瓜蔓抄是朱棣夺位后诛戮建文诸臣之手段。因残酷诛戮，妄引株连，如瓜蔓之伸延，故名。初因建文四年，朱棣攻占南京后，左佥都御史景清行刺未遂，朱棣下令夷其九族，尽掘其先人冢墓。又籍其乡，转相攀染，致使村里为墟。后遂泛指朱棣穷治忠于建文诸臣之举。如方孝孺被灭十族，坐死者八百七十三人，外亲坐死者复千余人；练子宁之死，弃市者一百五十一人，九族亲家之亲，被抄没戍远方者又数百人；陈迪之死，远戍者一百八十余人；司中之诛，姻族从死者八十余人；胡闰之死，全家抄提者二百七十人；董镛之死，姻族死戍者二百三十人；卓敬、黄观、齐泰、黄子澄、王度、卢原质等之死。
建文帝幼子朱文圭时年2岁，被朱棣禁锢凤阳广安宫，称建庶人，55年后才被明英宗释放。
朱棣在位期间进一步强化君主专制。永乐初，曾先后复周、齐、代、岷诸王旧封，但当其皇位较巩固时，又继续实行削藩。建文帝的三个弟弟吴王朱允熥、衡王朱允熞、徐王朱允；尚未就藩，朱棣将他们降为郡王并让朱允熥、朱允熞就藩，但当年就将二人召到燕京，废为庶人，禁锢于凤阳，只留朱允；给朱标奉祀。周、齐、代、岷诸王再次遭到削夺；迁宁王于南昌；徙谷王于长沙，旋废为庶人；削辽王护卫。他还继续实行朱元璋的徙富民政策，以加强对豪强地主的控制。永乐初开始设置内阁，选资历较浅的官僚入阁参与机务，解决了废罢中书省后行政机构的空缺。朱棣重视监察机构的作用，设立分遣御史巡行天下的制度，鼓励官吏互相告讦。他利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事，设置镇守内臣和东厂衙门，恢复洪武时废罢的锦衣卫，厂卫合势，发展和强化了专制统治。
明太祖朱元璋时，由于废除了丞相制度，皇帝直接领导六部，事无巨细都要皇帝亲自处理，所以皇帝非常累。明成祖时期，完善了文官制度，在朝廷中逐渐形成了后来内阁制度的雏形。这个内阁制度后来被西方国家所效仿，一直延续到现在。但内阁品级不高，一般要经过翰林院庶吉士锻炼，后来形成了“不是庶吉士不能进内阁”的潜规则。
明成祖又设立东厂，这是一个缉捕“叛逆”的特务机关，起初直接受明成祖指挥，后来统辖权移到宦官手里，有事可直接向皇帝报告，权力在锦衣卫之上。明宪宗时增设西厂，用太监汪直为提督。其为员权力超过东厂，活动范围自京师遍及各地。明代锦衣卫、东厂和西厂都是特务机构，合称“厂卫”。厂卫制度是明朝封建皇权膨胀的产物。
明成祖朱棣对各地方官吏要求极为严格，要求凡地方官吏必须深入了解民情，随时向朝廷反映民间疾苦。永乐十年，朱棣命令入朝觐见的地方官吏五百余人各自陈述当地的民情，还规定“不言者罪之，言有不当者勿问”。之后，永乐帝宣布“谕户部，凡郡县有司及朝使目击民艰不言者，悉逮治。”即地方官或中央派出的民情观察员，如果看到民间疾苦而不实报的，要逮捕法办。对民间发生了灾情，地方上要及时赈济，做到“水旱朝告夕振，无有雍塞”。
朱棣为保证北京粮食与各项物资的需要，于九年疏浚会通河，十三年凿清江浦，使运河重新畅通，对南北经济文化交流与发展起了重要的作用。
朱棣注意社会经济的恢复与发展，认为“家给人足”、“斯民小康”是天下治平的根本。他大力发展和完善军事屯田制度和盐商开中则例，保证军粮和边饷的供给。派夏原吉治水江南，疏浚吴淞。在中原各地鼓励垦种荒闲田土，实行迁民宽乡，督民耕作等方法以促进生产，并注意蠲免赈济等措施，防止农民破产，保证了赋役征派。通过这些措施，永乐时“赋入盈羡”，达到有明一代最高峰。
