即使联邦制改革的紧迫性和必要性已经是人们的一种共识，但自1969年以来，除了1994年宪法改革对联邦制所做的一些不大的改革之外，根本性的联邦制改革一直没有实现。最主要的原因在于，联邦与州、各州之间的利益千差万别，以至于根本性的改革很难进行。一方面，联邦不愿意放弃自己手中现有的权力；另一方面，各州既要争取自己在政策和财政方面更多自主权，又要保持使政治纠缠得以正当化的对联邦政策的较大参与，这种主张在实际的政治过程中显然没有什么实现的可能。
1994年之后，日益紧迫的各州之间的财政平衡问题终于成为改革的第一个突破口。财政平衡问题不仅是联邦和州以及各州之间一直争论不休的问题，同时联邦以及各州面临的巨大财政压力也使人们不得不对之进行改革。因此，2006年联邦制改革之前，财政平衡制度已经有所变动，它成为这次大改革的前奏。
财政平衡制度改革起因于1998年巴伐利亚和巴登-符腾堡两州联合向联邦宪法法院提出的对现行财政平衡的上诉。两州认为，现行制度导致各州之间“财力顺序的巨大改变”，因此是违宪的。
在上述背景之下，联邦宪法法院在1999年11月11日作出的裁决部分支持了两州的观点：“由于某种历史的合理性，各州历史个性的维护和德国的地区多元性可以被视为联邦国家制度的重要目标。但前提条件应该是一定程度的财政自主……联邦制国家原则通过非集中和专业性的决策所趋向的更好的职责履行，以及联邦制国家原则所保证的各州之间的某种竞争，前提是这种受到限制的竞争有一定的财政基础。现行的财政平衡法所导致的财力差别的完全拉平，违背了这一基本思想。联邦制一个主要的合法性基础在于各州之间以及各州与联邦之间相互政治竞争的促进创新功能。”联邦宪法法院要求确定一个“规定联邦和州收入和支出的标准”，以此“计算联邦和作为整体的州的增值税的比例”，明确规定符合宪法的基本原则以及平衡分配的标准。同时，它要求立法者明确界定用来作为平衡标准的财力的定义，并对联邦补充拨款提出批评，认为尽管它使“补充性的校正”成为可能，但它既不应取代横向的财政平衡，也不应该与联邦和作为整体的州之间的纵向的税收收入分配重叠。
作为对联邦宪法法院判决的反应，2001年12月通过的《继续执行团结一揽子协议的法律》（SFG）对2005—2019年之间的财政平衡、德国统一基金的偿还以及继续建设东部作出规定，在一定程度上改革了原来各州之间的财政平衡制度。
财政平衡仍然按照从前的几个步骤进行，第一步骤中联邦与州的税收分配原则保持不变；第二步骤中增值税的分配原则则被修改，增值税的补充分配更有利于原东德各州。在各州之间的财政平衡中，各州财力的计算适度递减和累进，保证各州自己保留相当部分的税收收入，超出州平均财力的部分最多只能有72.5%用于各州之间的财政平衡。由于各个内陆州的反对，将乡镇财力全部纳入平衡计算的提议未被采纳，但是其纳入计算的比例从此前的50%提高到64%。联邦补充拨款将以一般性的联邦补充拨款的形式拨给财力较弱的州，后者的特殊负担继续依靠联邦特需补充拨款资助。根据《团结一揽子协议II》，共同任务的混合出资、投资帮助以及特殊拨款继续适用于原东德各州——尽管这一协议实际上违背了各州总理就取消混合出资的做法所达成的妥协。
财政平衡制度的改革尽管没有根本改变财政制度，但已经向改革迈出了最艰难的第一步，同时它也预示了联邦制改革的可能。