纪元前二十一年（1891年）孙先二十六岁了，就从雅丽氏医校出来。孙先生在校时，一面鼓吹革命，一面对于学业还是没有疏忽，所以毕业考试的结果，各门学科都是一百分，仅有一科是九十几分。学校当局为奖励他勤学起见，就经过教务会议的决议，在这一科上多加几分，并且在他的毕业证明书上特别注明是“满分”，由校长、教员十三人，试官八人，及牧师书记官等签字。在七月二十三日那天，由香港总督罗便臣爵士亲临颁予香港政府的第一张医照，准以内外科行世，学校当局也赠送孙先生助产器具全套，以资鼓励。从这时期起，孙先生就结束了他的学生生活，而开始到社会去从事实际的运动了。
这雅丽氏医校现在已归并于香港大学，孙先生曾经实习过的雅丽氏医院，也迁到般含道与那打素医院联合一处，已非当日原址荷里活道的旧观了。
孙先生从雅丽氏医校毕业后，本来是想自己开设药房，但正在草拟招股章程时，忽然被学校当局知道了，就禁止他。因为照他们英国的习惯，医师的地位是很高的，称为上流人，做买卖的人，就比较低贱了。所以当时康德黎就对孙先生很恳切地说：
“你不应该做这种事情，不能用你的名义去开药房的；因为你是本校第一届第一名的学生，应该自爱。”
澳门是孙先生每次往来香港与故乡的必经之地。有一次，孙先生假期回乡，经过澳门的时候，当地巨商曹子基、何穗田等的家人，正患有很重的病症，经孙先生一诊而愈，于是大家都惊为神奇。他们现在知道孙先生已经学业成就了，因此联合当地绅商一致要求到那里去行医。所以孙先生到澳门，也不是出于原定的计划。这样一来，孙先生开药房的计划不得不打消了，于是到澳门去挂牌行医。
孙先生对于外科和解剖的手术，特别擅长，所以不到两三月，声名鹊起，几乎没有一个人不耳闻其名，极端钦佩的，就诊者户限为穿。他这一年的医金收入，竟有一万元之多，但他并不积蓄，总在各方面用去了；尤其是关于交游的费用。那时康德黎常常到澳门来帮助孙先生施行较重要的手术。他是孙先生的教师，但他竟忘了师生的隔阂，对于孙先生不断的帮助，他自己这样说：
何以我要这样地到澳门帮这位男儿的忙呢？别的人有为他而战斗，而殉难的，我却为着爱他与教他。他的天性易于吸引人们注意他，当时预备在诊室中或沙场上替他服务；一种不可解释的潜势力，一种吸引人们亲就他的磁性。
这是确实的，孙先生坦率的胸怀和真挚的态度，是永远地被人们所悦服而乐于听他指挥的，他伟大的领袖风度，早在学生时代及开始做医生时代表现了。不久，孙先生又到广州去行医，也同样地获得良好的名誉，他往来于澳门广州间，非常忙碌，成了广东最有名的西医了。后来因为医务上的必要，还是要开药房，所以就把在澳门仁慈堂附近的诊所，迁到草堆街，扩充而为药局，定名为中西药局。不久，又接受了当地华人设立的镜湖医院的聘请，主持院务。这医院向来是用中医中药，施赠贫民。孙先生主持以后，以改良医术医药为目的，竟破例兼用西医西药，他自己一本济人利物的宗旨，所有酬金，一概不受。因此院务非常发达，当地的葡萄牙人，也都来纷纷求治。于是引起了葡萄牙医生的嫉视，仗着他们特殊的势力，到澳门市政厅去告发，说孙先生没有葡国的行医证，结果竟勒令孙先生停止行医。孙先生气愤极了，就把药局搬到广州洗基，易名为东西药局，并且聘尹文楷医生为助手。他为要救治贫穷人的疾病，特别规定每天上午十时以前就诊的，医金药费，一律免除，因此更得社会的信仰，医务发达，远过澳门。
然而，医生终究不是孙先生的职业，他行医是别有怀抱的，所以一面医务虽是十分忙碌，但他始终没有忘掉他的本志：他那时的同志除了杨、尤、陈外，更有魏友琴、程璧光等。这时尤列在澳门任广雅书局内的广东舆图局的测绘生，孙先生就常常邀集这许多同志在这书局内的南园抗风轩会议国事。一面由郑士良结纳会党，联络防营，也很有端倪了。孙先生《伦敦蒙难记》中说：“余早年在澳门，始知有一种政治运动之存在，此种政治运动，大可名之日少年中国党，之形成。”就是指这个时期的活动情形。所谓少年中国党，是那时国际间对维新政党的一种普通称谓。有人说这就是孙先生首创的兴中会，不免有些误解。不过我们可以这样说：以后兴中会的创立。实导源于这时期的活动，要比较准确得多。
