1941年3月，陈独秀收到一张五千元汇票，是朱家骅托张国焘转寄的。1月，张国焘到江津，带来了朱家骅的信。陈独秀给朱家骅写回信，说“国焘兄来津，奉读手教”。
最近，张国焘寄来五千元，杨鹏升寄来一千元，但陈独秀却高兴不起来。杨鹏升寄来一千元，没有提何事用，所以不能动它。朱家骅是国民党的要人，他的这五千元，是不能要的。陈独秀给张国焘写信说“却之不能，受之有愧，以后万为我辞”，将款退了回去。高语罕知道后，说：“仲甫到老还是犟脾气，死要面子。”
春天，陈独秀由鹤山坪搬到江津暂住，陶亢德、汪孟邹写信催他写自传。陈独秀想写完《小学识字教本》，再写《实庵自传》。他认为，学者以文立身，《小学识字教本》是学理研究，对中国文字学意义大，可以流传下去。现在，文字学的书不能印刷，陈独秀停下了写作计划。因为心情不好，他的血压病又加重了。除了回信，陈独秀很少动笔了。
1940年11月，罗宗文县长拜访了陈独秀。后来，他要陈独秀送他字。陈独秀送了不少对联给别人，村民盖房，陈独秀也送字。县长开了口，陈独秀写了一个条幅，上书一诗：“穿花蝴蝶深深见，点水蜻蜓款款飞。传说风光共流转，暂时相赏莫相邀。”
4月16日，陈独秀给台静农写信，谈到沈尹默的书法，说：“弟已于十一日移回鹤山坪（来示望寄仲纯兄处转交），晤瑜兄时，望告之。尹默先生住渝何处，弟不知，兄如知之，乞将答诗转去，为荷。尹默字素来功力甚深，非眼面前朋友所可及，然其字外无字，视三十年前无大异也。存世二王字，献之数种近真，羲之字多为米南宫临本，神韵犹在欧褚所临兰亭之下，即刻意学之，字品终在唐贤以下也，尊见以为如何？”
入川后，陈独秀见过沈尹默，两人有和诗唱酬。
夏天，陈独秀见自己的书出版无望。打算自己买纸，把它们油印送人。5月5日，陈独秀给台静农写信说：“关于拙稿出版，弟己不作此想，闻部中有阻力也，此稿己停止续写。顷写《古音阴阳入互用例表》己成三分之一，份量不多（二万字左右），拟自买纸，由馆中代写油印，如何？”
书不能够印刷，与国民党教育部长陈立夫有关。他在审查陈独秀《小学识字教本》书稿时，见内容全是文乎文乎的东西，如《中国古代语言有复声母说》、《广韵东冬钟汇中之古韵考》、《中国古史表》、《老子考略》、《禹治九河考》、《荀子韵表考释》、《实庵字说》等，说：“内容无大碍，‘小学’两字不妥，容易和小学校混开来。”他建议改书名中“小学”两字。
7月13日，陈独秀不知道陈立夫提出修改书名，以为是国立编译馆提出的，写信给台静农说：“拙稿如能真付印，望即就近在白沙石印，万勿木刻，书名亦望勿改！”
“小学”指声音训诂、说文考据，古来有之。改了这两个字，陈独秀的书名和内容就文不对题了。所以，陈独秀不同意修改。编译馆见陈独秀不同意改，不好说是陈立夫的意见，因此，印《小学识字教本》的事情拖了下来。
《连语类编》、《韵表》、《自序》等油印好了后，陈独秀分送给邓仲纯、胡小石等人，包括请台静农分寄给成都华西坝金陵女子文理学院陈觉玄（陈钟凡），以及沈尹默、沈兼士等外地的熟人。所谓秀才人情，礼轻人意重。
7月中旬，陈独秀听到李光炯4月8日在成都去世的消息，十分伤感。李光炯1870年生，比陈独秀大九岁。早年，李光炯办安徽公学时，和陈独秀共过事。
