葬事毕。焚弃笔砚，矢往深山。道友鉴空、如宁留掩关于吴江之松陵。关中大病，乃以参禅工夫，求生净土。
丁卯，二十九岁。
崇祯元年，戊辰，三十岁。
是春出关，朝南海，觐洛伽山，将往终南。遇道友雪航□公，愿传律学，留住龙居。是夏，第二次阅律藏一遍，始成毗尼事义集要四本及梵室偶谈。
是年，在龙居阅藏，于一夏中，仅阅千卷。夏初遇惺谷师，乃订交焉。时惺谷师尚未剃染。仲冬，又获交归一师。于是二友最得交修之益，同结冬。
刺舌血书大乘经律。撰刺血书经愿文，及书佛名经回向文。
过槜李东塔，见人上堂，有感。赋偈云：“树杪声声泣露哀，岸舟鱼背漫相猜，宗乘顿逐东流下，触目难禁泪满腮。”“一滴狐涎彻体腥，当阳鸦立法王庭，却惭普眼能弘护，犹使天人掩耳听。”“聋人听曲哑人歌，跛躄相将共伐柯，今日已成冥暗界，不知向后又如何。”
己巳，三十一岁。
正月十五日，为同学比丘雪航智□师讲四分戒本，并刺血书愿文。
是春，同归一筹师，送惺谷至博山，依无异舣禅师薙发。舣禅师见大师所著毗尼事义集要，喜之。即欲付梓，大师不许。
在博山，遇璧如镐师，详论律学，遂与订交。
随无异舣禅师至金陵，盘桓百有十日。尽谙宗门近时流弊，乃决意弘律，大师律解虽精而自谓“烦恼习强，躬行多玷，故誓不为和尚。”“三业未净，谬有知律之名，名过于实”，引为“生平之耻”。
是春，撰持咒先白文。愿持灭定业真言（注）百万，观音灵感、七佛灭罪、药师灌顶、往生净土真言各十万。次当结坛持大悲咒十万。
（录者注）指持地藏菩萨灭定业真言。
母亡三周年，乞善友课持经咒。撰为母三周求拔济启，及为母发愿回向文。
秋，游栖霞，始晤自观印阇梨。赠以偈云：“举世不知真，吾独不爱假。羡君坦夷性，堪入毗尼社。”
是冬，同归一筹师结制龙居。第三次阅律一遍。至除夕，第三次阅律藏毕，录成六册，计十八卷。
撰礼大报恩塔偈，持准提咒愿文，礼大悲铜殿偈，起咒文，除夕白三宝文。
撰尚友录序。
庚午，三十二岁。
春，病滞龙居。正月初一，然臂香，刺舌血，致书惺谷。三月尽，惺谷同如是昉公从金陵回，至龙居，请季贤师为和尚，新伊法主为羯磨阇梨，觉源法主为教授阇梨，受比丘戒。经三阅律，始知受戒如法不如法事。彼学戒法，固必无此理，但见闻诸律堂，亦并无一处如法者。
是春，归一筹师作毗尼事义集要跋。
撰阅律礼忏总别二疏，安居论律告文，为母四周愿文，为父十二周求荐拔启。结夏安居，为惺谷寿、如是昉、雪航□三友细讲毗尼事义集要一遍。添初后二集，共成八册。虽然尽力讲究，不意或寻枝逐叶，不知纲要。或东扯西拽，绝不留心。或颇欲留心，身婴重恙听不及半。其余随缘众，无足责者。大师大失所望。
拟注梵网，作四阄问佛。一曰宗贤首，二曰宗天台，三曰宗慈恩，四曰自立宗。频拈，得天台阄。于是究心台部，而不肯为台家子孙。以近世台家与禅宗贤首慈恩，各执门庭，不能和合故也。时人以耳为目，皆云大师独宏台宗，谬矣谬矣。
［案］大师法语，示如母云：“予二十三岁，即苦志参禅，今辄自称私淑天台者，深痛我禅门之病，非台宗不能救耳。奈何台家子孙，犹固拒我禅宗，岂智者大师本意哉！”复松溪法主书云：“私淑台宗不敢冒认法派。诚恐著述偶有出入，反招山外背宗之诮。”“然置弟门外，不妨称为功臣。收弟室中，不免为逆子。知我罪我，听之而已。”
撰结坛水斋持大悲咒愿文，为父回向文。
辛未，三十三岁。
是春，撰毗尼事义集要序于皋亭古永庆寺。先是真寂闻谷老人，博山无异禅师，劝将毗尼事义集要付梓流通。乃同璧如、归一二友商榷参详，备殚其致。惺谷以此书呈金台法主，随付梓人，至今岁于皋亭佛日寺刊成。
春，同新伊法主礼大悲忏于武林莲居庵。
撰楞严坛起咒及回向二偈。
八月，惺谷师示寂于佛日。师病时，大师割股救之。并赋偈云：“幻缘和合受兹身，欲剜千疮愧未能。爪许薄皮聊奉供，用酬严惮切磋恩。”
