苏曼殊离开安庆后，收到陈独秀的信，说他也打算离开安庆。1913年6月17日（旧历五月十三日），苏曼殊在盛泽给刘三写信说：“顷得仲兄信，有去皖之志，想聚首之时不远。”
6月，袁世凯先发制人，免去江西都督李烈钧、广东都督胡汉民、安徽都督柏烈武等人职务。6月30日任命孙多森为安徽民政长兼安徽都督。柏文蔚被免职后，去南京暂住。隔日，陈独秀提出辞呈。7月7日，国务院代总理段祺瑞呈报，批准安徽都督秘书陈独秀辞职，但在此之前，陈独秀已携高君曼和一岁的女儿子美离宜去宁。他在辞呈中说：“旧病复发，迫不及待。”在南京，柏文蔚、陈独秀两家合住一院。陈独秀曾到上海，7月8日，苏曼殊在苏州给刘三写信，说“仲甫六月中旬携家至沪”。
7月12日，李烈钧等人于江西湖口起义，宣布独立，标志“二次革命”开始。黄兴发表讨袁通电，并请柏文蔚任安徽讨袁军总司令。不久，柏文蔚宠信的部下胡万泰叛变，倒向袁世凯，率兵攻打都督府。8月7日，安徽宣布取消独立。柏文蔚被迫离皖，逃到南京。第三次出任安徽都督秘书长的陈独秀逃亡到芜湖。
胡万泰倒戈反柏，芜湖驻军龚振鹏没有率部救应，其部下在芜湖杀人无度，陈独秀十分愤怒，和师长袁家声进了龚指挥部，指责他“按兵不动，是何居心？”龚振鹏一听，命令部下将陈独秀绑了。龚振鹏曾是柏文蔚手下一个旅长，7月在正阳关开会，两人为权位产生了矛盾，所以这次不救柏文蔚。对龚振鹏来说，陈独秀不过是柏都督的秘书，又是落难之人，有何资格当着他的部下的面指责他？袁家声阻拦，龚振鹏也叫一起绑了。
陈独秀被绑，脸色变白，但口气很硬：“要枪决，就快点吧。”龚振鹏打算出个布告，以临阵脱逃，扰乱军心罪，次日枪毙陈独秀。范鸿偃劝龚振鹏，说陈仲甫杀不得，定远人、旅长张子刚时任皖军副司令，带领手枪卫士到了龚振鹏司令部。龚振鹏见张子刚兵谏，胆怯了几分，没有敢立即下手。刘叔雅等人速派人送信给在南京的柏文蔚，请他火速来救陈独秀。
柏文蔚急忙自南京乘船赶到芜湖，因见龚起了杀心，不敢冒然上岸。他在船上给龚振鹏写了一封信，说：“恳求龚兄刀下留人，以反袁世凯为重任。”龚振鹏见柏文蔚低声下气，乐得下了台阶，亲自赶到江边见柏文蔚，两人握手言和。陈独秀得救后，勉强和龚振鹏拉了拉手，急急逃离是非之地，避往上海。这次逃难，陈独秀尝到了孔子如丧家之犬的滋味。此后约十年，陈独秀没有回过安庆。
“二次革命”失败后，8月27日，安徽新督军、袁世凯爪牙倪嗣冲派统领马联甲带人查抄陈独秀嗣父陈昔凡家，罪名是私藏枪弹。病中的谢氏和邵氏（陈昔凡侧室）以及媳妇高晓岚慌成一团，忙叫延年、乔年从后门逃到渌水乡老家陈家剖屋躲难。
当时，陈昔凡去世不过百日，棺木还厝在家中。光绪进士、三等侍卫马联甲不愿久留，见中堂发黄的“余桥”画，多瞅了几眼，连走抢了一些陈昔凡的古玩字画。光王石谷一人的画，陈昔凡就有“不下二百多件”，这次遭了大殃。出门时，马联甲将庆元的小儿子陈永年带走。陈遐永与延年同岁，大月份，个子差不多高。
延年、乔年离家后，冒酷暑往东北方向走，一路饥渴，连夜逃往渌水乡堂亲遐文家。陈遐文的妈妈把床拉开，在床里边搭个铺，把蚊帐撑着，让他们在里面睡了三夜。陈遐文和延年同龄，延年、乔年避难住在他家，大人一个个愁容满面，遐文却满身是劲，不时地跑进跑出，替延年、乔年传递消息。晚上，陈遐文带着延年兄弟俩，到村外、塘边玩耍。延年兄弟白天关在家里，正闷得慌。晚上，他们出门观赏乡村的荷塘夜色，听青蛙鼓噪，谈神怪故事，城里紧张的气氛荡然无存。
奶奶谢氏后找人证明遐永不是陈独秀的儿子，托人保出。风声小了后，叫人到乡下把延年、乔年找了回来。这次逃难，增加了延年兄弟和遐文的感情。一次，遐文送豆腐去南水关陈家大洋房，谢氏和高晓岚一定要他住几天。乔年见遐文来了，特别高兴，将自己一套唱戏家伙搬了出来，摆给遐文看。
“你戴？”小五子拿了一大挂黑胡子叫遐文戴，遐文忙摇头，直是笑。乔年见遐文不戴，自己戴上黑胡子，挂了一会后，又戴上白胡子。遐文问：“为什么换胡子？”小五子说：“伍子胥过不了关，一夜把胡子急白了。”遐文好奇地听着，眼睛直眨。因为高兴，乔年不仅唱了伍子胥，还唱了杨家将和薛仁贵。母亲叫他吃饭时，他才忙着解下身上竹片制的宝剑，脱去小马褂。
延年十六岁，乔年十一岁，他们常到迎江寺去玩，认识了月霞法师。月霞住持不仅有文化，懂诗文，而且倾向革命。这位革命的和尚不仅告诉延年、乔年许多书本上没有的佛教知识，还讲了许多他们从来没有听过的名人志士的故事。
这年冬至，谢氏、邵氏等将陈昔凡棺材葬于十里铺陈家老坟山。陈独秀此时在上海躲难，延年、乔年随祖母上山，祭奠了祖父。
10月21日，倪嗣冲发出通告，通缉“二次革命”皖省重要革命党人。陈独秀冠之榜首。罪名是“均系柏逆文蔚，龚逆振鹏死党，蓄意谋叛之犯。”陈独秀在上海听说自己的家被抄了后，恨恨地说：“以我之气，恨不得食其人。”
12月下旬，苏曼殊因为肠道疾病，遵医嘱东渡东京疗病。临行作《东行别仲兄》一诗，云：“江城如画一倾杯，乍合仍离倍可哀。此去孤舟明月夜，排云谁与望楼台？”“江城”，指上海；“乍合仍离”，刚刚见陈独秀的面，就分手了；“排云”，指拨开迷雾。
陈独秀吟诗《曼殊赴江户余适皖城写此志别》：“春申浦上离歌急，扬子江头春色长。此去凭君珍重看，海中又见几株桑。”“此去凭君珍重看”，虽经历了失败，陈独秀还不灰心。