全面预算管理是实行统一财务控制与统一收支结算的重要条件或重要环节，是公司管理水平提高与财务风险防范能力较强的一个重要标志。为了充分发挥预算管理的作用，必须实行预算编制与预算执行的分立，预算编制与财务审计的分立。
一、预算编制与预算执行的分立
预算编制应该由专门的职能部门负责，并把预算编制当作一项经常性工作。但是，在更多的公司，预算编制往往与财务部门或财务中心合并，其用意是为了节省人工成本与精简机构。预算编制不能相对独立，不仅不能提高预算管理水平，而且也不能保证预算的有效执行。实行预算编制与预算执行的分立，可以保证管理团队充分运用并发挥全面预算管理的杠杆作用。
1.预算编制应该而且必须对管理团队直接负责
预算编制部门编制预算要在两个条件下进行，其一是公司发展战略及近期策略；其二是公司全面准确的财务数据。预算编制部门要依据公司发展战略完成中长期预算编制，年度预算要服从中长期预算。无论是中长期预算还是年度预算，都要求体现管理团队的意志。可以说，预算编制要在管理团队直接领导下完成，管理团队不仅要提出预算编制的原则与指示，而且要参与预算编制。预算编制部门在预算编制中对管理团队直接负责，首先表现在贯彻管理团队的意图、管理团队的战略思考与策略设计往往是相对粗线条的，预算编制部门要把这种意图转变为预算中的数量化计划和规划，并测算这些计划和规划所要求的资源支持以及公司资源限制，在测算的基础上，向管理团队反馈其意图所要求的数量化计划和规划的可行性，经过交流和讨论形成预算编制的基本框架；其次表现在要保证管理团队的全部成员或负责成员准确理解和把握预算编制中的主要指标，向管理团队说明这些指标实现以及部分实现所产生的结果；再次表现在要把分解指标所代表的管理团队意图传达给各职能部门、事业部、子公司，争取得到其负责人或经理人的理解与支持，因为预算能否完成要取决于职能部门、事业部、子公司的运营。因此，预算编制部门不仅仅是简单编制预算，而且要考虑并尽可能保证预算能够实现。如果预算过于脱离公司实际，可能导致公司管理团队的调控失效甚至失控。
2.预算编制能够监督预算的执行与实施
预算编制并通过审批以后，意味着各职能部门、事业部、子公司的运营指标被确定，在财务年度结束完成指标是全面预算管理的基本要求。但是，这并不意味着预算编制部门的责任已经完成，在预算编制与预算执行分立的条件下，还要监督预算执行。首先是监督财务结算中心是否依照预算进行收支结算尤其支出结算，财务结算中心作为公司全球资源支持系统的一个枢纽，其支出结算是资源供给的主要形式，但是其日常的大量支出结算应该按照预算要求进行，各事业部或子公司的资源供给的支出结算，只要是在预算标准内的，财务结算中心要定时定期结算，超出预算标准的，财务结算中心要依照另外程序完成结算，预算编制部门要监督日常结算是否按照预算要求进行；其次是跟踪事业部及子公司经营严重偏离预算指标的行为，事业部及子公司实际运营结果与预算指标存在差异是正常的，但是差异过大往往意味着某个环节出现问题，预算编制部门要对差异过大的原因进行调查，并向其他职能部门及管理团队提出反馈意见或建议。预算编制部门对预算执行的监督，既可以发挥全面预算管理的风险防范作用，又可以合理地调整下一财务年度预算编制的指标。
二、预算编制与财务审计的分立
财务审计是董事会与管理团队对公司经营效率验证和监督的一种有效手段，要求并实现预算编制与财务审计的分立，可以推动全面预算管理水平的提高。
1.预算编制与财务审计的合一往往会掩盖预算管理中的问题
财务审计分为外审和内审两类，外审主要是董事会和外部力量（如监管部门等）所要求进行的审计；内审是公司管理团队在实际运营控制中，对事业部、子公司进行监督的一种手段。内部财务审计是一种经常性的行为，因此，财务审计往往在机构和职能上具有相对独立性。但是，许多公司往往实行预算编制与财务审计在机构上的合一，同一机构行使预算编制和财务审计的两项职能。预算编制与财务审计的合一并直接对管理团队负责，使其权力具有不可制衡性。在每个财务年度的预算编制并执行后，无论编制的预算有没有问题，在财务审计时，都会在意识上和行为上通过审计证明预算编制的合理与科学。可以说，编制预算的机构去进行财务审计，往往会变成对预算执行监督一次性行为，只要结算符合预算要求，往往就通过了财务审计。对管理团队负责的内部财务审计，除了对职能部门、事业部、子公司的重大异常指标审计外，还要通过审计发现预算编制中的问题，从而达到提高全面预算管理水平的目标。只有通过财务审计发现预算编制中的问题，才能在新的财务年度预算编制中解决问题，弥补漏洞，才能不断提高全面预算管理水平。
2.财务审计要能够发现预算编制与预算执行中的问题
预算编制是全面预算管理中的一个重要环节，任何一个公司的预算编制往往逐渐由粗到细、由简单到复杂、由部分到全面，全面预算管理是以公司运营的各个环节、各个部门的全面预算编制为前提条件。实行预算编制与预算审计的分立，可以通过每个财务年度结束后的审计，对预算编制提出要求，这类要求是审计部门向公司管理团队提出的，再由管理团队推动预算编制部门按照新的要求完善预算编制。在预算编制部门可以编制包括销售预算、生产预算、采购预算、生产成本预算、财务成本预算、融资预算、投资预算、损益预算、货币现金流量预算，而且公司可以实行全面预算管理以后，财务审计不再是提出预算编制要求，而是侧重于发现预算编制和预算执行的问题。预算编制中的重大缺陷和问题，往往是在对各事业部、子公司异常指标或异常变化审计时发现的，某些事业部或子公司指标出现过大差异，有时是由于管理不善或市场变化而导致的，但是，也可能是预算编制导致的，如果是后者，往往是编制预算时指标确定不合实际或编制方法不当引起的；对预算编制中人为不尽职而导致的重大缺陷和问题，预算编制部门及相关人员要承担责任。预算执行中的问题，往往是在进行职能部门、事业部、子公司的财务审计时，发现财务违规与不执行预算的问题同时存在，甚至是由于不严格执行预算而导致了财务违规。只有财务审计与预算编制分立，财务审计相对独立进行，才能及时发现预算编制与预算执行中的问题，从而改进预算编制，严格执行预算。