河州卫口外的边都沟（今青海省循化县文都乡）土司，一直延续到近代，即是十世班禅大师所出身的文都千户家族。该家族原在西藏，与萨迦款氏家族同宗，先祖随八思巴到青海，定居在循化文都，成为当地的藏族首领。明朝初年该家族归附明朝，其首领赏思曾进京朝贡，受到明成祖的封赏。直到本世纪五十年代，文都千户家还保存着明成祖赐给赏思的敕书和铜牌，敕书中写道：
奉天承运，皇帝制曰：
俺汉人地面西边，西手里草地里西番各族头目，与俺每近磨道。唯有必里阿卜束，自俺父皇太祖高皇帝得了西边，便来入贡，那意思甚好。有今俺即了大位子，恁阿卜束的儿子结束，不忘俺太祖高皇帝恩德，知天道，便差侄阿卜束来京进贡，十分至诚。俺见这好意思，就将必里千户所升起作卫。中书舍人便将俺的言语诰里面写得仔细回去，升他做明威将军、必里卫指挥佥事，世世子孙做勾当者。本族西番听管领着。若有不听管属者，将大法度治他，尔兵曹如敕勿怠。
永乐元年五月初五日，上钤敕命之宝。
永乐二年诏：“奉天承运，皇帝制曰：俺汉人地面西边，西手里草地西番各族头目，与俺每好生磨道。自我太祖高皇帝得了西边时，尔必里阿卜束便来入贡。及俺即了大位子，阿卜束的儿子结束，能知天道，便差人来京进贡。俺见这意思十分至诚，就将必里千户升起作卫，着他做明卫将军本卫指挥佥事。阿哈巴差人来谢恩进贡。告称他兄弟结束病故了，欲要袭他职事。恁中书舍人便将俺的言语诰里写得仔细回去，教他阿哈巴仍做明威将军、必里卫指挥佥事，世世子孙做勾当者，本族西番听管领着。若有不听管属的，将大法度治他，尔兵曹如敕毋怠。”隆务寺原藏明政府敕封必里族头目为百户的诰命一件，录文于后。
永乐四年诏：“奉天承运皇帝敕曰：俺汉人地面西边，西手里草地西番各族头目，与俺每好生近磨道，我皇考太祖高皇帝统一了天下，那汉每好意思，多曾到有。自我即了大位，恁笼班不忘俺太祖皇帝恩德，知天道，向慕朝廷，俺见这好意思，与了名分。中书舍人便将俺的言语敕里写得仔细回去，着他做昭信校尉、必里卫指挥司百户，世世子孙做勾当者。本族西番听管领着。若有不听管属的，将大法度治他，尔兵曹如敕毋怠。”
永乐年间对其他边疆地区的统治也得到发展。十一年平定思南、思州土司叛乱后，设立贵州布政使司，为加强对乌思藏地区（今西藏）的控制，朱棣派遣官吏迎番僧入京，给予封赐，尊为帝师。他还于四年设立哈密卫，并多次派遣陈诚、李达等人赴西域（今新疆），加强了政治、驻军和贸易往来，全国统一形势得到进一步发展和巩固。
心狠手辣，屠戮宫女
朱棣的大老婆徐皇后，于永乐五年病死。徐氏死后，朱棣一直未立皇后。后宫有一位权贤妃，是从朝鲜选来的美女，美艳殊丽，能歌善舞，且善吹箫，聪慧过人，最受朱棣宠爱。不料永乐八年，权氏随朱棣率兵北征，死于归途，害得朱棣为宠妃很掉了几滴眼泪。
朱棣正为失去宠妃而悲伤之际，有宫女揭发说权氏是被吕妃串通太监和银匠用砒霜毒死的。朱棣大怒，也不细查，即下令将被告下毒的太监、银匠处死，对吕氏则采用酷刑，用烙铁直烙了一个月才死。受吕氏牵连而被杀者达数百人。
揭发吕氏毒死权妃的人也姓吕，是一位朝鲜商贾的女儿，史书称其为“贾吕”。
永乐十八年，朱棣准备立为皇后的宠妃王氏暴死，而恰于此时，皇宫内又有人告发贾吕、鱼氏与宦者“通奸”（宫女和宦者结为夫妻一样的伴侣，实际上没有实质上的性行为，仅仅是相互慰悦、相互照顾而已，宫内称为“菜户”或“对食”）。明朝后期的皇帝对此类事，往往采取听之任之的态度。明熹宗甚至还亲自将宦官与宫女结为对食的。
朱棣却勃然大怒。贾吕、鱼氏惧祸，上吊自杀。
朱棣并不罢休，又兴株连之法，拘捕与贾吕亲近的宫婢，亲自审讯，看贾吕等人是否还有其他阴谋。宫婢受了酷刑，竟诬服称后宫有人要谋害皇帝。这一口供，激起朱棣嗜杀本性。于是，接连有更多的人被抓，更多人的屈打成招。百连千扯，自承“谋逆”的宫婢侍女，竟然达近三千人之多。
