接下来，王阳明开始上疏给朝廷，要求严厉施行赏罚制度，从而激励军队的士气。其中一段这样写道：
“凡是兵士临阵退缩的，领兵官即军前立刻斩首。领兵官不按照军令执行的，总兵官即军前斩首。其有擒斩功次，不论尊卑，全部都进行升赏。”
从上文可以看到部队的体制也沿用了前面十家牌法中“连坐”的严厉军纪，明确地体现出有功必赏、有过必罚的核心思想，这在当时是十分有效的。
接下来王阳明向朝廷许诺，奏章若得到朝廷允准，而由于兵不精而没能剿灭贼寇的话，他甘愿领受来自朝廷的严重惩治。在同一奏章里，王阳明还议论了割南靖、漳浦之地，建议于大洋波建立县治，增设巡简司一职务，协同自己的军队一起镇压反叛。
王阳明一生中的知己，即朝廷中兵部尚书王琼认为王阳明的谏言十分正确。他对这件事发表意见说，如果要从根本上解决赣南的贼患，就必须按照王阳明的建议，满足王阳明的要求。他又上奏给皇帝，请求赐王阳明所奏请的地方县名为清平，改巡抚为提督军务，请皇帝下诏赐给旗牌，有便宜行事的权力。
王阳明平定漳南地方的匪患有功不言而喻，接下来就是朝廷的论功行赏了。王阳明的俸禄因此涨了一级，王阳明自此益得发舒其志，可谓是春风得意马蹄疾啊！自此他也更加坚定了凭借自己的经略之才全力镇抚贼寇的信念。
明正德十三年（1518），朝廷下令设置平和县，任命王阳明为都察院右都御史兼巡抚。到任后，王阳明在一个叫做河头的地方建造了官衙，然后让河头的巡检司迁移至枋头。这是因为河头是诸贼寇的咽喉重地，而枋头则是其唇齿。随后他出台了水上运输法规，以此对南赣地区的商税进行统一整理。
除此之外，王阳明还非常重视当地人民的教育问题，教导人们与人为善。王阳明先生一生中文德先行，也不失威武，这些自始至终都没有发生改变。