《海国图志》是中国第一部启蒙著作，其“师夷长技以制夷”的思想给后世以重大启迪。然而令人遗憾又发人深思的是，这部书竟最先在日本产生实际影响：日本维新运动先驱如佐久间象山、吉田松阴、桥本左内等无不竞相阅读此书，并从中汲取思想营养。但在中国，直到1860年还没有多少人重视此书。随着帝国主义侵略的进一步加深，人们才逐渐认识到它的价值，并成为资产阶级维新派思想的先驱之作。正如王韬所说：魏源“师长一说，实倡先声”。
1844年，魏源又一次参加礼部会试，中第十九名贡生。但因试卷字迹不工整，罚停殿试一年。次年，补殿试，赐同进士出身。8月，任扬州府东台县知县。年过半百才典个县令，这对胸怀大志的魏源的确是一个极大的嘲讽。“中年老女，重作新妇，世事逼人至此，奈何！”1851年，魏源任高邮知州。1853年4月，太平军北伐过此地，清廷以“迟误驿报”罪名革其职。
其间，魏源曾因母丧守制，在扬州致力著述，三订《圣武记》，于1847年将《海国图志》增订为67卷，1852年扩展为100卷。在书中，魏源除突出重商思想外，还表现出对西方资产阶级民主制度的赞赏。同年，魏源的另一部主要著作《道光洋艘征抚记》亦定稿。
1854年，经袁甲三保奏，魏源得以官复原职，但他以“世乱多故，无心任官”为由力辞不就。1855年，魏源居苏州参禅。1856年寄寓杭州东园僧舍，“终日默坐参禅，耳听微聋，默而不语”。1857年3月31日，魏源因病逝世，终年63岁。亲友以其生平热爱祖国山水之胜（800多首诗歌绝大部分为模山范水之作），将其葬于杭州西湖南屏山的方家峪。
魏源对后世文化思潮影响最为深远的还是他学习西方、“师夷长技以制夷”的思想。而龚自珍因为早逝，远未涉足这一领域。
在中国近代文化史上，魏源是“开眼看世界”的先驱者之一。他的名著《海国图志》冲破“中国中心”的本位文化观念，向眼界闭塞的中国人展示了一个广阔的、生气勃勃的世界。在《海国图志》中，魏源仔细分析、研究了世界各国特别是西方国家的情况，找出了中国在军事、制造工业等方面的差距，响亮地提出了“师夷长技以制夷”的口号。
魏源“师夷”的思想，包含有广阔的内容，其核心部分是学习外国的先进军事技术，建立中国自己的国防工业；学习外国的养兵、练兵之法，加速中国军队的近代化；学习和引进外国先进的科学技术，发展中国近代民族民用工业。与此同时，魏源“师夷”的思想中还不无向往西方资产阶级民主制度的成分。他在《海国图志》中对美国、瑞士民主政治的艳羡，便隐隐约约透出了这样一种意旨。
向西方学习，这就是魏源“师夷”口号的精魂，在蒙昧自大的帝国文化氛围中，这一口号无异于石破天惊！
魏源“师夷长技以制夷”的思想，是近世洋务运动的思想渊源。洋务派的中坚曾国藩、李鸿章等人无不积极主张引进西方先进技术，增强国力，以便清政府能从容“制驭”西方国家与国内民众。左宗棠筹办福州船政局、西安机器局、兰州制造局、兰州织呢局，是洋务运动中的一员干将，但是，他并不把这些洋务事业看作自己的独创，而是将其视为继承魏源的遗愿。张之洞对龚自珍嬉笑怒骂抨击时政至为愤慨，但对魏源十分钦佩。他称《海国图志》的问世，“是为中国知西政之始”，而追随魏源的思想轨迹的“洵皆所谓豪杰之士”。中国第一任驻外公使郭嵩焘总结说，魏源当初提出发展对外通商与学习西方长技，朝野上下“无不笑且骇者”，以为是天方夜谭、奇谈怪论，而仅仅十余年后，“其言皆验”。由此足见魏源的思想具有一种把握时代脉搏的“超前性”。
魏源的思想也为维新变法运动提供了丰富的“营养”。假如说，魏源“师夷长技”的口号和创办中国近代军事工业及民用工业、设译馆翻译西书等具体主张都被洋务派所继承，那么，魏源关于学习西方，实行政治改革，发展工商业，重视人才培养等方面的思想则启发了冯桂芬、王韬、郑观应、薛福成、陈虬等早期维新运动思想家，影响了康有为、梁启超、谭嗣同等维新运动的领袖人物，更对湖南维新运动的推动者如陈宝箴、陈三立父子，江标、皮锡瑞诸人都有直接影响。王韬曾高度赞许魏源“师长”一说“实倡先声”。这一“先声”是近代文化觉醒的先声，是中国冲破中世纪蒙昧、面向世界的先声。
魏源不仅是影响中国近代文化的前导性人物，而且具有国际性的影响。《海国图志》问世后，先后传入德国、英国、日本、朝鲜，而受魏源思想影响最大的国家，则是日本。日本学者增田涉写了一部名叫《西学东渐和中国事情》的著作。书中说，《海国图志》初入日本时，一百三十元一部，仅八年后便上涨到四百三十六元一部，由此可见当时日本人人争读《海国图志》的情形。由于《海国图志》切合了日本锁国时代思想界睁眼看世界的需要，当时的“开国先觉者”如佐久间象山、桥本左内、吉田松阴、安井息轩、赖三树三郎等人，都竞相阅读《海国图志》，从中汲取营养。梁启超曾揭示魏源在日本思想界的重要影响。他说：日本的平象山、吉田松阴、西乡隆盛等人，皆为《海国图志》所刺激，“间接以演尊攘维新之话剧”。钱基博在《近百年湖南学风》中也说，日本的平象山等人，读《海国图志》而愤悱，“攘臂而起，遂成明治尊攘维新之大业”。