几日后，陈独秀梦见李光炯推门而入，惊讶地问：“闻君病已笃，何遽至此？”李光炯紧握陈独秀的手，笑而不答。梦醒后，陈独秀吟诗《悼老友李光炯先生》：“自古谁无死，于君独怆神。撄心唯教育，抑气历风尘。苦忆狱中别，惊疑梦里情。艰难已万岭，凄绝未归魂。”
“苦忆狱中别”，指1936年，陈独秀在南京狱中时，李光炯嘱其女李相珏及女婿、金陵大学理学院教授余光烺时做小菜送到狱中。他自己也来看陈独秀。想不到那次是他们最后的一面。当时陈独秀很悲观，李光炯反劝说：“生死未卜。”（无此话）当时李光炯也体弱多病，这会竟先自己而去。
7月22日，陈独秀将此诗抄送台静农。他写信说：“前函谅达。悼李光翁诗另纸录呈。拙稿倘真能付印，切望（二字旁画圈）即在白沙石印，铅印木刻均河清难俟。兄等均劝之瑜兄仍回聚奎，而于环境容否他再回，似未深加考虑，虽劝无益；情势如能回，瑜兄不待人劝也。”
陈独秀的《古韵表》，在台静农的帮助下油印了二十份。8月6日，陈独秀仍然不知道为什么自己的书不能够刊印。他给台静农写信说：“识字教本初以教部与馆间有误会未能印，今闻误会己释，而仍未付印，不知其症节究竟何在？《拼音文字草案》，早已售于商务，韵表仍初稿，此时不拟正式付印，《连语类编》已约与北大，弟并无他稿可以出售，兄与瑜兄函所谓弟之稿费问题尚谈不到，不知何所指也？”
因为该书不能够刊印（开雕），加上去年家中被窃时，草稿失去，写下卷更困难，这样，陈独秀已经无心续写下卷了。
9月，陈独秀和潘兰珍又移住鹤山坪。这次回到鹤山坪，陈独秀再也没有离开过，直到去世。——不对，一直在鹤山坪，10月到江津安葬大姐。
这时，石桥镇已破了陈独秀家中失窃案，被窃衣物大半追回，但印章及手稿已黄鹤一去不复还。小偷交待，当时打开箱子，见是书稿，怕暴露自己，一把火烧了。陈独秀原也不指望追回失物，现在见追回了大半失物，欷嘘了半晌。
不久，陈独秀同时收到江津转来杨鹏升三封信和某先生六百元钱，但信上仍然没有讲某先生是何人。现在，陈独秀和潘兰珍每月要花六百元，主要靠北大每月的三百元。他不打算用某先生这笔钱，想将来回重庆用。他哪里知道，自己已经去不了重庆了。
陈独秀本想请杨鹏升用大笔书一幅直幅，再请其夫人画一张画，因杨夫人8月11日生了一个儿子，还在月子里，便打消了后一个念头。陈独秀附骥了一篇油印的《中国古代史表》和写直幅的大白纸。
10月11日，陈立夫给陈独秀写信，谈更改书名的事：“大著《小学识字教本》，斟酌古今各家学说，煞费苦心，间下已意亦多精辟，自宜付梓以期普及，惟书名称为《小学识字教本》，究属程度太高，似可改为《中国文字基本形义》，未审尊意何如？即希示复为荷，顺候撰祺！陈立夫拜十·十一”
陈独秀知道是陈立夫的意见后，于11月13日写了复信，作了解释，但没有表态是否同意陈立夫的话，实际是没有接受他的意见。陈独秀写道：“十月十一日惠书诵悉。许叔重造说文意在说经，章太炎造文始意在寻求字原，拙著识字教本在便利训蒙，主旨不同，署名遂异。以其内容高深，不便训蒙者，朋辈中往往有之，此皆不知拙著第一种乃为教师参考而作，儿童课本别有一种，但编排单字三千余，不加诠释，绝无高深可言，俱见全书，疑虑自解也。”
知道是陈立夫作梗，陈独秀终于判了葫芦案，同时也知道，这本书难出来了。