正是由于古德诺在这次制宪过程中所起的关键作用，他也遭到一些流亡海外的思想家和政治家的责骂，在日本的章士钊、李大钊等人就在东京《甲寅》上发表文章，斥责古德诺“丧独立之良德、隳学者之声名”。
其实，古德诺并没有丧失学者的良德，相反，可以说他是一个真正的学者，而不是投机政客，更不是杨度一样的奉行帝王术的权谋之人，也不是一个阿谀奉承的小人，他对中国的政治判断是出于他的自身判断，而不是为了逢迎袁世凯而刻意策划出来的，如他虽然支持袁世凯建立一个总统制的权力机构，但却不赞成撤销议会，也与杨度、袁克定所梦想的君主制有根本的不同，他的思想基础还是西方民主制，而不是帝王制，只不过他和袁克定、杨度等在为袁世凯争取最大权力的时候阶段性的目的是相同的。古德诺也不是一个死板的教条主义者，他难能可贵的是为中国寻找一个符合中国国情的政治制度，而不是照搬西方的制度，他认为中国政治进步的理想过程是先由一个强有力的人物恢复秩序，健全法制，然后再过渡到民主制中。
他的建议中也有不少是可取的，如，在1914年6月，他曾向政治会议建议，中国应当创建行政学校，培养专门的行政人才，他为此发表了题为《中国官吏教育论》。在这篇文章里，他认为中国应彻底脱离科举考试那种严重脱离民生的人才选拔制度，而要让他们学习和现实的民生问题相关的行政知识，主要注重行政能力的培养，而不是只会夸夸其谈，在学习期间就应该让学生们去实践。他按照美国的行政教育提出要设立三年期学制，分为外交科、财政科、普通行政科，学员毕业后即可进入行政官属任低级职员。他甚至还告知，在中国建立行政学校然后聘请外国人任教比大批向国外输送留学生成本要低得多。
然而，袁世凯用人一向是用其为我所用之处，弃其不可用之处。袁世凯利用了古德诺在制宪方面的才能，但对他的其他建议则充耳不闻，尤其是在重大决策上，袁世凯根本就不让这位洋顾问参与，芮恩施在回忆录中写道：“袁世凯政府不论什么时候提出一个加强自己政权的新方案时，总利用美国专家的这种态度，说古德诺博士和别的外国顾问都已经表示赞成。但是这些权威人士实际上并没有真正被咨询过，他们并没有被邀参加重要的会议，也没有机会参加制订重要计划。当然，在形式上他们已被‘咨询’过了，不过这通常在会议已作出决定以后，袁世凯政府把已经谈妥的事情通知这些顾问，然后宣布已经获得他们的赞同”。古德诺地朋友也说：“一个不自由的反动政府不能没有宪法顾问，正如纽约那些从事不法经营的大公司同样需要网罗一流的律师一样。”
除了参与制宪，古德诺其实在北京并没有什么事可做，他已经感觉到，袁世凯没有太多的问题要请教他，这让他感到有些失落。正巧在1914年1月，美国约翰·霍普金斯大学因校长一职空缺，于是给古德诺发来一封电报，询问其是否愿意担任此职。但由于古德诺与北洋政府已经签有合同，于是古德诺就给卡耐基基金会发信商议此事，卡耐基基金会让其与北洋政府协商。当制宪会议完成后，袁世凯本来就不太需要这位美国学者，因此当古德诺提出希望返回美国就职时也未加任何挽留。于是，古德诺与民国政府重新签了一份合同，新合同废止了1913年的合同，另于本年7月签订新的聘用合同，国务卿徐世昌出面，聘请古德诺为民国政府兼职法律顾问，这样他就可以返回美国，当民国政府需要咨询他的时候可以通过信函、电报等，他也如此履职。新合同任期从1914年8月3日起至1916年5月2日止，酬金也减为每月五百美元，每月底由中国驻美全权公使支付。合同同时也规定，“如政府需该顾问来京而于该顾问无窒碍时，该顾问应于一千九百十五年六月到京居住两月以备顾问。”在签完新合同后，古德诺就于8月初和夫人一起乘船离开了中国，经过日本返回美国，10月1日就任约翰·霍普金斯大学校长。古德诺虽然返回美国，但仍然对中国的政治继续产生深刻的影响。