迁都北京，建造紫禁城
明成祖将都城由南京迁至北京（原名北平）的事件。因发生于永乐年间，故名。北平是朱棣兴王之地，他在此经营30多年，统治比较稳定；另外北平处于北方农业区与牧区接壤处，交通便利，形势险要，是汉蒙各族贸易的中心以及北方政治与军事要地，定都于此不仅可抗击自北入侵的蒙古人，且可进一步控制东北地区，有利于维护全国统一。因此，朱棣即位后，即开始准备迁都。永乐元年，诏以北平为北京，改北平府为顺天府。四年，诏以明年五月建北京宫殿。九年，命工部尚书宋礼等修会通河。十三年五月，平江伯陈瑄等开凿淮安附近之清江浦，使久废的运河重新畅通；十八年九月，诏自明年改京师为南京，北京为京师。十二月，北京郊庙宫殿成。十九年正月，朱棣在北京御奉天殿，朝百官，大祀南郊。迁都大政至此基本完成。此后至明亡，北京一直是明朝的京师。
明十三陵位于北京北面昌平县境天寿山南麓，距首都北京约五十公里，陵域面积达一百二十余平方公里，环葬着明代的十三位皇帝，统称十三陵。十三陵中的首陵，是成祖永乐皇帝的长陵。
北平方面的臣僚开始奉旨征调工匠、民夫上百万人，正式营建北京宫殿。今天游客看到的故宫、天坛、太庙（劳动人民文化宫）等规模宏大的建筑，就是自此开始陆续建造的。他的这个抉择，客观上为后人留下了一笔珍贵的文化遗产。
永乐五年，皇后徐氏（开国名将徐达之女）死去，朱棣经过慎重考虑，没有在南京建陵安葬，而是派礼部尚书及“江西派”风水大师廖均卿等人去北京寻找“吉壤”，也就是通常说的风水宝地。
北京紫禁城占地面积724250平方米，还没把护城河与城墙的绿化带计算在内。宫殿建筑总面积达163000m2。紫禁城是一座长方形的城池，南北长961米，东西宽753米，四周有高10米多的城墙围绕，城墙的外沿周长为3428米，城墙外有宽52米的护城河，是护卫紫禁城的重要设施。城墙四边各有一门，南为午门，北为神武门，东为东华门，西为西华门。城墙的四角有四座设计精巧的角楼。紫禁城宫殿都是木结构、黄琉璃瓦顶、青白石底座，饰以金碧辉煌的彩画。其平面布局，立体效果，以及形式上的雄伟、堂皇、庄严、和谐，都可以说世上罕见的。集中国古代建筑艺术之大成，是中国二千多年专制社会皇权思想的集中体现。与中国历代皇宫一样，故宫的总体规划和建筑形制完全服从并体现了古代宗法礼制的要求，突出了至高无上的帝王权威。
北京紫禁城筹建于明成祖永乐（公元1404年～公元1424年）五年，兴建于永乐十五年至十八年。整个营造工程由侯爵陈圭督造，具体负责是规划师吴中。从明永乐五年（公元1407）年起，明成祖集中全国匠师，征调了二、三十万民工和军工，经过14年的时间，建成了这组规模宏大的宫殿组群，成为世界历史上最著名的建筑之一。
明成祖统治期间以永乐作为年号，朱棣雄才大略、励精图治，发展经济，提倡文教，使得天下大治，并且宣扬国威，大力开拓海外交流，人民安居乐业，社会上可谓“路不拾遗夜不闭户”。所以后世史学家称其为永乐盛世。
他一生成就的功业都是历史上少有的大手笔。他以北平一隅，凭借万人左右的军队，历经四年苦战，最终登上了大明王朝的皇帝宝座。他积极经营，把明朝的影响力推向了历史的高峰，一扫唐降以来中原政权的颓势，南征北战，威服四夷，尽现“马上天子”的英姿。他二次开国，在继承明太祖朱元璋的事业基础上有所开创，奠定了明朝276年的统治，并且缔造了大明帝国最兴盛的时代。
