虽然废除宰相制度，让他的工作量翻了几番，他甚至感觉到了力不从心，但他从没有想过再度恢复宰相制度。前朝的经验教训摆在那里，朱元璋不能不有所警醒，每次皇权与相权博弈之后，当皇权取得主动，皇帝为了分流相权，往往会让自己的官家系统生出新的权力枝节，也就是新的辅政机构，这就形成了权力的恶性循环。在每一次循环过程中，因为新的权力危机，不是宦官（太监）干政，就是皇亲国戚篡权。我们可以统计一下，历史上哪一次宦官专权不是由开国君主为了加强皇权引发的祸端，自己美滋滋得了现实利益，报应却落在后辈中的无能者身上。不是被宦官专权，就是引发朝纲混乱，权力易主。朱元璋对废相后面临的权力困境还是认识不够，可他并不愿意在历史的铁律面前乖乖就范。他要走出一条权力的新路，一条可以打响其个人品牌的道路。
既然要推倒一切重来来过，那就索性闹他个天翻地覆。
朱元璋以此为由头，对新帝国的官吏队伍进行了大张旗鼓的清洗。时间持续十年之久，死于这场权力整顿运动中的人数超过了两万人。
朱元璋在杀伐决断上绝对够得上一名快刀手，只要他感到不快或者不安时，他出手的频率是快如闪电的。快过小李飞刀的刀。
但是，让人不解的是他在对待胡惟庸的问题上却是另外一番情形，纵容，再纵容。甚至在长达十多年的时间里，胡惟庸都是一人独揽大权，即一个人当丞相，时称“独相”。但是对其他人，朱元璋却缺乏足够的耐心，要知道在胡惟庸前面垮台的那些人，常遇春、徐达、刘伯温诸人的地位与威望全部超过胡惟庸。
为什么说朱元璋这个快刀手对胡惟庸表现出了足够的忍耐，甚至是纵容？让我们拿李善长与其比较一下，李善长是朱元璋的“大管家”，和朱元璋有老乡和亲家的双层关系，曾经被朱元璋比喻为自己身边的萧何，是公认的明王朝第一开国功臣，在军民中的声望不可谓不高。朱元璋偏偏在给予他崇高赞誉之后，不让他继续做丞相。李善长在五十八岁时被朱元璋强迫退休，七十七岁时被拉进胡惟庸奸党案，朱元璋一举杀掉其全家七十多口人，只免了自己的女儿和女婿，也就是公主和驸马。同时，刘伯温的才干、品性与威信也远在胡惟庸之上，被朱元璋比喻为自己的张良，但朱元璋也同样不让他做丞相。朱元璋是铁了心要将那个可能会在宰相这个位置上折腾出动静的胡惟庸推向权力的前台。
朱元璋这么做，也难怪会有人认为，他是需要胡惟庸这样一个权欲熏心、并可能利令智昏的人物替自己清除障碍，如消灭刘伯温。他还需要这个人闹出点大动静，为自己提供一个端掉丞相制度的理由。这个理由是给官僚集团和天下百姓看的，不过是掩耳盗铃罢了。
这盘棋从一开始就完全落入了朱元璋的掌控之中，不出手则已，出手则要人命。
废除丞相制度，朱元璋对帝国的权力结构进行了重大改组。也就是前面说到过的，由六部和监察机关分食相权这块大蛋糕，皇帝总领全局。为了将这种制度延续下去，朱元璋在《皇明祖训》中留下一句极为严酷的话：后代有敢建议立宰相者，灭九族。
这种权力系统的设置与前朝相比，最大的特点就是简单明了。所有的权力全部被皇帝划拉到口袋里，即所谓“大权一归朝廷”。朱元璋这么做就是逼着自己的子孙们不要偷懒，对待自己的家族企业要亲力亲为。此项制度在各种因素的交互作用下，闪展腾挪，演变得面目全非，可以说大明官家制度表现出来的种种乱象，都与此有关。朱元璋的权力整顿运动，让人顿生矫枉过正之感，为明王朝的后世之乱埋下了一枚重磅炸弹。
对于此时的朱元璋来说，他所能体验到的只有两点：一是手中皇权的确够大，二是工作负担的确够重。
