纪元前六年（1906年）三月，孙先生在欧洲的事情已经办妥了，就从马赛启程东归。经过香港的时候，在船上约布加卑来会谈，布加卑问孙先生中国革命的实际形势，和各省军队的联络情形，如果运动成熟了，法国政府可以立刻帮助。孙先生说现在还在准备时期，因此请他先派几个得力的职员来相助，以办理调查联络的事情，布加卑就满口答应，由他们驻扎天津的参谋本部派定武官七人，归孙先生指挥调遣，这样决定了，就握手道别，孙先生也一直回到日本。
孙先生到日本以后，就派廖仲恺驻天津，协助布加卑调查中国革命实力及翻译各报所载革命消息；派黎勇锡与某武官调查两广，派胡毅生与某武官调查川滇，派乔义生与欧极乐武官调查长江沿岸各省。一切部署就绪了，孙先生因为内地方面，既然有这样的调查联络，只要静待消息，因此又偕胡汉民重到新加坡，准备更扩大同盟会的会务，使成为南洋革命的总机关。
孙先生到了新加坡，早有林义顺等在码头上欢迎。他和胡汉民二人上了岸，先到张永福的铺子新长美号座谈一回。然后坐了马车（当时汽车很少）同到晚晴园安歇。许多同志一听到孙先生来了，大家都来会见，晚晴园顿时又热闹起来，每天晚上总有许多同志会餐，大家就公推谢心准长住晚晴园招待，门外加用几个门警荷枪守卫，情形好似庄严了许多；因为那时新加坡保皇党对于孙先生非常注意，所以必须要有相当的保卫。
过了几天，孙先生命胡汉民起草分会章程，就在晚晴园召集开会，把章程通过了。这时候，人数已比较从前增加了很多，因此孙先生提议把前届职员重行改选，选举结束，张永福为正会长，陈楚楠为副会长兼财政主任，林义顺为外交主任，谢心准、李晓生为文牍科主任，于是这分会的规模比从前扩大了很多。
孙先生这一次在新加坡，一般同志对他比从前格外亲热而崇敬，张永福有一段回忆说：
我们在七八年以前的人生观，本是求乐主义。小桃源俱乐部（按此俱乐部在孙先生未到新加坡前，由张永福等发起组织的）虽是我们集会讨论国事的场所。同时亦是我们随意消遣的地方。胡天胡帝，其乐陶陶，真是寻得桃源可避秦了。然自认识了孙先生后，凡遇先生来新住在晚睛园的时候，我们就渐渐有些觉悟，知道一味地娱乐是不正当的，以后每三五星期，总不见往小桃源俱乐部一次，因为晚晴园有孙先生和许多的同志，每天午后以至十一二点钟，总是到晚晴园和孙先生说地谈天。讲那过去未来的故事。虽然多是无关紧要的闲谈，但是每每有许多不可思议的问题发生，随时就请孙先生解释。他总能原原本本根据科学说给我们听，比较别人说的要增加许多道理，增加许多兴趣，我们因为这样进益不少。求乐主义的人生观，亦一变而为求知的人生观了。每日自下哺以至半夜，总离不开这晚晴园的晚餐会。外间以为我们是神经中了革命毒，及迷信革命太过，但是我们很明白，这正是我们得到正当认识的起头。我今回想当日情形，要再有晚晴园一般真娱乐，是再不可能的，设使非有孙先生循循善诱我们，我们那能得这样的进步呢？（《南洋与创立民国》）
这是代表一般华侨老同志的情形，因为那时的华侨，暖衣饱食，本来想不到就要急切地革命，他们的知识程度，也是有限得很，所以在那时的风气中，孙先生不但是做他们革命的领袖，同时也是他们知识的指导者，于是许多华侨认识了孙先生以后，都改变了他们的生活，像张永福所说的一样。现在我们约略说几件孙先生在新加坡的故事了，也是永远留在那边华侨脑海中的最深刻的印象，而使他们对孙先生格外地崇敬和信仰。