巩固多民族国家，击退倭寇
为了彻底解决蒙元贵族残余势力构成的边患，从永乐八年（1410年）开始，明成祖朱棣亲自率领明军进行北伐。这次北伐，明军在飞云山大战中击破五万蒙古铁骑，迫使蒙古本部的鞑靼向明朝称臣纳贡，永乐帝封鞑靼大汗为和宁王。随后明朝大军一直进入到极北的擒狐山，在巨石上刻字为碑“翰海为镡，天山为锷。”永乐十年，永乐帝举行第二次北伐，击败了蒙古另一部瓦剌，瓦剌遣使谢罪之后，永乐帝班师回朝。永乐十七年，永乐帝举行第三次北伐，大败兀良哈蒙古。蒙古势力遭到永乐帝的连续打击后，此后数十年都无法对明朝构成威胁。永乐七年，明朝在黑龙江下游东岸特林地方，设立了奴儿干都司，管辖今黑龙江、乌苏里江、松花江流域和库页岛等地。
朱棣十分重视经营北方，永乐初即改北平为北京，设行在六部，增设北京周围卫所，逐渐建立起北方新的政治军事中心。七年在女真地区，设立奴儿干都司。与此同时，争取与蒙古族建立友好关系。鞑靼、瓦剌各部先后接受明政府封号。永乐八年、十二年、二十年、二十一年、二十二年，朱棣亲自率兵五次北征，巩固了北部边防，最后死于班师途中。五年派兵统一安南（今越南），在河内设立了交趾布政司（行省），进行直接统治。七年开始了营建北京天寿山长陵，以示立足北方的决心。十四年开工修建北京宫殿，十九年（公元1421年）正式迁都北京。
明官署名。奴儿干都指挥使司，简称奴儿干都司，一作奴尔干都指挥使司，永乐七年（1409年）置，是中国明朝明成祖时在东北黑龙江出海口一带（今俄罗斯境内）所设立的一个军事统治机构。治所在黑龙江下游东岸特林，有卫、所四百余，屯驻军队，为当地军政机构。辖区东至海，东北包有库页岛，西至斡难河（鄂嫩河），南接图们江，北抵外兴安岭。永乐十一年与宣德八年曾二次在特林修建永宁寺，并立有二碑。清光绪三十年，二碑被沙俄政府劫去，移置海参崴博物馆。
明成祖永乐元年，明朝派人至奴儿干地区招抚，次年各部归附，朝廷任命各首领为指挥同知等职，其后数年，明朝即以此为基础，逐渐在黑龙江、乌苏里江流域成立了一百三十一个卫，永乐七年，在当地官员忽剌修奴的建议下，在黑龙江入海口一带成立都指挥使司以统辖各卫，以康旺为都指择同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干都指挥使司的统治范围东、南及于海、并越海抵苦夷（库页岛），西至斡难河（今鄂嫩河），北至外兴安岭。其对于东北地区的统治并非直接掌管，而仅是在重要地点设军事据点及发展交通路线，各族实质上仍由各部族自行统治，而除少数官员之外，大多数官军人员由当地部族人民担任，中央间或派遣人员加以巡视宣慰各族人民。明成祖之后，明朝对于东北的经营较不重视，该地官员大多成为世袭而不受中央控制，1435年（宣德十年），正式废除了奴儿干都司。
明代倭寇的活动，以嘉靖朝为界可大体分为两个时期。前期是从元末、明初到正德年间。元末，日本进入南北朝分裂时期，其内战中的败将残兵、海盗商人及破产农民流入海中，乘明初用兵之机，屡寇滨海州县。洪武时，海防整饬，尚未酿成大患。经永乐十七年六月的望海埚之战，明辽东总兵刘江率师全歼数千来犯之倭后，倭寇稍稍敛迹。