《明太祖实录》卷中记载说：洪武十七年（公元1384年）九月十四日到二十一日，八天之中，全国共有一千一百六十件各种文书报告送到朱元璋案头，其中涉及各类事项三千三百九十一件。平均计算，朱元璋每天需要批阅文件字数约二十万字（一本书的容量），处理事务四百二十三件。这样的工作量，即便朱元璋五加二，白加黑，不吃不睡，一个小时也要阅读八千字以上，并在二十多件国家事务上做出决断。
这种工作量就是一个大学刚毕业的青年人也会感到畏惧，更别说快接近退休年龄的朱元璋了。就算皇帝龙筋虎体，就算他对自己的职业有着无限的热爱，那样一个岗位对他来说也形同苦役。
朱元璋废除丞相制度后，先设四辅官，称春、夏、秋、冬四辅官。后来又设置了华盖殿、文华殿、武英殿、文渊阁和东阁等大学士，但这些人的工作能力与被杀的那几位丞相相比，不可同日而语。另外由朱元璋一手营造出来的恐怖专政的政治氛围，也让这些人战战兢兢无心恋位。朱元璋试图找到一个两全其美的办法，既可以解决皇帝工作负担过重的问题，又不使皇权旁落。
不可否认的是朱元璋推行的权力整顿，带来了吏治清明，权力监督也较以往到位。但是如何设置皇帝辅政机构的问题，始终没有有效的解决。作为开国之君，他只有无奈地把这个难题留给自己的后世子孙，而在这期间，官家权力结构经历了一个非常漫长的嬗变过程。
洪武三十一年（公元1398年），朱元璋带着这个遗憾离开了这个世界，按照他生前的安排，他的皇长孙朱允炆即位，是为建文帝。
史料为建文帝开出的评语是：这是一个懂得仁爱，能力有限，并不具备做皇帝的资质的人。这些特点与朱元璋大相径庭，在朱允炆执政期间，朱元璋时代绷得紧紧的权力之弦大为缓和，官家权力运转也是循着朱元璋定下的制度进入了正常轨道。
在废除相权几十年以后，六部长官直到此时才算真正成为手握重权的六卿。但是这些手握重权的大臣们却不足以担当大任，他们缺乏的是才略和经验。朱允炆对此也很无奈，那些洪武时代的治国能臣被朱元璋扫荡一空，留给他的就是眼前这些平庸之辈。古代官员的平庸对权力者来说是一把双刃剑，既无能力威胁皇权，更无能力巩固皇权。这对于朱允炆来说，就是他权力生涯的一场悲剧。
无能的官员，加上毫无资质的皇权继承者，让朱元璋的第一任接班人就陷入了巨大的权力危机。朱元璋的子女众多，有二十六个皇子。建文帝的很多叔叔被朱元璋安置在各处为藩王，借此巩固自己的“家天下”。这些叔叔辈的藩王在各处都拥有大量的军队，对建文帝无异于一枚枚的定时炸弹。
建文帝君臣也显然感觉到了这一点，准备着手削藩。这等于是推翻了朱元璋执政时期分封同姓诸王、内外相维的军事体制。削藩的出发点是没错的，错就错在操之过急，策略也有所偏颇。建文帝即位不久，又带着一帮摸着石头过河的大臣，显然不适合在此时完成这一鸿篇巨制。另外，在军事策略的选择上，他犯了盲动主义错误。他应该先从那些势弱的小王开始收拾，同时利用好藩王之间的矛盾。当燕王朱棣获知朱允炆马上要对自己动手时，他知道，属于自己的历史大时代即将到来。
这场耗时三年的内部战争，最终是以燕王朱棣的全面胜利而告终。
建文五年（公元1402年），燕王朱棣带领军队进入南京，称帝，从此明朝的历史开始翻开了属于永乐时期的一页。与此同时，明朝中央的政治权力体制也随着新皇帝的诞生而悄然发生着变化。
永乐帝认为在朱元璋搭建的权力框架之内，不可能再产生出强有力的辅政机构。他决定不完全拘于朱元璋的那一套，在权力的一亩三分地上，他要再搞出点新的花样来。
即位不久，他就“特简解缙、胡广、杨荣等直文渊阁，参与机务”，但这时候还没有打破六大部门分权制衡的权力分配体制。因此，内阁的参政议政虽然在一定程度上缓解了权力集散失衡所造成的潜在危机，却并未从根本上打破旧有的权力格局。也就是说，这时候的六部长官和内阁成员共同帮助皇帝处理政务，只是朱棣在遵从祖制的前提下做出的一种权变。
