这一阶段主要开始于西方16世纪以来的科技革命，延伸至现代。其时程最短，而变化甚巨。传统宗教的生死观虽然还有约半数人信仰，但信仰大多淡化，在社会生活中退居次要地位，宗教失去了几千年来独宰人心的力量。科学代之而起，成为左右一切的新权威。人类认识的主攻方向，转为通过以归纳、分析、比较、观察、实验整理感性材料的精密科学方法，从物质方面穷研宇宙，力图征服自然，以增加财富，方便生活。科技进军节节获胜，战果辉煌，使人类一改历来对超自然力量俯首屈躬的敬畏姿态，昂首挺胸，以大自然主人的雄姿纵观天地，充满了以自己的理性揭破所有宇宙之谜的信心。生前死后的问题，从表面上看来已不被科学和多数人所关注，似乎已被解决或被视为无关重要的玄虚问题。但从一些人类学家的眼光看来，人类不可能摆脱对死亡的恐惧，通过科技途径力作征服自然的英雄，还是一种出于潜意识深处的对死亡的恐惧，而采取的一种抗拒死亡命运的“移情”手段。
科学从物质方面对人自身的研究，实质上也是对生死之谜的破解，其成果也足以令人欢欣鼓舞。进化论关于人类由猿猴进化而来的论证，打破了神教上帝创世造人的神话。科学对人自身机制的详尽揭示，使古代哲学、宗教的有关说法显得粗浅幼稚。生物学、生理学、医学等研究人机体的学科日益进展，不断分支，借助显微镜等仪器和物理学、化学、数学的成果，对人身的认识，从细胞深入到了微观的分子、基因、电子层次。基因学的发展，蛋白质的合成，生物工程学无性繁殖、“试管婴儿”实验、“克隆”技术的神奇，及医学除脑以外的器官移植的成功，使人成为能改变和创造生命的神祗。脑科学、思维科学、行为科学、认知科学、心理学等对人心理、精神的研究，详悉揭示了人感觉、意识发生的生理机制和社会条件。模拟人知觉、记忆、思维的人工智能研究，已制造成功了智力仅次于人甚至在某些方面大大超过人的计算机、机器人。这一切，似乎已基本揭开了人自身的谜底，否定了人身中有不灭的“灵魂”实体因而死后续存的古老观念，给古代神灭论者“形质神用”的思想提供了有力的证据，对各宗教提出尖锐挑战。正如英国物理学家保罗·戴维斯《上帝与新物理学》所说：科学会继续危及大部分宗教教义的基础，很多关于上帝、人以及宇宙本质的宗教观念已被新物理学所破除，否认这个事实是愚蠢的。灵魂不死、轮回转世，只有从科学尚未彻底究明的两大问题上，还可发现考虑其可能性的余地：一、精神怎样从人脑的神经元网络中产生，生命最初如何从无机物中产生，尚是个待解之谜；扫除灵魂作用的最有力的实验证据——人造生命、人造精神离成功尚远，生物工程人造生命，克隆动物，尚须利用活细胞为材料，克隆动物的成功率尚很低，少数成功的例证，也不能排除有肉眼所不能见的神识投入；机器人即便做得多接近活人，与活人还是有某种本质区别。二、对心灵研究调查证实的大量记忆前生、魂灵显现等暗示着死后续存、轮回再生的实例，科学无法作出合理的解释。
这一阶段，哲学和其他人文科学，无不唯自然科学的马首是瞻，哲学成了对科学成果的总结概括或补充。哲学对人自身的探究，大多都回避灵魂不死的宗教信条，着重从身心关系、心脑关系究明精神的本质，随科学的进展，出现了形形色色的身心学说，大体上可归纳为身心二元论、身心同一论（一元论）、身心平行论三说。
