国有集团母公司层面的独资形式，决定了其资本所有权没有明确的与直接的所有者。当然，政府是其所有者，但是，政府又是由公民选出来的成员组成的。国有独资集团产生的是母公司层面的模糊产权，而模糊的产权制度决定了责任的模糊。明确的责任尤其能够由具体自然人承担的责任，必须建立在高度清晰的产权制度下。国有集团的产权模糊是由先天和历史原因造成的，在国有产权制度改革的同时，一部分非国有集团也人为地要把产权搞模糊。部分非国有集团的模糊产权，其目的是为了推卸责任，尤其是其制假售假、骗取贷款、偷漏税收、走私贩私等行为，使法律无法在实质上追究责任。模糊产权不仅扰乱市场经济秩序，而且阻碍了公司法人治理结构的建立与完善。
一、集团产权一元化与子公司治理结构的权力冲突
由于国有企业产权制度改革在大企业或集团公司层面很难推进，实际的操作只能从子公司层面进行。大多数的学者与企业家认为，如果子公司都建立了法人治理结构，那么就可以基本上建立起现代公司制度。但是，子公司层面的多级法人治理结构往往导致了大公司离现代公司制度越来越远。因为，集团层面治理结构的缺失或滞后，往往导致了两种偏离现代企业制度的结果。1.大多数子公司的治理结构只能是形式上存在
由于母子体系内的子公司都要成为设立股东会、董事会、管理团队的独立法人，这需要大量的股东、董事。为了保证大量股东产生，只能实行母子公司体系内各公司左右交叉持股、上下交叉持股，股东往往是重叠的；为了保证大量董事产生，只能一人身兼几个甚至几十个董事。虽然各个子公司建立了股东会、董事会，但是若干不同子公司的股东会、董事会的会议都几乎是相同的人在参加。无论子公司是否召开股东会、董事会，各个子公司只能贯彻集团的意志甚至集团某个人的意志。当然，内部人利益的强化，决定了各子公司无法真正落实集团的意志。集团意志在子公司只能形式上得以体现，子公司管理团队往往仍然追求内部人利益最大化。作为公司法人治理结构的股东会、董事会，其真正职责是能够有效控制与抵御对股东利益、公司利益的损害。但是，法人治理结构的形式化就决定了，无论是来自上级公司某个人或几个人对子公司利益的损害，还是来自子公司内部对子公司利益的损害，都得不到股东会、董事会的及时制止并追究责任。虽然母子公司体系内子公司建立了法人治理结构，但是这种治理结构，既不能维护集团的整体利益，也不能提高子公司的竞争力。
2.少数子公司的法人治理结构成为维护内部人利益的有力武器
子公司资源使用权与控制权的合一，决定了子公司必然形成内部人利益。当然，在不同的子公司，内部人利益的程度及形式是有差别的。当少数子公司内部人利益与集团整体利益冲突时，集团往往会采取措施限制其内部人利益。如果子公司的内部人利益已经十分严重或与子公司管理团队某些成员的个人利益十分密切，集团的措施就会受到子公司的强烈抵御。而抵御的方式就是子公司的法人治理结构。子公司管理团队某些成员可以操纵股东会或董事会通过决议来反对集团采取的措施。当然，这种情况的发生，往往是子公司管理团队成员在董事会占多数或通过其他方式可以操纵董事会、股东会，比如事先吸纳本公司员工或外部成员进董事会，员工持股并在股东会有充分表决权等。由于集团一直自认为可以充分控制子公司，因此，对于子公司建立法人治理结构时体现内部人或少数人意志的措施没有反对。但是，子公司在法人治理结构中的一些事先的措施或改组，往往保证了子公司以法人治理结构抵御集团限制措施的行为合法化。当然，集团可以无视子公司董事会、股东会的决议，继续强制推行已经采取的措施，甚至可以撤换子公司董事会主要成员、子公司管理团队成员，但是，这往往又会诱发子公司相关人员的法律诉讼行为。从法律上说，子公司既然建立了本级次的法人治理结构，其股东会、董事会通过的决议只要符合程序就会受到法律的保护。因此，子公司相关人员对集团的起诉，往往会演变成旷日持久的母子体系的内部官司。这样的结果，不仅影响了子公司的发展，而且损害了集团的整体利益。
二、法人治理结构应该从最高级次开始
在集团的母子公司体系中，母公司是最高级次的法人。只有从母公司级次建立与完善法人治理，才能发挥治理结构的作用。因此，集团公司如果不能选择一级法人治理结构模式，那么，至少应该尽快建立与完善母公司级次的法人治理结构。
1.集团必须建立母公司级次的法人治理结构