古德诺返回美国后，受邀在纽约法政学会、美国政治科学协会芝加哥年会等许多场所发表演讲，他仍秉持他一贯的观点，认为中国没有个人主义，缺少社会协作能力，这仍是一个适合专制色彩的土壤，民主之花在这片土壤上难以开放，因此中国应选择的政治制度“应当强调的是权威而非自由，是培养人民对权威的服从而非对个人权利的关注，是行政效能而非民众参与代议制”。中国必须要经过这样一个威权阶段才能建立起社会秩序，发展经济，向工业化迈进，因此“临时约法”和“天坛宪法”都不符合中国国情，国会权力过大而政府权力受限，这不利于发挥行政能力，而会让国力消耗在内部的权力纠葛中。“袁记新约法”则与中国国情结合，能最大程度发挥袁世凯的治国能力。在目前的中国，也只有袁世凯“能使中国不致分裂……使国家重见秩序之恢复”。当然，他最后也并没有忘记告诫中国，“如果不让外国人享有治外法权以及对中国拥有一定的控制权，则中国不能指望获得发展”。
按照新合同，古德诺还要在民国政府需要的时候来华，1915年7月，当约翰·霍普金斯大学放暑假的时候，古德诺就再次来到中国，在北京停留了约六周。然而此时，袁世凯已经在筹备复辟了。
袁世凯派农商总长周自齐会见古德诺，要求他写一份备忘录，主题是就君主制与共和制国体的优劣作比较，中心论点是两者哪一个更适合中国。周自齐只是告诉他这只作为政府参考用。古德诺于是很快就完成了这篇文章，然后作为给袁世凯的私人意见的备忘录呈递给总统府。但不久以后，这篇文章被翻译后以《共和与君主论》为题发表于8月3日的《亚细亚日报》上——正是这篇文章使古德诺成为帮助袁世凯复辟的罪证。
实际上，古德诺并没有改变他的一贯政治主张，并没有在这篇文章中颂扬君主制，更没有支持袁世凯复辟，只是以权力交接的角度来论证在现阶段中国实行君主制比共和制更为合适，而且其所指也为立宪君主制而并非传统的帝制，众所周知，这两者之间有着本质的不同。古德诺认为君主制更适合中国的理由就是这可以使中国平稳过渡，不发生大动乱，否则如直接实行西方式的民主政治制度，那么中国很可能要陷入战乱中。他说：“中国数千年以来狃于君主独裁之政治，学校阙如，大多数之人民智识不甚高尚，而政府之动作彼辈绝不与闻，故无研究政治之能力。四年以前由专制一变而为共和，此诚太骤之举动，难望有良好之结果者也”，因此，“中国如用君主制，较共和制为宜，此殆无可疑者也”。古德诺当然也明白，辛亥革命之所以爆发，中国传承了2000多年的帝制之所以崩溃，都是因为这种制度已经遭遇了西方先进的民主政治，难以为继，因此，他针对以往君主制容易导致动乱的关键点设置了三个转制条件，一、改制不可引起国内人民与列强的反对以免招乱；二、君主继承法应明白确定，以解决嗣位问题，否则改制无益；三、政府应预为计划，使人民得与闻政事以发展爱国心，使人民知政府为造福人民之机关，使人民知其得监督政府之动作，以求立宪政治之发达，否则改制未能有永久利益。只有具备这几个条件，改制才有利于中国。
此时，袁世卡称帝的进程正在紧锣密鼓地进行，8月14日，杨度等人组织筹安会并发表成立宣言。筹安会主要人物为杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和、胡瑛，也就是“筹安六君子”。六君子发表宣言称“我等身为中国人民，国家之存亡，即为身家之生死，岂忍苟安漠视，坐待其亡！用特纠集同志组成此会，以筹一国之治安。”
杨度是“筹安六君子”的核心，他可以说是中国的宪政理论大师，在清末就曾发表大量文章主张君主立宪制，1915年4月又发表《君宪救国论》，他说“中国人程度低，共和决不能立宪，只有君主才能立宪，与其共和而专制，不如立宪而行君主，且共和国选举总统时容易发生变乱，国家永无安宁之日，计唯有易大总统为君主，使一国元首立于绝对不可竞争之地位，庶几足以止乱”，袁世凯对此文甚为赞赏，当时就亲笔写下“旷代逸才”四个大字，制成金匾赐给杨度。
为了制造“民意”，梁士诒、张镇芳、那彦图、梁鸿志、阮忠枢、夏寿田也组织了公民请愿团，以沈云霈为会长，准备发起请愿。梁士诒非常善于筹款，他卖了6000箱烟土筹集到了2700万元，然后把这笔钱全部作为帝制经费，为此组织了商会请愿团、孔社请愿团、人力车夫请愿团、妓女请愿团、乞丐请愿团等，各地军阀、将领也纷纷致电，如段芝贵、龙济光、张作霖、赵倜、倪嗣冲、陈宧、汤芗铭、阎锡山、张怀芝等组成了“十九将军联名劝进”通电。
