再说刘秀在赤眉西进时，就派邓禹为统帅，尾随赤眉之后以收渔翁之利。当东边稳定下来后，邓禹于建武元年（公元25年）率领大军继续向西挺进。所到之处，百姓踊跃支持，壶浆箪食，进展很是顺利。在这种形势下，许多人都向邓禹建议说，何不趁此机会，再加把劲一举攻打下长安，把西边的功劳全抓在自己手里。邓禹却有不同想法，对众人说：“诸位有所不知，我军现在看上去人数固然不少，但很多是沿路招募起来的普通百姓，没经过真正的战争，战斗力并不是特别强，并且咱们深入敌境，前边无人接应，后边粮草转运相当困难，眼前热闹现象并不能掩盖实质上的薄弱，还是应当谨慎些的好。再说，赤眉军新近攻入长安，掠夺了大量财富，又经过一段时间的休整，不可小觑。”
说着见大家不免有点泄气，邓禹便笑笑接着分析当前形势：“其实咱们就是不忙着进兵，赤眉军也撑不了多长时间。因为赤眉军主要将领一个个目光短浅，没有长远计划，他们掠夺的财物虽然多，但大多都被个人中饱私囊，军队上可用的并不多。并且他们军纪涣散，内部很可能会发生变乱，他们习惯于流窜作战，对于坚守长安这样规模巨大的城池，还是头一次，必然坚持不了多长时间。而我们要做的，就是积蓄力量，等他们一露出破绽，就立刻进攻，轻而易举地攻占长安。我仔细分析过，上郡、北地和安定三个大郡，都是地广人稀，粮食和牲畜不少，正适合养活咱们这样一支大军。如今我们就到那里驻扎囤积，等待长安城内的变故，到时候事半功倍，何乐而不为？”
大家听邓禹分析得头头是道，纷纷点头称是。于是挥动兵马绕过长安，向北进发，抵达枸邑。一路上所过之处，遇到赤眉零散兵力，就倚仗兵力庞大的优势，猛烈攻击，顺利占领了上郡、北地和安定三个大郡。实现了初步的战略部署。
长安城内的赤眉军本来十分担心邓禹前来进攻，起初还是小心地防守，不敢有丝毫大意。后来见他们竟然绕城而走，丝毫没有攻打城池的意思。虽然不清楚他们耍的什么把戏，但人家既然不来攻打，赤眉军上下都松了口气，赶紧抓紧时间搜刮钱财，尽情吃喝。见汉军没有触动长安，暂时没了征战的忧患，王匡和张印等人便又打起了刘玄的主意。他们找到樊崇，再三陈说留下刘玄迟早是个祸害。忠心于更始朝廷的兵将知道自己的皇帝还在，一定不死心，说不定哪天就卷土重来，赤眉凭空多了许多威胁。樊崇是个大老粗，对刘玄的价值本来也没怎么重视，听两人反复劝说，也就息事宁人地答应下来，嘱咐让谢禄去操办。
谢禄得了命令后，便找个机会，邀请刘玄同自己一道去郊外放马散心。因为上次谢禄在朝堂上及时把自己拉到院外，也算救了自己一命，刘玄对谢禄还是比较相信，也就欣然答应。谢禄带了几个亲信，和刘玄一起观看放马的壮观情形。看了一会儿，谢禄怂恿刘玄到马群中间去看看，说那样感受更加真切。刘玄不知是计，骑在马上来到马群中。谢禄在旁边吹了声口哨，马群忽然狂奔起来，刘玄猝不及防，被冲撞得从马背上掉了下来，几匹马从他身上踏过，不等他叫喊，已经被踏得半死。谢禄唯恐刘玄没死透，指使亲信上前，把草绳套到他脖子上，使劲勒一勒，看看确实没气了，这才一哄而散。可怜刘玄享了几年做皇上的乐趣，最后落得个暴尸荒野的下场。
后来还是刘恭得知刘玄被人害死，悄悄打听到地址，赶到郊外，收殓了他的尸骨，草草埋葬了事，算是尽了君臣最后一点情分。