那时孙先生在晚晴园，和许多同志朝夕谈话，但一到同志们散去了，就独自坐在书桌前，很静寂地埋首看书，四壁满挂着地图，随时可以指出各省要塞的位置，各国重要的军港。但从不看见他拿着一本小说或其他无谓的书籍，许多同志都很惊异孙先生的用功。但孙先生对于象棋很有兴趣，行筐中除书本外，就以象棋和棋盘为重要的伴行物，棋术虽不十分精，似乎胡汉民还比他强些。在晚晴园中，晚餐客去后，时时约张永福等对弈，至更深人静了才各自罢手。一天，孙先生和张永福在客厅弈棋，已过半夜了，外面细雨丝丝，随着微风吹进窗来，孙先生说：“我们上楼在房内继续工作，”就捧着半局的棋盘走出客厅，张永福也拿着灯跟着登楼，就在林时塽、谢心准所睡的床前设局对弈。他们工作开始了不多时，谢心准却在梦中呓语，喃喃不知所云，最后才听得很清楚地在叫：
“双文呀！双文！”
这是因为谢心准这几天读《西厢记》着了魔，所以梦中也喊起双文来了。孙先生听了还是很沉默地下棋，但张永福却忍不住要笑出来了，孙先生于是解释道：
“谢君的胃大概是不消化，神经过弱，因此有这种现状。”
说罢一笑置之，依然继续下棋，到金鸡报晓，才大家分别休息。孙先生这种解释是在常识的范围中，当然是很合理的，但这就是大概张永福所说的不可思议的问题吧，孙先生始终是站在指导的地位，对他们不断地指导。还有一件故事，就是有一回，因为一个同志家里的妻子小产，在晚晴园的几个同志，偶然中批评起动土、冲犯、画安胎符种种神话，孙先生也在座，听了便说：
“还可以用的。”
“果真有效应？”他们问着。
“当然有效的。”孙先生很肯定地回答。他们都很奇异，似乎不能相信孙先生的话，于是要追问这有效的原因，孙先生就这样说道：
“你们不必怀疑，这些是有科学原理可以解释的。心理学和精神学二者，都可以造成这小产及安胎的原因，所以要有效果，还是从这方面去着手。譬如养有一对黑色的马，你要他受胎，将来生出来的是别种颜色小马，这亦可以用科学原理用人工使他感化；大凡畜牧家多能明白这道理的，我的哥哥在檀香山亦时时把所畜的马匹改变颜色来玩耍。这可以知道凡受妊的孕妇，在精神上须有适当修养，调剂其意志，对妊孕当然有适当的保全；但究竟亦以该妇人生平是否迷信为别。如果这孕妇平素是迷信深重的，这是顺她的意志用符法来安慰他，那当然是有可能的效果。”
这一个很圆融巧妙的解释，自然说服了许多同志。但从这几句话中，很可以看出孙先生对于中国民族的风俗和习惯，不肯跟着人家随意批评反对的，他一面拿科学原理做根据，一面这是尊重自己民族的风俗和习惯，所以许多同志除了绝对信服以外，再没有什么话可说了。孙先生对于骑马是很精明的，他可以坐没有鞍子的马，跑得很稳当。在新加坡时，也曾骑马到郊外去运动，所以随口就拿马变颜色来做例子，可见他对于骑马的兴趣了。
孙先生这样地住了很久，新加坡的同盟会基础已经很巩固，于是准备推广到其他各埠，亲自带了李竹凝、陈楚楠、林义顺到吉隆坡，在青年益智会居住，认识了陈占梅、陆秋泰、陆秋杰、王清江、邱怡领、彭镜波、刘襟和一位七十余岁的老华侨阮英舫等，借了陆秋泰的花园开会，公举王清江为会长，于是吉隆坡的同盟会分会也开始成立了。孙先生一行人等，就沿途往大霹雳、怡保一带前进，想把会务更大地扩展开来。到了怡保，行装已搬人新改良旅店，准备安歇。却不料这时候怡保的华侨势力，完全被康有为党徒所占据，那大资本家胡子春与广西总督岑春煊是多少有些关系，因此希望帝统万年，并且想借康有为的力量在满清政府下面去做官；而那些其他聪明的资本家势利之见本来是很深的，他们富了就要想贵，认康有为是保皇领袖，自然想巴结他，以为做官的终南快捷。