法国武官的调查工作，虽告失败，但革命的声势已经比从前格外伸张了，孙先生趁着在日本有许多同志可以讨论的机会。于是决定草订革命方略，把革命进行的大纲和革命军发动时对外关系、军队编制、筹饷、囤粮、安民、招降等等要点，都规定在这里，成为一本革命党人的必备秘本。这是孙先生革命理想和行动纲领具体完成的开始，是最有意义的一件事。同盟会本部许多同志都很赞成这个提议，于是开始讨论草订内容的办法。第一关于革命军发动时发号施令的机关，主张必须组织军政府，这是大家一致同意的。第二关于革命军发动时应该有代表一种新的革命的旗帜，以有别于满清政府的黄龙旗，却发生了许多分歧的意见，孙先生的主张，是要沿用兴中会的青天白日旗，他说：
“革命军的旗帜，决不能忘掉最先流血的先烈的精神；青天白日旗是先烈陆皓东所发明的，兴中会诸先烈为了这旗而流血的，不知有多少，我们应该永远留作纪念。”
“可是这旗帜的形式，太不美观了，并且和日本的旭日旗相近，最易引起误会的。”黄克强首先表示异议。
“青天白日的颜色，非常鲜明，是表示光明正照的意义，还不美观么？如果和日本旗稍近，可以再加上一种红色，成为青天白日满地红的三色旗，也是举世共晓的民主主义的旗帜。总之，这旗是革命军的唯一的标识，我们必须要永远采用的。”
“如果以兴中会的旗来代替同盟会的旗，那末我们在湖南起义时也曾用过一种旗，我们也可以说这是华兴会的革命标识，要同盟会来采用它，因为这旗也曾有人为它流过血。”克强似乎带了些意气这样说。
“我们平均地权的宗旨，是和古代井田的意思差不多，我们还是用井字来做革命的标识吧！”廖仲恺想缓和两方面的意见，这样提议着。
“用金瓜斧钺式，以发扬汉族的精神，也可要得。”又是一种调和的提议。
“那还是用十八星式吧，以表示十八行省。”
“如果因为三色太单调，可以增加为五色。似乎更合乎中国历史上的习惯，所以我们不妨采用五色旗。”
这样复杂而分歧的意见，大家都不能解决了。这是很明显地还是同盟会未成立前各地革命志士各自为政的痕迹的遗留，孙先生为顾全大局起见，不想以口舌来争辩，只有拿努力来表现到事实去。章炳麟、刘揆一等也没法调解，主张把这个问题保留起来，暂时不讨论，这一场辩论因此结束，但是在革命史上终于留下了一个遗憾，虽是此后潮、惠、钦廉、镇南关诸役起义，都用青天白日旗，克强也亲身参加，率领英勇的同志冲锋陷阵，对于这旗也表示默认了，然而民国元年临时政府规定国旗，反而没有采用它。这不是显示着同盟会同志的易于为环境所转移么？所以这一次讨论，大家对于孙先生意见，不肯尊重。不能不说是革命史上的一个遗憾！
国旗问题既然搁置起来了，但孙先生主要目的。是在编订革命方略，所以辩论终结了，就开始这革命运动纲领的规划，帮助孙先生这一个重大工作的，是胡汉民和汪精卫。在这一个方略中，孙先生当时全部的革命理想和计划都已充分地表现出来了。全书共有十三节：一、军政府宣言；二、军政府与各国民军之关系条件；三、军队之编制；四、将官之等级；五、军饷；六、战士赏恤；七、军律；八、略地规则；九、囤粮；十、安民布告；十一、对外宣言；十二、招降满洲将士布告；十三、扫除满洲租税厘捐布告。关于革命发动后的各方面，都很详细地规划妥当。《军政府宣言》是一篇革命的具体纲领，第一段是阐明革命的意义和军政府的责任，说：
