对于基督教来说，16世纪是一个非同寻常的世纪，在这个时期，在基督教历史上发生了一个重大的变故——出现了基督教的第二次分裂（第一次是天主教与东正教的分裂，这两个教派其实都是基督教。其教义、思想基本上是一致的，但是由于政治的原因，这两个教派，从不来往，彼此攻击，互不承认，都认为自己是正统的。随着时间的变化，现在开始对话。从天主教中又分裂出一派，这就是新教。在这次分裂中，产生了新教的诸多教派——路德宗（信义宗）、改革宗、加尔文宗、洗耳礼派、安立甘宗（英国的国教，英国国王亨利八世，教皇不同意他离婚，一怒之下，宣布脱离天主教，另立教派，这就是安立甘宗，并宣布安立甘宗为国教，亨利八世自封为教主）。这样一来，使得16世纪的基督教发生了革命性的变化，从此以后，没有一个统一的宗教，基督教进入所谓的宗派时代。而宗派时代的来临是由宗教改革导致的。宗教改革是由马丁·路德发起的。
事情的起源是这样的。1517年，梵蒂冈为修建圣彼得大教堂（耶稣的大弟子彼得葬身之地），向信徒开始发行赎罪券。事情的起因，正为赎罪券而起。早期的基督教徒在巴勒斯坦境外传道，到了雅典、罗马。在罗马传道是基督教走向世界的关键一步。罗马传道的最大功臣——圣保罗，他原来是一个法利塞人，具有罗马公民的资格。据说在一次传教中被罗马的士兵逮着了，他说我是罗马人，就被放了。可见罗马公民的身份在当时是多么的管用。耶稣死后，犹太人就开始迫害基督教徒，当时，保罗也跟着迫害基督教徒。有一次，保罗走在路上，突然，有一个声音对他说：“你是保罗，你不应该迫害基督教徒，你应该跟着我走。”这就是上帝耶稣。耶稣的话使他翻然醒悟，于是他皈依基督教，从此开始积极的传道活动。“保罗传道”——这是基督教历史上一个重大事件。
保罗在罗马传道，后又回到巴勒斯坦，其间发生了一系列事件，他回到巴勒斯坦后，跟巴勒斯坦教会达成认识上的统一——即不行割礼也可入教。（当时，犹太人兴割礼，按照犹太教规定，不行割礼就不许入教。但罗马人认为割礼入教不现实。保罗就力争不行割礼也可入教。为此，争论了好长时间，最后保罗说服了他们。）这样，保罗在罗马传道就此展开，很快，基督教在罗马迅速普遍化。由于传道任务很重，耶稣大弟子彼得到罗马和保罗一起传道，后来，他俩都被罗马人杀害。据说杀彼得时是这样的。彼得说，你可以杀死我，但你钉十字架的时候不能正着钉。耶稣是正着钉的。十字架是一个非常残酷的刑罚，是罗马人创造的，脚上钉钉子，心脏上也要钉钉子，如果心脏上钉的钉子不准，人一下子死不了，很痛苦。斯巴达起义失败后，沿罗马大道都是十字架，那惨烈的号叫声，百里可闻。耶稣在十字架上长达13个小时。彼得说，我不能像我老师那样，我没有老师那样的资格，你们倒着钉，把脚钉在横杠上，头钉在立柱上。他死后，就埋葬在现在圣彼得大教堂所在地。后来基督教成为罗马帝国的国教后，就在那个地方修了个教堂，叫圣彼得大教堂。后来进行过多次修整。当时设计了好多方案，好多大艺术家都参与了设计，如米开朗琪罗、拉斐尔等。
