1509年，葡萄牙人向马六甲苏丹提出分享获利颇丰的香料和瓷器交易，苏丹拒绝了葡萄牙人的无理要求。1511年，葡萄牙人卷土重来，他们全副武装，用武力侵占了城市，并在圣保罗山的山脚下建造了法摩沙堡，用以保卫他们新到手的财宝。在占领了马六甲之后，葡萄牙人并没有得到他们预期的利益。他们虽然能够攻占港口，却不能强迫人们去那儿做生意。来自阿拉伯和印度的穆斯林商人把他们的生意转移到其他伊斯兰教统治下的港口去了。
1641年，马六甲最终落入了荷兰人的手里。在荷兰人统治时期，马六甲的贸易有了一些增长，但再也没有达到过葡萄牙人入侵前的那种繁盛程度。后来，英国人用他们在苏门答腊岛的港口班库伦从荷兰人手中换来了马六甲。英国人占领了马六甲以后，开始着手拆除那些防御工事。但是这座城堡在建成的150多年内经受了许多次攻击依然岿然不动，无可奈何的英国人只好用大炮彻底摧毁了这座宁死不屈的石头城，仅有一座石门幸存，当地人称它为“没有墙的城门”。圣地亚哥古城门也被当地人视为马六甲的精神象征。
至今，在门的内侧还能看到荷兰东印度公司军队的盾形纹徽。这座城门见证了马六甲反抗殖民统治的曲折历史。
圣保罗教堂
圣保罗教堂位于马六甲河口的升旗山(又名西山，满刺加国王拜里迷苏拉曾将明成祖赠送的金龙文笺在山上勒石树碑，后改名为圣保罗山)，遥对浩渺无边、风光迷人的马六甲海峡。它一位是由葡萄牙将军建立的，它与圣地亚哥城堡同时建成，与城堡用的是同一种建材。
着名的葡萄牙传教士圣法朗西斯于1553年死后曾葬在此地。教堂前的白色雕像就是圣法朗西斯神父的塑像，但是雕像没有右臂。相传圣法朗西斯神父死后肉身不腐，荷兰人占领马六甲后不相信这个传说，于是起出神父的尸体，斩了他的右手，尸体果然血流如注。荷兰人大惊之余，视其为神圣，遂把他的尸体移葬于印度的果亚，并在教堂前立起他的塑像。同圣法朗西斯神父死后的躯体一样，雕像也没有右手臂。
荷兰人占领马六甲后，将教堂用做城堡。因此在圣保罗教堂的外墙上仍可见到不少子弹孔。1753年，荷兰人另建了一座教堂，而把圣保罗教堂做为荷兰贵族的墓地。现在的圣保罗教堂里仍保留了一些刻有拉丁文和葡萄牙文的墓碑。
圣保罗教堂是欧洲人在东南亚修建的最古老的教堂，它历经了马六甲的沧桑岁月，几经战乱，早已面目全非。不过，每到周末，仍有荷兰人的后裔到教堂或教堂前的雕像处祭拜。
基督教堂
基督教堂是建于1753年的古老教堂，同样是一座高雅的荷兰建筑物。
这座红彤彤的教堂位于荷兰广场的尾端，是为了取代圣保罗教堂作为祈祷圣地而建的，后来也成为马六甲的地标之一。在教堂内的圣坛上方，摆放着已有两百年历史的手工制作的靠背长凳。
一棵棵树的躯干被做成看不到接头的天花板横梁，教堂里摆放着黄铜圣经架和用亚美尼亚文书写的墓碑，墙壁上用光滑的瓷砖粘贴出达·芬奇的名画“最后的晚餐”。这里处处都散发着基督教的气息。
英国人占领马六甲后，在教堂内加了一座风标和钟塔，将这个荷兰式基督教堂转变为英国式风格。但教堂的地板仍是旧荷兰的碑铭，此地也陈列着古时配有荷军武力的船只。教堂里甚至可找到亚美尼亚人的经文。
郑和庙
郑和庙位于马六甲市三保山麓，因此又叫三保庙，是当地华人为纪念郑和于1673年而建的。这是一座典型的中国特色的建筑，据说为保持其正宗，所用砖瓦建材全部采自中国。小巧玲珑的中国式寺庙掩映在热带雨林中，有一种难以言说的味道。
