据史料记载，明孝陵自洪武九年（1376年）筹建，十三年正式选定陵址，十四年开始动工修建，征用10万民夫和数不清的能工巧匠。工程进行不到一年，也就是洪武十五年（1382）八月，马皇后病死，即葬于此。因其谥号孝慈，九月，朱元璋便“命所葬山陵为孝陵”。也有人认为，朱元璋定其阴宅为“孝陵”，主要是“以孝治天下”之意。洪武三十一年（1398）闰五月，朱元璋驾崩，与马皇后合葬一处。永乐三年（1405），明成祖朱棣为他父亲在此建立“大明孝陵神功圣德碑”，至此，明孝陵的所有工程才算告竣，历时长达25年之久。
一代英主朱元璋和他的大脚马皇后，还有那些殉葬的嫔妃宫女，在这座皇陵内已静静地躺了六百多年，外面的世界发生了多少沧桑变故，他们永远也不知道了。同时，朱元璋还不知道的是，他所长眠的这座陵墓，还留下了几大谜团，后人为此各抒己见，有些至今还在争论不休。
明孝陵疑冢
孝陵不论是在规模、气势，还是在布局设计等方面，在明代诸陵中皆居其首。朱元璋死后落葬何处，按说这不是什么问题。然而在南京一带，流传着好几种说法：一说朱元璋认为自己一生杀人过多，死后怕遭仇家侮辱，也怕有人盗墓，便在南京十三个城门同时出殡，至今也不知他究竟葬在哪里。二说朱元璋临终秘嘱，把自己葬在朝天宫的三清殿下，埋入明孝陵的只是一口空棺材。三说明成祖迁都北京的第二年，也把乃父的灵柩移至北京，葬在万寿山下。这些传说虽然不见史书，可是在民间颇有市场，而且还编排出相关故事，说得头头是道。由于孝陵在文献上没有更详细的记载，也没有留下有关的工程档案资料，对于这些已历很久的传说，不能不抱谨慎的态度，对此要做全面分析。
第一，朱元璋不会舍弃孝陵这一风水佳壤。
明代风水术盛行，朱元璋很迷信这套东西。传说他的祖父葬在泗洲（治所在今江苏盱眙县西北淮水西岸）杨家墩。据说当初朱元璋祖父为自己在这里选墓地时，一个老道士说，“若葬此，出天子”，便在墩上插了一根枯柳枝。想不到朱元璋祖父随手把它拔掉了，老道士说这下子泄了气，只能是他的孙子做天子了。后来朱元璋果然荣登大宝，遂对风水术深信不疑。他之所以定都南京，就是被龙蟠虎踞的王气风水所吸引。他在选择陵址时，命刘基、徐达、汤和各寻吉地，再把他们集合起来秘写展示，朱元璋一看，三人选的都是钟山独龙阜。
这可能只是传说。然而可以肯定的是，为了选择陵址朱元璋的确费了很大气力。北宋王洙等人撰写的《地理新术》，是专讲风水术之书，对阴宅的选择这样写道：“白虎缘山，青龙入泉，朱雀鼓翼，真武登天，大吉。”朱。元璋及其谋士们看中的独龙阜，恰好符合“真武登天”的所有条件，可是这里有一座建于南朝时期的蒋山寺和宝塔，是梁武帝和永定公主为纪念神僧宝志而建的。朱元璋为了侵占这块宝地，施舍了建太庙的材料，动用了五万名禁军，把蒋山寺和宝塔搬迁到紫霞洞南面。就在新寺快完工的时候，一个有名的风水先生又说寺址不利于皇陵，朱元璋只好忍气吞声再将寺、塔迁至今中山陵以东，朱元璋将其改为“灵谷寺”。
只迁了蒋山寺和宝塔还不行，在梅花山还有六朝陵墓群。据文献记载，三国时吴大帝孙权和夫人步氏就葬在这里，宣明太子孙登的墓也在附近。不把他们的坟墓迁走，显然于礼制不合，主持工程的中军都督府佥事术新，奉命辽走了几处坟墓。朱元璋特意留下了孙权之墓，他说：“孙权也是一条好汉，留他给我守门吧。”