刘玄死后，宛王刘赐正好奉命巡视武关，打探到刘玄夫人和他三个儿子刘求、刘歆和刘鲤的下落，亲自护送着回到洛阳，在金殿上向刘秀引见。当年刘秀要求出巡河北，借机会逃出虎口的时候，刘赐帮了很大的忙，刘秀一直感念不忘。如今刘赐又以大义为重，极力保护宗室后裔，刘秀更是欣赏他的忠厚诚恳，封他为慎侯，同时又封刘求为襄邑侯，继承刘玄遗祀，封刘歆为谷孰侯、刘鲤为寿光侯。他这种不计恩怨以宗室大义为重的行为，同样得到大臣将领和吏民的赞赏。
在料理刘玄后事的同时，刘秀也听刘赐禀报了前方的情况，知道邓禹率领兵马在北地等郡屯驻，迟迟不发兵攻打长安，不知是什么原因。考虑到长安不拿下，一直是心头的隐患，便让使节前去传旨，让邓禹赶紧抓紧时机，及时进攻长安，安定西北民心，尽快统一西北割据势力。
邓禹接到旨意后，却仍旧不慌不忙，还是按照计划行事。但皇上有圣旨，一点没有行动也说不过去，于是在休养兵马的同时，派遣建威将军邓寻和赤眉将军耿诉等人，分别进攻上郡所属的各县，让积弩将军冯情和车骑将军宗歆留守在枸邑，巩固住这个大后方。安排好后，自己挥动大军，前往北地边境和长安接壤的地方驻扎下来，一边派人四处招募更多兵力，准备一旦发现长安有风吹草动，就立刻发起攻击。
而长安城内的赤眉军对此还浑然不觉。转眼到了建武元年的腊月，天寒地冻，没有别的事情可做，赤眉将领们每日在长乐宫大摆酒宴，把所有搜罗到的好东西拿出来，吃肉喝酒，热闹异常。这天又照常摆开酒宴，满桌子酒肉珍馐，热气腾腾，大家几天来接连大醉，还没饮酒就一个个两眼通红，话音轻飘。皇上刘盆子坐在正殿的大案后边，几个黄门郎拿着明晃晃的兵刃，护卫在左右。众位将领陆续来到，酒宴尚未正式开始，大家因为谁的功劳大谁的功劳小而争吵起来，越吵声音越大，大殿内如集贸市场一般，喧哗声震耳欲聋。刘盆子战战兢兢，大气不敢出。
新年过后没几天，赤眉军储存的粮食渐渐用尽，便出城四下掠夺。邓禹得到探马禀报，知道时机到来，立刻率兵靠近长安，伺机进攻。没有粮食，赤眉军上下顿时人心惶惶，邓禹的兵马又从西边气势汹汹地压过来，更让他们感到惊慌不安。于是赤眉军在樊崇率领下，把长安城内的珍宝搜刮一空，一把火烧了宫殿，用三匹马拉着一辆车子，让刘盆子坐了，拔起营寨，向后退却。一路上他们从南山转战各郡县，在郿城和更始皇帝麾下的大将严春相遇。严春自从更始破亡后，一直拥兵自重，独霸一方，谁也不隶属。两军接战后，没几个回合，严春就被打败，死在乱刀之下，赤眉军就此占领了安定郡北地，掠夺粮草，暂且安身。
邓禹军队径直挺进长安空城中，驻扎在昆明池附近，见大汉历代宗庙已经被战火破坏得不成样子，便择定吉日，修谒高祖陵庙，收集到大汉历代11位皇帝的神像，供奉起来，派遣兵丁把守，一边张贴告示，安抚百姓。奏折送到洛阳，刘秀对邓禹修复宗庙的行为大为赞赏，特意遣使到长安，封邓禹为梁侯。
邓禹占领长安后，立刻率领兵马紧随其后，围攻赤眉军。不料此刻赤眉军已经得到给养，士气略有振作，又都是一帮打起来不要命的强悍之徒，战斗力依然相当强大。邓禹对此估计不足，结果双方交战不久，邓禹方面就感觉不妙，没想到原以为乱作一团的赤眉军还能这么厉害；早知道这样，应该多带兵力才行。但意识到这一点时，已经来不及调兵，结果汉军大败，仓皇撤退。邓禹不得已率了残兵败将退守云阳。军败如山倒，怎么也遏制不住，赤眉军反守为攻，继续进攻。邓禹没有办法，只得极力把营寨设置结实，阻挡住赤眉军凌厉的攻势，双方在长安郊外对峙起来。
