一、新时期科技发展的指导思想与要求
《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》（以下简称《建议》）明确了要加强科学技术创新和跨越，指出发展科技教育和壮大人才队伍是提升国家竞争力的决定性因素。
（一）科技发展的指导思想
科学技术发展，要坚持自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来，不断增强企业创新能力，加快建设国家创新体系。
（二）科技发展的要求
（1）从我国经济社会发展的战略需求出发，把能源、资源、环境、农业、信息等关键领域的重大技术开发放在优先位置，按照有所为、有所不为的要求，启动一批重大专项，力争取得重要突破。（2）加强基础研究和前沿技术研究，在信息、生命、空间、海洋、纳米及新材料等战略领域超前部署，集中优势力量，加大投入力度，增强科技和经济持续发展的后劲。（3）加强重大科技基础设施建设，实施若干重大科学工程，支撑科学技术创新。（4）继续深化科技体制改革，调整优化科技结构，整合科技资源，加快建立现代科研院所制度，形成产学研相结合的有效机制，加强科学普及。（5）繁荣和发展哲学社会科学，积极推动理论创新，进一步发挥对经济社会发展的重要促进作用。
（三）明确加强基础研究和前沿技术研究的战略重点
基础研究和前沿技术研究是关系到国家未来竞争力的战略重点。
1.加强基础研究的战略重点
“十一五”期间，加强基础研究要紧密结合国民经济和社会发展的战略需求，优化创新环境，在关系国家未来竞争能力和经济发展后劲的战略性领域，大力提升原始性创新能力，攀登科学高峰，为建设创新型国家发挥基础和先导作用。重点建设一支高水平的基础研究队伍，造就一批具有世界影响力的科学家和研究团队；加强新兴学科和交叉学科建设，形成合理的学科布局；大力加强基础研究基地建设，构筑科技基础性工作的有效机制和科学体系；在信息、生命、空间、海洋、新材料等若干科学前沿领域实现重点突破，解决一批经济建设和社会发展中的关键科学问题，实现原始创新，为建设创新型国家和到2020年跻身世界科学强国奠定坚实基础。
“十一五”期间重点启动以下六大任务：完善基础科学的学科发展布局；在基础科学前沿领域，重点部署研究生命过程的定量研究与系统整合、凝聚物质与新效应、物质深层次结构和宇宙大尺度物理学规律、核心数学及其在交叉领域的应用、地球系统过程与资源、环境和灾害效应、新物质创造与转化的化学过程、脑科学与认知科学、科学实验与观测方法、技术和设备的创新等八个重大问题与重点方向；围绕国家重大战略需求，集中开展人类健康与疾病的基础研究、农业生物遗传改良和农业可持续发展中的基础科学问题、人类活动对地球系统的影响机制、全球变化与区域响应复杂系统、灾变形成及其预测调控、能源可持续发展中的关键科学问题、基本材料改性优化、新材料设计探索及其服役失效机理研究、极端环境条件下制造的科学基础、航空航天的重大力学问题、支持信息技术发展的科学基础等十个基础科学重大问题与重点方向的研究；启动蛋白质研究、量子调控研究、纳米研究、发育与生殖研究等重大科学研究专项计划；提升我国研究试验基地与条件平台的水平；建设高水平的基础研究队伍。
2.前沿技术研究的战略重点
“十一五”期间，前沿高技术领域研究的战略重点为：在信息技术领域，初步形成信息技术自主创新支撑体系，并在重要环节形成竞争优势。加大纳米尺度集成电路设计、高端系统芯片、基础软件的开发力度，突破若干战略性高技术。加强核心技术与系统的集成应用，开发新一代移动通信技术、下一代互联网，研制高效能计算机网络设备，促进我国信息产业和现代服务业发展。
在先进制造技术领域，利用高新技术改造传统制造业。实现若干高档数控装备、重大成套高技术装备、关键零部件的自主设计制造能力的提升。发展微纳制造和智能机器人技术及新兴产业。
在材料技术领域，取得一批事关未来核心竞争力的原创性创新成果，力争局部跨越。围绕国民经济、社会发展和重大工程需要，实现结构材料功能化，功能材料智能化，在高端产品方面大幅度提高竞争力。
