第二次革命运动孙先生已经准备就绪，但快要临到发动的时期，香港的同志要求孙先生联合李鸿章在两广独立，组织新政府，以避免流血的革命。这也是在革命史上留下的一个幻影，事情是没有成功，不过更促进了孙先生对于革命进行的信念而已。
这一段事实的经过很复杂，现在简单地说：那时李鸿章是做两广总督，他因为在中日战争时，对日本屈服了，全国舆论都不满意他，因此在满清政府中很失势，后来康梁在海外倡议保皇，满清政府要他出任两广总督，是在防止康梁在广东起事的。现在义和团事件发生了，北方陷在混沌的状态中，香港同志何启和陈少白商议。想借重香港总督的力量，劝告李鸿章联合孙先生在广东独立，理由是说保全两广，免得跟北方一样的混乱，这是一方面的情形。同时，李鸿章的亲信刘学询，早就有意拉拢孙先生，纪元前十三年（1899年）。他到日本和孙先生往还甚密，孙先生并且介绍他去认识犬养毅，由犬养毅引见大隈重信。刘学询的拉拢孙先生是要向满清政府邀功的，因为他知道满清政府对于康梁已经厌恶，但他仍逍遥海外，无法应付孙先生久居外洋，对于华侨是很有联络的，所以他想利用孙先生来抵制康梁。但是他的如意算盘，没有成功，孙先生和他接近，是利用他来筹款的，他决不会抛弃了革命立场和任何一个在满清政府下的官吏妥协的。因此，孙先生一面拿定了主见，一面还是让一部分同志去活动。
这大概是在纪元前十二年（1900年）的五月，何启和陈少白等在香港的活动，已经大体成功，并且和刘学询以及在李鸿章幕下的另一要人曾广铨也疏通好了，要他们从中助力。他们就征求孙先生的同意，用孙先生的名义做头衔，上书香港总督，大意是说，满清政府的庸懦失政，既害本国，延及友邦。英国和中国有密切的关系，商务教堂，遍于内地，因此要求借重他们的力量来改造中国。接着就说到满清政府政治的腐败，尤其是着重于外交方面的情形，以激动英国人的注意。但最重要的，是在暴露满清政府的罪状，主要的几句话是这样：
就现在之己见者，则如妖言惑众。煽乱危邦，酿祸奸民，褒以忠义，是谓诲民变，东乱既起，不即剿平，又借元凶，命为前导，是谓挑边衅。教异理同，传导何罪？唆耸民庶，屠戮远人，是谓仇教士。通商有约，保护宜周，乃种祸根，荡其物业，是谓害洋商。睦邻遣使，国体攸关，移炮环攻，如待强敌，是谓戕使命。书未绝交，使犹滞境，围困使署，囚禁外臣，是谓背公法。平匪全交，乃为至理，竟因忠谏，残杀无辜，是谓戮忠臣。启衅贪功，觊觎大位，不加诛伐，反授兵权，是谓用偾师。裂土瓜分，孽雄耽视，暗受调护，漠不知恩，是谓忘大德。民教失欢，原易排解，偏为挑拨，遂启祸端，是谓修小怨。凡此皆满政府之的确罪状，苟不反正，为祸何极？
最后又附着治平章程六则。内容是：一、迁都于适中之地；二、于都内立一中央政府，以总其成，于各地成立一自治政府，以资分理；三、公权利于天下；四、增添文武官俸；五、平其政刑；六、变科举为专门之学。其中第二条关于政治的组织，中央政府首长的职权，是规定在宪法之内的，并且注重各省的自治，如省的一切政治，皆有全权自理，不受中央政府的遥制，这是一种联邦政府的理想。第三条公权利于天下中各关税等类如有增改，必先与别国妥议而行，这是因为要求英国帮忙不能不这样说的。在这信上署名的，除了孙先生以外，就是杨衢云、郑士良、陈少白、史坚如等，以及其他兴中会会员。那时杨衢云已回到香港，帮助少白等联络会党。
从这信的全篇主旨中，可以看出有一个言外之意，就是说义和团式的乱事，是影响在华各国的利益，香港密迩两广，如果有事情了，必受莫大的影响，所以必须预筹保全的办法。换言之，是要香港总督劝告李鸿章独立。香港总督认定广东是他们英国的势力范围，对于中国乱事的漫延，当然很注意的，并且他和中国人感情极好，他受了何启的运动，又接到这封书，倒很同情，就写了一封信，由沙面领事转交李鸿章，很委婉地说明此意。