集团公司的多级法人治理，只是在若干个子公司级次建立了法人治理结构，从子公司开始进行产权制度改革，组建股东会、董事会、管理团队。若干个股东会、董事会虽然是形式，但是也要占用资源，即使各个子公司召开股东会、董事会是一种形式，也消耗资金与时间，尤其是集团公司层面的管理骨干身兼若干公司的董事，即使是形式上参与各个董事会的决策，也占用其太多精力。因此，就假定若干子公司的股东会、董事会不受集团的干预与限制，这种兼职式的董事任职与交叉式的持股股东，也不能形成正确决策。子公司的各级法人治理结构在母子公司体系内只能是形式上存在，形式上发挥作用；如果完全按照现代产权制度、现代公司治理的要求，严格限制交叉持股、董事关联任职，那么，就组建不了一个集团的母子体系内的几十个股东会、董事会。可以说，在若干子公司级次上，难以建立真正意义上的公司法人治理结构。因此，法人治理结构应在集团的母公司级次建立。只有形成集团的母公司级次的法人治理结构，才能真正做到权力制衡，实现集团的正确决策，为提高集团集中配置资源效率奠定制度基础。只有建立与完善母公司级次的法人治理结构，才能实现集团向现代公司的过渡。
2.逐渐弱化子公司级次的法人治理结构作用
与集团的母公司级次建立与完善法人治理结构相对应的，是要弱化子公司级次的法人治理结构。如果每一个子公司的股东会、董事会都真正发挥作用，就会形成反集团决策的强大力量，即使少数子公司股东会、董事会真正发挥作用，也会弱化集团决策的效应。在某种意义上，子公司级次的法人治理结构发挥作用越大，就越不利于集中配置母子公司体系内的各种资源。产权多元化的子公司是一级独立法人，存在自己的独立利益；在更多的情况下，是内部人利益，这决定了各子公司的利益不可能完全与集团利益相一致。因此，在建立母公司级次的法人治理结构后，要逐渐弱化子公司级次的法人治理结构作用。子公司法人治理结构作用的弱化，一是尽可能减少子公司级次，通过内部股权重组关闭一些子公司；二是进行子公司股权结构的调整，实现集团公司对子公司的绝对控股。
三、在产权高度清晰条件下完善法人治理结构
集团建立母公司级次的法人治理结构，必须从集团产权制度改革入手。产权高度清晰是建立和完善公司治理的前提条件。只有先建立现代产权制度，才能形成现代公司治理。
1.尽可能把产权清晰到自然人
集团的产权制度改革，由于其资产规模大，最容易采取交叉持股的形式。交叉持股可以实现产权多元化，但不能解决产权清晰问题。集团产权多元化改革，仅仅是到法人层次，无论是国有法人，还是非国有法人，都可以成为产权多元化主体。法人作为产权多元化主体，并不是直接利益群体。国有法人的利益主体是政府，是国家，是全体人民，政府、国家、全体人民都是一般性概念，但是，具体控制国有法人的往往是一个小团体甚至个别人。集团改制后，如果股东都是国有法人，或一个国有法人绝对控股，那么，股东大会、董事会就变成了形式，多元化产权主体之间的权力制衡与监督也就不可能形成，一个法人股东往往会把自己的利益或者是其背后主宰者的利益凌驾于其他股东利益之上，甚至不惜损害其他股东利益。与法人股东相比，自然人股东是直接的利益主体，股东所持股份与产权利益主体之间的关系十分清楚。自然人股东关心自己所有权产生的收益，资本追逐利润的本能在自然人股东身上得到最充分体现。自然人股东具有产权利益维护及对所有权捍卫的强烈冲动，只有把产权清晰到自然人，才能建立与健全产权保护制度，才能塑造出现代公司。
2.以清晰的产权承担明确而直接的责任
产权清晰，尤其是把产权清晰到自然人，是为了建立权责明确的责任制度。自然人做股东组成的股份制公司，无论是两权分离还是两权合一，都能产生明确的责任主体。两权合一，股东是经营者，其本能是实现资本增值并维护公司信用，否则，其个人所有的资本所有权将被剥夺。两权分离，股东把公司控制权、经营权委托给董事会、管理团队，首先是选聘到能够承担责任的董事及职业经理，如果董事及职业经理没有为股东尽责，那么，董事及职业经理的个人利益及个人财产权将被剥夺。强调把产权清晰到自然人，自然人成为明确的财产所有权主体，并不意味着片面强调个人利益最大化，而是要实现现代产权架构中的信用责任明确化，维护现代产权信用。
在市场经济条件下，人们尤其是“经济人”的行为主要是受利益驱动，仅依赖道德规则与社会舆论，已经难以维护信用体系。低劣的信用状况和脆弱的信用关系，导致产权交易成本的无限加大。因此，必须把现代产权信用建立在新的基础上。现代产权信用以个人财产所有权为基础，不仅要求参与经济活动以个人财产所有权为担保条件，而且以个人财产所有权承担失信责任，从而建立与完善个人产权责任下的信用体系。在个人产权责任下，失信导致的是个人财产权的部分或全部被剥夺。与个人产权责任相适应的是个人产权信用，个人产权信用承担的是无限责任。
现代公司制度要求建立现代法人治理结构，与现代公司制度相适应的是一级法人治理结构。市场经济发达国家的跨国公司，绝大多数建立的是一级法人治理结构。建立在现代产权制度基础上的一级法人治理结构，不仅要求公司产权高度清晰，而且限制子公司层面的多级法人治理结构。一级法人治理结构更强调庞大公司体系内的资源集中配置，与中国式集团的多级法人治理结构不同的是，公司规模越大，资源集中配置力度越大，资源配置效率越高；与此同时，还有效控制与防范了公司规模扩张过程中的财务风险。