在能源技术领域，以提高能源利用效率为重点，攻克主要耗能领域的节能关键技术；促进能源多元化发展，提高石化能源开发和利用及水电技术水平，积极发展可再生能源、核能和新能源技术；加强能源装备及核心技术研发，提高国产化水平；提高能源区域优化配置能力，重点发展先进可靠的国家电力输配系统，提高输电效率。
在交通技术领域，不断提高交通装备技术的自主创新能力，发展交通智慧技术，为提高运网能力和运输效率、实现各种交通技术的有效衔接提供技术支撑；在交通运输安全保障、资源节约与环境保护、交通技术设施建设领域取得重大突破。
（四）明确深化科技体制改革的重点
改革开放以来，我国科技体制改革取得了突破性进展，但是，科技支撑和引领经济社会发展的能力还有待提高，科技发展还存在着一些体制和机制性障碍，这些问题的存在制约着自主创新能力的提高，制约着科技第一生产力作用的充分发挥，必须在进一步深化科技体制改革中重点加以解决。《建议》明确提出，继续深化科研院所制度，形成产学研相结合的有效机制。
新阶段深化科学体制改革的目标是建立和完善中国特色社会主义国家创新体系，要以明确定位、优化结构、完善机制、提升能力作为重点，加强科技宏观管理与协调，完善科技政策法规体系，建立新型运行机制，促进各类创新主体的协调互动，提高科技资源配置和运行效率，为促进自主创新提供制度保障。
当前，特别是要以建立企业为主体、产学研相结合的技术创新体系为突破口，全面推进科学研究与高等教育紧密结合的知识创新体系，军民结合、寓军于民的国防科技创新体系，各具特色的区域创新体系以及社会化、网络化的科技中介服务体系等的建设。
（1）确立企业技术创新的主体地位。切实增强企业技术创新的动力和活力，引导企业成为技术创新投入和研究开发活动的主体。支持企业建立和完善研究开发机制，鼓励企业以各种形式参与实施国家科技计划。建立为中小企业开展技术创新服务的平台。
（2）要深化技术开发类院所企业化转制改革。技术开发类科研机构要坚持企业化改革方向，加快发展和壮大高技术产业。国家继续支持转制院所开展行业基础性、公益性技术研发工作，加大对行业技术研发共性平台和工程化平台的投入。
（3）要在深化改革中形成一批公益研究、基础研究和战略高技术国家科研基地。坚持社会公益类科研机构分类改革，在农业、人口与健康、资源环境、公共安全等重要领域，形成一批具有较强创新能力和服务能力的公益性国家科研基地。推动基础研究机构和高校科研力量的联合重组，形成一批以服务国家目标为主、具有国际水平的重点基础研究基地。重点支持一批精干的基础性、战略性国防科研机构，形成一批军民两用战略技术国家科研基地。
（4）要建立和完善现代科研院所制度。探索实行理事会制度，完善院所长负责制，扩大科研院所管理自主权，全面实行聘用制，促进人员的合理流动。建立相对稳定的经费投入机制和科技资源的共享机制，制定相应的标准规范和政策法规，建立不同类型的公共科技资源共享平台。建立科学合理的绩效评价制度。
（5）要加强科技宏观管理和协调机制。强化对重大科技政策制定、重大科技计划、科技预算和科技基础设施建设的宏观管理和统筹协调，切实提高科技计划实施的效率和效益。
（6）促进军民科研的紧密结合。在宏观管理、科技计划、基地建设和成果转化等方面，实现军民科技的紧密结合。加强军民科技计划之间的统筹协调，扩大国防研究和军品采购向民营科研机构和企业的开放。
（7）完善科技成果转化机制。深化地方科技体制改革，促进科研力量和产业力量的有机结合，加速科技成果产业化，大力支持科技中介机构的发展。
二、新时期科技发展的核心：突出自主创新
《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》提出了“以自主创新提升产业技术水平”的要求，指出“关键是全面增强自主创新能力，努力掌握核心技术和关键技术，增强科技成果转化能力，提升产业整体技术水平”。
（一）建立技术创新体系
（1）建立以企业为主体，市场为导向，产学研相结合的技术创新体系，形成自主创新的基本体制架构。大力开发对经济社会发展具有重大带动作用的高新技术，支持开发重大产业技术，制定重要技术标准，构建自主创新技术基础。（2）加强国家工程中心、企业技术中心建设，鼓励应用技术研发机构进入企业，发挥各类企业特别是中小企业的创新活动，鼓励技术革新和发明创造。（3）实施支持自主创新的财税、金融和政府采购政策，发展创业风险投资，加强技术咨询、技术转让等中介服务，完善自主创新的激励机制。（4）加大知识产权保护力度，健全知识产权保护体系，优化创新环境。