杨度等人在这次成立宣言中等于发表了一次政治宣言，他说即把辛亥革命以来的中国各种苦难都归罪于共和政体，而且，竟然引用了古德诺的文章说：“美国者世界共和之先达也。美之大政治学者古德诺博士即言：‘世界国体，君主实较民主为优，而中国则尤不能不用君主国体’。此义非独古博士言之也。各国明达之士论者已多，而古博士以共和国民而论共和之得失，自为深切著明，乃亦谓中美情殊，不可强为移植。彼外人轸念吾国者且不惜大声疾呼，以为吾民忠告，而吾国人士乃反委心任运，不思为解决之谋，甚或明知国势之危而以一身毁誉利害所关，瞻顾徘徊，惮于发议，将爱国之谓何？国民义务之谓何？我等身为中国人民，国家之存亡即为身家之生死，岂忍苟安默视坐待其亡。”于是，无形中古德诺就成了袁世凯称帝的理论奠基人，古德诺和他的《共和与君主论》由此举国皆知，国内外媒体纷纷转载，从东京到伦敦，从巴黎到华盛顿，古德诺的文章被反复转载、刊登。
在写《共和与君主论》时，古德诺只把它当作提供给袁世凯的私人备忘录，根本没有想到这实际上是袁世凯、杨度等人的一个圈套，无奈，现在他只好出来辟谣。8月17日，他就接受了英文《北京宪报》（Peking Gazette）的采访，发表个人声明，明确反对筹安会把他的政治观点解释为“君主制政府优于共和制”，《北京宪报》声明说，“因为此说既不正确且与他本人的观点完全不符。古德诺博士声明，他不但从未下此断言，而且恰恰相反，他认为没有哪一种政府形式在任何情况下都优于其他的政府形式”。
古德诺有着学者固有的“迂腐”和“固执”，直到此时，他仍然在文章中坚持认为对中国来说，君主立宪制更合适，他说：“对某些条件适宜的国家而言，共和制是最佳的政府形式，美国法国即是如此……反之，在与美、法有着不同国情的国家，君主制经常是更为合适的”，其中所指的国情，就是国民的政治素养的高低，“中国的国情使共和制很难有序发展起来，这首先是因为人民普遍缺少知识且长期习惯于专制统治。从某种意义上讲，中国未能将从满清开始的那种在君主制下逐步实行宪政的经验予以进一步发展，这已是一大不幸，而在革命后的既定形势下，实行共和制则是不可避免”。因此，他再次重申在中国改制过程中应遵守的三个条件，只有平稳的政权移交才是可行的，而且强调“所立君主乃是有限的立宪君主……重建中国原有的君主专制则不能被认为有利于目前情况的改善与进步”当有记者问他中国目前是否已经满足了他所提的三个条件时，他避而不答，只是说“对中国以及中国人的思想观念了解不够，因而无法提供有价值的意见，得把这些问题留待那些真正了解中国国情且对中国命运负责的人们去回答”，他当然清楚这是记者的一个问题陷井。
在《亚细亚日报》发表《共和与君主论》的时候，有贺长雄也发表了《新式国家三要件论》，但此文并没有直接摆明要君主还是要共和，因此并没有引起多少注意。
当然，古德诺的声明实际上已经不重要了，筹安会要的影响已经形成，他个人的那点声音太微弱了。章士钊等人在《甲寅》上猛烈批评古德诺，说他居心不良，“惟感万金豢养之私为媚兹一人之举，不惜颠倒万世之是非，鼓簧天下之耳目”。但有些媒体也已经看出，古德诺是被利用了，如8月27日的《字林报》就一针见血地说，帝制运动本来就是袁世凯政府策动的，“古德诺公然发表其意见，俾众周知，无论另有用意或系出于疏忽，而官场欲借此以觇国人舆论之微意已可于此见之……总统府于外客来游时，苟非目不识丁胸无点墨则即赠以古博士意见书一册而求其著述意见，是已。”就连一向以布衣自居、袁世凯屡次邀请入阁的大学者严修也劝谏袁世凯，刘禺生的《洪宪纪事诗本事簿注》记录道：“筹安会气焰方张，一日严笵孙先生修，由津东入京谒袁，座谈竟日，笵孙先生道德学问素为项城敬礼，力陈时局国势，筹议帝制，有百害而无一利。”严修“正式劝告外”还“痛述帝王子孙朝亡祀绝杀戮之惨”，又陈“共和制度，深入人心”，他责问袁世凯，如果你想称帝，那为何不在辛亥革命爆发时称帝，今天“政府颁布共和制度已明”，在做这件事可就是倒行逆施了。严修告之，就凭区区几份上书，怎么就“用笔而定天下”？
