此案须先从方孝标说起。方孝标，桐城（今安徽）人。本名玄成，因避康熙（名玄烨）讳，以字行。顺治时，中进士，官至内弘文院伺读学士。顺治十四年（1657），族人方猷主持江南考试，与他有勾结作弊行为，结果均被免官戍边，流放到宁古塔，后遇赦。方孝标到云南，当了吴三桂的翰林承旨。吴三桂反清失败，方孝标先迎降，得免死罪。他写有《钝斋文集》、《滇黔纪闻》二书。《滇黔纪闻》中有关于南明抗清事实，用南明诸帝纪年。
戴名世，桐城人，字有田，号褐夫，别号忧庵，康熙进士，任编修。他立志修明史，认为南明永历朝不能称伪朝，对《滇黔纪闻》十分重视。听了学生余堪口述南明永历朝一个叫犁支的所言，感到该书符合事实，于是在他所写的有关明史文章中采用该书材料不少。戴名世在《与弟子倪声》一信中论及修史之例，认为“本朝当以康熙壬寅为定鼎之始，世祖虽入关十八年，时三藩未平，明祀未绝，若循蜀汉之例，则顺治不得为正统。”戴名世学生尤云鹤从方孝标的集子中选出部分材料，以《南山集偶抄》之名刊行。同时刊行的还有《孑遗录》，记述桐城地区地主、豪绅抵抗农民军之事，署名宋潜虚，因为戴姓出于宋后，所以讳戴为宋。此书由尤云锷、方正玉捐款印行。他们俩再加上汪灏、朱书、刘岩、余生、王源都作了序。印刷版藏于方苞家。
武进人都谏赵申乔（字慎旗）向刑部告发了此事。九卿会审，《南山集》定案。《南山集》案，实际上就是《南山集偶抄》案。此书只不过是为南明争正统，揭露南明隐事而已，但刑部大做文章，株连竟达数百人。戴名世寸磔，方孝标已死戮尸。他们的祖父、父亲、子孙、兄弟、以及叔伯父、兄弟之子，凡16岁以上都被杀头，母、女、妻妾、姊妹、儿子妻妾、15岁以下子孙、叔伯父、兄弟之子给功臣为奴。朱书、王源这时已死，免于判罪，汪灏、方苞以诽谤朝廷判斩立决。方正玉、尤云鹗发往宁古塔。方孝标儿子方登峰、方云旅，孙子方世樵一并斩首。方家中即使还在居丧守孝的人都处死，尚书韩菼、伺郎赵士麟、御史刘灏、淮扬道王英谟、庶吉士汪汾等32人另议降职。康熙闻奏改刑。戴名世斩立决，方孝标之子免死，与其家人流放黑龙江。汪灏、方苞免死，入旗为奴。尤云锷、方正玉免死罪，其家迁徙边远地区。韩菼以下这些平日与戴名世只因议论文章而被牵连的人，都免于治罪。
后来有朱方旦之狱。朱方旦，汉阳人，自称二眉道人，秘密刻书。书中有言：古号为圣贤者，安知中道？中道在我山根之上，两眉之间。山根和两眉本是指大脑之功能，非为异说。但是康熙认为是“诡立邪说，煽惑愚民”。
康熙五十五年印行的《康熙字典》，是奉旨编纂的，而且以康熙年号命名，足见政府之重视。可是有个书生叫王锡侯的，批评《康熙字典》，说它收字太多，难以贯穿。他自己编刻了一部《宇贯》，意是说，这本书可以用字义把零散的字贯穿起来，正好弥补了《康熙字典》不足。此案主犯的发落不说，还连累了两江总督，因查办不力受到降级的处分，江西的布政使按察使（都是副省长）受株连被革职治罪。其实，王锡侯写《字贯》是想贡献自己一得之见，想不到竟落得这样的下场。
整顿吏治，发展生产
康熙在进行统一大业的同时，为了国家的长治久安，他非常注意整顿吏治，广揽人才，并在此基础上发展经济，制定了一系列符合当时生产发展的措施。
康熙对贪官污吏勒索压榨百姓的行为是深恶痛绝，他十分注重对官僚队伍的整治，尤其是特别注意处理腐败的高级官僚。他曾经将贪污成性的山西巡抚穆尔赛、湖广总督蔡毓荣等人处以严刑，并将有包庇行为的大学士勒满洪等人处以降级的处罚。
在惩治贪官的同时，康熙也大力颂扬清官廉吏，非常信任被康熙自己誉为“天下廉吏第一”的于成龙等人，还赐给于成龙“高行清粹”四个大字。
为了争取民心，巩固清王朝的统治，康熙对汉族历史传统和儒家文化非常尊重，他南巡时就曾多次亲自拜祭明太祖的陵墓，并亲笔题写了“治隆唐宋”的匾额，挂在陵殿前。他还亲自到孔庙祭祀，对孔子后人大施恩宠。除了进行正常的科举考试以外，康熙还特别设立了“博学鸿词科”，千方百计地吸引明朝遗老和各种人才参政。公元1679年所进行的体仁阁考试，康熙亲自阅卷，并对不愿意为官的汉族学者非常迁就，即便他们为不想被录取而故意写些不同文理的文章，康熙也加以录用，并封为翰林学士，负责编修明史。通过这些方法，确实让其中部分文人放弃了反清立场。
