孙先生惨淡经营的革命运动，已经接连着失败，这是何等悲痛？但革命是适应人心的要求，它是普遍发展的。当孙先生在两广方面，再仆再兴地从事革命，其他闻风兴起，独树一帜以建义的也很多。像这一年当黄冈和七女湖事情失败后不久，就有五月一日广州刘思复谋刺李准的事情发生，结果因他自己炸伤了没有成事。不久，更有五月二十六日徐锡麟在安庆枪杀清安徽巡抚恩铭的轰轰烈烈的壮举，六月更有秋瑾被害的事情发生。革命的空气，已经笼罩了全国。这些事情，虽不尽由孙先生直接指挥，但无疑的，是更助长了孙先生革命的声势，更证明革命的普遍的需要。因此，在防城起义失败，汕尾运械未成以后，十二月五日（阴历十月三十日），安南法文《东京日报》有这样一段记载：
本月二日（阴历十月二十七日）上午六时，号称第二旅顺口的镇南关要塞，忽然给中国革命党占领，经过猛烈的射击以后，左面的第一个炮台就攻下了，接着又攻占了第二炮台，革命军的青天白日满地红的旗帜，就在这上面飘飘地招展着；第三炮台虽暂时间支持于清军之手，但亦遭着同前一样的境遇而陷落了。据传说，驻屯镇南关本营的清军，已反戈而投入革命军去了。
这是一个革命军胜利的捷报，也是陷在迍邅命运中的孙先生转入佳境的喜讯。但事情发展，不是偶然的。当五六月间，孙先生正注意于钦廉军事的时候，也早曾计划在镇南关的军事，因为这里是广西边境上的天险要隘，它的重要超过平宜关和水口关，所以法文报上常常称它为第二旅顺，那时孙先生曾派关仁甫到驻屯镇南关的清军营中去游说反正，因为仁甫是和清军营长黄瑞兴本来相识的，经他游说以后，黄瑞兴已答应俟机而动，同时边防统领总教练易世龙和龙州道幕客陈晓峰二人，也很赞成革命，但不幸，广西巡抚张鸣岐不知怎的就知道了他们的秘密，不久易陈二人都给他杀害了，孙先生的计划，就遭受了打击而暂时停顿了。但那时有一个云南会党的张头目，忽然很远地来看孙先生，他说愿意自任云南方面的革命军急先锋，孙先生在这弱者不弃藁、竭者不择水那样的境地，就欣然接见他，在一间密室中，讨论了很多关于发难的计划，最后孙先生宣布军事进行的大势道：
“我们目前的军事计划，还是首先要占领镇南关，如果在双方酣战的时候，突然把附近的水口关也克复了，那就可在二日内占领冯祥，更进军而溯龙潭，再二日而完全克复龙州城邑。如此则有革命历史的太平府，与殷富绝匹的南宁大都会，只有如临风的杨柳，而全部克复了。这时候，就可以在靠近西边国境的开劳为根据地，密檄云南诸豪杰，一齐起来，待机会成熟，就可袭击河口，乘天下狼狈之时，即拥风魔岭的天险，而威胁蒙目。若此时总督锡良闻讯亲征。则或出通海，或下建水，出一奇兵以扰昆明。只要我们悬军二月，坚持努力。在东方扼广东潮州之地，则有陈涌波、许雪秋等正张其巨眼，渴望机会的到来。惠州七女湖的壮士三千人，也不是有人在挥刀而叹髀肉复生吗？最近游说钦廉二州的官兵使之反戈，黄克强不是已经很有成就吗？而在他的故乡长沙一带的地方，还有在断头台下含恨千载而尚未瞑目的马福益残党，不是也在卧薪尝胆，等候复仇时节的到来吗？还有，请再看山西、山东、四川、贵州等的剽悍；安徽、江西的强勇：其他长江以南所潜伏着各地的哥老会、三合会等，或是旬日后起事，或在一月后响应，至迟在二月前后，都喊着”排满复汉“的口号，四面蜂起，而决定了满清政府的命运。”（见池亨吉《支那革命实见记》）
这样滔滔地详述了一回，主客也就慨然了好久。张头目完全接受孙先生的指示，就准备回云南去发动，于是孙先生就在机关部派许多人办理关于革命方略上所定的几种文件和其他准备事项，一切都办妥了，张头目带了这些东西，就匆匆地去了。
