惠州革命发动了，孙先生回到日本准备一切，预定革命军到达相当地点以后，就马上前来指挥。不久，命平山周转知杨衢云专在香港办理财务，不必到内地；关于内地联络会党的事情，由郑士良找人代替，以专责成。那时保皇党汉口的事情，正在积极酝酿中，孙先生想两方同时发难，使满清政府，顾此失彼，穷于应付。因此回到日本没有多久，就于八月卅一日到上海来，预备着手指挥长江一带的会党。这时平山周刚从香港到门司。孙先生过门司时，约他一同到上海。不幸唐才常在汉口失败的消息，当孙先生的轮船到了上海的第二日就得到了，长江一带正宣布戒严，孙先生只得留在船上，不能登岸，因派平山周上岸奔走，代他传达消息给各方面。第四日，九月三日，孙先生仍旧回到横滨，同时派平山周赶赴香港催促陈少白、杨衢云等即到台湾，准备发动，以待孙先生亲来指挥。
这次惠州革命的发难地点，是在归善县和新安县中间的三洲田，这里靠近九龙，距离香港也只有一天的水路，从东江出来，可以直达省城，有险要的高山，茂密的森林，迂回的路径，是用兵最好的地方。郑士良率领了六百个英勇的同志，隐蔽在那里，是随时可以发动的。但六百人中只有洋枪三百杆，子弹三千发，后来虽从附近清军防营中秘密买到了枪械若干，但还是不够用。因此，孙先生最初主张暂时不要发动，郑士良和黄福得到了命令，便严密戒备，等待机会发动。可是时候延长了，粮食发生恐慌，就派八十人留守大本营。其余的散在附近乡村。这样又怕风声走漏，于是把近乡樵牧走进山寨的，都拘留起来，不许出去。因此谣言四起，都说三洲田有几万人马，在那里密谋造反。到旧历闰八月上旬，粤督德寿据各方紧急报告，立派水师提督何长清抽拨新旧靖勇及虎门防军四千余人。于初十日进驻深圳；陆路提督邓万林也率领惠州防军进扎淡水、镇隆，把三洲田的出路，紧紧地包围起来。可是他们传闻革命军声势浩大，还不敢深入，只得伺机而动。
这时，孙先生已经到了台湾，和平山周等在台北新起街，组织机关，儿玉源太郎派民政长官后藤新平代表与孙先生接洽。郑士良在前方，已经把战机迫切的情形报告，只等孙先生下命令，就可以发动。孙先生这时正在当地加聘军官。因为会党中人都没有新式的军事知识。所以必须要有富于军事学识的人去训练指挥。那时准备还没有就绪，郑士良的急电已经到了，孙先生在这紧张关头，还是要郑士良沉着应付。但这个命令还没有到三洲田大本营，何长清的水师二百人已移驻新安县沙湾，并又从横冈移向三洲田。士良为先发制人计，决于十五日，派统将黄福率领敢死队八十人，夜袭沙湾。何军猝不及防，一听到革命军来了，顿时张皇起来，交战没有多时。军容大乱，伤亡无数，革命军夺到了洋枪四十余支，弹药数箱，俘虏三十余人，其余的也都东窜西逃。这是出乎预料的第一次胜利，革命军的声势，立刻大振。士良趁着这胜利的余威，想直攻新安，一口气打到广州；同时，新安和虎门同志江恭喜等也集合了数千英勇的党人，正待三洲田大军一到，即可合攻新安城。那时孙先生接到了胜利的消息，非常快乐就一面电令郑士良，要他改从海道，向厦门出发，以便亲自前来指挥；一面急电宫崎，要他把预借的菲律宾军械，立刻运来。并向儿玉接洽，就近接济军械，使人多械足，格外充实革命军的力量。
郑士良得到了命令，就把军队集中横冈，改变计划，取道东北，直向厦门进发，可是新安和虎门的军队，因此不能会合了，在沙湾的军队，只有六百个人，懂得军事学识的没有一半，因在平山、龙冈的中间，又招集了一千多人，军械不够分配，就拿戈矛替代补充，整列队伍，浩浩荡荡地从镇隆前进。这时，何长清的水师，虽遭失败，还有三千人，陈师于淡水之上，陆军邓万林也率兵千余堵截要道。郑士良率领大队人马，开到佛子坳时，清军已扼险相守。郑士良深怕寡不敌众，只有出奇制胜，分做三路进兵，派拿戈矛的在前面，拿军械的分为左右两翼，趁敌军不备，偷偷地爬到山上，两面夹击起来，敌军顿时大起惊慌。没有反抗的能力，纷纷溃散，士良就率领大队，追赶上去，当场杀死守备严某，俘虏归善县丞兼管带杜凰梧，和敌兵数十人，夺到洋枪七百余支，弹五万发，马十二匹。一时士气大振，声势浩大，这是闰八月二十二日第二次的胜利。
这一次胜利以后，得到了一个很大的响应，就是博罗附近的梁慕光、江维善等也率领千余人，围攻博罗县城，另派一小队进扑惠州府城，以分清军的兵力。但狡黠的惠州知府沈传义早把从博罗到惠州的浮桥截断，又派士勇二百人把守着。同时粤督也先后檄调提督马维骐、刘邦盛，总兵黄金福、郑润琦，都司吴祥远、莫善精等，各带大兵前来救援，就在惠州府城外白芒花、平潭等处，与革命军接战。革命军因为寡不敌众，只得分作几路，散到附近各乡村去，惠州城的围攻，终于没有成功，于是清军专以全力对付郑士良的军队。
