丁日昌，字雨生，又作禹生。道光三年（1823年）出生于广东丰顺县汤坑乡一个小商人的家庭。在他13岁的时候，经营药店的父亲因病去世，“赖母黄氏樵苏纺织，勉维生计”。尽管家道中落，生活较为拮据，但母亲黄氏依然想方设法让儿子读书识字，接受传统私塾教育。起初，丁日昌随设馆授徒的叔兄课读“四书五经”等经史之学。因他聪明灵敏，又刻苦用功，被人誉为“神童”。
1843年，在经过十数年的寒窗苦读之后，丁日昌考中秀才。一年后因成绩优异而补廪贡生，获得较为优厚的生活资助。时任惠潮嘉道的李璋煜是一位爱才、重才的官吏，他见到丁日昌的文章做得好，视之为“不世奇才”，将其聘为幕僚。随后，丁日昌相继被地方官聘为幕僚。他在认真完成本职工作的同时，“于公馀之暇，考察当地山川形势，风土沿革，以及民政得失，用为治事参考”。这几年的幕游生涯，为丁日昌后来从政治事积累了经验。
1854年，潮州一带的会党势力在太平天国农民起义的影响下日趋活跃，并由吴忠恕率领发起了对潮州城的围攻。丁日昌临危不乱，尽心辅助惠潮嘉道实力防堵，“屡出奇计”，最终“生擒匪首”，守住了城池。1857年，丁由廪贡生而任瑷州府学训导。不久，因在潮州所立军功“选授江西万安县知县”。尽管丁日昌担任此一官职也属正途出身，但他既非举人亦非进士，几年间就得到知县实职，可见其才学不是一般读书人所能企及的。
万安系赣南腹地，相对说来比较富庶，但因清军刚刚将其从太平军手中夺回，所以丁日昌履任之际，万安正值战争创伤累累、遍地疮痍、饥民流散之时，地方秩序极不稳定。面对这样一个烂摊子，丁日昌没有灰心，没有失望，也没有退缩，而是首先从清理讼案入手，尽量使得地方吏治清明，社会风气有所恢复。进而，又尽力复兴文教，力图从根本上扭转人心和风俗。当时，曾国藩的得意门生李瀚章担任赣南道台，曾在奏折中对丁日昌的治事才能给予了充分的肯定，认为他是一位难得的牧令官。当地老百姓也感到丁日昌不仅办事公正，而且是一位不多见的清官。随后，因粤中大吏奏调，丁日昌奉旨回籍处理对外交涉事宜一段时间后，于1860年再度担任万安知县，不久调任庐陵知县。
庐陵属于吉安府辖，当时正处于李秀成部太平军进击之区。尽管曾国藩的湘军在江西全境的形势有所好转，但因面临太平军的强大攻势，不得不集中兵力以自保，所以对于地处赣南的庐陵也就鞭长莫及，无法照顾到了。面对李秀成部太平军的大军压境之势，驻防吉安的湘军副将李金畅部一触即溃；丁日昌所募之防勇，也因力量单薄，根本无法与太平军相抗衡。1860年4月19日，太平军自吉水渡过赣江，于20日占领吉安府。幸亏李秀成部太平军的主要进击目标不在赣南而在武汉，所以在攻占吉安府之后随即挥师北上，连占瑞安（今高安）、奉新、新昌、武宁，30日占义宁，6月上旬分兵三路进入湖北境内，才使得丁日昌等于吉安府城失陷两日后重新收复。该情况汇报到朝廷后，渝示失土本应论斩，但念前后不到三天即收复，故将丁日昌从宽革职以示惩儆。
丁日昌为官清廉，别无长物，加之朝廷谕令追赔所失之物，因此丁日昌及其家属连返归故乡的川资也无法筹措。当时，曾国藩正以两江总督及钦差大臣的身份节制江南军务，大营驻扎在东流（今安徽东至县）。穷困潦倒的丁日昌久闻曾国藩注重人才的大名，于是携带预先拟订好的进军方略前往东流拜见曾国藩，果然得到曾的赏识，被其聘为幕僚。为了报答曾国藩的知遇之恩，丁日昌针对当时江西省实情，认为“欲图久远之计，在于整饬吏治，疏通民心风俗”，从而上书曾国藩，提出了“求实用，久职守，禁文饰，厚民风，留有馀，氓畛域，均肥瘠，正根本，清粮额，奋独断等要纲”。进而指出，要转变江西一省吏治，关键在于革除丁漕之弊，杜绝官吏中饱私囊的根源。这些切中利弊的建议，得到了曾国藩的肯定和赏识。后来，根据曾国藩的奏荐，清廷开复丁日昌的原官。
加入曾国藩幕府，成为丁日昌人生的转折点。