在1517年，圣彼得大教堂要整修，没钱怎么办？梵蒂冈就出了个主意，卖赎罪券。赎罪是基督教的教义，耶稣在传教时说，人都是有原罪的，天国就要来临了，当天国来临时，上帝就降临人间，然后进行最后的审判，有罪的下地狱，无罪的上天堂。但是有罪的人你要行动起来，赎罪，做善事，追随我，这样就把你的罪赎了。等天国来临时，就可以上天堂。怎么赎罪呢？就是把你的财产捐出来，帮助穷人。据说有一个富人说我怎么进天堂呢？耶稣说你把你的财产捐出来给穷人，他一听，掉头就走了，他舍不得。耶稣说，富人进天堂就像骆驼钻针眼一样不可能。从基督教教义来说，卖赎罪券并不为过，买赎罪券要经过教会的认证，钱要交给教会，但是做得太粗疏了，太露骨了，一点神圣的掩饰都没有，就是捞钱，以修建圣彼得大教堂的名义捞钱，这就引起人们的反感和不满。当买赎罪券的事传到德国后，引起德国老百姓的不满，同时也引起了德国宗教人士的不满，这时马丁·路德乘势而出，他在1517年7月31日，在卫登堡的万圣教堂门口贴了一张大字报，叫《九十五条论纲》，列举了九十五条理由来驳斥赎罪券。路德的基本思想是这样的：人是应该赎罪的，把财物捐出来，得到救赎。问题在于这救赎的行动为什么必须要通过你教会？钱都交给教会，怎么知道你拿钱去救助穷人？因为这时的教会已经有它的利益了，教会很腐败。赎罪可以，但为什么要经过教会？这是问题的关键所在。体现了宗教内部对梵蒂冈的反感和不满。《九十五条论纲》一经贴出，迅速传遍德国及德国以外的地区，人们开始传阅《九十五条论纲》，传达马丁·路德的思想，拥护他，追随他，这就引起了梵蒂冈的不满，然后就召开大会，批判马丁·路德，把他赶出教会，但是，马丁·路德不屈不挠，最后毅然决然退出教会，另立门户，成立新教。
《九十五条论纲》引起宗教改革，宗教改革引发新教形成，马丁·路德后来继续他的新教思想的传播。
马丁·路德的思想简单说来有这么几条原则，代表了对传统的天主教梵蒂冈的批判。第一个原则叫因信乘义。信义宗由此而来。无需帮助，无需其他东西，我仅仅是信它就能够乘义了。乘义是圣经的话，成为义人之意。既成为被上帝眷顾的人。我怎么能乘义呢？就因为信仰，不需要其他的帮助。我只要相信上帝，我就能成为义人。不必通过教会，人乘义得救，不是因为行为，也不是因为律法，仅仅是因为信仰，信仰上帝，追随上帝。因为基督教的教义中有非常烦琐的律法、形式，按照路德的说法，没有那么多条件，只要有信仰就行，不需要律法，我同样可以乘义。第二个原则确认圣经的权威。他认为，精神的解放，是从教义的解放开始的。而教义的解放，是赋予每一个人理解教义的权利，以前必须要通过神父的布道，才可理解教义，马丁·路德认为，不能这样，不通过任何人，我们每一个人都有理解教义的权利。怎样确立这种权利呢？就是要确立圣经在基督教中至高无上的权威。圣经比教会要好，人们都可读圣经，都可根据自己的理解去理解圣经。他树立圣经的权威，就是要打击教会的权威。他说在圣经面前人人平等，教会并不比其他人优越，它无权把自己的理解传达给别人。为此，马丁·路德早早把圣经译成德文，这也是现代德语的开端，现代德语的创始人就是马丁·路德。第三个原则信徒皆祭司和平等观念。中世纪时，基督教等级森严，不同等级有不同的待遇，不同等级有不同的权利。高级僧侣过的是奢华的生活，连国王都比不上。它有个理论，以教皇为首的神职人员，他们属于属灵等级（高级人），而一般的信徒属于世俗等级，属灵等级高于世俗等级。马丁·路德反对这样等级，他认为人与人的区别只在于信仰，只要受启入教，心存信仰，人人都可以成为祭司，人人都可为属灵等级，都可以享有与教皇教主平等的权利。
这三个原则开启了新教运动，同时，宗教改革运动同当时的文艺复兴、人文主义运动相呼应，宗教改革也被认为是近代思想发展史上的一个重大事件。它为资产阶级的兴起，为资产阶级批判封建主义提供了强大的思想武器。