同时，康熙也对汉人十分猜疑，在他统治时期，就曾发生多起文字狱。
尽管如此，康熙还是召集了大批人才，共同为发展社会生产作出了贡献。康熙在经济发展方面所施行的一系列措施，也是非常切实可行的。
康熙就下令废止代表农奴制生产方式的圈地，但受到鳌拜等人的阻止，成效甚微。康熙又于公元1685年第二次下令禁止圈地，使大批土地回到农民手中。
同时，康熙采取了奖励垦荒的措施，而且还规定新开土地不准圈占，还发布命令，承认部分中小地主和农民对明代废藩土地的所有权，即改为“更名田”，自己开垦的土地归自己所有。康熙还十分注意边远地区的开垦，鼓励人民前往云南、四川、贵州等地开荒。在康熙奖励垦荒政策的推动下，在他统治期间，全国耕地由527万顷增加到851万顷。与此同时，康熙又下令减轻赋税，对赋税制度进行重大改革，规定全国赋税以康熙五十年为准，以后所增人口不再多征，称为“盛世滋丁，永不加赋”。康熙末年，在四川、广东等省又实行“摊丁入亩”、“丁随地起”的办法，后来推广到全国。
康熙恢复和发展生产的另一项主要措施，就是兴修水利，治理黄河、淮河和运河。自明末以来，由于频繁的战争，黄河长年失修，到康熙初年造成严重水患。黄、淮二河泛滥后，洪水便倒灌运河，使得漕运受阻。为了根治黄河，变水害为水利，康熙任命水利专家靳辅等为河道总督，用疏通和筑堤相结合的办法治理黄河，恢复黄淮故道，使黄、淮一带在此后较长一段时间内，免除了水患的威胁，同时漕运也得以恢复。康熙本人对水利和测量学也很有研究，三十年的治河过程中，他曾六次南巡，视察河工，逐渐成为一名治河专家。从第三次南巡后，治理黄河的工程基本上是由他亲自设计实施。
康熙还很注意节俭。他本人生活简单朴素，成为清代诸帝的楷模。他要求政府机构压缩开支，并对开支制度实行严格的检查，命令户、工两部所用钱粮须每十天就奏报一次。但对于治河修桥诸事，即使开支数百万两巨资，也从不吝惜。
康熙既是一位雄才大略的政治家，还是一位博学多才的科学家。他是封建社会中历代君主中最注重科学、尊重科技人才的帝王。他本人在自然科学上的成就与贡献，与各代帝王相比，也可以说是前无古人，后无来者。他认真地学习了代数学、几何学、地理学、地震学、天文学、医学、解剖学、农学、气象学等自然科学知识，并重视科技的推广与应用。
康熙在巡视丰泽园稻田时，发现了一株水稻高出众稻之上，而且已经结粒。于是他就把这株稻种收起来留作第二年试种，结果第二年这种稻子又于六月份早熟了。康熙便开始命人在北京、承德试种，使承德这个从来没有种过稻谷的地区从此有了稻田。经过三十多年的试验和培育，他又开始向江南推广。康熙还非常注重灭蝗，曾写过《捕蝗说》一书。
康熙还十分注重学习地理学和进行地理调查。曾组织测绘人员走遍全国各地，用十多年时间绘成了著名的《皇舆全览图》，成为中国地理学史上的一项重大成果，也是世界地理学史上的一件大事。
康熙还非常注重学习西方的先进科学，曾把养心殿改为学习自然科学的教室。除了自己向欧洲人学数学外，还十分注意培养自己的数学人才，他与著名数学家梅文鼎、梅谷成、陈原耀、何国宗、明安图等人经过十年努力，编纂了一部集当时乐律、天文、数学之大成的巨著《律历渊源》。
康熙还曾对天文学有过涉猎。为了解决新旧历法无休止的争论，他经过二十年的学习，成为一个天文学家。还曾研究过园艺学和气象学，并曾下令在北京设立气象站，命令各省逐日逐月作气象记录，向他报告。他写的研究地震的文章，在科学史上具有重要的史料价值。
“满招损，谦受益”是康熙常说的名言，他为政讲求实效，反对浮夸。平定噶尔丹后，大臣们又要给他上尊号，这已经是第五次请上尊号了，但康熙还是坚决拒绝。他说：“天视天听，视于民生。后人自有公论。如果自己夸耀自己的功德，以取一时的虚名，大非朕意，不必敷陈。”康熙不仅是一个务实的皇帝，还是一个勤奋的君王，他一生勤于读书，勤于理政。每天凌晨三点就起床，开始忙于处理政务。他在出巡的时候，有很多官员为讨好皇上，敬献美女，他反对这种诱惑和腐蚀，就冷眼对待，并把这些官员予以惩办。他的这些做法，在封建社会的帝王中，确实是罕见的。
这个伟大的康熙，在做了61年的皇帝后。于公元1722年农历十一月七日病逝，成为历史上在位时间最长的皇帝。