九月，入孝丰。取道武林，晤璧如师，不旬日，师示寂。着惺谷、璧如二友合传。
始入北天目灵峰山过冬，即灵岩寺之百福院也。有句云：“灵峰一片石，信可矢千秋。”时山中无藏，为作请藏因缘。
是冬，在灵峰讲毗尼事义集要七卷。次夏，续完。听者十余人，惟彻因比丘能力行之。
是冬，有温陵徐雨海居士，向大师说占察妙典。大师倩人特往云栖请得书本。一展读之、悲欣交集。撰读持回向偈。
壬申，三十四岁。
结夏灵峰。为自观师秉羯磨授具戒。
撰龙居礼大悲忏文，及礼大悲忏愿文。
癸酉，三十五岁。
是春，为灵峰请藏至，未装。
撰西湖寺安居疏。结夏金庭西湖寺，细讲毗尼事义集要一遍。听者九人。能留心者，唯彻因、自观及幻缘三比丘。
撰前安居日供阄文。前安居日，大师自念再三翻读律藏，深知时弊多端，不忍随俗詴讹，共蚀如来正法。而自受具，心虽殷重，佛制未周。爰作八阄，虔问三宝。若智旭比丘戒从心感得，十夏行持，当得作和尚阄。若得戒前，轻犯未净，当得礼忏作和尚阄，先行忏法。若未得不成遮难，或已得未堪作范，当得见相好作和尚阄，礼忏求相。若不成难而未得，当得重受阄，如法秉受，更满十夏。若成盗难而通忏，当得礼忏重受阄。若已成难，当得菩萨沙弥阄。若不许沙弥法，当得菩萨优婆塞阄。若一切戒法悉遮，当得但三归阄。若得作和尚等三阄，誓忘身命，护持正法。宁受剧苦，作真声闻。不为利名，作假大乘。若得重受等二阄，敦弟子职，誓不藐法。若得菩萨沙弥阄，誓尊养比丘，护持僧宝。若得菩萨优婆塞阄，誓以身命护正法，终不迷失菩提心。若得但三归阄，誓服役佛法僧间，种种方便，摧邪显正。并然香十炷，一夏持咒加被。至自恣日，更然顶香六炷，撰自恣日拈阄文，遂拈得菩萨沙弥阄。
撰礼净土忏文二首。
冬，述占察行法。
甲戍，三十六岁。
癸酉、甲戍之际，大师匍匐苦患。彻因比丘独尽心竭力相济于颠沛中，毫无二心。
是冬，在吴门幻住庵，讲毗尼事义集要一遍。听者仅五六人，惟自观、僧聚二比丘能力行之。
撰礼金光明忏文。
乙亥，三十七岁。
春，阻雨祥符。始晤影渠、道山（字灵隐）二师，为莫逆交。是冬，大师遘笃疾，二师尽力调治，不啻昆季母子也。
撰讲金光明忏告文。
夏初，住武水智月庵，讲演占察经。是时即有作疏之愿，病冗交沓，弗克如愿。述戒消灾略释、持戒犍度略释，盂籣盆新疏。
丙子，三十八岁。
是春，大师自辑净信堂初集。
三月，遁迹九华，礼地藏菩萨塔，求决疑网，拈得阅藏著述一阄。于彼抱病，腐滓以为馔，糠粊以为粮，忘形骸，断世故。续阅藏经千余卷。撰九华地藏塔前愿文，亡母十周愿文。
丁丑，三十九岁。
是岁夏、秋之际，居九子别峰，述梵网合注。先是如是昉公，远从闽地，携杖来寻。为其令师肖满全公，请讲此经，以资冥福。复有二三同志，欢喜乐闻。大师由是力疾敷演，不觉心华开发，义泉沸涌，急秉笔而随记之。共成玄义一卷，合注七卷。
［案］梵网合注初刊之板，存金陵古林庵，后康熙丙辰岁，沈书准应成时师之请，重刻板，送嘉兴楞严寺入藏流通。（见沈书准跋）日本元禄五年所刊之板，即据此也。
撰完梵网告文，赞礼地藏菩萨忏愿仪。
自观印阇梨自武水寻大师于九子别峰，商证梵网佛顶要旨。大师见其躬行有余，慧解不足，设坛中十问拶之。
梦感正法衰替，痛苦而醒，写怀二偈云：“魔军邪帜三洲遍，孳子孤忠一线微，梦断金河情未尽，醒来余泪尚沾衣。” “休言三界尽生盲，珠系贫衣性自明。肯放眼前闲活计，便堪劫外独称英。”
戊寅，四十岁。
结夏新安，重拈佛顶妙义，加倍精明。
四十初度诗云：“物论悠悠理本齐，年来渐觉脱筌蹄。拳开非实掌元在，□去惟空眼不迷。流水有心终汇海，落花无语亦成溪，刹那生处生何性，却笑威音劫外提。”
自辑绝余编。
秋，践诵帚师之约，入闽。渡洪塘，往温陵。