庙内有郑和坐像，上挂“郑和三保公”横幅，门柱的对联上书：“五百年前留圣迹，四方界内显英灵”。大殿上还设有郑和的牌位，正中挂着“福佑一方”的匾额，香案上摆放着供奉用的鲜花和水果，红黄两色的布幔随风飘舞。人们把郑和当做了保护神，纷纷向寺庙捐款上香，有的求子，有的祈福。
庙内的庭院里有一口水井，名为“三保井”，是马来西亚最古老的水井之一。据传为郑和所掘，又传是当时的苏丹为从明朝前来和亲的汉丽宝公主所掘，故又称“苏丹井”。井水甘美香甜，天旱不涸，在无自来水之前，是全城唯一饮用水。到了今日，这口哺育过马六甲世世代代的水井却被一把铁将军锁将起来，不再轻易示人。
郑和庙不远处的山坡上，有很多用灰色石块砌成的坟墓。据说这里大约有12000多座坟墓，是海外最大的华人墓群。它见证着华人在马六甲的历史。
1405年7月，明朝航海家郑和率领舰队和大批海员，从江苏启航，顺着东北季风沿海南下到过南洋和东非30多个国家。马六甲地处南洋与印度洋要冲，是东南亚的一个商业中心，也是水陆交通的枢纽，它是郑和船队开往东南亚以西地区的必经之地，郑和七下西洋曾五次到过马六甲。由于郑和船队庞大，每次出使西洋人数众多，时间很长，需装载大量粮食和其他货物。为了便于远航，需在远航途中建立一个固定的物资转运站。由于当时中国和马六甲关系十分亲密，马六甲港便成了郑和船队中转货物和候风停泊的要地。郑和船队不仅给马六甲带来了文化和丝绸等货物，也带来了中国的友谊。
遥想当年，意气风发的三保太监郑和腰系佩剑，手握帅旗，立于船头，身后跟着浩浩荡荡的巨舰百艘，甲士万员。远远望去，帆樯蔽日，旌旗遮天。舰队所到之处，各国君主莫不献金纳贡，顶礼膜拜。如今，历史远去，我们只能从郑和的塑像上感受他当年的风采。而那些炎黄子孙的足迹，则印在三保山后的累累荒坟上，伴着唧唧虫鸣，继续沉睡。
皇朝故宫
马六甲皇朝故宫，也称马六甲苏丹皇宫。位于圣保罗教堂山下，占地面积很大，建筑形式古朴庄严，气势恢弘，皇宫内外都装饰得美轮美奂。
为维护皇宫的神圣与庄严，游客在进入皇宫内的展厅之前，将领到一个装鞋的塑料带，游客只有按规定将鞋脱下，赤着脚，拎着鞋游览皇宫。
皇宫为木质结构建筑，总共分为三层。走在宫内的各个厅室之中，可以全面窥探马六甲苏丹王朝的方方面面，包括它的历史起源、政治制度、宗教制度、宫廷礼仪、婚姻习俗、生活风俗和对外交流等。这些文字和历史文物都在无声地诉说着马六甲皇朝的变迁发展。
皇宫外也修筑得颇为巧妙，亭台楼榭，参差环抱，飞檐高耸，曲折回环，喷泉花草、热带植物随处可见。
汉卡斯都里之墓
在马来民间传说中，汉卡斯都里是一名大有来头的英雄人物。他是智勇双全的战将，只不过他的战绩和光芒，一直都被他的兄长汉都亚所掩盖。苏丹满速沙在位期间，汉都亚、汉卡斯都里和其他3位兄弟南征北战，攻无不克，立下了汗马功劳。他们5人为苏丹满速沙打下了整个马来半岛，将苏丹的权威推至最高点，被誉为最杰出的英雄战将。
历史上传说，汉卡斯都里是一个叛徒，他不但背叛了苏丹，还不断向他的兄长汉都亚下毒手。但野史上则说，其实汉卡斯都里一直很忠心，想谋反的另有其人。