身心二元论的早期代表人物笛卡尔（1596——1650），将人看作身、心两种绝然不同东西的结合体，最切实的存在，是一个能思维的主体自我、灵魂（anima）、精神（esprit）、心灵（mend），这是没有广延性、物体性、不依赖他物而自存的实体；肉体，是具广延性而能思维的主体，全然是一架机器，与动物属同类。心、身相互交感，惊、喜、憎、悲、欲望、快乐等精神的活动与体验，是客体的刺激经肉体神经、生命精气的传输在精神中形成，形成后能引起相应的生理变化。身心相互作用的接触点和联络站，是脑中小小的松果腺。
笛卡尔后学有反对身心交感的，有主张“灵魂是肉体的样态，思想是机械运动”的，有将心身协调的偶因归诸于上帝的。后来还有主张心理为生理活动的伴随现象的“副现象论”和身心互为副现象论。
策动心理学创始人W·麦独孤（1871—1938）则为泛灵论辩护，认为精神的生命过程不可能完全用机械论术语描述解释，应假设一没有广延性和可度量性的灵魂，它可看作思想、感情、抉择的努力等功能的集合，具有策动、控制的力量，人的有意识行为、形态发生、自动化动作、遗传等，都是灵魂和物质共同作用的结果。
总之，科学时代的哲学身心二元论，和古典的身心二元论一样，首先肯定了精神的超物质性、自主性，不把它简单地归结为肉体的机能或一种物质，又考虑到自然科学的成果，肯定身体对精神的作用和精神对肉体的作用，显然有调和基督教传统灵魂观念与科学新知的色彩。
身心同一论，有唯物、唯心二端。唯物主义的身心同一论，针对二元论灵魂观念的理论漏洞，根据科学成果，从精神活动的物质基础着眼，将精神活动看作身体的一种机能。如英国机械唯物论哲学家霍布士（1588——1679），认为物质和运动是唯一的终极实在，是一切心理、精神活动的终极基础，作为精神活动直接基础的心灵或灵魂，只不过是人头脑中的一种内在实体。一切心理活动，都按机械力学规律发生，表像是感觉时体内运动的遗迹，高级的推理活动也可看作一种机械的加减。英国“百科全书派”以“人是机器”的口号著称，灵魂被视为人体机器的一个部件。这一学派的代表人物之一拉美特利医生（1709——1751）甚至骄傲地宣称：借助医生的手术刀和生理学家的解剖刀，可从人体中“把心灵解剖出来”，他利用当时流行的“振动说”解释心理活动，把心灵得到感觉的过程比喻为琴弦受到振动而发出声响，被声浪打击的脑弦激动起来，便发出那些触动他们的话语。19世纪法国庸俗唯物主义开创者卡巴尼斯（1757——1808），认为意识、半意识状态和无意识的本能，都是大脑活动的产物，从脑中产生思想，就像从肝脏分泌出胆汁、从唾液腺分泌出唾液一样。福格特（1817——1895）认为精神是人头脑中一种物质性的活动和机能，是与光、热、化学运动无本质区别的物质运动形式，其区别只在于复杂程度，思想是地球上最复杂的物质的一种最高级的运动形式。毕希纳（1824——1899）认为智力水平的高下，取决于大脑的褶皱和脑外层灰质的发达程度。“自然科学唯物主义”的代表人物之一、著名生物学家海克尔（1834——1919），认为全部灵魂活动可用物理学的方法予以描述，它们都遵循物理学、化学的规律，他用历史考察的方法论述了灵魂从低等生命中发生进化的进程。英国约翰·泰勒的《向超自然挑战》一书宣布：精神是现在和过去的脑神经活动的组合，精神虽然不是物理性的物体，但可以对物理行为产生影响。某一个过去的兴奋（记忆、回忆）常常和现在的脑神经活动有极为紧密的关系。各种关系的组合和神经细胞牢固地结合在一起。缺少哪一方，另一方就不能存在。
