见识了如此奇妙多姿的音乐世界，巴赫再也无法安于现状继续待在修道院了，对更广阔的音乐世界的向往促使他要从这个地方走出去。他离开伦伯格，前往塞勒弄，希望一展身手，但未能如愿。之后他又到了巴赫家族每年相聚的安斯塔特，正好当地教堂刚弄到一台管风琴，他们正想听听这琴演奏起来怎么样，在知道巴赫曾跟勒伊肯学习之后，热情地邀请他表演一段。巴赫毫不犹豫就答应了，他的演奏震撼了安斯塔特的所有人，他们一齐恳求巴赫留下来，觉得这架新琴就是为巴赫量身打造的。巴赫听了当然十分高兴，但是他知道可怜的前任琴师会因此丢掉饭碗，巴赫的处事原则使他拒绝了这个盛情的邀请。人们既不能勉强巴赫，但又不想他就这样离去，所以私自筹集了一笔钱把前任琴师供养起来，以便将巴赫留下来演奏管风琴。
在这样的安排下，巴赫决定留下。但是事情远非这样简单，人们对巴赫提出许多要求，他不仅要演奏各种优美的形式多样的管风琴乐曲，还要承担学校的教学训练任务，更过分的是，连清理教堂、照看锅炉的活都落在了巴赫身上。巴赫终于发现，四处奔波并没有改变他做管风琴教师的命运。巴赫并不埋怨安斯塔特人对他做的这些，他只是在思考继续待在这里还有什么意义。管风琴师德特利赫·波克斯特霍德准备举行音乐晚会的消息，传到了巴赫这里，这位老人使律历克成为北欧的音乐发源地，却已经没有多少日子可活了。巴赫出于对音乐的热爱，立即动身，又一次徒步行走两百多英里，准备用一个月的假期向这位音乐名家好好请教。
不幸的是，返回安斯塔特的巴赫发现自己马上就要失去这份管风琴师的工作。而他唯一的希望是与前任乐师的女儿结婚以求留下。这整整比他大十岁的女子向他求婚时，巴赫却毅然拒绝了，他没有选择委曲求全。巴赫放弃工作，坚定地与命运抗争的原因，在于他心爱的人——他的堂妹，年轻的玛丽亚·芭芭拉。玛丽亚的父亲是哥勒亨的一位管风琴师，名叫约翰·迈克·巴赫，离伊尔尼诺不远。老人去世后，在安斯塔特的亲戚们接济了剩余的家人。年轻的巴赫和玛丽亚在此坠入爱河，相知相恋，并订了婚，这段时光是多么的幸福、美好。
上帝似乎还要考验这对恋人。默默无名、孤芳自赏的巴赫犯下了大错，他离开了四个月，却仅获准了三十天的假期，更要命的是，他对雇主们居然连一声招呼都没打。无怪乎安斯塔特的长老们要暴怒。他们深感自尊受到了伤害，强烈的报复心使他们试图阻挠巴赫的婚姻，并且要严厉地处罚他，让他明白离开音乐便衣食无着的音乐家应该以怎样的态度对待自己的衣食父母。1706年1月，声讨塞巴斯蒂安·巴赫“罪行”的宗教会议召开了。巴赫面临的是冗长甚至是莫须有的指控，包括：超期离职、不积极训练唱诗班、陶醉于他那糟糕的合唱前奏，胡乱地向管风琴赞美诗中添加不得体的变奏等。
时至今日，你仍然可以找到当年宗教法庭对巴赫的指控和他的回答。如果你看到了具体内容，一定会十分气愤，这些无知、狂妄的地方长老的狠毒，让人不禁心寒。如果你对艺术家与公众间斗争史感兴趣倒可以看一看。前面的指责也就罢了，他们竟使出更毒辣的一招，他们怒气冲冲地质问巴赫，为什么唱诗班混进了一位陌生的少女？这些恶毒的地方恶霸显然是知道这个女人是谁的，他们试图以此事令巴赫罪加一等。因为根据《圣经》，唱诗班只能由男子参加，因而一直为男性独霸。但这个混进唱诗班的女子恰恰是玛丽亚——巴赫的未婚妻子。
责难层出不穷，巴赫只能选择逃走。1706年12月，穆尔高森市圣布拉西乌斯教堂的管风琴师约翰·乔治·埃尔遭遇意外，巴赫觉得不妨去碰碰运气。果然皇天不负有心人，这个地方更懂得何为尊重，而且巴赫在此地颇有名气，人们认为他是管风琴和拨弦古钢琴高手，以及一名别具风格的作曲家。于是，巴赫决定在穆尔高森露一手，举行一场免费音乐会并取得了成功。接下来巴赫终于在这里立足，成为圣布拉西乌斯的管风琴师。这里的待遇显然十分优厚，除了每年得到八十五金币之外，还有木材、十二蒲式耳的粮食和三磅鱼，甚至还报销了他从安斯塔特到穆尔高森的旅费。
