鲁迅很关注这场撤换陈独秀的冲突，1919年4月19日，他给回家乡绍兴的二弟周作人写信说：“大学无甚事，新旧冲突事，已见于路透电，大有化为‘世界的’之意。”他对于外国记者报道北大这场争战很感诧异。
学长位置被取消后，陈独秀安慰自己，老蔡当初聘自己任文科学长，本来是坚持不当的；原说试干三个月，不料干了三年，不过离开北大迟早罢了。好在还有一个《新青年》杂志，走到哪里，也不愁没饭吃。上海印刷困难，他打算先把《新青年》移到北京来印刷。
这个想法，和在上海的余斐山的想法截然相反。他听说陈独秀去职后，于4月27日给胡适写信说：“我们以后的责任格外重，格外要极力进行，就是这一趟独秀先生辞了学长的职，我觉得是好的。先生何不劝他南下，把《新青年》大大的扩充成功一种输进新文化、改良社会的唯一无二的杂志，岂不是更有裨于社会吗？”
因为憋了一肚子气，陈独秀这阶段写文章，总带了火药味。1919年4月20日，他公开称章宗祥、曹汝霖、江庸、陆宗舆为亲日派四大金刚。同一天，陈独秀化名“只眼”在《每周评论》第十八号发表《随感录·二十世纪俄罗斯的革命》说：
英、美两国有承认俄罗斯布尔札维克政府的消息、这事如果实行，世界大势必有大大的变动。十八世纪法兰西的政治革命，二十世纪俄罗斯的社会革命，当时的人都对着他们极口痛骂；但是后来的历史家，都要把他们当做人类社会变动和进化的大关键。
胡适见了，大吃一惊，仲甫越来越左倾了。记得陈独秀在《每周评论》第四号上骂过俄罗斯的革命！讲十月革命“用平民压制中等社会，残杀贵族及反对者”。那时他看了这样的文字，心里是多么高兴啊！没想到短短数月，陈独秀的态度发生了一百八十度的转弯，从英美派一下子变成了俄罗斯派了。除了汤尔和等人唆使蔡元培免去陈独秀的职务原因外，就是李大钊《Bolshevism的胜利》发生的直接影响了。
李大钊担心胡适的态度影响《新青年》内部的团结，写信说：“我觉得外面人讲什么，尚可不管，《新青年》的团结，千万不可不顾。”
4月底，《凡尔赛和约》有关中国的内容传来，北京的青年学生受不住了，他们热血喷涌，终于赤手空拳的做出了一个壮烈的爱国运动，完全否定了腐败的北洋政府外交家们的存在，直接替国家、民族争回权利。
5月4日下午一点钟，北京的李大钊、高君宇、邓中夏、张国焘、赵尔康等三千多人上街游行。他们拿着连夜准备的旗子，在天安门会齐。步军统领李长泰、警察总监吴炳湘也慌忙赶到天安门，劝大家解散。大家不听，从天安门走到东交民巷口，被警察挡住。只允许学生代表罗家伦和江绍原到使馆界内找美国公使芮恩施，这位公使到西山去了，他的参赞出来，一脸同情，但使馆界警察拒绝允许学生通过。于是，愤激的学生和警察发生冲突，焚烧了曹汝霖住宅，殴打了来不及逃跑的章宗祥。队伍走到国务院门前时，紧闭的铁门内架有机关枪，走在前面的李大钊突然跑出队伍冲了上去，赵尔康等人一看不妙，紧紧地把他拖住。搏斗中，军警逮捕了三十多个游行的学生。
蔡元培一向反对先生干政，但这次，他没有阻止他们。他也希望拒绝在巴黎和约上签字并罢免亲日派曹、陆、章。
这天，陈独秀在家中写文章，鼓动大家起来行动：“我看这两个分赃会议，与世界永久和平人类真正幸福，隔得不止十万八千里，非全世界的人民都站起来直接解决不可。”
胡适到上海接杜威来中国演讲，不在北京。5月7日，在北京的陈独秀准备参加国民外交协会发起的国民大会。到了中央公园附近，见交通要道密布军警，禁止行人走过，陈独秀知道，大会开不成了！回到家，已是下午4时，陈独秀给胡适写信，告诉他本月4号发生的事：
四号下午，京中学生三四千人聚集天安门，到东交民巷各使馆，适礼拜日，英美公使都出去了，学生即到曹宅，曹逃避，章宗祥刚在曹宅，受了一顿饱打，幸亏有日本人竭力保护，送在日华医院竭力医治，现在生死还不能定。京中舆论，颇袒护学生，但是说起官话来，总觉得聚众打人放火（放火是不是学生做的，还没有证明），难免犯法。大学解散的话，现在还没有这种事实，但是少数阔人，确已觉得社会上有一班不安分的人，时常和他们为难，而且渐渐从言论到了实行时代；彼等为自卫计，恐怕要想出一个相当的办法。惩办被捕的学生三十多人（大学为江绍原等二十二人），整顿大学，对付两个日报，一个周报，恐怕是意中的事。
“一个周报”即《每周评论》。
警厅逮捕的三十多学生中，北大学生占了二十二人，居多数。5月9日，蔡元培向北洋政府提出引咎辞职，秘密出京。此前，北京已有流言，说政府将明令免蔡元培的校长职，由马其昶任北大校长。蔡元培离校时，决定不再回来了。他写启事说：“杀君马者道旁儿；民亦劳止，汔可小休；我欲小休矣。”
“杀君马者道旁儿”，来自《太平御览》，意思是，“语云长吏食重禄，鸦藁丰美，马肥希（稀）出。路旁小儿观之，却惊致死。按长吏马肥，观者快马之走骤也，骑者驱驰不足，至于瘠死。”意思是，长吏马肥，观者称赞之，乘者喜其言，驰驱不已，以至马死。