（二）加快发展先进制造业
（1）坚持以信息化带动工业化，广泛应用高技术和先进适用技术改造提升制造业，形成更多拥有自主知识产权的知名品牌，发挥制造业对经济发展的重要支撑作用。
（2）装备制造业，要依托重点建设工程，坚持自主创新与技术引进相结合，强化政策支持，提高重大技术装备国产化水平，特别是在高效清洁发电和输变电、大型石油化工、先进适用运输装备、高档数控机床、自动化控制、集成电路设备和先进动力装置等领域实现突破，提高研发设计、核心元器件配套、加工制造和系统集成的整体水平。
（3）高技术产业，要加快从加工装配为主向自主研发制造延伸，按照产业集聚、规模发展和扩大国际合作的要求，大力发展信息、生物、新材料、新能源、航空航天等产业，培育更多新的增长点。
（4）信息产业，要根据数字化、网络化、智能化总体趋势，大力发展集成电路、软件等核心产业，重点培育数字化音视频、新一代移动通信、高性能计算机及网络设备等信息产业群，加强信息资源开发和共享，推进信息技术普及和应用。
（5）生物产业，要充分发挥我国特有的资源优势和技术优势，面向健康、农业、环保、能源和材料等领域的重大需求，努力实现关键技术和重要产品研制的新突破。
（6）国防科技工业，要坚持军民结合、寓军于民，继续调整改造和优化结构，健全军民互动合作的协调机制，提高产品的研发和制造水平，增强作战转换能力。
三、新时期科技发展的主要任务
（一）实施科技创新发展、跨越发展和赶超发展战略
在当今知识经济时代，科技已成为经济增长的决定性因素，科技主导经济发展的规律是一个基本规律。科技资源不是一般的资源，是一个国家、一个民族生存与发展的战略性资源，是国家竞争能力的核心要素。中国要成为经济强国，首先必须成为科技强国，科技必须走在经济社会发展前列。要坚定不移地实施科技创新发展战略、跨越发展战略和赶超发展战略，推动我国经济社会的跨越式发展。规划必须鲜明地体现国家意志，服从和服务于国家总体战略和国家战略利益，强化政府对科技发展的宏观调控能力。
（二）优先进行国家科技宏观管理体制改革与创新
1.改革与创新的总体目标、思想和思路应体现于“两个加强、三个转变、四个结合”“两个加强”：通过改革与创新有效地加强政府对科技发展的宏观调控能力；加强企业作为科技创新的主体地位。“三个转变”：由注重对科技微观活动主体的体制向重视对科技宏观管理体制顶层设计的转变；由注重直接的科技项目管理向重视间接的宏观科技政策和科技管理的转变；由注重局部改革、部门改革的单项体制突破向重视综合改革、整体改革的全面推进体制创新的转变。“四个结合”：促进“军民结合”，实现军民科技体制的有机融合；推进“科技与教育结合”，通过建设研究型大学和教育型科技基地，实现科技创新与人才培养之间的双向互动和一体化；强化“科技与经济结合”，实现科技体制改革创新与经济体制改革创新的协调和配合；促进“国家创新体系与区域创新体系的结合”，实现两大创新体系功能之间的互补和互动。
2.在体制改革与创新中有所突破
一是对国家科技发展战略决策、宏观管理和决策咨询进行顶层设计，落实和定位科技战略决策部门、宏观管理部门和决策咨询部门的职能，理顺各部门之间的关系，推进以国家科技领导小组为核心的科技战略决策，宏观管理体制的建设，尽快建立国家科技咨询委员会。二是充实和调整国家科学技术制约科技宏观管理职能和综合协调职能。三是根据当代科技发展的规律和我国经济社会发展的客观需求，对国家大型科研中心进行战略性调整、重组、布局和功能定位。
（三）加强中长期科技发展规划制定、实施和评估的法律法规和程序化建设（1）尽快制定我国科学技术基本法。（2）加快我国科技发展规划编制的立法程序。（3）完善科技发展规划决策、编制、实施和评估的程序。（四）尽快建立和完善中长期科技发展规划评估体系和制度
（1）建立独立的监督和评估机构；尽快制定科技计划评估指南，推进科技计划评估的标准化和规范化；建立由多方专家组成的评估委员会。（2）建立起中长期科技发展规划“滚动”修订机制；确保评估结果反映到科技发展规划的执行中，发挥科技发展规划的评估效果；建立评估结果的公布发布和反馈机制。