巴赫已经习惯贫苦的日子了，如何庆祝获得新工作这个莫大的惊喜呢？年轻的巴赫兴致昂扬，决定就势结婚。1707年10月17日，约翰·塞巴斯蒂安·巴赫和玛丽亚·芭芭拉·巴赫在安斯塔特附近的老多恩海姆教堂结为夫妻，开始了一段崭新的生活。我们终于可以称约翰·塞巴斯蒂安·巴赫为“乐师”了，他已经不再是一个学徒，而可以独立开始自己的音乐事业了。根据老行规，乐师必须有自己的家庭，现在巴赫不但结了婚，而且很幸福，他已经为迎接新的人生做好了准备。
这一切难道还不能令这对新婚夫妇满足吗？家庭幸福和睦、收入优厚、名声日增，夫复何求？然而世事难料，穆尔高森随后的一场神学纷争，波及了人生得意的巴赫。首先我必须指出：不管你生活在什么社会，信仰的教义总是周期性地面临种种争论。在很长一段时间里，加尔文教派和路德教派的新教徒泾渭分明，虽然陈词滥调的争论毫无意义，但总要周期上演，虽然最后的结果总是不了了之，但许多人却因此心力交瘁。
当时“正统路德派”和“虔信派”最是争得不可开交。所谓正统派是路德教派的死忠，他们认为1563年接受海德堡宗教问答小册子之后，终结了一切的信仰问题，这一点也许没什么争议。但虔信派不这么认为，这些草根阶层的观点是，宗教应该不断地补充发展，最初苟延残喘的庸碌之辈成为了基督信徒，而他们自认为是这批人的后代。他们似乎认为一切都有罪：奢华的生活、眼花缭乱的戏剧舞蹈，以及其他任何形式的娱乐。因为这些庸俗不堪的俗物根本与庄严的灵魂永生和圣洁的事业格格不入。热爱音乐只是从异教徒那里延续下来，而普通的民众甚至厌恶音乐。但是虔信派的敌对阵营——正统派却强力支持音乐。他们不但支持演唱赞美诗（显然不仅限于大卫王的《诗篇》）而且还支持管风琴表演，而讽刺的是，这些系出名门的绅士总与他们奢华、高傲的夫人们彼此为邀请到世界上的最有名的管风琴家而竞争。但是令人惊奇的是，一位乐师不会以花样百出、炮制各种奇怪声音和混乱的装饰音来邀宠，因为这种做法不能使人接近上帝、与上帝沟通，而诱惑人们热衷世俗享乐，这是基督徒不应为之的罪行。
巴赫在这种争斗中持什么态度呢？他是个音乐家而不是个神学家，他认为口舌争辩纯粹浪费时间，丝毫没有这方面的兴趣。这次他的选择是再度离开，另寻职位。当然我们要注意，此时巴赫已经很有名气了，魏玛十分赏识他，尽管他总被看成是外国来的不速之客。不久之后巴赫就来到了其祖父曾经落脚的魏玛，并被委以重任。除了担任宫廷管风琴师，还兼任宫廷独奏乐师与乐队首席的位置。得到了这样的保证，巴赫在1708年6月25日致信穆尔高森，向那些“最高贵的庇护者”请辞。这些所谓“高贵、高尚、博闻、令人敬佩的绅士”们十分可笑地要求这个“最卑微的仆人”只有在完成布拉斯乌教堂管风琴的修理工作之后才能离开。巴赫欣然应允，双方“十分友好”地各走各路了。
巴赫习惯在每一首自己创作的乐谱前面加上“J·J”，意思是“上帝帮助我”，这可谓是巴赫的虔诚祷告与人生观的结晶。在上帝面前，他也显得如此卑微，而无所不能的上帝希望与人类用音乐交流时，其无法言语的爱和仁慈就会展现在世人面前。通过巴赫优雅、庄严的演奏，音乐不再是枯燥的语言，而是上帝流入每一个孩子心里的深沉的爱，每一个人似乎都听见了上帝发自灵魂深处的声音。毋庸置疑，约翰·塞巴斯蒂安·巴赫通过自己的演奏，使这种无声的言语变成了拨动每个人心弦的动人音乐。
三、探索时期