朱棣下令将这些从全国选来的美丽的宫女全部处以剐刑。所谓剐刑，即是凌迟处死。此刑主要用来处死“谋大逆”、“谋反”等政治犯。
行刑时朱棣亲临刑场监刑，经常还亲自操刀，残杀宫女。一位河北籍宫女受刑时斥骂朱棣：“你年老阳衰，我们宫人与宦者相悦，又有何罪！”
朱棣更加恼怒，令画工画了一张贾吕与宦官相拥图，遍示内宫，羞辱无辜的宫女之余，亦不啻自我羞辱。《李朝实录》记载，朱棣大肆屠杀宫女之际，适有宫殿被雷电击毁，宫女们暗喜，以为朱棣会因害怕上天惩罚而停止屠杀，但朱棣“不以为戒，恣行诛戮，无异平日”。
公元1424年，朱棣第五次出兵大漠，死于北征回师途中的榆木川（今内蒙古乌珠穆沁）。大内以30余宫女生殉朱棣。她们吃完饭以后，被带上殿堂，哭声震殿阁。殿堂内置有小木床，使宫女立在床上，梁上结有绳套，把她们的头放在圈套中，然后撤掉小床，使她们吊死。
“永乐大帝”无改一生嗜杀气度，死了也要祸害别人。
朱棣入京后，立即揭榜（悬赏捉拿）黄子澄、齐秦、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀宫人、女官以及内官无数，只留下一帮曾向他通过风报过信的没老二太监。他又迁建文帝母亲于懿文陵幽禁，杀掉建文帝三个兄弟。建文帝七岁太子朱文奎于乱中“不知所终”，肯定是被朱棣杀掉。另外的小儿子朱文圭当时才两岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，后来不知所终，想必也是被朱棣派人弄死以绝后患。也有记载说朱文圭一直幽禁在凤阳，至明英宗时才放出，已经五十七岁，尚不能分辨马牛，完全被禁锢成一个痴呆。
朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起草自己的继位诏书。朱棣的谋士姚广孝曾在北平时对他讲，方孝孺是天下“读书种子”，绝不可杀。
方孝孺乃建文帝耿耿忠臣，身穿衰白衣大哭于阙下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施礼，依旧嚎哭不已。
朱棣劝说方孝孺：“我是效法周公辅佐成王啊。”
方孝孺止住哭声，厉声反问：“成王安在？”
“他自刎而死！”朱棣答道。
方孝孺又问：“何不立成王之子？”
朱棣回答：“国赖长君。”
方孝孺咄咄逼人，“何不立成王之弟？”（意思是建文帝几个弟弟都已成年），朱棣不得已，亲自下殿走到方孝孺面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事费神。”
左右递过纸笔，朱棣说：“诏天下，非先生不可。”
方孝孺夺过诏纸，在上乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草！”
朱棣怒急，大声叫道：“怎能让你痛快一死，即死，难道你不怕我诛你九族吗？”
方孝孺大喝：“便诛十族又奈我何！”
此时，朱棣已皇位在座，顿呈残暴本性。他命卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边。然后，命人逮捕其九族亲眷外加学生，凑成十族，共八百七十三人，依次碎剐杀戮于方孝孺面前。方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟于聚宝门外，时年四十六。
孝孺临刑前做绝命诗，曰：“天降乱离兮孰知其尤，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉，庶不我尤！”