（五）科技发展的优先领域、重点方向与遴选原则
选择国家科技发展的优先领域、重点方向的两个基本依据是“普适性”与“特殊性”。一是根据当代科技自身发展的规律性、新特点和新趋势，以及当代科技与经济、社会相互作用“范式”的变迁，通过科学评估、技术预见和预测等手段，把握孕育科技发展重大突破的科技发展优先领域，该依据具有“普适性”。二是根据基本国情和国家政治、经济、军事、发展目标，把服务于国家战略利益和国家未来发展总体战略目标作为选择科技发展优先领域和重点方向的最高原则，它体现确定和选择科技发展优先领域和重点方向的“特殊性”。这是国际典型国家科技规划的做法，中国也应按这两个基本依据办事。
（六）我国《2006—2020年国家科学和技术发展规划》（以下简称《规划》）的建议（1）优先领域和重点方向应确定为：生命科技、信息科技、空间技术、纳米技术、核技术和制造技术六大优先领域。21世纪将是生命科技时代，生命科技将对人类社会的政治、经济、军事、社会和文化等各个领域产生根本性的变革，我国必须迎头赶上这一科技革命的浪潮；随着信息科技的蓬勃发展，我国必须加快完成国民经济信息化和国防军事装备信息化的步伐，抢占信息科技的制高点；同样，优先发展空间技术、纳米技术、核技术和制造技术也是综合考虑其经济和军事的双重价值作出的战略抉择。
（2）借鉴典型国家科技规划（计划）的经验，针对六大科技发展的优先领域，尽快制定与《规划》相衔接的专项领域科技发展计划，如生命科技计划、信息科技计划、空间技术计划等，改变过去按研发类型设立专项科技发展计划的形式，如“863计划”（战略高技术类计划）、“973计划”（基础研究型计划）、“攻关计划”（应用研究类型计划）等。建议停止“先进产品”（ATP）计划（美国已停止执行），它既不符合WTO规划，也不利于创造公平竞争的市场环境。
（3）优先领域内重点项目遴选的基本原则是优先支持“军民两用技术”的研发。
（七）扩大科技对外开放与加强科技国际合作
（1）确立科技国际合作服从和服务于国家战略目标和国家战略利益的总体指导思想，把开展科技合作作为推动区域经济一体化的先导。（2）通过扩大科技对外开放和加强科技合作，充分利用全球科技资源，吸引和培养具有国际视野的高级科技人才。（3）与世界一流的科研学术机构建立起长期的战略伙伴关系，开拓渠道，有计划、有组织地策划重大国际合作。（4）国家科技主管部门应设立专项计划，支持和鼓励国内高水平科研中心（科研基地）与国外著名科研机构共建实验室研发中心等；支持跨国公司在我国设立研究与开发机构。（5）逐步开放我国重大国家科技发展计划。
（八）制定与中长期科技发展规划相配套的科技人才培养专项规划
（1）以人为本，树立人才资源是第一资源、人才资源是决定中国科技竞争力高低的最终决定因素的观点，把培养科技人才作为一个十分重要的科技发展目标，把培养科技人才作为保障科技可持续发展的基本战略，把科技发展与人才培养紧密地结合起来。（2）尽快制定与《规划》相配套的《中长期科技人才培养规划》。（3）通过对科技和教育进行体制改革与创新，从战略措施层面上推进促进科技与教育的有机结合。
（九）突出科技在国家管理能力的建设中发挥主导性作用
科技是推动未来社会变革的核心要素和根本动力，科技作为一个关键因素，与国家政治、经济、社会、军事和文化等领域日益渗透和融合。随着知识社会的来临，整个社会体系将以科技为轴心重新安排，国家政治、经济、社会、军事和文化等领域的管理和决策，对科技的依赖正在逐步增强，必须重视发挥科技在国家管理能力建设中的主导和关键作用。
（1）在国家重大政策的决策中要充分发挥科技的作用，凸显科技政策在公共政策中的地位和作用，逐步建立和完善国家重大政策的科学决策机制。（2）建立国家高层智囊团或顾问委员会，就国家重大战略问题和政策制定问题作深入的科学研究。（3）充分依托现代科学技术，特别是应用信息网络技术等科技手段，设计国家公共安全体制和机制，建立公共安全的预测、预防、预警、应急反应和决策指挥系统。（4）重视社会管理技术和科技研究。