圣托马斯堂是莱比锡最大的教堂，建造的时间是美洲被发现后的第四年，而建于1229年到1240年之间的保林教堂是最古老的教堂，莱比锡教堂则在宗教改革初期发挥了巨大的作用。在城西南角有一座古老的普林顿堡，1519年7月这里出现了一场激烈的争论，争论双方是路德和教皇代表约翰·埃克森，这场争论没有达成共识，从而导致了教皇和反叛的奥古斯汀教团之间的分歧进一步加剧。接着，萨克森王为了坐上波兰国王的宝座，重新皈依了天主教，而莱比锡依然是路德教的大本营，仅仅圣托马斯教堂学校就提供了五十五个奖学金名额，以帮助那些学习圣乐的青年人。莱比锡为德国音乐作出了重要的贡献，至少在正规的音乐学院成立之前，这里仍然是整个基督教德国的音乐人才培养之所，在这里可以学到作曲和管风琴演奏的一些基本知识，因此，这里成了所有青年才俊的集中营。
这时，巴赫的人生已经走过了三十八年的历程，他的身体仍然很健壮，只是有些视力障碍。他已经坐上了宗教音乐领域里的头把交椅，并为圣托马斯教堂乐师这一光荣的头衔而自豪不已。也许不止是自豪，还有一些骄傲，那是因为他觉得祖传的乐艺之声终于可以发扬光大了。但有一点他一直很清楚，那就是维持家庭生活离不开世俗的金钱和物质，他也无法靠这些乐艺而出名，更无法获取永久的神性。因此，他的心理发生了巨大的变化，他变得越来越接近宗教无所不在的无所不包的神性以及不朽了。
我们今天的人们觉得除了上帝，再没有更合适的词来形容巴赫的伟大了。然而，在巴赫和音乐史上那些凭借的空前绝后的神性而名垂千古的音乐家看来，当一个人的声音可以代替上帝的声音，那他已经摆脱了神和不朽的束缚，达到了与之相反的境界。巴赫能够清醒地认识到，只有无形的上帝才会享受不朽的特权，世俗的人们祈求不朽的方式只有一种，那就是皈依基督。即使是对神性与不朽有一丝怀疑，都是对圣洁神灵的大不敬；同样，那些希望死后被世人奉若神明的想法都是愚昧透顶的，更是对上帝尊严的一种亵渎。
这时，神性与不朽占据了巴赫的整个心灵，正是这种潜移默化的宗教情结把巴赫从世俗欲望拉回到宗教音乐的正确道路上，他也有了为之奋斗不息的目标。
巴赫的身体很健壮，总是不知疲倦地做着日常的创作、管理、教学、指挥演出等各项工作，他有时会化身为一个仆人，维修教堂的管风琴；有时会化身为一个利欲熏心的俗人，去参加各种婚礼或葬礼。他这样做的目的其实很简单，就是希望多赚一些钱，使自己的家人生活得更好一些，也使自己更心安理得一些。但他那样大名鼎鼎的人，沦落到如此境地，这究竟是怎么回事呢？原来这是一所免费的学校，收入比在科登时少多了，为了履行他一家之主的责任和义务，他必须要赚一些外快。他在写给朋友的一封信中曾抱怨说：“今年夏天葬礼不多，我的收入也大不如前。”我们应该能够从中读到些许无奈的滋味吧！
我们一定不会忘记德国当时的历史，遭遇三十年战争的危害后，这个国家变得颓败不堪，乞丐和流浪者遍布街头。于是莱比锡教堂被从各地送来的已经饿得濒临死亡的小男孩挤得满满的，这些孩子生活困苦不堪，在最艰苦的日子里，每天只靠一顿菜汤度日，如此微薄的食物怎么能满足青春期孩子的需要呢？他们只有一条裤子，那还是好心的贵妇人捐赠给他们的。即便如此，他们为了遥不可及的前途，还必须得绞尽脑汁地为教堂的乐师挤出几个小费，很多孩子因此被饿死或被疾病折磨致死。这一幕幕惨剧对崇奉上帝的巴赫来说简直就是猛烈的打击。
