进入20世纪50年代，美国黑手党派系林立，影响波及全国。在全美的50个州中，至少存在着20个以上大大小小的黑手党家族或他们的行动分队。他们经过多年的兼并和聚合，逐渐演变为“五大帮派”，它们分别是：
新英格兰帮
“新英格兰帮”的早期头目是雷蒙德·帕特里亚卡，他早年曾因倒卖私酒被捕入狱，出狱后没多久，他就因组织抢劫了一家珠宝行再次被捕，但只在牢中蹲了84天就被释放了。之后，他来到了罗得岛，在那里枪杀了当地的头目奥尔莱恩，坐上老大的位置。新英格兰帮就是以罗得岛为基地发展起来的。
波士顿帮
波士顿的教父是特里萨，他曾是一名海军军人，但他在服役期间只学会了赌博和投机，退役后，他就干起了赌博和诈骗生意，1957年因诈骗罪被捕入狱18个月。他出狱后，更是变本加厉地干起了武装抢劫，将主要目标盯在银行和运钞车上。在1958年的一次银行抢劫案中，他不但抢了2.5万美元，还放火烧毁了银行，导致一人被烧死，三人在跳楼中摔断了腿。
曼哈顿帮
“曼哈顿教父”卡特诺是出生在纽约的意大利后裔，他的父亲是一位屠夫，也是一个三流的骗子。卡特诺在离18岁还差3天的时候，就持枪抢劫了一家服装店，但只抢到了17美元。这次抢劫虽然让他在狱中蹲了3个月，却让他一举成名。出狱后，他立即就被甘比诺家族器重，担任布鲁克林区行动组的组长。由于他对汽车十分内行，他的盗车集团发展很快，两年内就让他成为纽约地区的重量级人物。
布纳诺帮
布纳诺帮崛起于20世纪30年代，它既是全美黑手党的五大帮派之一，同时又是纽约地区的五大帮派之一。随着布纳诺的退位，该家族一度出现了群龙无首的混乱局面，但自从索尼·布莱克接手权力后，他们组织了一系列出手不凡的行动，重塑了家族的名声，成为与甘比诺家族齐名的黑手党家族。
芝加哥帮
新一代的“芝加哥教父”吉安卡纳，绰号“莫尼”，最有男人魅力的黑手党人之一。他的童年是在父亲的皮带下度过的，长大后，他成为一个远近闻名的飞车高手，又曾因非法贩卖私酒而入狱4年，但他出狱后却独霸了芝加哥的博彩和色情业，并开始涉足于贩毒，至少有4000名黑手党人为他工作。与其他黑手党头目不同的是，他非常热衷于参与政治，并从官僚那里捞得好处，这种秉性，使他与肯尼迪家族结下了不解之缘。美国总统约翰·肯尼迪之死就一直传言与他们有关。
在整个冷战时期，美国政府为了有效的对付“红色威胁”，曾非常关注耳目众多的黑手党组织，许多黑手党徒摇身一变成为中情局探员。到20世纪60年代，在美国的“黑手党”已经发展出26个城市犯罪家族。最能反映出当时美国黑手党影响的事件，应属至今仍无定论的肯尼迪总统遇刺事件。
1963年11月22日，美国第三十五任总统约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪在美国得克萨斯州达拉斯市巡视时被人刺杀，半小时后在医院身亡。虽然迄今为止关于肯尼迪被刺的说法多达30多种，但许多人推测肯尼迪被暗杀与黑手党有一定联系。
有关肯尼迪家族和黑手党之间的瓜葛的传闻，可以追溯到肯尼迪总统的父亲约瑟夫·肯尼迪。据称约瑟夫家族的大部分财富都是通过非法售酒赚取的，他还与卢西安诺之后的黑手党头目迈耶·兰斯基有来往。1960年，当约翰·肯尼迪在民主党初选中面对竞争对手胡伯特·汉弗莱时，许多人声称肯尼迪家族曾号召黑手党联盟出面帮助，确保他在选举中的优势。在与尼克松竞选总统时，肯尼迪以微弱优势当选，当时也有类似的指控。从这里可以看出，主要是肯尼迪家族和芝加哥黑手党的往来，而后来被认为是暗杀策划者的正是前面我们提及的新一代“芝加哥教父”吉安卡纳。
一种说法认为，竞选时期的肯尼迪曾秘密承诺就任总统之后，将对芝加哥黑手党采取“更加宽容的政策”，以换取芝加哥黑手党支持其竞选。他甚至承诺，将任命有“芝加哥教父”之称的吉安卡纳为司法部长。然而，当肯尼迪就任后，他的承诺变卦了。让吉安卡纳惊讶的是，肯尼迪将他撇到一边，任命了自己的弟弟罗伯特担任司法部长。而后者刚一上任，立即开始对黑手党等“有组织犯罪”进行严打。肯尼迪“过河拆桥”的行为让吉安卡纳恼羞成怒，他向黑手党成员下达密令，暗杀肯尼迪总统。
被控暗杀肯尼迪的凶手奥斯瓦尔德，后来竟在众目睽睽下被杰克·鲁比刺杀，而后者是一名众所周知的黑手党帮手。
在此事发生5年后，肯尼迪总统的兄弟罗伯特·肯尼迪，当时作为民主党候选人准备竞逐美国总统宝座，再次遭到暗杀。
还有谣言说肯尼迪有几个情人和女朋友，其中有人与黑手党党徒合伙串通。包括联邦窃听记录在内的一些证据显示，“芝加哥教父”吉安卡纳可能利用了几个女人设计陷害肯尼迪，并一直在记录肯尼迪总统婚外情的证据。阴谋论者推测说，是吉安卡纳派的职业杀手谋杀了肯尼迪的绯闻女友玛丽莲·梦露。
就在“芝加哥教父”吉安卡纳即将就肯尼迪与黑手党的关系出庭作证前不久，他自己也被人谋杀了。1975年，吉安卡纳在芝加哥家中的地下室厨房内，被神秘杀手乱枪打死，凶手至今未能找到。美国出版的《肯尼迪和山姆》一书称，这一暗杀行动正是中情局所秘密策划安排，以掩盖吉安卡纳刺杀肯尼迪真相。
另一种说法认为，暗杀的动机源于古巴的猪湾入侵事件。据报道称，黑手党对卡斯特罗执政古巴政府深恶痛绝，因为卡斯特罗上台后，把他们逐出了利润丰厚的古巴赌场业。由于肯尼迪拒绝提供空中支持，导致猪湾入侵最终彻底失败，所以黑手党必欲置之死地而后快。
2007年9月，一家德国电视台拍摄了《肯尼迪之死》的纪录片，其中披露了一份美国联邦调查局调查肯尼迪总统遇刺案的秘密文件。这份秘密文件称，一名在狱中的美国黑手党头目承认，是他指使了暗杀肯尼迪的阴谋。
纪录片称，对肯尼迪实施暗杀的动机是为了报复。黑手党曾对肯尼迪的总统竞选活动提供了资金，但事后未能得到任何回报。黑手党原计划于1963年11月18日在坦帕实施暗杀行动，比实际刺杀行动还要早4天。该纪录片还透露，是黑手党招募了行刺肯尼迪总统的凶手奥斯瓦尔德，而射杀奥斯瓦尔德的杰克·鲁比，也曾事先与黑手党密谋。