孙先生那时对于政治改革的观念，已从空泛的议论转变到有条理的办法。他自己说：“文之生，二十有八年矣，自成童就傅，以至于今，未尝离学，虽未能为八股以博科名，工章句以邀时誉，然于圣贤六经之旨，国家治乱之源，生民根本之计，则无时不往复于胸中，于今日之所谓西学者，概已有所涉猎，而所谓专门之学，亦已穷求其一矣。”（上李鸿章书）这就是说明，他已完成了各种基本学问和专门学术，并且无时无刻不关心到国家生民的根本大计，也慨然以国家天下为己任。因为他已有广博的学识，所以对于政治改革的思想，就有充实的内容和切实的办法了。他那时在医务稍暇时，开始做政治的论文，在报上发表，但这些论文，已很难看到，尽现在所能搜罗到的，只有在《盛世危言》中有一篇叫做《农功》，据陈少白说是孙先生做的。这文章的要点是说，农功的勤惰，可以补救天然的缺憾，所以要农民知道得用科学方法，讲求土田的性质；政府要有农官，地方官吏要负督劝农功的责任，务使各尽地利，各极人工。他说：
古之言日：上农夫食九人，其次食七人，最下食五人，同此土田，同此树艺，而收获之多寡，迥乎不同者，农功之勤惰为之也。故水潦出于天，肥硗判于地，而人力之所至，实足以补天地之缺陷而使之平。昔英国挪佛一郡，本属不毛，后察其土宜，遍种萝卜，大获其利。伊里岛田卑湿，利用机器竭其水，土脉遂肥。撤里司平原之地，既枯且薄，自以鸟粪培壅，百谷无不勃茂。犹是田也，而物产数倍，是无异一亩之田，变为数亩之用，反硗确为沃壤，化瘠土为良田，地利之关乎人力概可知矣。
但是农民的知识有限，怎样能尽量地发挥地利，来变硗为肥呢？因此，孙先生又举西洋各国的办法来说：
泰西农政，皆设农部，总揽大局。各省设农艺博览会一所，集各方物产，用考农功，与化学诸家详察地利，各随土性，种其所宜，每岁收成，自百谷而外，花木果蔬，以至牛羊畜牧，胥人会考察优劣，择优异者，奖以银币，用旌其能。至牲畜受病，若何施治，谷蟊木蠹，若何豫防，复备数等田样，备各种汽车，事事讲求，不遗余力。先考土性原质，次办物产所宜，徐及浇溉粪壅诸法，务欲各尽地利，各极人工。所以物产赢余，昔获其一，今且倍蓰十百而未已也……其尤妙者，农部有专官，农功有专学，朝得一法。暮已遍行于民间。何国有良规，则互相仿效，必底于成而后已。民心之不明，以官庸之；民力之不足，以官辅之；民愤之不便，以官除之。此所以千耦其耘，比户可封也。
最后，孙先生提出关于农政改革的意见：
我国似宜专派户部侍郎一员，综理农事，参仿西法，以复古初。委员赴泰西各国，讲求树艺、农桑、养蚕、牧畜、机器、耕种，化瘠为腴，一切善法。泐为专书，必简必赅，使人易晓。每省派藩臬道府之干练者一员，为水利农田使，责成各牧令，于到任数月后，务将本管土田肥瘠若何，农功勤惰若何，何利应兴，何弊应革，招徕垦辟，薰劝经营，定何章程，作何布置，决不得假手胥役，生事扰民……
这可说是孙先生最早的政见了，他对于农政是很关心的。中国是以农立国，农业与民生关系最切，所以孙先生这篇文章，也可说是民生主义最简单的概念，已在这时候潜伏在他的意识中了。他自己曾经说过：“某也农家子也，生于畎亩，早知稼穑之艰难。”（拟创立农学会书）后来对人更具体地表示：“要是我不生为贫困的农家子，也许会忽略这重要的民生问题，而不加以注意，是很可能的。”（见宫崎滔天《孙选仙传》）我们在上面说过，他这时对于专门之学，已穷求其一，这农业问题，也许就是他所研究的专门问题之一。所以，孙先生最早的政见，注意于农功农政，不是一件偶然的事实。他这一篇文章，是对满清政府提出贡献的意见，他对于满清政府固然是以敌视出之，但那时他还没有力量可以把它一蹴而倒的，所以他还没有暴嚣狂跳的态度，他只是在革命的言论时代。