显而易见，朱元璋的这些做法都是要争这块风水宝地，绝不是为了只设一处疑冢。明成祖在“神功圣德碑”中说得明白：“天作钟山，永奠玄宫。世万世亿，福禄攸同。”选择这种风水佳壤，就是为了“保我子孙，为王为君”，朱元璋能轻易葬在别的地方吗？明崇祯朝礼部侍郎蒋德璟在《察堪皇陵记》里也说：“中国有三大干龙，中干旺气在中都，结为凤（阳）、泗（州）祖陵；南干旺气在南京，结为中山孝陵；北干旺气在北京，结为天寿山诸陵。这三大干龙本朝独会其全，真是帝王万世灵长之福。”朱元璋及其谋士们看中这块地方，且不惜任何代价一定据为己有，就是为了保佑他的子孙万代永为帝王。朱元璋难道不知晓其中的利害关系，会悄悄埋葬在别的地方吗？再说受其福荫的众多儿孙，还有那些主政大臣，能看着朱元璋干这种傻事吗？当然，风水之事，在今天看来只是笑谈，但在封建社会却被认为是关系自身祸福和子孙命运的大事，只要选定了吉地佳壤，一般是不会轻易变更的。
第二，朱元璋没有必要再搞“疑冢”。
可以想见，作为明代开国皇帝，朱元璋去世后的治丧是隆重的。是不是十三个城门同时出殡，不见权威史料记载，但《明史·礼志》之“山陵”条下，有明太祖驾崩后的有关记载：“（洪武）三十一年，太祖崩。礼部定议，京官闻丧次日，素服、乌纱帽、黑角带，赴内府听遗诏。于本署斋宿，朝晡诣几筵哭，越三日成服，朝晡哭临，至葬乃止。自成服日始，二十七日除。孝陵设神宫监并孝陵卫及祠祭署。”从这段记载看，朱元璋治丧的规格完全符合帝王驾崩后的礼仪，没有什么特别之处。如果真是十三个城门同时出殡，史书当有记载。史书不载，当时的职官札记、笔记或轶闻野史等也会有所述录，可是这方面的材料至今难寻，怀疑只是传说而已。
朱元璋一生南征北战，直接或间接杀人甚多，尤其是他到了晚年，制造了一系列血腥大案，动辄杀人愈万，犯了镇压扩大化的错误，与数不清的人结怨。然而即使有这么多人与其结怨，朱元璋也无必要再搞“疑冢”（假坟）。且不说孝陵构建复杂，结构坚固，棺椁落座于深深的地下，要盗掘此陵谈何容易？就算是盗墓人完全有能力打开朱元璋的地宫，又岂能轻松办到？当时守护孝陵的军士多达五千余人，日夜巡逻在陵墓内外，负责看护孝陵的一草一木，神烈山以东的“孝陵卫”，就是守陵将士的驻地，与陵园共同组成一个特殊禁区，常人不准涉足此地。陵园内植有十万株青松，还有一千多头颈挂银牌的长生鹿在陵园内出没，大睁着特别警惕的眼睛，一有动静即穿林渡水，引发阵阵旋风，带来串串震撼，不用说盗墓，想靠近陵园都很困难。再说，真要13个城门出殡，理应有十三处陵墓，除孝陵之外，朱元璋的“疑冢”在什么地方，谁又能说得清楚？还有，要搞这么多“疑冢”，需要大量人力物力，浪费很多钱财，以朱元璋俭约的性格，也不允许做此无益之举。更何况他的江山是正大光明打出来的，生居皇宫，死眠孝陵，没有必要也不可能去设什么“疑冢”。果真设“疑冢”，朱元璋就有可能孤守一坟，甚至连其后代也不知他埋进哪座“疑冢”，形同无主野坟，无论如何朱元璋也不会去干这种蠢事。
第三，朱元璋不会遗弃孝陵而栖身朝天宫。
传说这位开国皇帝自知江山得来不易，生前眷恋皇位，死后也不愿离开皇城，选择了朝天宫作为永久栖身之地。朝天宫为南京市著名道观，为五代时吴国国君杨溥所建。原名“紫极宫”，后又改为“祥符宫”“天庆观”“玄妙观”“永寿宫”等。因其位置很好，朱元璋命人在洪武十七年（1384）拆掉重建，始改名为“朝天宫”，成为当时举行朝贺演习礼仪的场所。朱元璋十分喜欢朝天宫内的三清殿，临终前嘱人一定要葬在殿下面。