建武二年一开春，仍旧是傅俊护送，把阴丽华从老家给接到了洛阳。与其同来的还有她的兄弟阴识和阴兴。两人新婚一别，就是这么多年，夫妻再度相见，自然别有一番滋味。让刘秀略感惊讶和高兴的是，这几年过去，阴丽华仍旧和记忆中的一模一样。当众人知趣地退下后，两人久久无言，相拥而泣，是庆幸是喜悦，一切尽在不言中了。
已经被封为皇后的郭圣通也匆忙赶来迎接阴丽华。两人尽管早已经在彼此心中留下深刻印象，但初次见面，仍很新鲜，交谈得很是亲热，尽管这种亲热里都有着隐约的酸意，不过能熬到今天，大家都还是感到很知足。刘秀深为没能践行当年的诺言，不能让阴丽华成为皇后而愧疚，好在阴丽华并没提到这些。他当即封阴丽华为贵人，整个后宫洋溢着浓浓的喜气。
让刘秀感到高兴的事情接踵而来。叔父刘良从长安潜逃回来，姐姐刘黄也让王常从南阳接到洛阳，一个家尽管已经永远的残缺不全，但总算团聚了，亲情激励着刘秀，他更加精神抖擞。
王常是这年夏天时候忽然从南阳来到洛阳的，他来向刘秀请罪要求归顺。当年自从刘秀出巡河北离开洛阳后，王常被更始皇帝任命为廷尉兼南阳太守，一直驻扎在南阳。听说更始皇帝刘玄已经死掉，想着自己和刘秀关系非但不坏，还有许多交情，他应该能重用自己，便亲自来到朝廷表示愿意归顺。见到王常，想起他以前对自己的帮助，刘秀既感慨又惊喜，走到大殿台阶下，拉住王常的手，促膝坐下，亲热地谈论别后情形。随后封王常为山桑侯，官拜左曹。王常一向讲究公允，终于在乱世中保全自己，他很知足，主动请命到南边去安抚各地。王常在南方经营这么多年，名声也很好，在他的努力下，洛阳以南的地区，没耗费什么兵力，就基本平定下来。
可是西边的赤眉始终不能彻底攻破，刘秀不免有些焦躁。他忽然想到冯异，冯异不仅作战英勇，而且心胸宽容，懂得恩威并用，何不让他试试？于是刘秀下了决心，派人传送诏书，让邓禹回洛阳休整，由冯异接替，继续剿灭赤眉军。诏令发出后，接着命令冯异率领兵马从华阴向西进攻。
邓禹接到诏书后，想想自己和赤眉对峙这么长时间，却没能取得实质性进展，也感觉很是惭愧。不过赤眉军经过这几年的发展，已经相当壮大，要想尽快剿灭，谈何容易？但既然皇上有了旨意，也不得不遵从。恰好当时关西出现灾荒，粮食奇缺，百姓大半逃难，少半饿死，遍地饿殍，有的地方几乎方圆百里都不见一个人影。赤眉军再没地方掠夺粮饷，实在没办法，决定还是再回到自己东边的老地盘上去混日子。
这年十二月，赤眉军主动放弃在长安一带的活动，率领大军向东撤退。尽管受到重创，赤眉军的兵力还是很强大，总计兵力在30万以上。得到情报，刘秀立刻命令破奸将军侯进屯兵新安，建威将军耿弇驻扎在宜阳，兵分两路，钳制住赤眉军东归的道路。分派任务的时候，刘秀特意嘱咐他们，赤眉军若是从东边走，宜阳的兵力前去会同新安，若他们从南边走，则新安的兵力主动会同宜阳。总之，决不能让这只猛虎回到原先的山林，那样就会很难制服。
冯异领命带兵从华阴向西进发，正好和向东撤退的赤眉军狭路相逢。两军互相攻杀，大小打了十几仗，互有胜负，谁都没占到太大的便宜。不过冯异发挥自己宽容待人的优势，收降了赤眉军将领刘始和王宣等好几员大将，还招降了五千多人马，略占上风。
