崇德八年（1643年）八月九日，太宗像平常一样，忙碌了一整天：
他赏赐土默特部落前来贡马的甲喇章京大诺尔布、小诺尔布，牛录章京根都、俄博尼、兀苏木、达赖等十五人及其从役人员银两等物；
他还奖励土默特部落车克车木章京所属诺木习礼和从人，因护送格隆喇嘛来盛京有功，分别赏给银两；
接着，他同皇后、诸妃在崇政殿召见嫁给察哈尔、科尔沁蒙古的女儿固伦公主等，从阿巴泰征明所获的缎匹财物中，选择最好的赏给科尔沁来朝的福妃、贤妃及固伦公主、诸福金等。一时没有查看过的俘获财物还要再找机会继续查阅。诸事完毕，就回宫去了。
这天，太宗的一切活动都没有不祥之兆，谁都料想不到他的生命会在几小时之内就匆匆完结！
在沈阳作为清朝入关前的都城时，城的正中央是金碧辉煌的宫殿。沿着皇宫正门大清门向里面走，穿过重重楼台殿阁，直到最后一层，迎面的便是清宁宫。宫的东头有一间暖阁，约二三十平方米，分隔为南北两小间，各设一炕，这里就是太宗与皇后博尔济吉特氏的寝宫。当天晚上亥时，即九至十一点，太宗端坐在南炕上突然停止了呼吸……
噩耗来得如此突然，令人无比震惊！九日一天，谁也没有看出他有什么毛病。八日，他还亲自册封他的女儿及女婿固伦额驸奇塔特、弼尔塔哈尔诰命、仪仗。同时，他还在崇政殿为第五个女儿固伦公主下嫁内大臣和硕额驸恩格德尔之子索尔哈举行盛大仪式，从和硕亲王以下、甲喇章京以上，以及来朝的外藩蒙古王公，还有朝鲜王李保的儿子等都来庆贺。如再往前追溯一下，至少也有三四个月，他没有发生什么病症。
有关的清代官修史书几乎都记载说清太宗死时是“无疾而终”。这种说法，作为表示他一生赫赫文治武功，死而无憾，好像是一种实事求是的定论。岂不知恰恰就是这种记载，既不符合实际，也给后人留下了一个不解之谜，因而产生了种种推测。
可以肯定，太宗之死，绝不是“无疾而终”。事实上他是病死的，只是清代官方史书没有公开示人。
太宗从小身体就很好，到中年变得有些肥胖，出征时穿戴很重的铠甲，连他的坐骑也承受不了。他喜爱的两匹马，一匹取名小白，一匹取名大白，乘小白只能日行百里，乘大白才五十里。足见他体质丰满强壮，官方史书从未提到他生过什么病。可是自然规律他是无法违抗的。大约从崇德六年（1641年）起，他已感到自己衰老了。这年的十月初二日，诸王及他们的妻子儿女们奏请恭祭宸妃，太宗深有感触地说：“山峻则崩，木高则折，年富则衰，此乃天特贻朕以忧也。”他的这番话里，忧的是“年富则衰”，指的就是他自己，忧虑他自己年老体衰。古人说：“五十而知天命”，崇德六年，太宗整整五十大寿，“而知”之年，他对自己做出了正确判断。的确，太宗发出的信息不是无病呻吟。那时他连连有病，病得他似乎认为死是无可讳言的。据史书记载，他从崇德五年开始生病，这年七月二十七日，他第一次出现“圣躬违和”，到安山（鞍山）温泉疗养。从他生病到逝世前，史书上都没有具体说是什么病，只写“圣躬违和”或“圣躬不豫”。出现这种情况的主要几次有：
崇德六年八月，松山大战前夕，明十三万大军排山倒海而来，清军难以支持，前线一再告急，太宗调集各路军马，定于八月十一日亲征，不巧他有病，推迟了三天。他患的是鼻衄，即鼻出血。这么紧张的时刻，为患病而滞留日期，可以想象病情之严重。延至十四日，鼻仍出血，迫不及待地出发了。由于走得太急，鼻出血不止，三天后才有好转。
崇德七年（1642年）十月二十日，“圣躬违和，肆大赦。凡重辟及械系人犯，俱令集大清门外，悉予宽释。”
