到上海后，陈独秀改变了过去全盘否定宗教的态度，提出了用新宗教代替旧宗教。1920年4月1日，陈独秀在《新青年》第七卷第五号发表《新文化运动是什么？》，认为，文是对军事、政治、产业而言，新文化是对旧文化而言。文化包含着科学、宗教、道德，美术、文学，音乐。“新文化运动，是觉得旧的文化还有不足的地方，更加上新的科学、宗教、道德、文学、美术、音乐等运动。”因此，在陈独秀的看来，新文化不根本排斥宗教，而是有选择地接纳宗教。他说：
宗教在旧文化中占很大的一部分，在新文化中也自然不能没有他……知识上的理性，德义都不及美术、音乐、宗教底力量大。知识和本能倘不相并发达，不能算人间性完全发达。所以詹姆士不反对宗教，凡是在社会上有实际需要的实际主义者都不应反对。因为社会上若还需要宗教，我们反对是无益的，只有提倡较好的宗教来供给这需要，来代替那较不好的宗教，才真是一件有益的事……现在主张新文化运动的人，既不注意美术、音乐，又要反对宗教，不知道要把人类生活弄成一种什么机械的状况，这是完全不曾了解我们生活活动的本源，这是一桩大错，我就是首先认错的一个人。
“这是一桩大错，我就是首先认错的一个人”，这是陈独秀在接受马克思主义前夜，对于宗教的一次“认错”。不久，他接受了马克思主义，作了否定之否定。
用什么新宗教代替旧宗教呢？陈独秀主张用美术代替宗教。他说：
蔡孑民先生曾说道：“新文化运动莫忘了美育”……现在中国没有美术真不得了，这才真是最致命的伤。社会没有美术，所以社会是干枯的；种种东西都没有美术的趣味所以种种东西都是干枯的；又何从引起人的最高情感？中国这个地方若缺知识，还可以向西方去借；但若缺美术，那便非由这个地方的人自己创造不可。”
陈独秀离开了北京，离开了北大，但这并不是新文化运动的结束。他思考搞新文化运动，要注意三件事：
一、新文化运动要注重团体的活动……中国人最缺乏公共心，纯然是私欲心用事，所以遍政界、商界、工界、学界，没有十人以上不冲突、三五年不涣散的团体……“各人自扫门前雪，不管他人瓦上霜。”这两句话描写中国人家庭主义独盛没有丝毫公共心，真算十足了……二、新文化运动要注重创造的精神。创造就是进化，世界上不断的进化只是不断的创造，离开创造便没有进化了……三、新文化运动要影响到别的运动上面。新文化运动影响到军事上，最好能令战争止住，其次也要叫他做新文化运动底朋友不是敌人。新文化运动影响到产业上，应该令劳动者觉悟他们自己的地位，令资本家要把劳动者当做同类的“人”看待，不要当做机器、牛马、奴隶看待。新文化运动影响到政治上，是要创造新的政治理想，不要受现实政治底羁绊。
在陈独秀看来，他现在办西南大学，提倡工读互助团，以及打算从事建党运动，并非和新文化运动无关，而是新文化运动在其他领域的继续。
4月下旬，陈独秀编辑《新青年》七卷六号“劳动节纪念号”编，共四百页码。编好后，陈独秀就今后编辑《新青年》的事，给李大钊、胡适、张申甫、钱玄同、顾孟余、陶孟和、百年、沈尹默、张慰慈、王抚五、朱逖先、周启明诸同人写信，谈今后的编辑问题：
本卷已有结束，以后拟如何办法，尚请公同讨论赐复：
（1）是否接续出版？
（2）倘续出，对发行部初次所定合同巳满期，有无应与涉的事？
（3）编辑人问题：
（—）由在京诸人轮流担任；
（二）由在京一人担任；
（三）由弟在沪担任。
为时已迫，以上各条，请速赐复。
5月30日下午四点，胡适、李大钊、钱玄同等人召开在北京的《新青年》同人会议，讨论陈独秀4月26日来信和《新青年》的今后办法。胡适希望维持《新青年》原来的宗旨，不谈政治。因为陈独秀不在，大家没有像过去那样聚餐，只开了一个钟头，然后就散了。