这是何等伟大的革命军事计划？但张头目去后，没有什么动人的消息，似乎再不能静待机会的到来，于是孙先生先派人到镇南关方面去活动，结果凭祥土司李佑卿竟被孙先生所派的人说服了，他允许帮助夺取镇南关。但必须有人去主持。这时克强、和顺因为防城灵山的军事失败了，早已都先后回到河内来，因此孙先生就派和顺到凭祥去和李佑卿见面，这样，久已沉寂了的镇南关军事计划，又复活起来了，同时也就紧接着汕尾运械失败后的革命运动又开展了。
和顺奉了孙先生命令，在十月五日的拂晓就离开了河内机关部到那模村去会见李佑卿，但到了文烟想越过国境的时候，忽然被法国守兵疑他为日本侦探而拘禁起来了。孙先生听到这个消息，十分焦心，想尽了种种方法去营救，并证明他是中国革命党才得安然释放，辛辛苦苦地越过了国境。大约是他到了那模村的第二天十日吧，孙先生接到了他的电报说：“一切准备，皆已成功，机会亦已成熟，即拟于十三日晚上起事，万一如有障害，则十五日夜暮即当直击镇南关的要塞而破之。”这是无疑的，他已经和那模的游勇领袖接洽妥当了，这一个意气激越的报告，立刻使孙先生和机关部的许多人，都兴奋得了不得。这样一来。大家都期待着像牛步那样而来的十三日，但到了那天。没有什么消息，这夜就这样过去了。翌日早起，都静候第一声的捷报，然而依然别无消息，这一天就过去了。现在只有这一夜，怎样过去，大家都充满着明天可以听捷报了的心理，但这是烦闷的希冀，艰难安静地度夜。不料十五日的黄昏，王和顺忽然悄悄地归来了。孙先生问他怎么回来了？他说是为了生病。唉！这是什么一回事啊！本来的期待太大，因此失望也随着大了，大家都骂他是自馁而思推诿的畏葸病。但孙先生经详细研究以后，才知道和顺是绿林出身，本来和那模的游勇没有感情，大约李佑卿因此不愿和他合作。可怜胆怯的王和顺就这样毫无结果地回来了，连真相都不敢说出来，只是推托生病，孙先生知道他的苦衷，也不深责。于是另派黄明堂、关仁辅和何伍经营这事。至于王和顺，因为曾经主持防城军事，于是派他联合灵山失败后，退入十万大山的同志，谋袭水口关，以为声援。明堂和仁辅等，本来是游勇首领，事前早已与台上守兵联络成熟。现在同受革命军重任，发动军事是很容易的。
事实的真相，果然和孙先生所臆想的距离不远。当他派人和黄明堂等商量时，他们只要求王和顺不来加入为一条件而翕应允诺了。十月二十四日的早上，他们就有密电来说，已经决定在十月二十六日晚上起事。到了那天，机关部的几个人，因为鉴于从前王和顺的失望，所以丝毫没有什么感动：是大家相互祈望他们能成功而已。可是在各人的胸襟中，总不能安定；在一间会客室里会见后，忽然散开了，散开后，又忽然聚了拢来，没有一个人能安静着。当时有一个日本同志池亨吉，是孙先生约他来当英文秘书的，也在这机关部，他因为在游戏的当儿，从高处跌了下来，伤了左肩，感觉得非常疼痛，这天晚上，他就独自先去睡了，在夜阑更深、万籁俱寂的时候，他正辗转反侧着，突然看见孙先生走近他的卧床，他就慢慢地起身来，孙先生急忙地制止他，在天生成的温和的面上，笑问他道：
“你睡着了吗？”池亨吉因为疼痛得不能说话，只是默默地望着，孙先生却又破颜一笑地说道：
“你也尚且如此，我实在睡不着。我一生的运命，就在今天晚上了，几年的辛苦，如果在这方面能够成功，就是将来发展的端绪了。一想到这样，我时时刻刻心里有如听着镇南关方面的炮声，虽是要想睡，但竟不能睡着！”
池亨吉听了不由地表示着深切的同情，就紧握着孙先生的手。不一会，邻床也发出了很大的声音，是在叹着道：“谁能睡得着呢？”就突然地起了身来，原来是目光炯炯的胡毅生。在隔房汉民和克强也互相和声地说：“谁能睡得着呢？”说着克强已经走了出来。这时已经将近三点钟。窗外也听到一声声幽静的鸡声。可见这时各人期待着革命军捷报心理，是何等急切而烦闷啊！
