1965年，兴隆华侨农场种植的胡椒开始发生胡椒瘟病，试验站科研人员许若华首次鉴定出这种疫病，大家决定将“胡椒瘟病综合防治”作为一项研究课题来攻克，帮助农民解决这一束手无策的生产难题。
好景不常，在全站职工憋着一股劲儿搞科研、谋发展时，1966年，“文化大革命”席卷而来，科研工作基本停止。但老人们回忆，还有一些科研课题在顽强地、缓慢地进行着，如胡椒瘟病的综合防治等，这些研究，为后来的科研工作打下了良好的基础，并为当地的经济发展提供了科技支撑。
1970年，试验站归由兵团二师管辖。在中国热带农业科学院档案室，至今仍保存着由中国人民解放军广州军区生产建设兵团发出的一份命令，划归兴隆试验站为该兵团二师建制，这份不足两百字的文件，决定了兴隆试验站的命运：“为了加强领导，适应生产发展的需要。兵团决定，将原热带作物科学研究院所辖兴隆热带作物试验站划归二师建制，作为热带作物的试验基地。”并要求“在移交过程中，要高举毛泽东思想伟大红旗，突出无产阶级政治，顾全大局，发扬共产主义风格，搞好团结，圆满完成交接任务”。
“大力发展热带作物，大力发展橡胶。”当时以生产为主，科研很少开展。从1966年至1976年，十年，“噩梦一样的！”很多年过去了，回忆起来，张籍香仍是叹息不已，十年，人的一生能有几个十年？一个科研院所的十年，应该为国家为民族作出多少科研成果啊！可惜被耽误了。
“那时候，站里也分成保皇派和造反派两派，站长是巢炳清，当时我是造反派，大家斗来斗去，哪里还有精力搞科研。”回忆“文革”十年，张籍香说，那是被耽误的十年。比如，“胡椒瘟病综合防治”这一课题研究在兴隆试验站刚开了个头，就随着“文化大革命”的开始，课题被迫中止，给海南胡椒种植业带来巨大损失。
“文革”十年，阶级斗争成为科研工作的主线，很多科研项目中止了。各科研单位不仅没有科研课题，还大力开展农业学大寨活动。以1972年为例，兴隆试验站的科技工作者被迫大抓积肥工作，共积19万多斤牛栏肥。当时到兴隆试验站工作了两年的知识青年林树钊同志，还写了一首诗来表达农业学大寨的坚定意志。“站在海岛望北京，立志紧跟毛主席，艰苦环境练红心，扎根兵团干革命，海枯石烂不变心。”
尽管这样，兴隆试验站的科研人员还在偷偷坚持热作科研工作，1972年，还引进热带作物及果树共50多种，对热带作物标本园作了充实扩大，这些都为后来香饮所以及植物园的建设打下了基础。试验站在完成科研的前提下基本上做到了油、肉、菜的自给和粮、糖的部分自给。
1974年，“文化大革命”末期，在时任农业部部长何康的关怀下，兴隆试验站重回华南热带作物科学研究院，科研工作也正式恢复：“胡椒瘟病综合防治”、“胡椒丰产栽培技术”、可可的引种试种以及其他果树的研究课题，如火如荼地开展起来。
兴隆试验站，其命运在跟随着祖国命运跌宕起伏的同时，终于迎来了新的曙光，发展也走上了正轨。