李鸿章那时对于这个提议，不免有些心动，但他是以清帝后的存亡为关键，所以还是保持稳健的观望态度。刘学询见李鸿章已有些活动的意思，就报告孙先生，要孙先生立刻到香港来商量。孙先生就派平山周先到香港来探听虚实，随后自己也从日本搭法轮“印地亚斯”动身到香港来。孙先生自纪元前十五年（1897年）九十月来日本以后，到现在已过了四个年头了。这次随孙先生同来的，有郑士良等，还有几个日本志士，如宫崎、清藤幸七郎、内田良平、福本诚等。
船到吴淞的时候，日本志士，还是记起保皇党在汉口的起事，想和革命党联络策应，就由清藤上岸到上海去找平冈小太郎，要他担任长江一带和日本同志的通信联络机关。平冈从上海坐了淞沪火车到吴淞港，亲到“印地亚斯”船上见孙先生。那时在盛夏的天气，孙先生横卧在床上，很安闲地闭着眼睛，静默地思索着，一见了平冈小太郎很愉快，把这事情说过了，就在船上歃血为盟，几个人喝葡萄酒，吃烧羊肉，以代祝宴，大概孙先生和日本志士的订交，都是这样豪放而痛快的。
孙先生到香港的时候，大约是六月十七十八左右，李鸿章已派了安澜兵舰来迎候，请孙先生到省城去会商，但孙先生经过审慎的考虑，觉得不能随便答应去的，就派了宫崎坐这兵舰代表他到省城去，他自己因为那年香港有五年放逐的命令，也不能上岸，就换了船到西贡去，以便听取这里的消息以后，再定行止。和孙先生同去的有一个英国少年摩根，他是孙先生四年前在伦敦相识的，不久以前，他从远道来访孙先生，孙先生便派同志招待他住在香港，现在见到了，孙先生因此就请他同到西贡去。
宫崎奉了孙先生的命令，到广州去访刘学询，和他详谈了一夜，刘学询说各国联军未攻陷北京以前，李鸿章还是不能有所表示，请宫崎转达孙先生。宫崎知道时机还没有成熟，就离开广州回到香港，那时孙先生已经到西贡去了。隔了二日，刘学询派人送三万元到香港来，说是送给孙先生的，宫崎就代收了。那时康有为在新加坡，由侨商邱菽园招待。他并且资助康有为军费至百万元之多。宫崎当和孙先生同来香港时，早就以赴新联合康派的意思请命于孙先生，孙先生唯唯否否，因为他以过去的事实来看，革命党和保皇党的合作，恐怕是不能实现的了，但他又不好过意反对日本志士的一番热忱，所以只有含糊地答应了。但宫崎的用意本来也是不错的，他想利用过去他曾救过康有为的资格，向他最后游说，要他幡然改计，帮助建立民国，就可以把邱菽园资助的这笔款子，移作革命军的军费了，只少也可以分出一小部分。因此他就和清藤毅然到新加坡去了。可是事情并不像宫崎所预料的那样顺利，眼光短小贪生怕死的康党，因为宫崎到过广州，和刘学询见过面，他们恐惧他是奉了李鸿章的命令，到新加坡来行刺康有为的。因此当他到新加坡后的几天。康有为就向当地的英国官厅告发，说他们是来行刺的。新加坡英国官厅派人向他搜查，看见三万元的纸币，和一把日本刀，就认为形迹可疑，把他下狱，清藤也同样地下狱，这是出乎宫崎意料的一件冤案，他到这时才充分地认识保皇党的面目，从此他不敢再说和革命党联合了。
这时候，孙先生已到了西贡，住在Grand Hotel，他还是很关心广东的消息。一面向刘学询问李鸿章最后的切实态度，一面要杨衢云、陈少白、福本、平山诸人，仍在香港继续军事计划。六月二十三日平山周把刘学询送来三万元和宫崎到新加坡去的消息告诉了孙先生，孙先生就于七月六日和摩根从西贡到新加坡，想去看看宫崎。
当孙先生到新加坡的时候，宫崎和清藤已下狱六天。孙先生知道了这个消息，就亲自到英官前保释。于是英官下令不许宫崎、清藤五年内登陆，这一场奇狱从此结束。孙先生于是就和宫崎、清藤、摩根等搭“佐渡丸”轮船回到香港。但这一次到香港，情形不同了，因为新加坡英官早已通知香港总督，要他防止孙先生一批人上岸。因此轮船到了香港，水陆警察，都严密地注意着。香港兴中会会员陈少白等，只得到船上来迎候孙先生。
这时，北方的义和团事情已经平息了，清帝母子也安然回到北京来了，满清政府就要李鸿章回去当议和代表，君臣之见深于民族意识的李鸿章就不顾一切地准备北上。载着李鸿章北上的一只安平轮船，正当“佐渡丸”开到香港后的第二天，从广州开来准备向北去了。何启、陈少白等知道事情不妙，于是要求香港总督，等他过港拜见时，当面劝阻他不要北上。孙先生知道这一切，就断定这事情是没有希望了。