我们不能够记清这种种苦难，但通过这些我们能够窥测到，在那个时代，享受免费的音乐教育是多么的不容易。在那些行将就木的人们眼里，被送到教堂的孩子简直就是上帝的宠儿，能够过上幸福的生活，还能够获得莱比锡优秀的教堂乐师的指导。现在很多人，经常胡乱地把巴赫领导的唱诗班与维也纳男童合唱团的巡回演唱联系到一块去。其实，我们今天看到的这种团体里的孩子才是真正值得羡慕的，他们在饮食起居各方面都得到了精心的照料，有一位善良而博学的老师陪在他们身边，还有一位资深医生定期为他们做体检。与那些孩子相比，巴赫时代圣托马斯教堂里的孩子们的处境简直惨不忍睹，他们连温饱问题都无法得到解决，能保住小命就得谢天谢地了，上面讲到的那些悉心照料对他们来说简直是天方夜谭。
由于这些孩子们一直处于悲惨的境地之中，所以他们一旦有机会改变命运，一定会拼尽全力。因此，当意大利歌剧被整个西欧和北欧的音乐领域主宰的时候，他们的命运有了很大的改观。之前欧洲的一流乐手都没有充分发挥他们才能的地方，只得在屈身于教堂乐队或爱好音乐的王公家里，领到很少的薪水；如今歌剧走红，很多歌剧院如雨后春笋般地出现，给他们提供了很多更好的职位，这不得不说是一种伟大的进步。尽管有一些思想保守的同行给他们冠以“弄爵士乐的”之类的带有讥讽性质的恶名，但他们根本不会受到任何影响，因为他们有钱了，他们可以恣意玩乐，这对那些不可一世的同行们来说无疑是一种有力的回击。无论何时，那些俗人总是对“为艺术而艺术”这一口号更感兴趣。然而凭什么去责怪这些职业的笛手或提琴手呢？当然，在社会地位方面，音乐家像股票经纪人一样享有特权，因为练琴是他们的工作，而那架琴也许被某位演奏高手刚刚用了六个月。虽然这样的工作看着挺体面的，衣服和手指都不会被弄脏，但其实他们每天都在进行高强度的劳作，简直与汽车厂装配线上的工人没什么区别。
13世纪初期，在音乐道路上的探索者迎来了属于他们的荣耀，这应该归功于神圣的阿波神的几个宠儿在各地进行的巡回演出。自弗朗兹·李斯特以及尼科罗·帕格尼尼之后，随便一个钢琴师，即使他是一个无名小卒，只要有在波罗的海滨浴场开音乐会的经历，就会表现出一副大师的风范，一如弗朗兹·李斯特，并且还幻想着满怀崇敬的乡村美女将他看成狂妄的李斯特本人。而毕业于法国或意大利名不见经传的音乐学院的任何一个年轻人，总是故作高深，即便是在去小饭馆的时候，也一定会披上帕格尼尼式斗篷作为装饰，还会迈着特别的四方步。也许现代的经纪人和音乐会主办人早就对他们附庸风雅的荒唐举动习以为常了，因为在这样一个崇尚魅力的世界，这种怪异的行为无外乎一个目的——吸引别人的眼球。但有一点必须指出，像帕格尼尼那样，为防止被骗去哪怕是一枚硬币，也要不顾身份地去亲自监督音乐会门票销售情况的音乐家是绝无仅有的。不要担心这样会对他的光辉形象造成什么损失，他完全能够掌握好荣誉和利益二者之间的平衡，并且不会放过每一个有可能给他带来最大利益的细节。或许他能够取得这样的成就，成为世代景仰的一代大师全靠他那超凡的谋略，以及对市场的全方位把握。
然而，巴赫面对的那些穷孩子们可不像李斯特和帕格尼尼，他们都是穷人家的孩子，前途也很渺茫。这些机灵的孩子们在歌剧院的巨大诱惑面前（在教堂唱诗班不辞辛劳工作几个星期，远远比不上在歌剧院几小时挣的钱多），都作出了他们自己认为的最佳选择。于是，每一个孩子都梦想着赶紧离开教堂，在外面宽广的世界中成长为闻名遐迩的歌剧明星。老师们应该怎样处理这种脱离常规的行为呢？通知警察把他们关进监狱？当然，那样做就会使丑闻的影响范围进一步扩大，可没有人希望看到那种情况，另外，这些孩子们的歌剧理想一定会得到这个城市大多数市民的支持的。这个时候到处流行歌剧咏叹调，哪怕是在咖啡馆，只要喜欢的歌手出场，只要他希望大家给他伴唱，那里就一定会歌声满天。不过，令人遗憾的是，莱比锡城最有地位的有钱人才是这种即兴演唱参与者的主体。而在学校里，只有那些技艺低下的孩子留了下来。孩子们的离开，使得学校里的那些老师十分为难，因为在重大的宗教节日里，那些复杂的清唱套曲让他们难以应付。
