述第二种处理方式，仅限于笞杖轻罪，都察院得止具牒文，移送大理寺复审，而无须奏闻皇帝，两种处理方式均须将人犯移送大理寺复审。
《诸司职掌》所称“鼓下”，指“登闻鼓下”，军民赴登闻鼓下所呈之状，称为“鼓状”。至于军民赴通政司所呈之状，称为“通状”。鼓状须由值鼓给事中奏闻皇帝，发交都察院或刑部审理。通状须由通政使司奏闻皇帝，发交都察院或刑部审理。此外，内外衙门劾奏违法官1时，皇帝常将此类案件发交都察院审理。兹将皇帝交审之鼓状案件及其他案件举例说明如下：
（一）鼓状案件例一：宣德元年（１４２６）夏四月癸酉，京师民毛氏诬其夫阎群儿等九人强劫校尉陈贵家。“监察御史悉论强劫罪当斩，宣等家人击登闻鼓诉冤……给事中李庸以闻。……命行在都察院与之辨。”
例二：宣德二年（１４２７）五月戊寅，富峪卫指挥使张晦死，嫡子张璿与母王氏为优给事诉之官，“事下行在刑部、晦妹夫高佑琼，强辩饰诈，刑部官信之，反坐王罪。王击登闻鼓诉之。下行在都察院，遂明其诬。”
例三：宣德四年（１４２９）十二月辛巳，济阳卫卒李玖之女击登闻鼓诉冤，又武清县民刘全之妻亦击鼓申诉，给事中以闻。“上曰：‘此二狱皆可疑。
……此二狱令都察院、刑部堂上官同与之辨。’”
（二）其他案件例一：景泰四年（１４５３）六月癸巳，“辽江戌李福惠、妖僧王海等潜于旋蜂塘聚谋为乱。福惠称唐太宗后，伪号大清国……械送京师，命都察院鞫之。”
例二：天顺四年（１４６０）六月庚戌，“彭城伯张瑾初收其妻朱民从嫁婢为妾。婢死，自称次妻，上章乞祭祀，礼部以无例格之。至是，为校尉所觉，六科十三道劾举其罪，下都察院，狱具当徒。”
二大理寺复审或复核程序明代弘治以前，大理寺复审京师案件的程序，洪武末年编定的《诸司职掌》定曰：
凡刑部十二部、都察院十二道、五军都督府断事官五司，问拟一应囚人，犯该死罪徒流者，具写奏本发审。笞杖罪名者，行移公文发审。
俱由通政司挂号，另行入递。预先差人连案同囚，送发到寺。照依该管地方，先从左右寺审录。若审得囚无冤枉者，取讫各囚服辩在官，案呈本寺，连囚引领赴堂2审无异。取据原衙门司狱司印信收管入卷。将囚连案责付原押人收领回监，听候发落。候递到各项奏本公文到寺，将奏本抄白立案，务要仔细参详情犯罪名，比照律条。
如罪名合律者，准拟。本寺依式具本，同将原来奏本缴送该科给事中，编号收掌。然后印押平允，仍由通政司回报原衙门，如拟施行。如罪名不合律者，依律照驳。亦依式具本，将原来奏本缴送该科收编，驳回原衙门再拟。如二次改拟不当，仍前驳回议拟。但三次改拟不当，照例将当该官吏，具奏送问。或中间招情有未明者，必须驳回再问。若公文不必抄白，就即立案。其参详罪名，准拟合律，照驳不合律，及送问等项，并如前行。
若审得囚人告诉冤枉，果有明白证佐，取责所诉词状，案呈本寺。
连囚引领赴堂2审相同，将囚连案依前发回原问衙门，听候发落。待奏本公文到寺，将原来奏本，依式具本，如前缴送该科。公文止当本寺立案，然后仰令左右寺抄案，备开囚人供词，行移隔别衙门再问。若二次番异者，再取本囚供状在官，照例具奏。会同六部、都察院、通政司等衙门堂上官2审回奏施行。