清廷派遣侍郎苏拜到福建，与督抚及施琅商讨攻下台湾后如何妥善处理有关遗留问题。有人提出应该迁移那里的人民，放弃那里的土地，施琅上疏说：“明末在金门设澎水标，从军队戍防地直到澎湖为止。台湾原来就属于中央教化不到的地方，土蕃杂处，没有划入版图。然而当时中国的老百姓偷偷去那里生活聚集，已不下一万多人。郑芝龙为海盗时，占据台湾作为巢穴，到崇祯元年（1628年），郑芝龙接受明朝安抚，将台湾借与荷兰红毛鬼，作为互市的地方。红毛联结土蕃，招纳内地百姓，渐渐形成了边患。到顺治十八年（1661年），郑成功盘踞了这块土地，纠集亡命之徒，毒害海疆。郑成功传到其孙郑克塽，总共已有几十年了。一旦收复土地归回朝廷，妥善处理遗留问题，尤其应当周全详尽。如果放弃那里的土地，搬迁那里的人民，用有限的舟船，渡无限的百姓，不经历数十年，是难以完成的。如果渡载不尽，会有人逃窜隐匿到山谷中，就是所谓的凭借寇兵而供给强盗粮饷。况且此地原来为红毛鬼所掌握，如果他们钻空子再来占据，必定暗中窥测内地，蛊惑人心。借重夹板船的精坚，在海外所向无敌，沿海各省，断然难以安然无虞了。到时再千辛万苦派兵远征，恐怕还不容易见成效。如果仅仅驻守澎湖，那么必定是孤悬在汪洋之中，土地单薄，远离金门、厦门，难道不受他们的制约，而能为我一朝独立统治吗？我想海上战事平息之后，应淘汰内地设的官兵，分别去防守两个地方——台湾和澎湖。台湾设总兵一人、水师副将一人，陆军参将二人，兵八千；澎湖设水师副将一人、兵二千。开始时虽然没有添兵增饷的经费，但足能牢固地防守了。那里的总兵、副将、参将、游击等官，规定二三年转升到内地。那里土地的正赋杂粮，暂时实行蠲免。驻军现在先给发全饷，三年后征粮接济日用，即可不必完全从内地转运。大凡筹划天下形势，一定要考虑周全，台湾虽然是大陆以外的岛屿，但关联到四省要害，绝对不可放弃。同时我要绘地图进献。”
奏疏上报朝廷，下到议政五大臣等人中讨论，仍然没有定论。康熙召来廷臣询问，大学士李爵上奏说：“应该按施琅的请求去做。”接着，苏拜等人奏疏也表示可用施琅建议，同时在台湾设三县、一府、一巡道，康熙下令允许照此实行。
施琅又上疏请郑克塽交纳土地归顺效忠于清朝，应带同族亲属与刘国轩、冯锡范及明后裔朱桓等到京师。皇帝诏令授郑克塽公衔，授刘国轩、冯锡范伯衔，都隶属于上三旗，其余职官及朱桓等，将他们安插到近省去垦荒。施琅再上疏请求重申严行海禁，考核贸易的商船。朝廷命令照他的意见办。
康熙二十七年（1688年），施琅去朝见康熙，康熙见了他十分高兴，温言慰劳他，同时给他的赏赐也十分优厚。康熙勉励施琅说：“以前你任内大臣有13年，当时还有轻视你的人。唯独我深深地了解你，对待你很优厚。后来三处的逆蕃平定了，只有海寇占据着台湾，成为福建的祸害，想要消灭这些海寇，唯你莫属。于是我特别对你加以提升进用，你果然不负重托，一举攻克了60年来难以扫平的贼寇，并将他们消灭干净。可能有时有人说你恃功骄傲，我就命令你来京城。也有人说应当把你留在京城不要往外派，我想在贼寇兴乱之际，我尚且用你不疑，现在天下已经太平了，怎么反而会怀疑你而不派你出任呢？现在我命令你再次赴任，当然你也要更加谨慎小心，以保功名啊！”施琅奏谢，说：“臣已年老力衰，恐怕不能胜任这封疆大吏的重任。”皇上说：“将军崇尚的是才智而不是力气。我用你是用你的才智，哪里是看你的手足之力呢？”命令施琅依旧还任。康熙三十五年（1696年），施琅在任上去世，终年76岁。他死后，康熙下诏赠他为太子少傅，赐祭葬，谥号襄壮。
历史上对施琅的评价褒贬不一。
台湾著名历史学家连横在《台湾通史·施琅列传》中对于施琅的评价是：“施琅为郑氏部将，得罪归清，遂籍满人，以覆明社，忍矣！琅有伍员之怨，而为灭楚之谋，吾又何诛。独惜台无申胥，不能为复楚之举也，悲夫！”意思是说，施琅像春秋时期的伍子胥一样，因遭到楚王迫害，所以才投降外敌，引兵灭掉自己的国家。作者是站在同情明朝政权的角度看问题的。
当然，更多的人对施琅持肯定态度，因为他结束了明末清初分裂割据的局面，维护了祖国的统一。在中国五千年历史上，尽管分分合合，但统一是人心所向，大势所趋。