对于教授们，赖琏的主要措施是安抚，他很清楚文科院校的知识分子，自尊心尤其强烈，稍有不慎即会被触怒，因此，他总的表现是说话行事皆小心翼翼，教授们的太太之间发生矛盾，闹得厉害的时候，他也亲自前去调解，他这时不像是一个校长，更像是一个“居委会大妈”，为调解邻居街坊间的口角摩擦苦口婆心。但对于有进步思想的教授，他也多次发出警告，说批判□□的经济学可以，但不允许利用讲台介绍马列主义和宣传共产主义。经济学教授季陶达、文学院教授杨慧修等就曾先后收到祝绍周的警告信。文学院院长马师儒，曾到延安参观，拜访过毛泽东，他的延安之行在报纸上披露之后，□□即密令赖琏，指责马师儒为共产党做宣传，赖琏于是免去了马师儒文学院院长的职务。
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很多人也许会有这么一个印象，即赖琏在西北工学院和西北大学任校长时，好像只是做行政工作，维持秩序，而对两所学校的学术研究没有贡献。其实不然，实际上，在赖琏当校长期间，西北大学和西北工学院云集了当时一大批名教授，在历史、地理、地质、医学、经济学、工程技术等方面都卓有成就。1943年，赖琏支持创办了《西北学术》这本学术刊物，他在发刊题词中称：“恢复历史的光荣，创建新兴的文化，实为西北大学应负之使命，本刊即应此神圣使命而产生。专以研究学术，融合东西方文化，发扬民族精神为主旨。”自创刊到次年2月，《西北学术》共发行四期，由西北大学出版组出版，全国书店有售，发表论文41篇，陆懋德、罗章龙、黄文弼等教授的一些重要论文皆发表于此。
1943年到1944年，西北大学和西北工学院联合到新疆进行学术考察的活动，更是在赖琏的努力之下才得以成行的。那是在1943年，身为国民党中央委员的赖琏到重庆参加国民党中央全会，那时抗战形势不错，蒋介石的情绪也很好，在一次会议上鼓励大家畅所欲言。会场一片沉默，这时赖琏站了出来，谈了他在西北和来重庆一路之上所看到的民生疾苦，并继而谈到了现在政治不清明，需要改革弊政。蒋介石听后非常不高兴。散会后，很多人以为赖琏说话肆无忌惮，必将受到制裁。第二天，蒋介石果然单独召见了赖琏，出乎意料的是，他压根儿没有提昨天的事情，而是说赖琏在西北办学，成绩不错，将来他到西北视察，一定会到赖琏主持的大学去看看，又问赖琏有无困难，如有困难，他一定帮忙，具体事情请赖琏找陈布雷。随后陈布雷找到赖琏，赖琏趁机提出了他想组织考察团去新疆进行学术考察的计划，陈布雷完全赞同，并许诺提供经费支持。当晚，赖琏就将考察计划书交给了陈布雷，几天后得到了蒋介石的批准。回到城固后，赖琏用三个月的时间，组成了两个考察团，一个是新疆科学考察团，由西北工学院教授潘承孝和余谦带领，一个是新疆历史地理考察团，由西北大学名教授黄文弼和殷伯熙带领，于1943年夏天赶赴新疆，做了三个多月的考察和研究，回来后提交了很有学术价值的报告书。黄文弼教授尤其值得一说，1927年到1930年期间，黄文弼曾两次以学者身份参加瑞典著名地理学家斯文•赫定发起的中国、瑞典合组西北科学考察团，这次是他第三次去新疆进行考察，重点为教育文化及古迹文物。黄文弼的三次新疆考察，对新疆地区历史尤其是高昌史和中亚文明史，以及古代中亚文化交流的研究做出了重要贡献。