且不管他是好是坏，至少他在民间还是一个受欢迎的英雄。历史早已过去，英雄的精神则永远遗留了下来。汉卡斯都里死后，有人为他立碑建墓陵。他的墓陵异于一般马来英雄的墓陵，结构非常复杂，充满了印度色彩。他为历史留下了一笔糊涂账，也为文明留下了一个古迹。
历史喷水池
当踏入英雄广场时，你一定会留意到里头的一座别具风格的喷水池，那里有马来西亚前首相敦马哈迪所埋下的2020宏愿时光锦囊。顺着逆时针方向绕喷水池一圈，就能回顾古城的岁月演变，仿佛重温了马六甲古城的历史时光。
这座喷水池虽然是现代建筑，却记载着古城的成长史。一面面古铜色的雕刻，顺着时间的轨迹刻着主宰着古城兴衰命运的人物与事件。
外地人来到这里，对着这些画面，马六甲王朝的兴衰以及如今繁华城市的发展一目了然。
从拜里米苏拉的马六甲王朝，到郑和下西洋的中马建交；从葡萄牙、荷兰和英国的殖民统治时代，然后到日本占据3年8个月的难忘岁月；从外来势力组成的殖民政府撤离马六甲，到国父东姑阿都拉曼宣布马来亚独立，这些难忘的一幅幅图画，都已经被历史铭记。马六甲这座古城，在和平的社会中走向了21世纪，各种现代化的建筑在一处处古老的建筑之间拔地而起，推动着马来西亚走向繁荣！
大事年表
公元初年 马来半岛有羯荼、狼牙修等古国。
公元200年 开始与印度和中国进行贸易。
公元前100——公元200年 在克拉(Kra)地峡开始出现贸易王国。
公元500——800年 以印度教佛教徒为主的当地贸易组织发展起来。
1290年 苏门答腊北部建立起第一个穆斯林州。
1400年 马六甲王国(满剌加国)建立。
15世纪初 以马六甲为中心的满剌加王国统一了马来半岛的大部分。
1509年 第一批葡萄牙人到达马六甲。
1511年 马六甲落入葡萄牙人手中，马六甲国王建立柔佛(Johor)王国。
1528年 苏丹姆扎法·沙建立霹雳王国。
1641年 荷兰人从葡萄牙人手中夺走马六甲。
1795年 英占领马六甲。
1888年 沙捞越、沙巴沦为英国保护地。
20世纪初 完全沦为英国殖民地。
1942年 马来亚、沙捞越、沙巴被日本占领。
1945年 英国恢复殖民统治。
1957年 马来亚联合邦宣布独立。
1963年 成立了包括新加坡、沙捞越和沙巴在内的马来西亚联邦。
1965年 新加坡脱离马来西亚联邦。
1970年 马来人与华人的紧张关系导致阿卜杜勒·拉赫曼总理辞职。新总理阿卜杜勒·拉扎克创建了国民阵线。
1976年 达图·侯赛因·宾·奥恩继任总理。
1981年 马哈蒂尔·穆罕默德担任总理。
1982年 经普选，国民阵线再次执政。
1986年 沙巴统一党赢得新选举并加入国民阵线。
1993年 议会投票通过削减第九代苏丹的权力，其中包括苏丹的豁免权。
1995年 国民阵线在大选中赢得绝对性胜利。
2002年 马哈蒂尔就任总理。
2003年 巴达维副总理接任总理。
2003年 马哈蒂尔出席了反战和平大集会。针对美国东南亚军事部署，公开声明反对美在马驻军。
2004年 提前大选，巴达维任总理兼内政部长和财政部长。
2005年 马来西亚政府决定将12月26日设立为全国“灾难意识日”。
2007年 马来西亚建国50周年。
2008年 巴达维总理获得连任。
2009年 巴达维辞职，纳吉布副总理接任总理。
2010年马来西亚经济强劲回升，全年GDP增长7.2%，创10年来最高水平。