那时，李鸿章在北方，正努力创办所谓新政，是当时在满清政府下算是比较识时务的大员了。孙先生想把他的大政方针告诉李鸿章，借他的力量来改革一切，也未尝不可挽救中国的危亡。因此就从广州回到翠亨村去，一个人独自闭着门，做了一篇大文章，预备给李鸿章。在这一篇文章内，孙先生的见解，从农政更扩充而到全部政治了，但最重要的还是在农桑方面。这文章的主要骨干是在下面几句：
窃尝深维欧洲富强之本，不尽在于船坚炮利，垒固兵强，而在于人能尽其才，地能尽其利，物能尽其用，货能畅其流。此四事者，富强之大经，治国之大本也。我国家欲恢扩宏图，勤求远略，仿行西法，以筹自强，而不变于此四者，徒惟坚船利炮之是务，是舍本而图末也。
这是孙先生政见的四个纲领，他对于这个纲领的实施办法，关于人尽其才的，是在“教养有道，鼓励以方，任使得法”；地尽其利，是在“农政有官，农务有学，耕耘有器”；物尽其用，是在“穷理日精，机器日巧，不作无益，以害有益”；货畅其流，是在“关卡之无阻难，保商之有善法，多轮船铁道之载运”。
在这四大纲领之后，孙先生又指出中国的病源，在于不知之人阻挠能行之人，使国家的进步，遭受重大的障碍，他说：
夫天下之事，不患不能行，而患无行之人。方今中国之不振，固惠于能行之人少，而尤患于不知之人多。夫能行之人少，尚可借材异国，以代为之行，不知之人多，则虽有人能代行，而不知之辈，必竭力以阻挠。此昔日国家每举一事，非格于成例，辄阻于群议者，此中国之极大病源也。
这是孙先生革命哲学——知难行易学说的胚胎，如以二十五年以后，他五十四岁时所发表的《孙文学说》来证明，就可知道，他在学说自序说：“中国事向来之不振者，非坐于不能行也，实坐于不能知也。及其既知之而又不行者，则误于以知为易以行为难也。倘能证明知非易而行非难也，使中国人无所畏，而乐于行，则中国之事大有可为矣。”他对于中国病源的诊断和真知力行的提倡，表现了前后一贯的基本态度。我们可以体认孙先生革命哲学的创建，是从长时间许多痛苦的经验和观察中来的。至于施行四大纲领的缓急，孙先生的主张，还是在农政。他说：
夫国以民为本，民以食为天；不足食，胡以养民？胡以立国？是在先养而后教，此农政之兴，尤为今日之急务也。且农为我中国自古之大政，故天子有亲耕之典，以示万民，今欲振兴农务，亦不过广我故规，参行新法而已……。
最后孙先生表示自己志愿，在农政方面致力。他说：
文之先人，躬耕数代，文于树艺牧畜诸端，耳濡目染，洞悉奥窥。泰西理法，亦颇有心得。至各国土地之所宜，种类之佳劣，非遍历其境，夫易周知。文今年拟有法国之行，从游其国之蚕学名家，考察蚕桑新法医治蚕病，并拟顺道往游环球各邦，观其农事，如中堂有意以兴农政，则文于回华后，可再行游历内地新疆关外等处，察看情形，何处宜耕，何处宜牧，何处宜蚕，详明利益，尽仿西法。招民开垦，集商举办。此于国计民生，大有裨益；所谓躬行实践，必求泽之沾沛乎人民者此也……
孙先生拿了这篇文章，到广州和陈少白商量，少白也很赞成，于是孙先生准备到上海，然后设法把这篇文章送上李鸿章。广州的药房，就请少白把它结束。
孙先生到了上海，就想法去找引见李鸿章的人。一天，在郑观应（即《盛世危言》的编著者，是孙先生的同乡）家里遇见了王韬。韬字紫诠，别字天南遁叟。曾上书太平天国忠王取上海策。后来到香港助英国牧师沥琪博士翻译四书五经。沥琪回英国，也请他同去，他在英国住了几年。后来回到香港，在《循环日报》馆当主笔。再回上海来，声名很盛。他文章做得很好，对于世界知识，也很充分。孙先生知道他是和太平天国有关系的人，所以一见如故，就把他那篇大文章，同王韬商量起来。王韬很热心地就介绍他一位朋友在李鸿章幕府当洋务文案的罗丰禄。孙先生快乐极了，就约陆皓东一起到天津去，皓东这时已回上海来了。
孙先生到了天津，就去看罗丰禄。那时中日战争已经很紧张，李鸿章正在芦台督师，军书旁午。罗丰禄就把孙先生的文章送到那边去，李鸿章哪里有空暇来研究孙先生的大政方针呢？他只是含糊地对罗丰禄说：“打仗完了以后再说。”
罗丰禄回来告诉了孙先生，孙先生知道没有办法，于是他就和陆皓东北走北京，看看满清政府所在地的情形，南下武汉，观察中原大势，然后仍回到上海来。