在胡适看来，陈独秀比起李大钊来，在信仰社会主义方面却是一位后进，因为陈独秀当时并不是一个马克思主义者。1919年，陈独秀还没有相信马克思主义。他在其早期著作里，甚至坦白地反对社会主义。如他写给《新青年》杂志的编者的几封信里面，他说，他对社会主义和马克思主义并没想得太多。1917年1月1日，陈独秀发表《答褚葆衡》的信，主张在经济发达后再实行社会主义。他说：“社会主义，理想甚高，学派亦甚复杂。惟是说之兴，中国似可缓于欧洲。因产业未兴，兼并未盛行也。”先发展经济，再搞社会主义，陈独秀这个思想形成很早。
此时在狱中的陈独秀对于两位朋友之间的论战，一无所知，更谈不上发表自己的意见了。北洋政府的监狱，正将一个“问题”派的陈独秀推向了“主义”派。
《每周评论》查封后，上海风传胡适也被捕了。当时，有人要求孙中山打电营救陈独秀和胡适两人，孙先生问：“你们要我发电给谁？”孙中山和北洋政府南北对峙，他即便想救陈独秀，也无法开口。
就在这时，许世英代表徐世昌、段祺瑞到上海见孙中山，谋求与西南和解。见到许世英，孙中山趁机说：“独秀我没见过，适之身体薄弱点，你们做得好事，很足以使国民相信我反对你们是不错的证据。但是你们也不敢把来杀死；身体不好的，或许弄出点病来，只是他们这些人，死了一个，就会增加五十、一百。你们尽做着吧！”5月，胡适到上海接杜威，拜访过孙中山。
孙中山的口气，表面上不是求情，而是激将法。许世英当然听得出孙中山的本意，口口声声的说，“不该，不该，我就打电报去”。
几天后，9月16日下午四时，警察厅同意安徽同乡会以陈独秀胃病为由，保释出狱。出狱前，警方当作保人的面，提醒陈独秀行动仍受限制，重大行动须得政府批准。此后，警方的探员奉命每日到陈宅巡察，并叫陈独秀填写《受缘戒令者月记表》。
当天，北大同学会召开欢迎会，欢迎陈独秀出狱。北大学生会主席、北大理学院的学生张国焘致欢迎辞。张国焘二十二三岁，江西萍乡上粟人，方方脸盘，鼻隆眉直。
陈独秀听说孙中山为自己说话，颇感意外。陈独秀是个要自立举大旗的人，留学日本时，跑了五趟，不附和孙中山，连孙中山的面也没有见过呢！后来，胡适写信问沈定一，沈定一回信说了孙先生帮助说话的经过。
陈独秀出狱当天，李大钊写了欢迎诗：“你今天出狱了，我们很欢喜！他们的强权和威力，终究战不胜真理。什么监狱什么死，都不能屈服了你；因为你拥护真理，所以真理拥护你……”
陈独秀被捕之初，刘半农曾到所谓“优待室”去看陈独秀。陈独秀闷闷的坐着，对刘半农说：“威权己瞎了我的眼，聋了我的耳。我现在昏昏沈沈，不知道世间有了些什么事体，世界还成了个什么东西？”刘半农想到陈独秀的这句话，写了长诗《D-—！》，欢迎陈独秀出来，其诗云：“D！我已八十多天看不见你。人家说，这是别离，是悲惨的别离。那何尝是？我们的友谊，若不是泛泛的“仁兄”“愚弟”，那就凭他怎么着，你还照旧的天天见我，我也照旧的天天见你。威权幽禁了你，还没有幽禁了我，更幽禁不了无数的同志，无数的后来兄弟……”
“威权”是胡适在《每周评论》被查封后写的一首诗，喻北洋政府。
陈独秀放出后，刘师培本想去看他，因生命垂危，力不从心作罢。终于，刘师培停下了《中古文学史》写作，于11月20日病逝，年仅三十六岁。其时，刘师培与何震惟一的女儿不幸夭折，夫人精神失常。出狱不久的陈独秀出席了刘师培的悼念会，他在悼文中引康有为的诗“曲径危桥都历遍，出来依旧一吟身”。早年，刘师培与陈独秀是朋友，后因刘师培与杨度、严复等发起成立筹安会，为袁世凯称帝鼓吹，所以，陈独秀称他“曲径危桥都历遍”。
因北大已免去文科学长一职，陈独秀出狱后任国史馆编篡，同时教宋史。备课之余，陈独秀准备12月1日恢复出版《新青年》七卷一号起。