1905年11月，上海南洋公学发生了轰动全国的“墨水瓶风潮”，这是中国最早的反专制的学运开端。
南洋公学是中国近代一所很有影响的学校，是现在上海交通大学和西安交通大学的前身。1896年冬，由洋务大员盛宣怀奏请筹设，1897年4月在上海徐家汇正式开学。
南洋公学初期设有师范院、中院（即中学）、外院（即小学）、特班和政治班。其中，中院的规模最大，共有六个班级。
该校名为新式学校，但实际上当时封建习俗仍然很深，教师中既有热心新学的新派，也有顽固保守的旧派。虽然从私塾到新式学堂，管理上有了很大的变化，但学校当局仍旧习惯于用旧的专制、苛刻的礼教来束缚学生。同时，教师对学生中萌发的新思想也不理解，师生之间常常发生对立情绪。如中院五班中文教师郭镇瀛，江苏如皋人，举人，思想非常保守。他讲授的两门课《大清会典》和《圣武记》，因为内容陈旧而不受学生欢迎。为人又刻板专横，如他上课坐的椅子必须放在正当中，稍微斜一点就不高兴，大声斥责：“又歪了，谁摆的，不行！”平时，还严禁学生阅读各种新式书报杂志，引起学生严重不满。被称为中国学运史上“一声霹雷”的“墨水瓶事件”，就发生在五班学生对郭镇瀛的不满上。
1902年11月5日，公学五班上课时，郭镇瀛发现师座上有一只洗净的墨水瓶，就暴跳如雷，认为这是学生在有意捉弄他，便严词追查。五班学生均回答：“不知。”郭镇瀛就恐吓坐在前排的学生贝寿同、伍石卿，限他们三日内告发，否则加罪。经威胁，五班有一学生诬告此瓶是学生伍正钧所放。13日，校方应郭镇瀛要求，公告开除无辜学生伍正钧，同班其他同学也因为所谓知情不报而受到“记大过”处分。
对于学校这样的处理意见，当事人伍正钧感到冤枉，其他同学也感到气愤。
11月14日，五班全体同学相约集体到学校总办（即校长）汪凤藻处申述事实真相，要求撤销处分，但遭到汪凤藻的拒绝。当晚，五班全体同学决定次日全班集体退学，以示抗议，并到各班作告别演说，得到广大同学的普遍同情。
15日早晨，事情进一步恶化。汪凤藻竟以“学生私自聚众演说，大干例禁”的罪名，张贴布告，宣布开除五班全体同学。汪凤藻的这一草率决定，引起全校哗然。于是，各班学生二百余人同到总办处求情，但汪凤藻拒不接见。后经再三要求，汪凤藻虽同意接见各班代表，但仍然拒绝收回开除五班学生成命的请求，并蛮横地表示：“五班已经开除，非诸生所得干预，愿去者听。”见此，各班代表愤然退出。之后，他们又集体前往督办处，请求面见公学督办盛宣怀，但盛宣怀拒不接见。在此情况下，学生们决定集体退学，以抗议校方的错误决定，反对对学生采用专制武断的手段。
一时，事情发展到了骑虎难下的程度。校方感到十分为难，于是请出了受学生尊敬的特班班主任蔡元培来进行调解。经过蔡元培的耐心说服，学生们方同意暂缓行动。蔡元培当晚前去拜见公学督办盛宣怀，而盛宣怀却以“别有要事”辞而不见。几经交涉，至16日晨，仍无成效。
16日，迎着晨光，全体学生早早起来，打好行装，集体在大操场，等候校方最后的答复。
上午10时左右，仍然不见回音。全校学生以班级为序，高呼“祖国万岁”的口号，秩序井然地走出了南洋公学。素有民主思想的蔡元培也因此愤而辞职，跟随学生一起离开了南洋公学。
这次学潮，公学二百余名学生全体退出了学校，造成教室皆空。经校长汪凤藻请人多方劝说，家长动员，才有少数人又返回了学校，但退出者仍有145人。