9月7日的《申报》上载《日人所谓国体变更之里面》一文，刊出了日本媒体对此事的看法，“实则彼外国顾问与杨严诸公是否同为傀儡，明眼人当能见之。吾人固无显为揭破之必要”。但此文同时也批评古氏“动以墨西哥共和国之前途为戒，令人谈虎色变，不敢不惟帝制是从……世界之共和国可取法者甚多，何以妄自菲薄，在以墨西哥自况？国家之强盛在改善国民之素质。仅注意于国体，以徒启国内之纷争，宁非失计之甚？”
无论怎样，袁世凯和筹安会等人的宣传战是赢了，古德诺成了一枚被发挥出最大作用的棋子，古德诺的文章似乎表明了美国学者是支持袁世凯复辟的，甚至也给人以美国政府也是支持袁世凯的印象。
应该说，古德诺的思想与改良派思想较为接近，但梁启超因袁世凯解散国会而感觉到政党政治已经无法实现，于是与袁世凯分道扬镳。梁启超在8月20日的《大中华》上撰文《异哉，所谓国体问题者》，他说，“君主之所以可贵，主要依赖于历史习俗上的一种似魔非魔的观念，以维持其尊严。这种尊严决不可亵渎，一旦亵渎，势必不能维持。譬如木偶泥雕，倘若放在殿堂中供人膜拜，自能产生灵验，但如果突然有狂生将它拽倒践踏，投到猪圈之中，即使再能修复并重新放在殿堂之中，那也再没有灵验了。如今的君主与共和也是一个道理，一旦共和以后，君主便不再具有至高无上的尊严，加上革命家们对君主日夜痛诋，君主在国民心中已经毫无之前的神圣。倘若再返帝政，岂不是从猪圈中将木偶泥雕重新取回？失败是必然的。”其实根本没必要在国体是否应为君主或共和这个问题上作无谓的争论，只要保持政体是立宪就是最重要的了，他说：“如果中国要重返帝政，只有能两个途径，一个是大总统内治修明之后，百废俱兴，家给人足，整军经武，尝胆卧薪，遇有机会一战而霸，功德巍巍（如法国之拿破仑），亿兆敦迫，方可受兹大宝，传诸子孙；其二是经过第二次大乱后，全国沸腾，群雄割据，剪灭之余，乃定于一。”
梁启超已经从当初的支持袁世凯转而反对袁世凯，他对袁世凯的倒行逆施、反复无常十分反感，他说：“从辛亥八月到现在，还不足四年，忽而满洲立宪，忽而五族共和，忽而临时总统，忽而正式总统，忽而制定约法，忽而修改约法，忽而召集国会，忽而解散国会，忽而内阁制，忽而总统制，忽而任期总统，忽而终身总统，忽而以约法暂代宪法，忽而催促制定宪法。每颁行一个制度，不到半年又推翻重来，令全国国民彷徨迷惑，莫知适从，政府威信，扫地尽矣。”袁世凯明白梁启超这篇文章的份量，因此曾试图以20万的价格收购此文。
8月底，这个假期也就结束了，古德诺必须要返回约翰·霍普金斯大学了，他这个假期过的很不愉快。不仅是这个假期，此后虽然合同仍在继续，但他再也没有卷进中国的政治是非中，但这不等于说人们已经忘了这件事，他后来曾被提名参选美国总统，但由于他“曾支持”中国恢复帝制而未能参选。
1917年才又来华一次，参与由芮恩施等人发起并成立于北京的“中国社会政治学会”。
1926年古德诺出版了《解析中国》一书，在这本书中他全面、但又较为简单地评论了中国的全貌，从自然地理条件到历史文化传统，以及哲学、经济、社会和政治，而且还对中国近代以来的发展做了回顾，也对中国的前景作了分析和预测，总体来说，他对中国的认识和观点仍然如故，他仍坚持中国的国情特殊，既不能回归到传统的帝制中也不能照搬西方的政治制度。他也批评中国人在学习西方的时候“更多注重于西方的哲学而非科学，结果是太相信哲学思想上的变革对于中国复兴的重要性”，他认为中国应该多学习西方的科学技术，而不是急于甩掉传统的儒家思想和速成地接受西方哲学。他当然还在责骂南方革命党，他认为中国的政治改革失败应该归罪于戊戌变法和辛亥革命，他对晚清夭折的“立宪”感到痛惜，他说要不是辛亥革命，也许中国在1917年就已经成为一个有限君主制的代议政体。
1929年古德诺退休，在平静的生活中度过了最后的10年，于1939年11月15日逝世，享年80岁。