很快到了建武三年春天。刘秀任命冯异为征西大将军，负责全权指挥西路兵马。邓禹料理完西边的军务后，带兵回归洛阳，途中正好遇见从东向西而来的冯异，冯异邀请邓禹和自己一道攻击赤眉：“邓将军，如今我和赤眉打过几仗，觉得赤眉力量确实不小，怪不得邓将军打得如此艰难，看来圣上不了解实际情况，过于心急了。不过我看他们尽管强大，已经成了强弩之末。只要恩威并用，徐徐进兵，别把他们逼得太紧，他们必然会发生内部分裂，到时候就可以轻易消灭。如果进攻太紧太急，反而会让他们作困兽犹斗，白费许多力气。如今圣上已经命令其他将领驻扎在渑池，扼守住咽喉要道，不用担心他们逃走。咱们再布置好阵势，以逸待劳，肯定能把他们完全吃掉。”
听冯异说得头头是道，邓禹好胜心上来，表示愿意带领自己的兵马前去打头阵，主动进攻。冯异再三劝阻，邓禹就是不听，结果一打照面，才知道冯异的话确实有道理，赤眉军仍然势力很强大，邓禹又一次吃了败仗，死伤三千多人，冯异前去援救，也差点儿被人家活捉了去，坐骑受伤，徒步跑了回来。
回到军营中，冯异一边下令坚守大营，拒不出战，一方面召集将领，紧急磋商，决定改变徐徐作战的方针，利用赤眉军刚打了大胜仗，难免骄傲大意，并且急于寻找东去道路的弱点，来个速战速决。
制订好计划后，冯异命人前去赤眉营寨下战书，约定来日会战，决一雌雄。赤眉军刚打败了邓禹和冯异，还俘获了冯异的坐骑，认为冯异也不过如此，况且自己也急着迅速打败这只拦路虎，尽快回到东方，就立刻答应下来。
当天夜里，冯异下令，全军三更做饭，从各营寨中挑选出几千英勇善战的强壮兵丁，让他们饱餐一顿，换上赤眉军的服装，眉毛上也描成红色，悄悄出了大营，埋伏在大路两旁，以鸣金为暗号，夹击赤眉军，给他来个出其不意。
拂晓时分，天还没大亮，冯异这边已经吃饱喝足，作好了准备，敲起战鼓，做出立刻要进攻的架势。而军赤眉军没想到这么早就打仗，还没顾上吃早饭，但人家已经出动，只能空着肚皮前去抵挡。两军拉开阵势，空气分外紧张，一场决定生死的大战就要展开。赤眉军用万余人打头阵，个个杀气腾腾，大有黑云压顶之势，直冲过来。面对对方如此强悍，冯异选派两千多精兵前去抵挡。赤眉军见对方派出的人马只是自己的一个零头，感觉这一定是冯异的汉军上回损失过多，兵力严重不足，获胜把握更大，也就更加骄横。
看到这种情形，赤眉军丞相徐宣提议说，根据他们派出的前锋人数，我估计他们总兵力也就有两万左右，两万人哪里能抵挡得住我们十万大军，不如咱们一起冲杀过去，如洪水冲破堤坝一般，把冯异和邓禹给活捉了，省得一阵一阵地对打，太麻烦！
樊崇认为说的有理，令旗挥动，倾巢而出，吼叫着向冯异大营冲杀过来。冯异等的就是他们全体出动，也令旗招展，打开营门，所有兵力全部冲出来。几十万人马厮杀在一处，顷刻间血肉横飞，烟尘蔽日，喊杀声几十里外都能听见，场面蔚为壮观。
整个厮杀从天刚亮一直到接近中午，仍旧胜负未分。此刻赤眉军因为没吃早饭，砍杀了这半天，肚中空空，已经精疲力竭，动作明显迟钝下来，死伤人数顿时增加。这情景早让站在高处的冯异看在眼里，他大声命令道：“快，鸣金！”
话音刚落，立刻响起阵阵铜锣敲击声，声音激越，响彻整个战场。正激战中的赤眉军听到鸣金声，立刻都是一愣，鸣金就是让收兵，对方不是占了上风吗，怎么忽然又要收兵？正疑惑间，忽然从大道两旁涌上来无数赤眉军装束的强壮士兵，他们个个憋足了劲，生龙活虎地窜到两军阵前。
