施琅是福建晋江人，最初在明总兵郑芝龙军中任左冲锋。顺治三年（1646年），清军平定福建，施琅随郑芝龙投降。他随从大军去征讨广东，平定顺德、东莞、三水、新宁各县。郑芝龙被挟持到了京师，其子郑成功逃回海上，占据了海岛。郑成功招施琅回岛，因施琅以前与郑成功不和，一直衔恨，便不肯听从。
郑成功派人拘捕了施琅，同时囚禁了他的家属。施琅用计逃脱了，但他的父亲施大宣、弟弟施显及子侄都被郑成功杀害。
顺治十三年（1656年），施琅跟随定远大将济度（济尔哈朗第二子）在福州打败了郑成功，清廷授他为同安副将。顺治十六年（1659年），郑成功攻占台湾后，清廷提升施琅为同安总兵。
康熙元年（1662年），施琅被提升为水师提督。这时郑成功已经过世，他的儿子郑锦企图入犯海澄，施琅派遣宁备汪明等率领水军到海门抵御，斩杀了郑军将领林维，缴获了战船、军械。不久，靖南王耿继茂、总督李率泰等攻克厦门，敌方震惊溃败，施琅招募荷兰国水兵，用夹板船前去拦腰攻击，斩首一千多人，又乘胜追击攻取了浯屿、金门两个岛。叙录战功，施琅被加授右都督。康熙三年（1664年），被提加为靖海将军。
康熙七年（1668年），施琅秘密向清廷奏述郑锦在海上负隅顽抗，应该迅速去进攻他们。康熙召施琅到京师，亲自向他询问计谋策略，施琅说：“盘踞在台湾的贼兵不过几万，战船不过几百艘，郑锦这人又智勇全无。如果我们先攻取澎湖来掐住他们的咽喉，贼势立即会减损；如果他们再凭借地势的险固顽抗，那么就派重兵停泊在台湾港口，然后另以奇兵分路袭击南路打狗港及北路文港海翁堀。敌兵分散力量就薄弱了，聚合则势态就穷蹙，台湾的平定则可计日而待。”但事情下六部讨论，没有按施琅的奏章去实行。因裁减水师提督，清廷授施琅为内大臣，隶属镶黄旗汉军。
康熙二十年（1681年），郑锦死，他的儿子郑克塽年幼，将领中由刘国轩、冯锡范管事。清内阁学士李光地奏报台湾可以攻取的情况，因此向上推荐施琅，说他熟悉海上事务，康熙再次授施琅为福建水师提督，加太子少保，嘱咐他伺机发兵前去攻取。施琅来到军中，上疏说：“敌船在澎湖长久地停留，全力地固守，冬春之际，飓风时有发生，我方战船难以迅速过洋。我现在训练教习水师，又派间谍去交通我以前的部属，使他们作为内应。待到天气气候适宜时再进攻，必能大获全胜。”康熙二十一年（1682年），给事中孙蕙上疏说应该缓征台湾。七月，有彗星出现，户部尚书梁清标再次对此事发表意见，朝廷于是下诏暂缓进剿。施琅上疏说：“我已挑选水师精兵2万人、战船300艘，足以攻破消灭海贼。请求催促督抚办理粮饷事，只要遇到对我们有利的风候，就可以发兵起行，同时请调陆路官兵协助进剿。”皇帝下诏，表示同意他的意见。