面对各种各样的困难，令人敬佩的巴赫始终恪尽职守，并且一直坚守着他对音乐的真正理解。他的执著与坚定得到了回报，尽管学校陷入了窘境，但当地市民依然满怀敬意地对待圣托马斯学校的校长。他从市民的支持中得到了很大的信心，这种信心使得他能够克服工作中的各种困难，一直致力于自己的事业。
不过，有多种现实因素充斥着音乐这一艺术圣殿，这种例子不胜枚举，明显的例子之一就是宗教权威人士和雇员签订的合同。就以巴赫的合同为例，戒酒问题就是合同中的一大条款。在当时，酗酒现象普遍存在于教师和教士的行列之中，于是宗教会议作出决定，坚决让教堂乐师巴赫作出书面承诺，远离酒精以保持作为一名教堂乐师所应具备的体面和节制。同时还要求他必须恪尽职守，其中包括教学生器乐、声乐和拉丁文，不用粗暴的方式对待学生；对宗教委员会保持一贯的尊重态度；创作的音乐不能过于戏剧化，间奏也不能过大；不能在唱诗班里使用不称职的歌手。除此之外，还有更加苛刻的要求，那就是在没有得到市长命令的情况下不得离职，想要接受别的大学的聘请也得经过委员会的允许才行。当然，协议正式签订以后，还有别的事情等待着巴赫——他要通过一个当地牧师团的考核。那些权威人士只有在认可了每一个细节之后，才会以庄重的口吻宣布巴赫正式上任的消息。
再来谈一下巴赫伟大的创作。莱比锡时期对巴赫的创作生涯有着重要的意义，那是他创作生涯的一个重要阶段，一批最优秀的作品就是在此期间诞生的。此时的巴赫，在生活和事业两方面都十分顺心，他有一个和睦的家庭，生活没有什么可忧虑的，无与伦比的创作能力和高超的管风琴技艺，为他赢得了很好的名声。当然，也会有一些事情让他感到烦恼。顶头上司鼠目寸光、心胸狭隘，就凭他的鼎鼎大名，离开这个职位到别处高就，根本就不是问题。但家庭责任感使得他不愿意再让家人们四处奔波。而作为一个孜孜不倦地追求音乐至高境界的艺术家，只有潜心创作才是治疗他苦闷的良药。
受难曲是他最受世人关注的作品。它是为耶稣受难所谱的曲，与清唱套曲一样，由中世纪的神秘剧而来。神秘剧因为具有让信徒看到或听到故事的功能，所以就成了文盲时代必不可少的东西。此外，这本书只有拉丁文本，就是把它翻译成当地语言，仍然会有很大一部分人搞不明白。到了文艺复兴时期，欧洲迎回了早期的音乐，意大利这个对戏剧形式极为敏感的民族，很自然地就把古老悠久的故事引入了清唱剧，不过，这种最伟大悲剧的宗教成分被那些更为严肃的北欧人进一步挖掘出来，许多具有特殊音乐个性的音乐因此横空出世。
敏感的巴赫自然没有将这种古老而单纯的受难曲轻易放过，这一时期正是他音乐激情澎湃的时期，人们对他的音乐创作赞叹不已。亨德尔是与巴赫同一时代的作曲家，他在创作受难曲时将完整的《圣经》词句运用其中。巴赫的创新精神更是值得称赞，他不仅将《圣经》经文呈现在我们面前，而且还把戏剧合唱也加了进去，许多抒情咏叹调穿插其间。完备的乐队伴奏也出现了，如此一来，受难曲发生了巨大的改变，一下子变成为了精美绝伦、神圣高贵的戏剧表演。巴赫一共创作了三部受难曲，只有1723年创作的《约翰受难曲》和1729年的《马太受难曲》得以完整保存到现在。此外，他还创作过三部清唱剧，分别是1736年的《复活节清唱剧》、《耶稣升天日清唱剧》和1737年的《圣诞清唱剧》。另外，还有很多弥撒曲也是他的伟大成果。
在那个时候，巴赫有着创作受难曲的最合适的心态，因为他对受难并不陌生，他能够感觉到受难，而且他还发现，万能的耶稣也在继续受难。于是，他创作了《约翰受难曲》（1723年）、《马克受难曲》、《马太受难曲》（1729年）等几部作品。