原来是自己这边来了援兵，怪不得冯异要鸣金收兵，不能让他跑了！樊崇带头，迎着援军跑过去，想和他们会合了，继续冲杀。孰料从大道两旁窜出来的赤眉军却并不答话，挥舞着大刀长枪，直向自己这边杀来，由于防不胜防，立刻死伤一大片。赤眉军大惊，吃惊过后才明白上了人家的大当。但此时双方已经混战在一起，谁是自己人，谁是汉军，谁也说不清楚了，许多人惊慌失措地呆立在那里，莫名其妙地让人家给砍翻在地。
冯异哪肯错过这个大好机会？立刻指挥兵马猛追上去，一直穷追到崤底，赤眉军终于彻底土崩瓦解。冯异命令众人高声大喊，投降者可以免死，并且还让回家种地。走投无路的赤眉军很快大批投降，共有八万多人乖乖归附。剩余的几万兵将在樊崇带领下，拼命向宜阳方向狂奔，企图从那里潜回自己老家。
冯异见他们逃窜，冷笑一声，也不再追赶，命令收拾战利品，清点战场，结果缴获的财物堆积得如小山丘般，乐得大家都开怀大笑。
樊祟没命逃窜，他们还不知道，刘秀早已经安排好了重兵，正养精蓄锐地等着他们自投罗网。听说樊崇残余兵马接近宜阳，刘秀亲自率领汉军主力，盛兵列阵，由大司马吴汉率领的突骑为先锋，严阵以待。
赤眉军如逃出虎口的兔子，惊慌地闷头乱窜，好容易来到宜阳地界，还没等喘口气，忽听一声战鼓敲响，无数汉军威风凛凛，好似天兵下凡，横亘在眼前。樊崇等人慌忙中抬头一看，对方大军中间，一面米黄色的大纛旗下，车驾上分明是汉军皇上刘秀。这下知道人家肯定兵力不弱，硬拼可能死得更快。顿时个个面如土色。
急切间，樊崇和徐宣等人商量一下，都觉得刘恭在自己这边，他是汉室后裔，说不定刘秀能看在他的面子上，饶过这帮人一命。于是众人推举刘恭前去参拜刘秀，表示愿意投降。
刘恭来到刘秀大军前，跪倒叩头，参拜刘秀：“陛下，赤眉军刘盆子若情愿归降，陛下将如何对待这些罪人？”
刘秀冷冷一笑：“能有条活命也就算，还有其他更高的指望吗？”
刘恭脸色一红，暗想果然是君王，威而不怒，其威自露，赤眉这帮人被打败，看来势在必然了，没什么好遗憾的。忙回去报信，大家想也不想地就决定下来，既然能活命，还愣着干什么？由刘盆子在前头，樊崇和徐宣等三十多员主要将领，跪在地上挪动到刘秀跟前。刘盆子双手捧上传国玉玺。赤眉兵丁见主帅投降，也都自动解除武装，丢下的器械盔甲堆积在一起，如同一个个小山丘。
刘秀这才传令，拿出酒肉，让这群快要饿昏了的兵将饱餐一顿。为了让这帮无法无天缺少管束的赤眉军彻底服气，刘秀特意安排了一次浩大的阅兵仪式。望着如此雄壮的汉军，刘盆子脸色煞白，双腿直打哆嗦，怎么也站不直。刘秀眼角余光看他一眼：“刘盆子，你看看，你们赤眉犯下的罪过，是不是该死？”
刘盆子打个激灵，忽然想起哥哥教给自己的话，忙回答说：“论罪过当然该死，只是陛下饶过了我们一命，还可以勉强活下去，以后为陛下效劳。”
刘秀听他回答得有意思，不禁大笑着拍拍刘盆子的肩膀：“看你年龄不大，还挺狡猾。好，好，朕刘家宗室怎么会有痴人？既然已经饶了你们，那朕就不会食言，你放心就是！”说着又转过脸对樊崇等人说，“你们如果后悔不该投降，现在还来得及，朕把兵马器械都还给你们，咱们一决胜负，朕向来以德服人，决不压制！”
樊崇等人忙叩头不迭，口呼万岁，再不敢多说一句话。阅兵完毕，刘秀吩咐下去，分给降兵田地，准许他们回乡安居乐业。有不愿意回去的，可以编入汉军营寨，照常发给军饷。大家无不悦服，齐声高呼万岁，个个感恩戴德。至此，横行中原的赤眉至此终于融入大汉朝廷。