今者国民军起，立军政府，涤二百六十年之膻腥，复四千年之祖国，谋四万万人之福祉，此不独军政府责无旁贷。凡我国民皆当引为己责者也。维我中国开国以来，以中国人治中国，虽间有异族篡据，我祖我宗当能驱除光复，以贻后人。今汉人倡率义师，殄除胡虏，此为上继先人遗烈，大义所在，凡我汉人，当无不晓然。惟前代革命，如有明及太平天国，只以驱除光复自任，此外无所转移。我等今日与前代殊，于驱除鞑虏，恢复中华之外，国体民生，尚当变更。虽经纬万端，要其一贯之精神，则为自由、平等、博爱；故前代为英雄革命，今日为国民革命。所谓国民革命者。一国之人皆有自由、平等、博爱之精神，即皆负革命之责任，军政府特为其机关而已。自今以往，国民之责任，即军政府之责任，军政府之功，即国民之功。军政府与国民同心戮力，以尽责任。
这就是说同盟会的革命主义，一方面是承继了先民的遗烈，要恢复中华，驱除鞑虏，但另一方面还要变更国体，就是创立民国；并且注重民生的畅遂，就是平均地权的实行。也即民族、民权、民生三大主义的说明。这是国民应该共负的责任，所以说是国民革命。军政府不过是一个推动革命的机关，它的责任和成功，就是国民的责任和成功。因此这宣言的第二段，就接着说明这四大纲领的要议，说：
一、驱除鞑虏：今之满洲，本塞外东胡。昔在明朝，屡为边患。后中国多事，长驱入关，灭我中国，迫我汉人为其奴隶，有不从者，杀戮亿万。我汉人为亡国之民者二百六十年于斯。满洲政府穷凶猛恶，今已贯盈。义师所指，覆彼政府，还我主权。其满清汉军人等，如悔悟来降者，免其罪。敢有抵抗，杀无赦。汉人有为满奴作汉奸者，亦如之。
二、恢复中华：中国者，中国人之中国，中国之政治，中国人任之。驱除鞑虏之后，光复我民族的国家，敢有为石敬瑭、吴三桂之所为者，天下共击之。
三、建立民国：今者由平等革命，以建立民国政府。凡为国民皆平等，皆有参政权。大总统由国民共举。议会以国民公举之议员构成之。制定中华民国宪法，人人共守。敢有帝制自为者，天下共击之。
四、平均地权：文明之福祉，国民平等以享之，当改良社会经济组织，核定天下地价。其现有之地价，仍属原主，所有其革命后社会改良进步之增价，则归于国家，为国民所共享，肇造社会的国家，俾家给人足，四海之内，无一夫不获其所。敢有垄断以制国民之生计者，与众弃之。
这个说明比起兴中会宣言更有力量而具体了，无疑的，这是孙先生革命经验的进步。但是在这一篇宣言中，更重要的还有实行上列四个纲领的步骤的规定，使孙先生的革命抱负，更能具体地表现出来。这步骤怎样规定呢？就是分为三个时期，他说：
第一期为军法之治。义师既起，各地反正，土地人民，新脱满洲之羁绊，临敌者宜同仇敌忾，内羁族人，外御寇仇，军队与人民，同受治于军法之下。军队为人民戮力破敌，人民供军队之需要，及不妨其安宁。既破敌者，及未破敌之地方行政，军政府总摄之，以次扫除积弊致治之害。如政府之压制，官吏之贪婪，差役之勒索，刑罚之残酷，抽捐之横暴，辫发之屈辱，与满洲势力同时斩绝。风俗之害，如奴婢之蓄养，缠足之残忍，鸦片之流毒，风水之阻害。亦一切禁止。每一县以三年为限；其未及三年，已有成效者，皆解军法，布约法。
第二期为约法之治。每一县既解军法之后，军政府以地方自治权归之其地之人民。地方议会议员，及地方行政官，皆由人民选举。凡军政府对于人民之权利义务，及人民对于政府之权利义务，悉规定于约法，军政府与地方议会及人民皆循守之。有违法者，负其责任，以天下定后六年为限，始解约法，布宪法。
第三期为宪法之治。全国行约法六年后，制定宪法。军政府解兵权行政权，国民公举大总统，及公举议员，以组织国会。一国之政事，依宪法中行之。
此三期，第一期为军政府督率国民扫除旧污之时代：
第二期为军政府归地方自治权于人民，而自为总揽国事之时代。第三期为军政府解除权柄，宪法上国家机关分掌国事之时代。俾我国民循序以进，养成自由平等之资格，中华民国之根本，胥于是乎在焉。
