至此，最后的防线已被突破，丹阳已成孤城。虽然辅公祏手下还有数万士兵，然而数万人都成了惊弓之鸟，只要拉一下弓弦，哗啦啦就能倒下一大片！李靖率军先到了丹阳，大惊失色的辅公祏不敢固守，居然拥兵数万放弃丹阳城向东而去，计划与道友、兵部尚书左游仙在会稽（浙江绍兴）会合。然而他却没有想到，烦人的李世积居然一直在身后追赶的不依不饶！好不容易跑到了江苏句容，辅公祏又有了第二个没想到，一盘点手下的士兵，辅公祏心都凉透了，出丹阳城时还有数万人，到现在一查数，怎么着也应该剩五千吧。还五千呢？只有五百！苍蝇也是肉，五百就五百吧！当夜辅公祏夜宿常州，本想过了这一夜带着这五百人继续赶路，没想到，这五百人也带不走了，因为辅公祏的部将吴骚等人惦记着他，准备劫持他给唐军献礼呢。仓促中得知消息的辅公祏顾不上接出老婆孩子，带着亲信砍开城门就跑了出去。等跑出去一盘点，还剩多少人呢？几十！几十就几十吧，等见到道友左游仙，一切都会好起来的！然而人到走背运时，厄运总是接二连三。
好不容易进入了浙江境内，距离左游仙盘踞的会稽已经不远了，辅公祏的厄运又来了。在武康（浙江省德清县西武康镇），辅公祏的队伍遭到了乡间流浪汉的攻击，心腹一一战死，辅公祏被生擒。这些乡间流浪汉也是识货的主，他们知道这个人可能身价不菲，索性押着辅公祏到了丹阳。在那里流浪汉们获得重赏，而辅公祏则被公开斩首。此时距离他与杜伏威亡命天涯已经整整十三年，距离此次叛乱仅仅二百余天！辅公祏猜中了故事的开头，却没有猜中故事的结尾。随后李孝恭分捕余党，一律杀掉，江南平定了。李孝恭因功荣升为东南道行台右仆射，李靖为东南道行台兵部尚书。顺着李靖说一下另外一个人的结局，这个人就是此前在博望山立下大功的杜伏威一号义子阚棱。博望山一战，阚棱立下头功一件。然而得意的阚棱怎会想到，一场无妄之灾正向他无情地袭来，辅公祏居然在最后的供词中宣称阚棱与自己共同策划了这次淮南叛乱！见过乱咬人，没见过这么乱咬的。其实一切都很好解释，原本阚棱就与这个干大爷有过节。
当年正是他和王雄诞一起瓜分了干大爷的兵权，这是旧恨；博望山一战，又是阚棱摘下头盔动摇了军心，导致辅公祏的惨败，这是新仇。新仇和旧恨加在一起，干大爷自然不会放过干侄子，因此就出现了临死前的乱咬。如果仅仅是辅公祏的乱咬，阚棱还是能保住自己的命，没曾想，不久之后，他又触了李孝恭的霉头，为什么呢？居然是因为一次没收。在追查辅公祏余党的同时，李孝恭顺便把原来在杜伏威、王雄诞、阚棱名下的良田和住宅一起没收了。这让自恃有功的阚棱非常不爽，一气之下居然找李孝恭当面理论。两人争吵起来，争吵起来自然没有好话，阚棱以下犯上，言辞不敬。李孝恭更不是善茬，他既是大军统帅，又是李渊的远房侄子，皇亲国戚，一怒之下，借着辅公祏的口供，以谋反诛之！早知如此，何必呢？至此江南平定，岭南归附，唐朝境内大体底定。战争威胁在南方已经基本消除，帝国的外患转移到北方的突厥，颉利可汗成为武德与贞观两朝的主要敌人。随着唐朝对手一一覆灭，李渊政府精力得以由军事渐渐转向国内的政治，与此同时，三个皇子的斗争也正式升级，争储走向白热化。
也是在这一年，李渊的政府终于有了正规的模样：临时管制的军事委员会模式寿终正寝，唐朝中央政府的大体模式终于实现了正规化。大体而言，唐基本延续隋制，框架不变，细部微调。以太尉、司徒、司空为三公，其次为尚书、门下、中书、秘书、殿中、内侍为六省，其次御史台，次太常至太府为九寺，次将作监，次国子学，次天策上将府，次左、右卫至左、右领卫为十四卫；东宫置三师、三少、詹事及两坊、三寺、十率府；王、公置府佐、国官，公主置邑司，并为京职事官。州、县、镇、戌为外职事官。
自开府仪同三司至将仕郎二十八阶，称“文散官“；骠骑大将军至陪戎副尉三十一阶，为武散官；上柱国至武骑尉十二等，为勋官。政治是什么？政治就是人与人的关系，就是无数人纠缠在一起，无数人一起或有意或无意上演的一台戏。其实每个人生来就是演员，任务就是演好自己的角色。时间走到了武德七年，聚光灯打向了三个年轻人，太子建成，秦王李世民、齐王李元吉。这一年太子李建成三十五岁，秦王李世民二十六岁，齐王李元吉二十一岁，他们正经历着一生中最好的岁月，同时也是人生中最差的岁月。莎士比亚说：我们命该遭遇这样的时代。这句话同样适用于李渊和他的三个儿子。历时三年，李家的三个皇子打造了一出历史大戏，戏的名字很短，只有三个字，《玄武门》。