永乐皇帝开始尝试性地让这些大学士参与军国大事的处理。虽然他们的官阶只有五品，没有部下，没有统辖机构，甚至没有自己专门的办公场所，可以说是既无宰相之名，又无宰相之实。但并不排除这些人不是权力系统中的红人，因为他们全部是围着皇帝转的人，是皇帝的亲信近臣，每日侍奉于皇帝身边，奔走于殿阁之下，特别是可以参与国家政务，貌似宰相。
为了避开“宰相”这个已经变得不祥的字眼，加上其名称为“入值文渊阁”，又在内廷办事，所以人们含混地称之为“内阁”，算是有了内阁制的大模样。
我们知道一种体制的好坏，效果究竟如何，一方面取决于这种体制本身是否严密完善，另一方面取决于那些高层权力拥有者的识见、谋略、态度和活动。二者同样重要，很多时候，前者还要受制于后者。体制的不完善或漏洞可以通过政治高层的具体行动或临时政策设法弥补，体制缺陷带来的不良影响可以通过具体努力控制在最小的程度和范围内。
开始参政议政拥有一定实权的大学士虽然事权不明，与部臣、宦官之间却也从未发生类似后世那样的严重权力冲突。因为永乐只让大学士做自己让他们做的事情，严令大学士和六部发生其他关系，他以此防止造成权责不清引发冲突，这是他的高明之处。
但他和他的父亲朱元璋都没有学过哲学，不明白这个世界不是静止的，是不断发展变化的。
随着时间的推移，大学士们开始兼任各部尚书、侍郎之职——就是兼任六部中的部长、副部长职位，有的还具有了正一品的太傅、太保或从一品的少师、少傅、少保等崇高荣衔，权力、地位不断提高。他们虽然不能到兼职的各部门里去实地任职，也不能干预各部事务，名义上仍然只是皇帝身边的侍从顾问之臣，但在重大事务的决策上，他们实际上已经具有了相当大的权威。如人事推荐与任免建议、内政外交政策制定等。他们真正的权威，则来自宣德年间逐渐发展起来的所谓“票拟”之权。
票拟，又叫票旨、条旨，里面暗含了帝国官场运作的大部分奥秘。
这里涉及帝国国家机器运转的方式与程序：在通常情况下，全国各地、各部门的报告文书先是汇集到通政司（相当于国务院办公厅），这个机构是中央联系地方的纽带。通政司将文书登记在册，录下副本，随后又转到内阁，由大学士（办公厅主任或副主任）将处理意见“用小票墨书”后，分别贴在这些报告的封面上，送呈给皇帝作最后的批示，这就是票拟的整个过程。皇帝的御批通常使用朱笔，所以，又叫“批红”。经过批红的文书，再登记备案，录下副本，然后，再下发至各地、各有关部门，要求遵照执行。
所以说事情发展到这种地步，那些掌握了票拟权的大学士就等于掌控了全国各地、各部门，包括中央六部，也等于同时掌握了票拟和批红在内的这种官家权力机器运转方式与程序。它带来的恶果也随之显现。当最受皇帝信任的大学士正式成为首席大学士时，“首辅”之称谓便随之产生，而且得到了皇帝的认同。首辅没有宰相之名，也没有宰相行政号令、任免官吏之实，但当他深受皇帝信任时，却可以垄断票拟之权，并将皇帝玩弄于股掌之上，从而将属于皇帝的生杀予夺大权，相当程度地转移到自己手上。此时，其令人畏惧的威力，甚至远远超过了以往真正的宰相，这可能是朱元璋做梦也不会想到的事。
朱元璋以为他的那些后世子孙会向他学习，人人争做劳模，靠着不眠不休“白加黑、五加二”的精神把朱明王朝推向千秋万世。可惜的是他的子孙们虽然流淌着他的血，却没有继承他的革命意志。他们渐渐丧失了处理这些事务的能力和兴趣，他们最后索性将专属皇帝的“批红”大权，交给了身边宠幸的宦官们。皇帝和满朝文武就这样被架空权力，朱明王朝在一帮阉人的胡作非为之下，跌跌撞撞，一路踉跄。