这个实行步骤的规定，在孙先生和保皇党讨论中，大体已经说过，但这里似乎说得更透彻，更具体。爱德华在《革命的自然史》（The Natural History of Revolution）一书说：“所谓革命，乃是在前此未经特定为‘合法的’方法里，由前此未经特定为‘合法的’机关，来执行统治权。革命在普通的意义中，是不合法的，除非得到成功，便立刻合法了。革命不是法律，但在一种真切的意义里，乃是‘超法律’。它乃是纯粹的主权，乃是人民的意旨，在直接地活动。所以它是一切法律的创造者与毁灭者，是一切权力的最初的发动和最终的结果。”这几句话，很可以拿来说明孙先生这三个步骤的意义。因为革命是超法律的，是一切权力最初的发动和最终的结果，所以第一个阶段，必须经过军法时期，这军法时期就是由军政府领导国民推翻一切旧有的法律而实行革命的统治时期。但是军法时期又可说是培养滋长民权的时期。孙先生说：“兵权涨一度，则民权亦涨一度，逮乎事定，解兵权以授民权，天下晏如矣。”所以军法时期的后面，必须紧紧地接着约法时期。这约法就是爱德华所谓的纯粹的主权，是人民意旨直接活动的产物，也就是由“不合法”的行动，而变为合法的了。经过这两个阶段，而后实现宪政，民主政治的基础，当然是非常巩固的。这是孙先生规定这三个步骤的根本意义。梁启超以及一切保皇派的种种怀疑和揣测，正如爱德华所说，是由于他们从法律假定上所生出的迷信，他们距离了解革命意义的程度，不免太远了。
革命进行的程序，既然有这样精密的规划，依这个方略而前进，当然第一步是军法时期，所以这方略上除了上面一篇宣言以外，其余都是军法时期内军事的规划和一切重要工作的纲领，如军队的编制，将官的等级，军饷，战士的赏恤，军律，略地规则和囤粮等。安民布告，对外宣言，招降满清将士布告和扫除满清租税厘捐布告等，是预定着占领一地方以后张贴的。方略第二节军政府与各国民军之关系及条件，是规定军政府和各军都督职权的分际。我们在这里可以看出孙先生对于军法时期统治机关运用上的理想。这条件的规定是这样：
（一）各处国民军，每军立一都督，以起义之首领任之。
（二）军都督有全权掌理军务便宜之事。
（三）关于重大之外交，军都督当受命于军政府。
（四）关于国体之制定，军都督当受命于军政府。
（五）国旗、军政府宣言、安民布告、对外宣言，军都督当依军政府所定，不得变更。
（六）略地、囤粮等规则，军都督当依军政府所定，惟参酌权宜，得变通办理。
（七）以上各条，为军政府与军都督未交通前之关系条件，其既交通后，别设规则以处理之。
第五和第六条差不多是关于革命方略上运用的规定。军政府是事实上秉承革命领袖的意志而统治一切的，这个条文是说明军政府和军都督的关系，依照这条文做去，当然不会有意外的纷乱发生，于是革命方略上所设的一切办法，都可推行无阻，这是很重要的一个规定。
这是中国第一部的革命经典，孙先生的革命主义和理想都已化为条文和进行的程序，而充分地表现了。法国社会学家勒邦曾经说过：一切大革命，必定有一种重要宗教成分，如果没有超越理性的科学原动力，就没有大革命。这所谓宗教的成分，是人类精神上自觉的表现，是给予在现状烦闷中的人的一种得救力的暗示，使人们在这个新信仰之下前进。索勒尔又称这革命的精神发动力是从无数现有事物的批评与将来景况的无数希望中，逐渐浮现的一种新理想，是有一种新天地的描写，使人易受感化。这样说来，孙先生的革命方略，是给予人民一个最好的理想典范了，它是综合许多人的自觉而把它具体化了，它不但有现有事物的批评，并且还有将来景况的规划。无疑的，这是中国人新信仰的起点，是新的革命宗教的教条。因此，这革命方略规定以后，中国革命的发动力更推进到另一阶段，革命党员的活动，更得到一个新的轨范，这是很重要的一个变迁。