梁启超评论说：“今文学之健者，必推龚魏。龚魏之时，清政府渐陵夷衰微矣。举国方沉酣太平，而彼辈若不胜其忧危，恒相与指天画地，规天下之大计。”1828年夏，魏源游杭州，从居士钱东甫学习佛典，“求出世之要，潜心禅理，博览经藏，延曦润、慈峰两法师讲《楞严》《法华》诸大乘”。魏源对宗教学说因此有较高深的造诣。
1829年，魏源与龚自珍应礼部考试。龚自珍中进士，魏源不第，遵例纳赀为内阁中书舍人候补，得以在内阁任事。这使他“得借观史馆秘阁官书，及士大夫私家著述、故老传说，于是我生以后数大事及我生以前讫国初数十大事，磊落乎耳目，磅礴于胸臆”。就在这时，他与龚自珍、林则徐、黄爵滋等好友结成宣南诗社，时常在一起饮酒赋诗，议论时事，探讨学问。这一期间，魏源写成《诗古微》、《董子春秋发微》两书，完成了刘逢禄遗书的校勘工作，并作《刘礼部遗书序》，析述今古文家法的源流演变，特别是张扬今文学派的宗旨：“由董生《春秋》以窥六艺条贯，由六艺以求圣人统计，旁搜远绍，温故知新，任重道远，死而后已，虽盛业未完，可不谓明允笃志君子哉？”
魏源和龚自珍是同时代人盛赞不已的“绝世奇才”，也是后世新思潮、新学风的滥觞。他们痛切感到社会深重危机，猛烈批判扼杀民族生机的专制主义和束缚人们头脑的腐朽文化，大胆倡言变革，呼吁一个生机勃勃、人才涌现、个性发展的“新”时代的到来。这些言论的深刻意义，在于有力地冲击了封建时代的金科玉律与文化蒙昧，提出了一系列闪烁着近代思想光芒的崭新价值观，从而宣告了中古文化的终结与近代文化的发轫。正因为如此，梁启超在论说“新思想之萌蘖”时，将“因缘远溯龚魏”。而保守派的代表人物叶德辉则将清王朝皇冠落地的大灾难、大变局，归咎于龚自珍和魏源二人。
但是，个人经历的不同以及世界的丰富多彩决定了龚自珍与魏源无论在文化性格还是在文化影响上都具有各自的特色。
与龚自珍比较，魏源有两大不及之处。论文学，魏不及龚，龚诗境界雄伟、形象瑰丽、意念新奇，魏诗则虽“皆有裨益经济，关系运会”，却乏于艺术精魂。论抨议时政、褒贬人物、惊世骇俗，魏也不及龚，魏源号“默深”，“默深”二字有“默好深思还自守”、“言立不如默成”之意，可见魏源的性格较为内向，而不像龚自珍那样易于冲动。正因为如此，对于龚自珍的“口不择言，动与世忤”，魏源殊不赞同，为此，他曾专门写信劝诫龚自珍慎于言行。由此一来，他对现实的批判，自然在尖锐性上逊于龚自珍。
但是，与魏源比较，龚自珍也有不及之处。
首先，龚魏二人虽然都主张经世实学，但是，就漕盐实政、务实重行而言，龚远不及魏。魏源是湖南人，青年时就读岳麓书院，深受“留心经济之学”的湖湘学派的影响。此后，他又相继为贺长龄、陶澍等大员的幕僚，有机会大量接触并参预处理农政、刑名、河工、漕运、盐法等实际问题，从而积累了大量“经济之学”的实际经验，成为名闻一时的实政之学的专家。
在经世实学方面，魏源的诸多活动影响甚大。道光初年，魏源在贺长龄幕中主持编辑了《皇朝经世文编》。此书集清初至道光以前经世致用文章之大成，清晰地体现了经世派注重研究当代制度及其历史沿革，注重实用、功效、变革与进取的治世精神。《皇朝经世文编》的问世，“不啻晚清经世运动之宣言”。它把士大夫爬梳经卷的注意力引向了社会实际事务，从而开创一代经世之风。此书出版后，凡讲求经世的学者，几乎人手一册，无人不知此书。曾国藩、左宗棠等洋务派也深为重视《皇朝经世文编》。曾国藩说，他研究经济之学以两部书为根柢，一部是《会典》，另一部便是《皇朝经世文编》。左宗棠读《皇朝经世文编》，满纸丹黄地圈画，其专心致志可以想见。《皇朝经世文编》闻世之后，晚清至民国初年的学术界，出现了一股“经世文编热”，依《皇朝经世文编》体例续编之书竟多达一二十种，由此足见《皇朝经世文编》在中国近代社会具有广泛的影响。
道光初年，清代经济生活中有两项重大改革，即初为江苏巡抚后为两江总督的陶澍在江苏实行的漕粮海运以及在两淮盐业专卖区推行的“票盐法”。这两项经济改革的要点是把商品经济的运行机制引入关系国家财政命脉的漕务与盐务中。具体而言，在漕务方面，废除传统的漕粮官丁督运制度，代之由吴淞沿海一带的船运资本家来承担漕粮运输业务。在盐务方面，则是于淮北盐区内，改盐业官营为商营，实行盐业自由贸易。无论对于清政府摆脱财政困境来说还是对于航运业与盐业中的资本主义萌芽来说，这两项改革都具有颇为积极的意义。而当时来往于贺长龄、陶澍两幕府中的魏源，正是漕粮海运与实行“票盐法”的积极倡导者与设计师。这无疑也是一种文化影响，一种作用于社会结构的深层的文化影响。