胜利的捷报终于传来了，原来二十六日晚上黄明堂等确已率领那模村游勇八十人，快枪四十二杆，循着镇南关背后的间道突然向关上右辅山炮台开始发动了，经过了几次的攻击，在第二天早上占领了，就像上面《东京日报》登载的文字所说。孙先生得到了这个胜利的报告，真是快乐极了。沉寂的机关部，也顿时现出活跃的景象，大家忙着准备做军服军帽，奔走接洽各方面的事情，预备明天（二十八日）都到阵前去督战。受了伤害的池亨吉，也忘了他的疼痛，愿意参加。各人的心中，都扫除了阴霾，现出了无限的光明。
稀微的晨星，还是在寒冷的天空闪烁着，暮秋肃杀之气，一阵阵袭到身上来，几乎发抖，这正是十月二十八日早上四点钟的时候，河内机关部的同志正在跟着孙先生出发到镇南关去。一路同行的有克强、汉民、毅生和卢琳、张翼枢（他们是在安南巴维学校读书告假从军的）等，另外还有池亨吉和一个法国退职炮兵上尉D男爵。六点钟到了车站，大家就坐上了越西铁路的车子直向同登站进发。不久，车过红河桥，一直自云南省逆卷而下，横断富良江的下流，一路蜿蜒，直达东京府的中央，桥长计一千八百余间，可算是东亚大陆除黄河铁桥以外最长的大桥了。出了红河桥，东京都城，就隐没在晓雾模糊之中而不见了。这车子的速率和猛进的姿态，真是反映出这许多人的勇气和希望，他们是同坐在一个车厢里，再也没有其他的人夹杂在中间，似乎都忘却了凛冽的晓风吹来，只是很快乐地相互纵谈，沉默寡言的孙先生，也破除了习惯。在兴奋愉快的表情之下，变成了欢喜多说话的样子，他说：
“我只有一个夙愿，就是欲入中国最南角的镇南关，悬军万里，旌旗堂堂，贯通中国的腹地，而出中国最北角的山海关。一出山海关，就可把爱新觉罗氏送上了末路，现在这个夙愿的前半，快要成功，其余后半的成就。还不晓得在那一天？唉！真不晓得在那一天？”痛快淋漓地说了，就哈哈地笑了一阵。
孙先生这样兴奋的快乐，的确不是寻常的，因为他自本年一月离开了日本，航行到新加坡，再由新加坡出来，就此藏身匿足迹于河内，在这二百四十多天的中间，满清政府的密探，时或悬赏二十万两，以求其首级，或以云南一省为报酬，要求法国政府加以逮捕，孙先生在这阴霾满布的幽暗生活中，因为足不出户，缺乏运动机会的缘故，曾经发生剧烈的胃弱症，这样的遭遇是多么艰难辛苦？现在竟突破了重重地围困，疾驰于荒漠的大原野之中，于新鲜的晓气中，恣意呼吸，对于他真可以说是苏生复活了。同行的许多，也都感觉到新的光明的照临，于是都不期然而然地连呼“革命党万岁！”这样不知不觉问已到了谅山的同登站。大家下了车，步行到文烟镇。这时那模村的游勇代表，已经都知道革命首领来了，所以预备好了几匹马来迎接。孙先生等和游勇代表略略讨论了关于战略的问题，就各自上了马，扬起了马鞭，奔向那模村。一路上，看见突插云表的奇峰，高出海面约三千余尺，在1884年，中法战争的时候，法国曾以一万精兵，没有夺得这险要之地，因此称它为第二旅顺；现在却有鲜丽无比的三色革命旗与无数军旗，在这上面的要塞上骄傲地飘扬着。他们沿着峰峦起伏的羊肠小道的凭祥街驰去，就折入到那模村的捷径，隔山的炮声，正隐隐地传来，孙先生面上更显出喜悦而兴奋的神采，拍马前进，就一直冲到许多人面前去，因为他自幼就有骑马的经验，所以走得很稳当，虽然克强是一个军事家，也自叹弗如。池亨吉老是落在后面，只有自笑为殿军，他就大发诗性，抚着马背高吟着：
“感来意气不论功，魂梦忽惊怔马中；漠漠东亚云万叠，铁鞭叱咤厉天风。”
大约走了一点多钟的时间，就到达了那模村目的地，这时是下午五点钟的光景，由游勇首领何伍出来接待。孙先生等就在他家里很匆忙地吃晚饭，充实了一天来没有吃的空腹，吃过饭。就围住了微弱的豆油灯开始讨论爬登镇南关山的办法，决定立刻要上去，这时天已黑了，因此用枯芦结成了几十个火把，由精壮的游勇，一手拿着刀，一手拿着火把，照耀着拥护了孙先生等前进，同行的有六十多人，衔枚疾走，气象庄严。下凭祥街约半里许，由此就左折而入镇南关山后的间道，开始爬山的工作，这时书生的孙先生却爬得比任何人都快，克强因为是一个胖子，越爬越喘气，非常辛苦；法国炮兵上封D男爵，因为身上背着一支藏烟枪的箱子，非常累赘，所以都落后了。