革命的计划，经过这许多周折，不免停顿了，热血沸腾的日本志士有些不耐烦，但他们不知道孙先生的深谋远虑。几个人蛰居在“佐渡丸”中，瞻望着茫茫前途，就把舱房做会议室，开始讨论革命的新计划了。那时是在深夜，静寂的香港海上，他们都正兴奋地辩论着。孙先生首先提议：
“由福本全权办理香港的事情，由平山周等协助他。推郑士良在内地起义，由原桢做参谋，联合日本诸同志以占领某地，兵进一半而至厦门。宫崎和孙先生秘密到台湾，以便联络。”
“这样的计划，是足以使同志灰心的，而且清藤和宫崎刚刚受了缧绁的耻辱，应当怎样地奋发前进。我们现在的计划，只有趁今夜月黑人静的时候，由九龙登岸，疾走内地，行迅雷不及掩耳的革命，事情才有办法。”在众人静默的空气中，福本首先表示异议，宫崎等听了，也很赞成他的主张。
“这是最无谋划的事情了，我们这几个人，不是像把一块肉投在饥虎的前面么？”孙先生摇着头表示不能同意福本的主张。但宫崎似乎很饥渴地盼望实际革命的到来，他说如果我们还是回到日本去，有什么办法呢？于是孙先生很庄重地对他们说：
“我的生命，负四百州之重，一切的谋划，虽未必都能成功，但终不能采取这种自绝的方法。”
“如果回日本去，事情还是不能办，那还不如就死在这里，否则解散同党，免得人家说我们是拿革命做口头禅的。”宫崎很焦急地说，接着又带嘲带骂地说：“革命不能一定靠谋算，如果等谋算定了才做，不是和秀才造反一样，结果到三年也没有成功。太懦怯了！我不能和你共事了。”
“你要死，为什么不就跳到海中去？免得奔向内地去革命。”孙先生有些怒意了。
讨论变成辩论，当然没有什么结果，福本去睡了，只有宫崎和清藤在舱房。孙先生仔细想起来，知道宫崎大概在新加坡受了刺激太深，所以感情很偏激，还是向他解释一下，以挽回刚才的形势。于是独自走向宫崎前面很恳切地说：
“你太蠢了。”
“你也未免太多虑了！”
“你当然知道我不是多虑，也不是怕死，但为什么一定要穷问我的究竟。你太不明白我们现在的处境了。”孙先生很痛心地说，两眶已充满着热泪。说罢，就回到自己房间去睡。不一会，清藤也去了。宫崎也准备就寝。福本却张皇地来敲门，说道：“甲板上有警察。”宫崎走出一看，真的几个英国警察和中国巡查，站在两面，海面上还有满载了警察的小轮船在巡游，宫崎才悟到孙先生的意思，很佩服孙先生的先见之明，觉得自己太鲁莽了。就到孙先生那边，声明谢罪，从此绝对服从孙先生的命令，听他的指挥。孙先生听了倒好笑起来，因为他早就忘掉刚才的事情了，大家释释一番，就各自归寝，一宿无语。
第二天，李鸿章的轮船从广州到香港来了，和平革命和急激革命的关键，就在这一刹那间。香港的同志，到船上来报告孙先生说，今天十一点钟，香港总督准备和李鸿章会面时讨论独立问题，如果事情成功了，就特许孙先生登陆。孙先生和宫崎等，就在船上等候消息。到了傍晚的时候，陈少白、杨衢云等到船上来报告，说李鸿章竞不接受香港总督的劝告，已北上去了。和平革命到这时候已完全无望。于是大家决定起事。孙先生因为当时台湾总督儿玉源太郎对革命主张很赞成，已经有过数次接洽，答应起事时设法相助，所以孙先生对于这一次革命。决定变更计划，不到广州发难，预备在惠州起事，沿海向东前进，他自己在台湾等候。同时主张，革命军必须能够打到厦门，他就可渡过台湾海峡，亲自督师。这时候宫崎没有话了，大家也赞同，就开军事会议，讨论结果，把发难的责任委之郑士良，就以郑士良为总司令，原祯为参谋长，杨衢云为财务部长，潜入内地，联络会党，毕永年为民政部长，平山周为外交部长，李纪堂在香港任经理。史坚如和邓荫南到广州省城组织向导，那时，李纪堂还是初次见孙先生，就捐出三万元为革命军费。计划决定了，孙先生就留一部分日本同志在香港。帮助陈少白、杨衢云等办事，自己就和宫崎坐了原船到上海往日本去了。这是惠州起义前的大概情形。