宛城、昆阳之战的胜利，使汉军的形势出现一片光明，更始朝廷进入了一个相对稳定发展的时期。更始元年六月，刘縯派人到舂陵迎接更始帝以及朝廷入城，并以此为都城。刘玄进入宛城之后，封赏宗室及诸将，被封为列侯的有百余人。
在宛城、昆阳战役中，刘縯、刘秀兄弟立下了大功，因此，他们两人的名声日益隆起。但是，日益隆起的名声有好的一面，也有坏的一面。好的一面是提高了他们的威望，坏的一面就是激化了起义军内部早已存在的矛盾，也埋下了刘縯被害的伏笔。在当初选择一个汉朝宗室重新树起大汉旗帜的时候，无论从哪方面来考量，刘縯都比刘玄更有资格做大汉皇帝，结果却被绿林军将领从中搅和，让平庸的刘玄做了皇帝，刘縯被晾在了一边。刘縯失势的负面影响是非常大的。除了刘縯本人不满之外，由于各方豪杰多是慕刘縯之威名前来投奔起义军的，所以当他们听说刘縯居然没当上皇帝，都非常失望愤怒。因此，投奔更始政权的人越来越少，甚至在起义军攻城的时候，都会遇到阻力。
刘玄知道这些后，心里非常不舒服，刘縯如此得民心，刘玄感受到了强烈的威胁。绿林军将领王匡、王凤、陈牧、张印、申屠建、朱鲔、李轶等人对刘縯向来是非常嫉恨的，他们看到刘縯逐渐坐大，也坐不住了，一旦刘縯上了台，他们可能就要遭殃了。于是，为了他们的荣华富贵，这些人也谋划着对刘縯下手。刘玄也早就看刘縯不顺眼，早就有除掉他的打算。对于这些人的阴谋，刘秀已经隐隐约约地感觉到了，他曾经劝刘縯要小心绿林军将领，刘縯却不以为然，说他们这样做已经不是一天两天了。刘秀又急又怕，但又无可奈何。
有一天，刘玄邀请手下的众将军们一起喝酒，喝着喝着，刘玄走到刘縯面前，说：“大司徒，剑不错啊！”然后就解下刘縯佩带的宝剑欣赏。按照朝廷的规矩，在皇帝面前是不可以佩带武器的，否则有弑君之嫌。这时，刘玄的心腹申屠建趁机把腰上的玉解下来献给刘玄，那意思就跟当年范增在鸿门宴上的意思一样，让刘玄赶紧下决定。刘玄正要拿刀砍刘縯，一转头看到刘縯坚毅的表情，刘玄胆怯了，没能成功。宴会风波就这样过了，事后，刘秀几次劝刘縯说：“李轶这种小人不能再相信，你得提防着他点！”可刘縯却没有把刘秀的话放在心上。
随后，刘縯奉命进攻汝南（今属河南），刘秀率军北上颍川（今河南许昌），兄弟俩暂时分开。没想到这竟是一场永别，终于，刘縯的厄运来了。
刘縯手下有一个将军叫刘稷，和刘縯同是舂陵宗室，是员勇冠三军的将领，而且和刘縯的关系非常好，向来只服刘縯，根本瞧不起刘玄。他一直认为本来皇帝的位子应该是刘縯的，结果却让刘玄捡了便宜。因此，他非常愤怒，又见刘縯遭人忌妒，所以常愤愤不平地说：“举事之首勋是刘縯、刘秀，现在却让刘玄捡了便宜，真是天道不公，老天不开眼！”没有不透风的墙，这话被刘玄听到了，刘玄当时就气得火冒三丈。不过这时刘玄还没打算动手，他可能觉得还不是时候。此时，刘稷刚好打下鲁阳，刘玄降旨封刘稷为抗威将军，这个“抗威”很有来头，意思就是竟然敢反抗刘玄的龙威，刘稷有些不高兴，再加上他本来也不打算接受刘玄的封赏，于是撕毁了诏书，将来使乱棍打出。刘玄知道后，恨得咬牙切齿，立刻派几千人马闯入刘稷大营，将没有防备的刘稷捆了起来，押回宛城。刘縯知道后，很是吃惊，不知道刘稷出了什么事，于是立刻赶回宛城，准备向刘玄求情，请求刘玄饶他一命。
在朝堂上，刘縯据理力争说刘稷无罪，刘玄却一点也不给他面子，说：“大司徒，你就不要多言了，不然不要怪朕对你不客气。”刘縯还想抗辩，果然惹恼了刘玄，再加上朱鲔、李轶这些人在旁边煽风点火：“刘縯图谋不轨，早就有反心了，应该尽快把他杀掉，以告天下！”此时，刘玄还在气头上，于是立刻命令武士将刘縯捆绑起来，与刘稷一起押到刑场上处决。刘縯这时才知道中了计，可是后悔已晚。刘縯被捆了绑起来，这一天，是他人生中最气愤的一天，也是他人生的最后一天。如果早听刘秀的良言劝告，怎么会落到今天这步田地？刘縯倒不是怕死，他只是叹息自己年纪轻轻就要永别人世，自己的雄心壮志将永远无法实现了，他不甘心啊！但此时，一切都晚了。监斩官一声令下，武士手起刀落，刘縯和刘稷人头落地，鲜血横流。一代英雄豪杰刘縯就这样结束了自己的一生。
随后刘玄下令，任命自己的族兄刘赐为大司徒，族侄刘信为奋威将军。这样，刘縯手下的舂陵兵就被刘玄给吞并了。