十一月撰陈罪求哀疏。
己卯，四十一岁。
住温陵。
诵帚昉师及一切知己坚请疏解大佛顶经。大师感其意，兼理夙愿。在小开元撰述玄义二卷，文句十卷。
刊佛顶玄义，板藏大开元寺之甘露戒坛。
如是师示寂。助其念佛，并为撰诵帚师往生传。
撰为如是师六七礼忏疏，挽如是师诗。
庚辰，四十二岁。
住漳洲。
述金刚破空论，（在温陵刊）蕅益三颂，斋经科注。
辛巳，四十三岁。
结冬温陵月台。有郭氏问易，遂举笔述周易禅解，稿未及半，以应请旋置。
（录者注）今泉州大开元寺藏有大师施赠之梵网经两部。卷末有大师亲笔题识。文曰：“崇祯辛巳。古吴智旭，喜舍陆部。奉大开元寺甘露戒坛，永远持诵。”
壬午，四十四岁。
是夏，自辑闽游集。
自温陵返湖州。
述大乘止观释要。
灵峰山中藏经装成。
撰铁佛寺礼忏文。
癸未，四十五岁。
结夏灵峰。
是岁结制。简阅藏经，仅千余卷。
崇祯十七年清顺治元年甲申，四十六岁。
是秋，居槜李，游鸳湖宝寿堂。撰游鸳湖宝寿堂记。
返灵峰。有句云：“灵峰片石旧盟新。”
九月，述四十二章经、遗教经、八大人觉经解。
是岁，大师退作但三归依人。
撰礼慈悲道场忏法愿文，佛菩萨上座忏愿文。
乙酉，四十七岁。
自去岁退作但三归人以来，勤礼千佛、万佛及占察行法。于今岁元旦获清净轮相。
夏，撰周易禅解竟。
撰大悲行法道场愿文。
是秋，住祖堂及石城北，共阅藏经二千余卷。
是岁，紫竹林颛愚大师遣七人来学。
丙戍，四十八岁。
晤妙圆尊者于石城之隈，同住济生庵。
撰占察行法愿文。
丁亥，四十九岁。
三月，述唯识心要，相宗八要直解。九月，述弥陀要解，四书蕅益解。
去岁，颛愚大师坐脱于紫竹林。门人以陶器奉全身供于林之山阳。今年弟子请归云居，于是金陵缁素以所存爪发衣钵，就山阳建塔供养。大师为撰志铭。
是冬，自辑净居堂续集。
居祖堂幽栖寺。除夕普说。
戊子，五十岁。
成时师始晤大师。大师一日顾成时师曰：“吾昔年念念思复比丘戒法，迩年念念求西方耳。”成时师大骇，谓何不力复佛世芳规耶？久之，始知师在家发大菩提愿以为之本，出家一意宗乘，径山大悟后，彻见近世禅者之病，在绝无正知见，非在多知见。在不尊重波罗提木叉，非在着戒相也。故抹倒禅之一字，力以戒教匡救，尤志求五比丘如法共住，令正法重兴。后决不可得，遂一意西驰。冀乘本愿轮，仗诸佛力，再来与拔。至于随时著述，竭力讲演，皆聊与有缘下圆顿种，非法界众生一时成佛，直下相应，太平无事之初志矣。
是冬，自辑西有寝余。
己丑，五十一岁。
九月，从金陵归卧灵峰。
撰北天目十二景颂。
腊月，力疾草法华会义。翌年正月告成。
庚寅，五十二岁。
结夏北天目，究心毗尼，念末世欲得净戒，舍占察轮相之法，更无别涂。
六月，述占察疏。
自癸酉迄今十余年，毗尼之学无人过问者，而能力行之彻因、自观、僧聚三比丘，又皆物故。毗尼之学，真不啻滞货矣。是夏安居灵峰，乃有心学律者十余人，请大师重讲。大师念向所辑，虽诸长并采，犹未一一折衷。又问辩、音义二书，至今未梓。因会入集要而重治之，兼削一二繁芜，以归简切。名曰重治毗尼事义集要。
六月二十一日，撰重治毗尼事义集要序。
安居竟，重拈自恣芳规，悲欣交集，慨然有作。赋偈云：“秉志慵随俗，期心企昔贤。拟将凡地觉，直补涅槃天。半世孤灯叹，多生缓戒愆，幸逢针芥合，感泣泪如泉。正法衰如许，谁将一线传，不明念处慧，徒诵木叉篇。十子哀先逝，诸英喜复联。四弘久有誓，莫替马鸣肩。”
八月初八日，撰重治毗尼事义集要跋。
与见月律主书。谈论律学，冀获良晤。
冬，住祖堂。
辛卯，五十三岁。
夏，结制长干。
九月，重登西湖寺。
是冬，归卧灵峰。重订选佛图。
壬辰，五十四岁。
结夏晟溪。
草楞伽义疏。八月，迁长水南郊冷香堂，乃阁笔。
秋，辑续西有寝余。