根据这个“相关理论”，如果没有大脑，精神不要说行动，就连存在也是不可能的。不伴随肉体的精神是不存在的。也就是说，不可能有灵魂。在唯物主义身心一元论中，数费尔巴哈（1804——1872）之说较带辩证色彩：他把精神活动看作非感性的、非物质性的活动与感性的、物质性活动的统一，主观活动与客观活动的统一，认为从“灵魂的逻辑学”看，精神或灵魂确是非物质的，独立的，而从“灵魂的物理学”看，精神或灵魂又为脑的活动。心身互为因果，互为工具。
唯心主义的心身同一论，也是看到身心二元论的弊病，从精神着眼，力图把世界统一于精神之一元。如主观唯心主义哲学鼻祖贝克菜（1685——1753），强调精神是充满活动的指挥者、施动者，为唯一实体，而肉体是无活力的受动者，为自然属性的集合，精神乃肉体生存的基质、支撑物，必然依赖精神而存。他从自然科学引入“以太”概念，说以太或不可见的火，是联系万物的中间环节，是它把灵魂与粗笨的物体联系起来，而灵魂这种中性自然，又把理智与以太或不可见的火联系起来。德国古典唯心主义集大成者黑格尔（1770——1831），以一绝对精神按客观逻辑辩证地展开一统宇宙万有，说主观精神的发生发展经历了灵魂、意识、自我规定着的精神（简称“精神”）三大阶段，每一阶段又各有三个发展阶段。精神一经出现，即高于其他事物，不断向前发展，具自我同一性、无限性、自由性，是一种统一的能动的活动。具体到心身关系，黑格尔吸取自然科学成果，将心身看作对立面的统一，精神有其依赖于肉体的一面，又恒为主导，能以肉体为其工具和占有物。唯意志主义者叔本华（1788——1860）、尼采（1844——1900）则以意志为精神王国的最高统治者，一统万物及人身，认为意志是一纯粹的精神本体、物自体，自由、全能、不可分割，具有无尽的追求。身体、外物之表像和意志以外的一切精神活动，都是意志所派生，身体是意志的客体化和工具，直接服从于意志，间接服从于理性。除意志外，其他精神活动都依赖于人脑、身体乃至外部物质。叔本华因而认为：死亡为物质生命的最后，而不是自己存在的最后。另外，还有中立一元论的身心平行说，如斯宾诺莎（1632——1677）强调身心并非两个根本对立的实体，思想和广延性亦非两个实体的根本属性，它们是同一个东西的两面，从思想方面看则为心灵，从广延性方面看即为身体、物质。19世纪末构造主义心理学派的冯特（1832——1920）等，认为心理与生理是同一经验世界的两个方面，平行发生作用，心身之间协调对应，但不是互为因果，而是“两种并行存在的因果系列的平行”关系。
总之，根据尚未究竟身心秘奥的科学成果，对灵魂、心身问题所作的哲学推论，仍然异说纷纭，各执一端，未能避免各自的片面性和理论漏洞，不能提供一个举世公认的关于自身谜底的合理答案。随着不究竟的科学知识之普及，否认有灵魂、确信人死永灭的观念，风行社会，在20世纪占据了全球约半数人的精神王国。学友胡孚琛博士说得好：否定灵魂，是20世纪科学的最大失误。研究灵魂、生死的心灵学常被认为伪科学，但因为人本性中有揭破生死黑谜乃至解脱生死系缚的向上欲求，总还是有些人重视生死、灵魂问题的探究。
德国伟大思想家康德（1724——1804），从另一高度纵观以往的西方思想，超越关于心身问题的争讼，首先对人的认识能力进行审查，划定了理性的极限。他认为：心灵实体、意志自由、心身有无及相互关系等问题，都是人类理性主观设计的“幻想”，是不可能依理性思辨而解决的。论证灵魂不朽，犯了形式逻辑上“四概念”的错误。灵魂实体存在与否，是超越人类理性认识的问题，只有现象，方为人可以认识的直接对象。康德对灵魂、身心问题的探讨所作的这一结论，在今天看来还有其明智之处。