土良自佛子坳大胜以后，正向永湖进发，一路所向披靡，秋毫无犯。各地乡民都燃放爆竹，兴高采烈地欢迎革命军。也有拿酒食来慰劳的，也有投身革命军，一路跟去杀敌的，浩浩荡荡，声势非常雄壮。二十四日到永湖时，人数已增加到五六千，但从永湖再前进时，走不到几里路，就遇到了从淡水退回和惠州派来的大队清军；狭路相逢，便迎头痛击，清军出其不意，又遭遇了一次大败。纷纷向惠州、淡水、白芒花等处四散逃窜，邓万林中枪坠马，也抱头而逃。这次夺到敌军洋枪有五六百支，弹药数万发，马三十余匹，又俘虏敌兵百余人，叫他们都剪去辫发，充作军役。这天晚上，又出发向白芒花追赶清军，到达时天已明亮，却不见一个清军的踪迹。那里的村民五六千人，看见了革命军，都很踊跃地前来欢迎，并且也有很多投军的，革命军这时已增加到一万左右的人了，在行军的途中，不免感到一些困难。这是第三次的胜利。
从十五日发动，到第三次胜利，只有七天工夫，竟三战三胜，这确是出于意料的事情。士良到了白芒花，便再向厦门进发，一路不见敌人踪迹，直到第十日，就是二十六日，到达崩冈圩，看见清军已在对岸守着，士良便居高临下，对准着清军，展开了阵地战，隔江对射，相持不下。到了晚上，趁夜色朦胧中，派了一个小队偷袭清营，给敌军一度打击。第二天清晨，再以全力进攻，清军便又大败。这时革命军的子弹已经不够，无法追赶上去，因此转向三多祝前进，在那里整编队伍，集中粮饷，准备再到梅林。这是发动后的第四次胜利。
在革命军节节胜利的时候，清军的不堪一击已经充分地暴露，满清官吏，深恐有负皇恩，慌张极了。南海县令裴景福就异想天开，想利用陈廷威和革命党议和。陈廷威是第一次广州起义时，孙先生要陈少白从上海去找来的，这次也派他在北江联络绿林，但他只是躲在家里，捏造事实，虚报孙先生，是一个意志薄弱而贪生怕死的人，他知道满清官吏要议和，是再好不过的机会，便和陈少白商量，但少白意志坚定，把他痛骂了一顿，他就怏怏而去。随后又和杨衢云商量，这一回他居然达到了心愿，因为杨衢云也极力主张停战议和的，他们商量了以后，就和裴景福的代表植槐轩讨论议和条件。孙先生在台湾，接到杨衢云的报告，知道事情不妙，怕又闹出像上一回广州起事的乱子，就打了一个电报给陈少白说：“提防七指。”因为杨衢云幼年时代曾经学过机匠，三个指头被机器轧去了，所以叫他七指。第二天，又派了杨心如带了一封长信给陈少白，说明杨衢云要求接纳议和的事实，信末又附着这样一句：“看毕即可烧去，以存忠厚。”少白看了，就把这数千字的长信烧掉，这是革命党的一个小小波折。孙先生又是很宽宏地饶恕了他。
但那时，最重要的还是在怎样地接济大批军械到前方的革命军。可是不幸的事实，连接地发生了，第一是宫崎从日本打来的电报，说中村弥六所购的菲律宾军械都是废铁，是一个巨大的骗案。第二是日本的政局，随着惠州革命的进展而起了重大的变化，从山县内阁而变为伊藤内阁。伊藤博文对于中国的革命，却一反山县的态度，他首先禁止儿玉帮助中国革命党，并禁止军械出口，也不许日本武官投效革命军。因此，孙先生所预定的计划，到这时候全部失败了！前方革命军胜败的关键，就在这一点，他不忍数万健儿就此苦斗牺牲，就急派日本同志山田良政，带了几个人，从香港经海丰而到革命军的大本营，把这一切告诉了郑士良。这时，革命军正在白沙准备向梅林前进，郑士良从山田良政手中接到孙先生的传令，原来是：
“政情忽变，外援难期，即至厦门，亦无所得，军中之事；请司令自决进止。”
这好像是一个晴天霹雳，全军二万余人，听到这个消息，立刻激起了无法抑止的悲壮慷慨的情绪，有的竟痛哭失声，那壮烈的呼声哭声，几乎震动了山谷和原野。现在一切都失望了，于是只有回到三洲田大本营，以便从香港购取军械，再会合新安和虎门的同志，进攻广州，但当革命军还没有到达三洲田，经过横冈时，何长清的军队，已在前面阻挡，士良在这进退无路的时候，只有挥着热泪忍痛解散这二十天中患难相共的几千个英勇同志，他自己就和黄福、黄耀庭等先后到香港。山田良政因为不晓得路经，在这离乱中，从大队里落伍了下来，给清军掳去杀害，这是日本同志为中国革命牺牲的第一个人。
惠州革命是这样的失败了！但是当郑士良在惠州苦战的时候，史坚如在广州曾经想几次发动响应，都没有办法，最后就决心谋炸广东巡抚兼署总督的满洲人德寿。但结果只有炸去了抚署的围墙数丈，德寿却一点没有伤害，坚如雄心不死，竟大胆地回到抚署附近去查验，于是被清军营勇截获，在南海县署就义。广州的事情在惠州革命的风潮中也昙花一现地失败了！史坚如年少英敏，竟随着陆皓东做了为革命殉难的第二个健将，孙先生一想到这两位先烈，就非常悲痛。这是惠州起义失败经过的大概情形。