被上诉人安万特公司辩称，第一，一审法院对三个诉均有管辖权。民事诉讼法第三十八条规定，当事人如对管辖权有异议应在提交答辩状期间提出；民事诉讼法第二百四十五条规定，涉外民事诉讼的被告对法院管辖不提出异议并应诉答辩的，视为承认该法院有管辖权。上诉人恒瑞公司在一审中没有对一审法院的管辖权提出异议并且进行了应诉和答辩，表明其已经承认一审法院的管辖权。第二，进口多西紫杉醇注射液药品(泰索帝)的《进口药品注册证》是安万特公司的，安万特公司是泰索帝在中国市场上的实际经营者，其药品在中国销售并与恒瑞公司的产品存在同业竞争关系，可成为不正当竞争之诉的适格主体。第三，一审法院对于93专利和95专利的举证责任分配完全正确，恒瑞公司没有尽到举证责任。此外，安万特公司认为《技术鉴定报告书》没有排除恒瑞公司样品中含有专利侧链酸的可能性，并向二审法院申请对恒瑞公司样品进行补充鉴定。
在一审法院查明的事实的基础上，二审法院又查明以下事实。
专利侧链酸是指93专利之权利要求1所限定的化合物，是93专利之权利要求2中制备塔三烷衍生物的起始物；二甲基侧链酸是《技术鉴定报告书》中认定的恒瑞公司制造多西他赛的起始物。93专利之权利要求2中所称塔三烷衍生物是多西他赛的上位概念，多西他赛是一种具体的塔三烷衍生物。95专利“新型丙酸紫杉烯酯三水合物的制备方法”是制备多西他赛三水合物的方法，该方法需要先制备多西他赛，然后再由其制备多西他赛三水合物。
一审证据保全时恒瑞公司提供的《多西他赛主链岗位原始记录》，仅其中的10-DNA 结构式和侧链酸结构式是补记，并且是根据证据保全法官的要求，对原始记录中的代号进行的说明。证据保全时，恒瑞公司曾主动要求提供样品，但安万特公司以未申请保全样品为由予以拒绝；关于恒瑞公司在证据保全时称无书面生产操作规程，其实恒瑞公司当时还陈述“刚才说操作规程是口头的，是说我们按照向SDA [指当时的国家医药监督管理局——本书注] 申报资料中操作的，不属于规范”。在一审庭审过程中，当发现技术鉴定机构现场勘验样品取样不足，不能对样品是否含水即是否为三水合物进行检测时，安万特公司拒绝当天下午到恒瑞公司处提取样品。
一审庭审过程中，安万特公司就《技术鉴定报告书》中的有关质谱信号提出疑问，并由此认为《技术鉴定报告书》没有排除恒瑞公司样品中含有专利侧链酸的可能性。
技术鉴定机构的鉴定专家对相关技术问题进行了解释，并认为安万特公司的观点不能成立。针对安万特公司提交的由其单方委托清华大学分析中心出具的《NMR 检测报告》与《质谱组检测报告》，鉴定专家认为，该两份检测报告不能证明安万特公司想要证明的问题。安万特公司的代理人及其技术人员参与了技术鉴定机构在恒瑞公司的现场勘验过程，包括检测样品的提取过程。
二审法院首先对一审审判程序是否违法进行了认定，认为对两专利侵权之诉，法院在审理前不能确定是否构成侵权，且两诉当事人相同，诉讼标的属同一种类，一审法院都有管辖权，因此可合并审理；关于不正当竞争之诉，虽然其与专利侵权之诉不同，且一审法院无管辖权，但由于恒瑞公司在法定期限内没有提出异议，因此应视为一审法院对此诉有管辖权，并且如果裁定撤销一审法院关于不正当竞争之诉的判决，将其移送至有管辖权的法院审理，会造成当事人讼累，耗费司法资源，造成不必要的诉讼延迟。由此，二审法院对三个诉继续合并审理。
关于恒瑞公司是否侵犯安万特公司的93专利，即恒瑞公司的产品是否为该专利之权利要求2所要求的三水合物，二审法院认为：
第一，《技术鉴定报告书》的鉴定结论应予采信。一审法院委托知识产权事务中心对涉案技术问题进行技术鉴定，程序合法，安万特公司的代理人与技术人员也参与了鉴定机构在恒瑞公司的现场勘验过程，包括送检样品的提取，安万特公司没有足够的证据与理由推翻鉴定机构出具的鉴定结论，因此应予采信。
第二，安万特公司委托清华大学分析中心出具的检测报告不能推翻《技术鉴定报告书》的鉴定结论。安万特公司提交检测的样品是由其单方提供，并非恒瑞公司制造的样品。因此，即使安万特公司认为根据清华大学分析中心出具的《NMR 检测报告》和《质谱组检测报告》，能够推出该样品中含有专利侧链酸，但也并不能得出恒瑞公司制造多西他赛的起始物质中含有专利侧链酸。在一审中鉴定专家明确陈述该检测不足以证明安万特公司要证明的问题。并且，《技术鉴定报告书》已明确认定恒瑞公司制造多西他赛的起始物质是二甲基侧链酸，而非专利侧链酸。