他们这样地想着，同时就把孙先生等看做他们的敌人，因此一闻孙先生到来，就想以极大的阻力来打击他。那时孙先生等因为同处于他人统治之下，力量比较薄弱，敌不过这海外土豪劣绅的胡子春，当然以避免冲突为上策，所以看出风色不对，就趁夜偕林义顺、陈楚楠、李竹凝等搬着行装到别家旅馆去暂住，第二天早上，回到吉隆坡，大家商量了一回，觉得同盟会的推广工作，还是不能因此停顿，于是派林义顺、陈楚楠二人到槟榔屿去，由孙先生写了一封介绍信，给那边的一个侨商吴世荣。孙先生等就从吉隆坡回到新加坡。不久，林、陈二人也回来了，向孙先生报告槟榔屿的情形确实不错，分会已经很顺利地成立，孙先生听了很愉快，因为失败于怡保，还能成功于槟榔屿，革命势力的扩张，不是没有办法的。
过了两个月，福建黄乃裳，潮州许雪秋、陈芸生、萧竹漪等。也先后到新加坡来见孙先生，报告闽潮两处地方的情形和运动的成绩。因为他们一向在那边规划起义的事情，和张永福等早有联络，当孙先生上一回在新加坡时，张永福等已经详细报告过，孙先生要他们来加盟，所以这一次特地从潮州赶来，和孙先生见面了，就在晚晴园加入同盟会。大约又过了十多天，黄乃裳、许雪秋等领了孙先生的委任和机密命令，就分头回去，准备一切。孙先生也交下秘密电码和通讯方法、通讯地点等带了胡汉民和亲信侍卫陈和，回到日本去了。
孙先生回到日本的时候，派往各地的法国武官和随同协助的同志，已经分头积极进行，但欧极乐的事情，却已失败了，不久，乔义生就从上海到东京来报告了。事情的经过是这样的：乔义生奉了孙先生的命令，引导欧极乐到武昌，就在武昌高家巷圣公会的日知会图书报社开欢迎大会，军界同志来参加的，座为之满。欧极乐演说革命，非常激烈，由乔义生当翻译，大家听得很奋发。但满清官吏早已派了两个密探，混在人丛中，有人说新军统制张彪也化装混在中间。这也是可能的事。于是一切的情形，都被他们告诉了湖广总督张之洞，因此，不久日知会会员刘家运、朱子龙、季甫霖、胡瑛等都以嫌疑被捕。这时乔义生已跟着欧极乐漫游长沙、沙市、九江、南昌、南京、上海、厦门、福州各地，备受当地同志的欢迎。当他们回到上海时，本想再到武昌，但在报上却见到张之洞通缉乔义生的消息，因此就中止到武昌，欧极乐回到天津，乔义生只有到东京来了。孙先生听到他的报告，非常惋惜。这时候，派往天津的廖仲恺，因为他夫人何香凝的催促，早已离开那边，因此孙先生就改派乔义生到天津去，欧极乐也表示非常欢迎。但是意外的事情，竟连续地发生，当乔义生正要出发到天津去的时候，接欧极乐来电，说：事已泄露；请暂缓行。随后又接到他的报告。原来当他从上海回到天津的时候，满清政府因为得了张之洞的奏闻，就密派英人侦探，每日不分昼夜，侦伺左右。后竟贿通跟欧极乐南下的一个厨子，一天晚上，欧极乐出去时，忘掉锁门，便给他乘机把所有的南方通讯都拿去了，这是一个很大的打击，孙先生苦心孤诣的计划，又遭了一次严重的失败。
满清政府得到了这一切证据，就向法国公使大开交涉。但这是孙先生和法国政府直接交涉的结果，法国公使事前是一点不知道的，所以他无法答复满清政府，就请命于他的本国政府。法国政府倒也痛快，他们教驻华公使不要顾问这件事，于是满清政府无可如何，孙先生暗暗欢喜。可是不久法国政府改组，新起的内阁是不赞成这种政策的，于是把天津参谋部撤销，布加卑也奉召回国，孙先生的计划依然不能实现，倒掀起了一个小小的国际风波，孙先生常常引为这是一件憾事。