特许加盟商已经投入了不少时间来培训员工，所以特许加盟商必须确保他们忠实于自己，确保员工能够发挥其潜能来为加盟店服务，为此特许加盟商就要有一定的激励员工的措施。如今，光靠支付工资来激励员工是不够的，还要有其他措施。员工的工作日复一日都是一样的，时间长了会感到厌倦，因此需要对他们进行交叉培训，让他们从事不同工作，使工作多样化，否则，他们会因为厌倦而离开。另外，对他们进行交叉培训也会使每个人对多个工作都能胜任，从而可以在某个工作空缺时，把他们中的某一位抽调过去。
特许加盟商激励员工的最好方法是让他们感到他们对加盟店的经营做出了贡献，这里面有他们的心血。如果他们感觉没有受到尊重，无论特许加盟商支付多少工资，他们都有可能离开。特许加盟商应该考虑到：给员工适当的权利了吗？对业绩好的员工是否给予了适当奖励和表扬？是否将自己的观点强加给员工？是否鼓励老员工指导新的员工？是否鼓励他们提意见？
如果特许加盟商让员工的责任多样化，员工会感到精力充沛。这是进行交叉培训的一个重要原因。如果员工觉得能胜任工作而且很自信，他们会一直做下去。员工喜欢得到奖励，如果奖励能够影响他们的生活方式，他们会更高兴。特许加盟商可以使用的激励方式有：对全勤、表现好的员工进行奖励，增发奖金、组织出去旅游等；把升迁和额外的休假时间与获利能力联系起来；把员工的成就刊登在公司的内部刊物上；如果员工工作满一定时间，为他们设立一个与其工资所得相匹配的俱乐部；向员工提供加盟店的股权。
很明显，即使特许加盟商付出最大努力，还是会有员工流失掉的。有的员工会因要成为家庭主妇而离开；有的是因为顾客抱怨或工作表现太差不得不离开。即使特许加盟商的员工都很好，流失率很低，也要保持一个很强大的招聘员工的计划，说不定什么时候就用得着了。