汉民大概在何伍家里吃的东西，不十分舒服，爬到半路，觉得口渴得很，把护卫的葫芦里的冷水又喝了些，这样就肚子作起怪来了，忽然昏倒在地上，大家都很着急地要把他抬起来，孙先生就本着医生的态度，对大家说：“这是不要紧的，只要睡一下就可以好了！”说着就把汉民的脚部衬高，头部放低，这样一来，他就顿然苏醒，等一回，就起来说：“不要紧，我可以和大家同去。”大家听了，都放下了心。又继续爬上去。大约在九十点钟的光景，才到达炮台，早有黄明堂等出来迎候，一时军乐大作，奏起了欢迎革命领袖的歌曲，夹着一片欢呼的声音，冲破了这深夜寂静的山上空气。孙先生见了明堂等，约略谈了一下，因为一天来奔走，疲倦极了，就和大家睡觉。在这炮台里面是什么东西都没有的，于是只有把堆在台下的茅草当作寝具，D男爵却拿出他的烟枪来大吸了一下，以补充他的精神。这一夜，就这样地过去了。
第二天一大早，大家都起来，这时清军参将陆荣廷尚坚守镇南关本营，专候龙州大兵到援，白天只是派小队向三炮台轰击。没有什么大接触。所以明堂等早已很焦急地等候孙先生亲来指挥，然后向龙州大举进攻，这一天晚上，这一方面孙先生已经赶来了，敌人方面的援兵却也来了很多，孙先生等起身后，就听到敌人的枪声，一直从这三炮台传来，于是大家开始向第一炮台检阅内部。这第一炮台是向北的，称为镇北，由黄明堂坚守着，其余二台，一为镇南，是何伍守的，一为镇中，是李佑卿守的。第一炮台比较最坚固，有十二生的克虏伯大炮一门，七生的大炮一门，新式四响机关炮一门，七生的野战炮四门，臼炮数门，大小炮弹数千发。D男爵也观察了一下，他看见大炮的器具，有很多不完全的，标尺也已经没有了，因此虽是满列着许多炮，但都不中用，后来他酌量放了几个大炮，向距离四千密达（即米，英文metre的音译）的清军营寨轰击，第一弹就命中，清兵死伤六十余人，立刻呈露纷乱现象。但事情太不凑巧，再看别个炮台，炮的方向是向安南的，开炮就是向安南打，不能向中国境地的清军打，大炮的方位是改不过来的，于是当时横着两个严重问题：一个是大炮的方位改不过来，有了大炮等于无用；一个是几支枪也都是老式的无用之物。必须重加配修。D男爵要想把炮的方向改过，但是没有工匠，一个人弄不好，就是有了工匠，也不是一二天可以办得好的，弄得他没有办法：就是配枪的话，又是非下山不可，这样大家不免焦急起来了。有的主张在这无办法的环境中，如果要拖下去，倒不如下山后另找办法。孙先生却不忍就离开这里，很兴奋地说：
“我是不愿意下去！因为第一，我是十多年没有踏过中国的地方，我现在踏在这个山上觉得很高兴，我简直舍不得下去，我认为我们在这里总是有办法的；第二，他们几十个人敢占炮台（指黄明堂等），就是要希望我们来，要是我们走了，这个炮台不是马上失守了么？”
孙先生这个话，是很有理由的，但事实上再不能逗留在山上了，所以汉民也申述他的意见说：
“如果我们在这里没有办法呢，我以为坐守在这里是不必的。我们守这个炮，而这个炮也没有战斗的作用；守这几十支枪，也没有最终的目的。至于他们守炮台的将领，也会明白我们守在这里是无法帮助他们，就必定想我们下去了想方法来策应帮助，决不因此而失望的。”
