随着民族危机的不断增加，朝野一时间兴起了维新变法的声浪，11月，张之洞在张謇的游说下，在上海也创办起了“强学会”，并出版了自己的报纸《强学报》。
1896年，上海“强学会”中的一些人在上海创办了《时务报》，梁启超应邀担任该报的主笔。他以自己犀利的笔锋，抨击中国社会的弊端。张之洞担心《时务报》的过激言论会引起朝廷的震怒，就指示汪康年抑制梁启超的言论。张謇听说后，立即写信给汪康年：“如人人言宜申民权，而海内名人自南皮（张之洞字南皮）以下尚言须保君权，以为此为下不信此义。卒以为所恶于君权者，官毒害之也。欲保君权，须先去官毒。官毒不籍，君权不横，而二事实不相关。可以此意透发一篇，请质之卓如（梁启超字卓如）发为何如？”
1897年，帝国主义掀起了瓜分中国的狂潮，在民族危机的刺激和后党争权的形势下，光绪帝和他的老师翁同龢决定变法救亡。张謇遂决定进京复职。5月，他经上海时与文廷式、郑观应等人会见，大家讨论时局。5月6日，张謇到翰林院销假，刚进京就听到安徽巡抚于荫霖攻击翁同龢“误国无状”，他立即反击，大骂于荫霖隐瞒安徽的灾情不报，只会诬蔑朝臣，才是真正的误国。张謇复职后，向恩师翁同龢报告了自己在通州创办大生纱厂的经过，还提出了关于兴办工会、商会、农会等想法，翁同龢赞赏他是“霸才”。在这前后，张謇为变法进行了积极的幕后策划，不久百日维新正式开始。
正当他和老师翁同龢为变法呕心沥血努力的时候，顽固派发起了反击。6月15日，慈禧太后下旨将翁同龢开缺回家。张謇在当天的日记中写道：“虞山（翁同龢）开缺回籍之旨，补授文武一品及满汉侍郎均具折谢皇太后之旨，亲选王公大臣游厉之旨，所乡甚重，忧心京京，朝局至是将大变，外患亦将日亟矣。”
他已经看到变法即将流产。6月17日，张謇奉旨到乾清宫见光绪帝，看到皇帝神情黯然，知道事已不可为，他担心顽固派会对自己的老师下手，于是退朝后写了“引朱子答廖子晦语劝公速行”的诗，劝翁同龢快快离京：
兰陵旧望汉廷尊，保傅艰危海内论。
潜绝孤怀成众谤，去将微罪报殊恩。
青山居士初裁服，白发中书未有园。
烟水江南好相见，七年前约故应温。
7月1日，翁同龢启程离京，张謇和一些人前往马家堡车站送行，彼此相对流泣，依依舍别。
张謇自己也决定尽快离开这个是非之地，7月21日，在他获准复职的第二天，他就以“通州纱厂系奏办，手续未完”再度请假，当天晚上，他就离开北京前往塘沽返乡了。他在当晚的日记中有些自嘲地写道：“卯初即行，读书卅年（16岁入学为附学生员），在官半日，身世如此，可笑人也。”这年10月，维新变法彻底失败。
1899年，义和团运动大规模兴起。1900年，义和团已经基本控制了京、津地区。他们以“保清灭洋”“扶清灭洋”为口号，引起了西方列强的极大不安。清政府对义和团采取了剿抚的手段，但是收效甚微。退而求其次，他们决定以义和团对付列强，一时间，义和团势力更盛。
5月29日，张謇听说义和团进入天津，正在与从大沽口进犯北京的八国联军激战，连忙来到大生纱厂与沈敬夫商议纱厂盈缩的计划。到了6月，张謇看到全国的动乱即将兴起，他急忙乘轮前往江宁，会见两江总督刘坤一，劝其“定计维持江南”。但是6月20日，慈禧太后下旨宣战，调动清军围攻外国使馆，并命令各省督抚广召义民总署战守，对列强开战。刘坤一不久就犹豫起来，因为违旨自保，弄不好有杀身灭族之祸。张謇企图依靠东南有实力的督抚和西方列强联手，维持地方的想法眼看就要落空，他不愿意自己的计划失败。一方面他通过刘坤一的亲信施炳燮对其施加影响，另一方面自己亲自出马以“保护东南就是效忠朝廷”说服刘坤一。这时候，大买办盛宣怀也来游说，经盛宣怀联络，湖广总督张之洞、两江总督刘坤一、两广总督李鸿章共同约定，实行“东南互保”。
6月26日，由上海道余联沅、沪宁铁路督办盛宣怀等代表东南督抚与各国驻上海领事签订《东南保护条款》，主要规定为：一是上海租界归各国共同保护，长江及苏杭内地均归各督抚保护，两不相扰，以保全中外商民人命产业为主；二是长江及苏杭内地各国商民、教士产业，均归南洋大臣和两湖督宪切实保护。这个条约反映出清王朝已经对地方失去了有效的控制权。条约的签订制止了中国走向完全的混乱。张謇这时还想趁着北方混乱，谋求“迎銮南下”，让光绪帝江宁即位。在《东南保护条款》签订的当日，张謇与前湖南巡抚陈宝箴的儿子陈三立商议迎銮大计。他们计划把光绪帝接到汉口或者江宁，建立首都，并设法使慈禧太后归政光绪帝。但是事关重大，刘坤一一时难以决定，当盛宣怀也提出同样主张的时候，刘坤一终于同意了；当张謇与张之洞商议时，张之洞坚决反对；等到与李鸿章商量时，李鸿章却说：“太后决不肯来的，一般旗人亦决不肯放他到南方来的。”
8月，慈禧太后和光绪帝逃出北京。张謇这时把“迎銮南下”改为“退敌迎銮”，具体方案是“退敌、剿匪、请两宫回銮议约”，办法为：首先请求“八国联军”退出北京，尽快接回两宫，然后再“徐议除匪定约事”，其中核心的一条是改组中央政府。9月，由刘坤一在征得张之洞的同意后，奏准实施。
1902年，蒙尘在外的两宫终于回到了北京。由于东南各省与西方列强达成了“东南互保”，东南各省社会安定，张謇的大生纱厂“纱路大畅”，江南各省新开各种新式企业近百家。