很多时候，人们会在无意识中只从一个角度去观察人，这就难免会产生对这个人比较片面的印象。同样的，约翰·塞巴斯蒂安·巴赫也不例外。巴赫那头蓬松的假发下，总是一张板着的脸，神情也非常严肃，这使他显得比实际年龄大一些。所以，在大部分人看来，巴赫好像从没有展现过自己洋溢着青春的模样。要知道，那些复杂的四部和声整天在他的脑袋里打转，他从来没时间去考虑一些细枝末节的事情。不过，正是他的不拘小节让他受到了人们的尊敬和钦佩。这一情况倒是和其他地方的音乐老师很相似。
其实，简单纯粹的性格一直伴随着巴赫直到他的生命尽头。巴赫刚结婚时，家庭境况也算得上小康水平。随后，不断出生的孩子，让他们的富裕生活一去不返。七个嗷嗷待哺的孩子，使巴赫的生活陷入了经济紧张的窘迫之中。当时，他的收入勉强达到现在贫困标准的六成。按理说，这样沉重的经济负担能让人窒息，使人完全垮掉。但是，巴赫不是这样。也许是他简单直接的性格，也许是他与生俱来的一种自尊，让他似乎没有感到因生活贫困所带来的压力。
和他那些平庸无能、徒有其表的同行不同。即便他无法出席在维也纳和在凡尔赛宫举行的音乐会，或是不曾在奥地利和法国皇室面前表演，巴赫也会泰然处之，不会有丝毫的遗憾。我们知道，“技艺高手”的荣誉并没有让他停止对音乐的追求。相反，巴赫执著地追求着更高的目标。
整整九年时间，巴赫都在魏玛的职位上工作。在此期间，巴赫不仅提高了管风琴演奏水平，而且开始了对许多音乐领域的探索和研究，这让他觉得受益良多。他的收入不多，但维持基本的生活还是没有问题的，最主要的是能将钱及时领到手，这比当时的其他音乐家已经好过不知多少倍了。他的工资是逐渐增长的，这样有两个好处：一是能够维持基本的温饱问题；二是他可以保证新降生的孩子都能够得到上学的机会和基督教的关爱。其实，他根本不会把时间浪费在斤斤计较薪水的问题上，所以薪水只要能够维持他的温饱就可以了，至于是多是少一点都不重要。但这也给他的七个小巴赫带来了一个问题，那就是他们没有足够的衣服穿。或许这对他们有好处，可以让他们懂得挣钱是多么的不容易，从而使他们掌握正确的金钱观念。
巴赫时常要去其他城市演奏，以演奏拨弦古钢琴或管风琴为主，按照当时德国的经济状况，他只能徒步或搭便车前往。巴赫生活在17世纪战后的德国，一个遭受三十年战争一直没有完全恢复的国度，一个尚未摆脱贫穷的国度。那场可怕的宗教战争使得三分之二的德国人命丧黄泉，大片领土被瑞典、巴伐利亚、法国等国家占领。尽管大片的废墟仍然存在，但有些地方已经有了很大的转变。与帕罗蒂纳德的惨状相比，图林根简直要谢天谢地了。帕罗蒂纳德在短短的二十年间遭到了三十二次侵略，大屠杀的幸存者还没有完全恢复过来，马上又得面对战争和瘟疫所带来的危害了。我们在巴赫家族的家谱上可以看到，某个人正是死于某种瘟疫或疾病。
还有一个原因，就是美洲的发现使得德国南部的繁荣景象受到了影响。在中世纪后期，德国南部因为处于海陆交通要道而成为德国大陆最富庶的地区之一。罗马帝国的衰落，成全了一大批人的发财梦。他们一下子变成了百万富翁，聚集了大量的财富，还创办了富格尔银行和阿奇斯托银矿。人们发现了新的贸易通道，从而使地中海失去了以往交通枢纽的地位。此后，通过好望角就能到达印度，到美洲的捷径也被发现了。我们从历史书上可以知道，妄自尊大的西班牙拒绝接受政治经济最基本的原则，使得它日渐衰微下去，很多国家通过把印度和美洲的货物运到欧洲贩卖而逐渐富裕起来。比萨、热那亚、威尼斯、佛罗伦萨已经日薄西山，只有一些象征性的毫无生气的博物馆还在死撑门面。这些地方或许是流浪汉的天堂。阿尔卑斯山陡峭的小路，已经失去运有大量丝绸和香料的骡马商队的身影。奥格斯堡、茵斯布鲁克和纽伦堡也只能坐吃山空了。这些事实都证明了传统商业形式已经成为昨日远去的背影。德国因此受到了很大的打击。随后三十年，战争爆发了，往日繁荣的景象变成了美丽的梦境，德国就这样衰落了。