清朝的一些较高级官员多聘请幕僚帮忙处理文学和日常行政工作，以减少自己的麻烦，增加若干政绩。在北京时，魏源曾为汤金钊的幕僚，那时他仍想从科举上步入仕途，而1825年下江南，是想另谋出路。在陶澍和贺长龄官署任幕僚后，由于江南辖地广阔、情况复杂，幕僚的任务比较繁重，又赶上江苏漕运发生问题，再加上两淮盐务由于官盐滞销，盐课减少，清政府十分担心。于是到任后，他便开始参加两项重要的改革：一是漕粮试行海运，二是引盐制改为票盐制。
道光四年（1822年），江南御黄坝由于年久失修，洪泽湖决口，湖水泛滥，运河水位下降，难于行船，漕粮无法运输。有人建议引黄河水入运河，但黄河水中泥沙太多，会使河床更为淤浅；又有人建议盘坝接运，但仍不见效果，针对这种情况，陶澍、贺长龄开始建议改漕运为海运，并被户部尚书英和采纳。但由于漕运是多年的例行公事，是“天庾正供”，不能停止，更何况与此事有关的贪官污吏都希望借此中饱私囊，因而尽管漕运中有许多问题，却一直难以改革。
魏源是积极主张实行海运的。他在代贺长龄写的《复魏制府询海运书》中认为，海运于国于民于商都有利。他指出，实行海运的困难可以克服：由于清朝开放海禁已有130多年，海商对上海到辽东的海道十分熟悉，海上航行没有问题；另外，海商拥有大量船只，可以节省许多造船的费用；海商会对运粮尽心竭力；海运还可以节省用于漕运的开支。他还建议运输多在春夏季，以避飓风等自然灾害。通过他对海运的缜密分析，江苏官员更有信心实行海运了。于是，清政府在英和的支持下，同意江苏实行海运。1825年，魏源随贺长龄前往上海办理海运事物，1826年2月1日，第一批海船从上海吴淞口出发，月底到达天津，共运米12.2万石，占全部漕运的2/3，至六月初全部运完。
这次海运，不仅未遭风险，而且米质洁白，比往年漕运更好，所用时间短，经费还节省了许多。接着，魏源总结了这次海运成功的经验，写成《道光丙戌海运记》一文。由于海运的成功，使国家、人民、承办商人和官员都得到了好处。可是后来，由于失去朝廷的支持，海运被迫停止办理。魏源虽然坚持，但由于个人力量微薄也无济于事。
接着，魏源又参加了对盐法的改革。两淮地区是当时全国最大的产盐区，盐课收入也最多，但长期以来，由于盐务办理不善，出现了不少问题。1830年，行销引数从160多万引减至50多万引，共亏课银100多万两。而且，食盐价格上涨，影响了人民的生活。政府、盐商和人民都意识到淮盐问题的严重性。盐务问题，表面上似乎主要是私盐问题，但魏源经过仔细研究后发现，盐务中的问题，要想从根本上解决，就要改革。1830年10月，升任两江总督的陶澍拟定改革盐法15条。1832年5月，他又亲自到海洲地区了解情况，与魏源等人商定票盐章程10条。这样既改变了引商垄断盐利的弊病，又清除了盐务中的许多陋习。实行票盐制后，盐票畅销，盐贩获利，盐价下跌，盐课增加。实行票盐制虽然取得很大成绩，但那些从前靠非法收入发财的官吏却对此十分痛恨，因此，即使在已经收到改革效果的情况下，票盐制仍然被迫停止实行。对此，魏源在《江南吟》中感慨地说：“君不见，温州郡守师票盐，商民歌咏官府嫌。弹章早上秋霜严，利民利国徒鸡廉。奈何尽夺中饱餍。”
可以说魏源是富有改革精神的，他对当时的许多弊政感到不满，对漕运和盐务尤其主张实行改革，而且改革也很成功。这主要是得力于他对改革的深刻认识：
其一，他认为“法久弊生”。有弊病并不可怕，只要勇于改革，就可以变弊为利。
其二，他认为“弊乎利乎？相倚伏乎？私乎官乎，如转圜乎”，利和弊可以相互转换，改革就是要善于将弊化为利。
其三，他主张“弊不极不便，时不至不乘”。即改革要依“时”靠“势”，这样才能使改革顺利进行。
其四，他要求改革的办法要简单易行。他说：“弊必出于繁难，而防弊必出于简易。”也就是说改革只有简单易行人民才易于遵守。
其五，他认为改革的关键是改变人的思想。他说：“非海难人，而人难海，非漕难人，而人难漕，本是推之，万物可知也。不难于去百载之积患，而难于去人心之积利。反是正之，百废可举也。”魏源的这些改革主张有他的理论根据。其中有的来源于儒家经典，有的来源于诸子百家。他从《孟子》中归结出“时势”观点；从《易经》中总结出“简易”思想。虽然他的这些思想距今已有一百多年，但这些思想即使在今天仍然有一定的借鉴意义，对当前的改革和建设有着指导性作用。