在这议论的时候，忽然发现了一个粗野樵妇，她说奉了陆荣廷的使命求见孙先生，大家就向她问了一番，她拿出陆荣廷的一封密函，大意是说：他也曾愿统率游勇，专与清兵为敌，现因时运不济，暂时屈身异族。但并没有忘掉本志，这次革命军起，他起初以为近于轻举妄动，及至看见今天早上炮台的猛烈，才知道原来是一代豪杰孙先生已经亲临前阵，筹划一切，无任钦佩！现在愿率领六百余人前来投诚，听候调遣。最后又说：明天有清军五百自凭祥开来，后天更有二千人自龙州开来，事情已相当迫切，请格外珍重。这是一个意外的收获，一炮的结果，竟有这样许多人来投降。但大队的敌人，已经快要赶上来了，死守在这里，到底不是办法。事实胜于雄辩，孙先生就一面答复陆荣廷，如果每人带着枪械弹药来归降，占领了龙州南宁以后，每人赏给一百元；一面准备下山去筹划款项和枪械。同时孙先生看看两方面作战的情形，也觉得太滑稽了，当时我们这方面的兵总算是很勇敢的，他们两面山头隔着，一面打着，一面骂着，一面说：“我们怕你们么？你敢走过来，统统打死你们！”一面也说：“不要逞凶，我们的枪再多一点的时候，统统把你们捉起来了！”他们这种打骂并举，相映成趣。但他们到底是缺乏训练，仅仅靠勇敢是不中用的，如果这样下去，总是毫无办法，因此觉得除了下山，实在没有第二条道路了。
这一天晚上，孙先生和汉民、克强等，就从原路下山。这时已经下过大雨，山路上滑得很不容易走，同时因为距离敌营太近，又不敢拿火把，因此爬得比来时更困难，汉民和克强跌了七八十跤，别的人也都是跌了二三十跤，还是孙先生等最有本领，只跌了三跤。后来池亨吉就发明了一个方法，就是用溜下去的方法，一直滑下去，滚下去，一面滚得快，一面又可以少跌跤。于是大家都就这样溜下来了。到山脚的时候，大约已是半夜了，于是仍到那模村何伍家里去休息。这一夜就在那边过去了。
孙先生等一行人，在那模村住了一夜，第二天早上六点钟，就到同登站坐车回河内去。正午到谅山，河内开来的列车刚和孙先生这面的车子相交。忽然有一人，高呼着革命党万岁，走进了孙先生等的客车里来，大家很惊讶地举目相看，原来是杨寿彭。他是河内华侨的领袖，对于孙先生革命是很有帮助的。这一回他因为镇南关革命军胜利，刚从河内赶来，想到战地去慰劳，想不到在这谅山站上看见了孙先生等，因此很快从那边车上过来。他带了许多美味的食品，一箱香槟酒，于是就在这车上拿出来，请大家痛饮，算作一个庆祝大会。大家很高兴地一饮而尽十几瓶，其中最能饮酒的，便是法国炮兵上尉D男爵了，孙先生也饮了不少。大家在这样兴高采烈中，却不料已经引起警察的注目。这警察看见孙先生等行踪诡异，既不类工人农人，也不像商人或学生，早已引起他的疑窦，及至看见刚才的情形，他就联想到在报上见过孙先生照相的印象，因此心中十分明白，就跟踪孙先生等一路到河内来，这就种下了一个恶因。
苦守在镇南关上的革命军，到底又是失败了！在孙先生去后三天，十一月初三日。清军丁槐、龙济光等各路援兵四千多人，真如陆荣廷所说，就纷纭会集，把三炮台四面围住，向山上环攻。明堂等虽是悉力拒战。迭伤清军哨弁古景邦，营长黄瑞兴、马朝辅等多人，到底因为粮尽弹竭，粮食不继，在初四晚上放弃炮台，率众冲围而出，清军也纷纷退去。这时革命军中有一个小孩，看见炮台上青天白日旗还没有撤去，他怕给清军拿去，就冒险独自再上山去，把这旗拿了回来。这是革命史中一件有趣的小故事，这小孩的见识和勇敢，是很难得的。革命军占领了九天的镇南关，到这时完全失败了。孙先生在失败后的第二天初五日就得了这个消息，非常痛心。当时安南的法国银行家已经和孙先生接洽关于筹款的事情，他们允许向他们本国代募革命军债二千万元，但第一批款子必须占领了龙州才拿来，这是他们的条件。孙先生正在怀着像罗马神话中Tantalos的愿望，现在事情已经失败了，这愿望也就无法实现。这是孙先生革命运动中第六次的失败！
孙先生在戎马倥偬、革命工作万分紧张的时候，依然没有忘掉他的读书生活，和革命主义的研究。现在留存的给张永福信中，可以知道孙先生这时研究工作紧张的一般情形，这信上说：“近因查考列国政事，需用本年英文政治年鉴一部，此地无买，香港书店，亦刚沽尽，今特托足下在坡（按即新加坡）代购一本，其英文名列下：The States Year Book 1907.该价多少，请先代支，并祈示悉，自当奉上。”