“墨水瓶事件”是教育领域对封建专制的一次沉重打击，社会进步舆论给予了支持和极高的评价。《新民丛报》、《苏报》等报刊专门发文支持学生正义的斗争。
南洋公学学生退学时，蔡元培就向他们说：“不要散，我们组织一个学校。”这样，退学学生就写了一个意见书给中国教育会，请求他们给予帮助。
1902年11月21日，中国教育会在张园召开特别会议，专门讨论这个问题。大会一开始，许多人就表示：
我等所以设立此会者，实欲造成理想的国民，以建立理想的国家。否则，各处奉谕建设大中小蒙各学堂，其实行奴隶教育，绰有余裕，何劳我辈穷措大担任此教育之事乎？我等理想的国家，绝非俄罗斯，绝非德意志，乃纯然共和思想，所以从国民做起。否则，亦当如腐败之报馆，日日望朝廷变法而已，又何劳我辈穷措大担任此国民之事乎？
中国教育会认为，共和国民的资格，应该是：一有独立自尊的气节，二有舍己为群的公法。南洋公学学生的退学事件，正是体现了这种精神。“所以诸君真有共和国民之资格者，与本会会员理想相合无间。本会如不协助，是自杀其主义，今日便当解散此会矣。”
接着，由退学学生代表演说退学始末，并提出请求中国教育会帮助的意见书。意见书中共提出七点要求，包括：先设共和学校一所，请教育会赞助一部分经费，并有一部分会员充当不取修金的教员；筹经费，派送退学生中若干人出洋学习；设一共和报，以加固团体，主持学界清议，等等。会议最后决定：可以协助建立共和学校，其余事宜俟以后续议。于是，退学学生自行捐集开办经费二百余元，约得十分之四，由教育会认捐其余六成。议定由蔡元培担任学校总理，吴敬恒为学监，黄炎培、蒋智由、蒋维乔等为教员；从总理到教职员对学校都是纯尽义务。
新办的学校最后定名为爱国学社。
爱国学社的《章程》中规定：
本社略师日本吉田氏松下讲社、西乡氏鹿儿私学之意。重精神教育，重军事教育，而所授各科学皆为锻炼精神、激发志气之助。
本社学生分寻常、高等两级，各以两年为卒业限。寻常学级的教科有：修身、算学、理科、国文、地理、历史、英文、体操；高等学级的教科有伦理、算学、物理、化学、国文、心理、社会、国家、经济、政治、法理、日文、英文、体操。
1902年11月26日，爱国学社正式开学。师生们举行了盛大的开学典礼，教师代表蔡元培，学生代表贝寿同，来宾马叙伦、屠寄、戢翼翚等人在大会上讲了话。
蔡元培在讲话中说：
吾中国教育会建立之始，即义先举实事，以为本会发达之基本。经营半年，始有此爱国学社，是为本会实现理想之第一步。故学社之前途与本会之前途，实有重大之关系。
蔡元培对爱国学社提出了三点希望：
1.沈浸学理，以成国民之资格。
2.实践自治，以练督制社会之手段。
3.发达其能力。
但爱国学社开学后，由于师资不足等客观情况，当时并没有正式上课，到第二年春天才正式开课。
发生在上海地区南洋公学的“墨水瓶风潮”，是青年学生对学校封建专制的一种反抗，是他们民主意识觉醒的一种宣示。正如当时有的学生所说，“今教习悍然以奴隶待学生，为种种之束缚，总办复顽钝抑制学生言论之自由，是等奴隶教育，凡为国民，谁能堪之！”正是在这个意义上，“墨水瓶事件”可以被视为是“中国学生社会一大劈头之大纪念也”。这次学潮，在我国学运史上是首次学生运动，是南洋公学学生反封建反专制斗争的光荣一页，具有重要的历史意义。