建文帝兵部尚书铁铉被逮至京。朱棣坐于御座，铁铉背立殿庭，至死不转身面对朱棣。朱棣派人割掉铁铉耳鼻，在热锅中烧熟，然后硬塞入这位忠臣口中，问：“此肉甘甜否？”铁铉厉声回答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”于是朱棣下令寸磔铁铉，这位忠臣至死骂不绝口。怨恨之下，朱棣又把铁铉八十多岁的老父老母投放海南做苦役，虐杀其十来岁的两个儿子，并硬逼铁铉妻子杨氏和两个女儿入教坊司充当妓女，任由兵士蹂躏。
对建文帝刑部尚书暴昭，由于陛见抗骂，朱棣先去其齿，次断手足，以刀慢割脖项而死。
对礼部尚书陈迪，由于责问不屈，朱棣命卫士绑送他及其六个儿子一起至刑场凌迟。朱棣又先派人割下陈迪儿子陈凤山的鼻子和舌头，塞进这位忠臣嘴里逼他下咽。陈迪虽为文士，至死不屈，怒骂而死。
对建文帝右副御史练子宁，也因殿上怒骂，朱棣命人先割掉其舌，此后寸磔而死，其宗族被杀者一百五十一人。
对建文帝兵部尚书齐秦，也是因其不屈，送刑场凌迟；对太常卿黄子澄，也赤其三族，凌迟处死。
对建文帝监察御史高翔，因其丧服入见，朱棣命卫士杀之于殿上，没产诛族，又掘发高氏宗族墓地，焚骨抛尸，交杂狗骨马骨四散丢弃。
对建文帝监察御史王度，宗人府经历宋征、监察御史丁志、监察御史巨敬，朱棣皆施以族诛之刑。
建文帝大理寺丞刘端弃官逃去，被抓入殿。朱棣问：“练子宁、方孝孺是什么样的人？”
刘端笑答：“忠臣也！”
朱棣问：“汝逃，忠乎？”
刘端回答：“存身以图报耳！”
朱棣狼性大发，命人用刀割去刘端耳鼻，狞笑着问满头血污的刘端：“作如此面目，还成人否？”
刘端骂道：“我犹有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去见皇祖！”
朱棣狂怒，亲手用棍棒把刘端捶击而死。
除了多位建文帝忠臣自己或全家自杀外，朱棣虐杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。历朝历代异姓相伐相杀，从未有这样惨屠对方官吏臣下的举动。因此，清初史家谷应泰这样叹道：
“嗟乎！暴秦之法，罪止三族；强汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！”
话说回来，对建文忠臣杀则杀耳，杀之可成其千秋万世之名。王朝皇族更迭，诛杀前臣也不算太过分的罪行。“古者但有刑诛，从无玷染。”而朱棣秉承朱元璋老混蛋血脉中淫暴凶残的因子，把多位忠臣孝子的大好清白妻女送入教坊司做性奴，每天受二十多精壮汉子轮奸，生下男丁当家奴，生下女孩长大后接着做妓女，死后便“着抬出城门喂狗吃了”“此忠臣义士尤所为直发冲冠，椎胸而雪涕者也！”
直到二十二年后，朱棣儿子明仁宗朱高炽继位，才下诏称：“建文诸臣家属在教坊司、锦衣卫、浣衣局及习匠、功臣家为奴者，悉宥为民。”
建文帝忠臣惟一善终者，只有魏国公徐辉祖一人。朱棣召见，徐辉祖不出一语。由于他是功臣徐达之子，家有免死的誓书铁券，其弟徐增寿又因想投降朱棣被建文帝杀掉，朱棣才免其一死，革其禄米，把他一直软禁在家。
残暴如此，坐稳龙椅后的朱棣很想又换张脸皮以“仁德”形象留诸后世。特别可笑的是，永乐二十二年的甲辰科举考试，本来第一名状元是孙日恭。考试官员最后把录取名单呈给朱棣过目，这位流氓皇帝一反常态，细细研读，竟咬文嚼字起来：“孙日恭第一名，不行！日恭两字合起来就是‘暴’。（古文是竖版，所以两个字看上去就是”暴“字）朕一向以仁心为本，平生最恶残暴苛刑，隐暴于名的人断断不能为我大明状元。”老混蛋批来批去，从三甲之中点了一个名叫邢宽的人为状元。邢宽，乃“刑宽”的谐音，以此来显示永乐皇帝治下轻刑薄赋、仁德四海的“太平景象”。动辄诛臣下“十族”、杀人过万眼都不眨、处心积虑把忠臣妻女送入窑子每日定量供人轮奸的凶戾变态之人，临老又忽然变成似乎连只蚂蚁都不愿踩死，连一“暴”字都堵心碍眼的“仁德”之人，不得又让人佩服职业统治者的演戏才能，已臻乎炉火纯青之境，有勇有谋有智慧。