这次病得也很重，不仅用大赦向天祈求痊愈，而且清廷的官员们就此提出建议，减轻太宗的政事活动。二十七日都察院参政祖可法、张存仁，理事官雷兴上奏说：“皇上天纵神武，德被遐方，以仁心爱万民，以仁政治宇内，凡养民恤民，无不周挚，虽当大业创兴，实万世之圣主，当代之明君也。臣闻有道者，天赐纯嘏；福履者，景运灵长。今皇上道德醇备，福寿兼隆，虽偶尔不豫，辄获康吉，天之眷我皇躬也昭昭矣，举国臣民不胜欢忭。伏愿皇上保护圣躬，上答天心，下慰人望。近见政事纷繁，动劳睿虑，各旗、六部诸大臣虚设何裨？凡心劳则气动，更愿皇上清心定志，一切细务，付部臣分理，至军国大事，方许奏闻。况大业垂成，外国来归，正圣心慰悦之时，亦可稍辍忧劳。且时当食足兵强，皇上宜暂出游猎，以适上心。臣等谬任言官，惟以圣躬为重，伏望息虑养神，幸甚！”大学士范文程、希福把这份奏疏转达给太宗，立刻得到太宗允许，说：“所奏良是。朕之亲理万机，非好劳也，因部臣不能分理，是用躬自裁断。今后诸务可令和硕郑亲王、和硕睿亲王、和硕肃亲王、多罗武英郡王合议完结。”
太宗派范文程把这个重要决定通知诸王，因为这是从来没有的事，诸王一时感到不知所措。向太宗奏问：“皇上命臣等断理诸务，敢不钦承。但何项事应行奏请，伏候圣裁决定，则诸务庶可办理？”太宗又答复他们说：“未来之事何能预定？各部事务须尽心料理，有不能决断者会同诸王贝勒议结。如会议仍不能结者，方许奏闻。诸王每日黎明齐集，有事则奏，无事回各衙门办理部事。倘有当议事务，候旨齐集。”此事关系行政体制的重大改变且不必说，不过也将太宗身体欠佳程度完全反映出来。有了这个决定，太宗基本上交出了日常的行政事务，从而可见他病得实在不轻，估计短期内无好转可能。
太宗到底死于什么病？有一个值得注意的线索透露了一点情况。这就是朝鲜史书的记载。朝鲜的记载曾说清太宗之死是“暴逝”。如太宗死后的九月初一日，朝鲜得到文学李衿在沈阳向本国发出的报告说：“清汗于本月初九日夜暴逝。”的确，这么一说，可以解释为“无疾而终”，也可以说成是遇害而死。但是，朝鲜人是早知道太宗有病的。如他们的史书记载，四月初六日“清人言于世子馆所，以为皇帝病风眩，愿得竹沥，且要见名医。上命遣针医柳达、药医朴頵等。”清太宗有什么病及需用药物，朝鲜人一清二楚。按他们所载，太宗患风眩，用药为竹沥。竹沥主治化痰、去热、解烦闷等病症。太宗一生劳累，晚年诸事更繁重，加上宸妃之死，操劳过度，情志不舒，痰火上升，必然眩晕，血热上涌，头昏眩。平素痰火重，容易引起中风症，高血压，猝然死亡。太宗所患病应不出这个范围，而且可能是造成死亡的主要原因。
管葛山人的《山中闻见录》所说太宗患“痰疾”而死，恐不准确。痰是其他病症引起，仅仅一个痰，构不成重病，也不致夺去一个人的生命。另有人认为，太宗因怀念宸妃过度而死。自从崇德六年九月十三日宸妃死后，太宗一直朝思夜想，吃不下饭，“圣躬违和”，甚至还昏迷过一次。但仅仅是宸妃死的悲痛也不能致他于死地。宸妃死前，太宗已有病，使他最后断送生命的恐怕是多种因素的并发，主要是中风。太宗一生勤于政事，勇于战阵，诸多军国大事，事必躬亲。由于长期处于高度紧张，严重损害了他的健康，致使积劳成疾，病兆频频发生，特别是遇到宸妃之死，悲痛不已，更增加了他的身体负担。当潜伏的重病一朝突发，瞬息之间就夺去了他旺盛的生命。
崇德八年八月九日清太宗逝世以后，第二天，诸王大臣们把他的“梓宫”（棺材）安放在崇政殿，为他举哀三天。九月二十一日，昭陵尚未建成，就把他葬在这座举世闻名的陵宫里。有清一代，对清太宗一直推崇备至，根据他生前的文治武功，乾隆元年又给他加上美好的谥号，称为“应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝敬敏昭定隆通显功文皇帝”，为他树碑立传。他的陵墓称为昭陵，陵宫御道两旁的石兽群中，有一对石马，是仿太宗生前喜爱的坐骑大白、小白雕制而成的。立在他的陵前，也有意让后人不忘他当年马上得天下的辛劳。