第三，证据保全时恒瑞公司没有提供全部的产品制造方法、书面生产操作规程，不能成为认定其构成专利侵权的理由。就新产品制造方法发明专利侵权纠纷而言，法院在要求被控侵权人承担证明其制造方法不同于专利方法的举证责任时，应顾及被控侵权人合法商业秘密的保护。法院并非要求被控侵权人提供其产品的全部制造方法，而应将提供的证明其产品制造方法的证据限定在必要的范围内，以足以证明其产品制造方法与专利权人的专利方法不同为必要。只要被控侵权人能够证明其产品制造方法的技术方案中有一项技术特征与专利方法技术方案中的相应技术特征既不相同，也不等同，专利权人的侵权指控就不能成立。
在本案中，在一审证据保全时，恒瑞公司提供了《多西他赛主链岗位原始记录》，技术鉴定机构根据鉴定材料，已认定恒瑞公司制造多西他赛方法中起始物的技术特征，与93专利之独立权利要求2方法中起始物的技术特征既不相同，也不等同，故现有证据已证明恒瑞公司制造多西他赛的方法不同于93专利之独立权利要求2的方法。恒瑞公司在证据保全时未提供其制造艾素的完整方法，以及它在证据保全时即使有书面的生产操作规程也未向法院提供，均不能成为认定其未尽举证义务，进而成为认定其构成侵权的理由。
关于本案中方法专利的举证责任分配问题，由于恒瑞公司在上诉中称，安万特公司以其93专利的独立权利要求2作为第一个诉的诉讼依据，因此应先由安万特公司举证证明恒瑞公司在生产多西他赛时使用了该专利的权利要求1所述的化合物作为原料，二审法院对此不予认可。法院认为，安万特公司主张权利要求2是制造多西他赛的方法，只要它举证证明了恒瑞公司制造的产品是相同的多西他赛产品，且说明依据权利要求2直接获得的多西他赛为新产品，证明恒瑞公司制造多西他赛的方法不同于专利方法的举证责任就需倒置，由恒瑞公司承担。当然现有证据已证明恒瑞公司制造方法的技术方案没有落入该专利权利要求2的保护范围。
因此二审法院认为，恒瑞公司没有侵犯安万特公司的93专利。
关于恒瑞公司是否侵犯了安万特公司的95专利，二审法院认为：
第一，安万特公司没有举证证明恒瑞公司制造了多西他赛三水合物，应承担不利的诉讼后果。在新产品制造方法发明专利侵权纠纷中，在认定依专利方法直接获得的产品为新产品的前提条件下，首先需由专利权人举证证明被控侵权人生产的产品与依专利方法直接获得的产品是同样的产品，然后才能倒置由被控侵权人承担证明其制造同样产品的方法不同于专利方法的举证责任。在认定依95专利方法直接获得的多西他赛三水合物是新产品的前提下，应首先由安万特公司举证证明恒瑞公司制造了多西他赛三水合物，然后才能倒置由恒瑞公司承担证明其生产同样产品的方法不同于95专利方法的举证责任。安万特公司尚未举证证明恒瑞公司制造了多西他赛三水合物，一审法院以其生产的产品为同类产品为由，要求恒瑞公司承担举证责任以证明其生产同类产品的方法不同于95专利方法，没有法律依据。
在证据保全时，恒瑞公司曾主动要求提供样品，但安万特公司以未申请保全样品为由予以拒绝；安万特公司方参与了恒瑞公司现场勘验时的样品提取过程，由于提取样品数量有限导致不能检测样品是否为三水合物，而在一审庭审中，安万特公司拒绝当天下午到恒瑞公司处提取样品。安万特公司丧失了证明恒瑞公司生产的产品是否是多西他赛三水合物的机会，因此应承担相应举证不能的不利诉讼后果。
第二，《技术鉴定报告书》已明确认定侵权指控不能成立。要制备多西他赛三水合物需先制备多西他赛，如果恒瑞公司制造的多西他赛终产品是多西他赛三水合物，其必然在制备多西他赛工艺结束后存在相应的制备工艺，而技术鉴定机构依据鉴定材料，并结合现场勘验，已明确认定恒瑞公司制备多西他赛产品的后处理采用的是色谱纯化工艺，不涉及多西他赛三水合物制备。因此，尽管技术鉴定机构没有对恒瑞公司制造的多西他赛样品是否为三水合物进行检测，但技术鉴定机构认定恒瑞公司的生产工艺中不涉及三水合物制备，因而其终产品并非三水合物，理由充分。