严复深谙西方文明，又以科学知识为本致力于国民教育，却留有一片心灵空间，默默地容纳着冥冥之中的神灵及神秘物事。严复晚年深受疾病，特别是久治不愈的气喘病所困扰，他一边延请美国医生治病，一边进行扶乩、占卜、问卦等迷信活动，让儿子前往位于祖籍阳歧的尚书庙请丹画符。
严复曾大声疾呼禁食鸦片，颇具讽刺意味的是，这一点连他本人就没有做到。他在执教北洋水师学堂时染上毒瘾，李鸿章为此严厉告诫道：“汝如此人才，吃烟岂不可惜？此后当体吾意，想出法子革去。”严复也曾多次痛下决心戒烟，总是时断时续。有一次还请了一位号称“戒烟圣手”的医生，为他开出戒烟药方，严复吃后，第一次获得成功。但好景不长，仅几天后就故态复萌。直至逝世，严复基本没有中断鸦片，并且对鸦片的质量十分挑剔，市面上三元一两的便宜货根本看不上眼。这种难以根除的烟瘾，可能与其身体状况有着一定的关联，严复一直患有赶脚、咳嗽、跳筋、失眠等毛病，只有借助鸦片，为疾病所困扰的痛苦才有所缓解。而由此造成的恶性循环也十分明显，嗜好鸦片又反过来加重咳嗽等病症，特别是后来染上的肺炎，便由吸食鸦片这一恶习所致。因吸食鸦片，严复屡屡受人攻击，其仕途不进也与此有关，比如在安庆主持安徽高等学堂受到攻击，辞去北大校长一职，多多少少就是嗜好鸦片惹的“祸”。
严复主张他人戒烟而自己无法做到，因此而留下了不好的名声，落了个终生笑柄。其实，这也是他一生矛盾痛苦、撕扯煎熬的一个象征与缩影。
在此，我们并非以今人的认识与观点来要求、苛刻严复。作为一位思想启蒙家，严复所能达到的高度，某些方面即使今天视之，仍具有一定的超前与深刻。只是他许多前后不一的观点，不少截然相反的言行，那辗转于先进与落后、激进与保守、西方与传统之间的彷徨与缠绵、犹疑与撕扯，不得不令我们深长思之。
严复一生最令人诟病的，是他发起筹安会，为袁世凯的洪宪帝制鸣锣开道。
表面看来，封建帝制与严复所推崇、实现的民主制度大相径庭，其实，只要我们循着他的思想发展轨迹与社会实践活动，便可从中寻到一条清晰而“合理”的脉络。
严复对中国的社会现实并不看好，且有着一种相当悲观的认识，对广大民众，更是以“民品之劣，民智之卑”一言蔽之。他虽然向往西方的民主政治制度，但以中国的实际情形，不可能一蹴而就，只能以渐进的方式缓慢推行。因此，严复对君主立宪几乎不遗余力地赞同拥护并付诸实践。在晚清象征性的立宪活动中，严复积极参与其中，以“硕学通儒”身份征为资政院议员。他心中的理想制度，并非美国式的民主共国制度，而是亲眼目睹的英国君主立宪制。清廷倒台，君主没有了，权威失去，严复担心民智未开的中国陷入失控状态。当然，他也决不会像康有为等人那样做一名清朝的遗老遗少，为其复辟摇旗呐喊。清廷覆亡，留恋也罢，遗憾也好，他在心底很快就认可了这一不可更移的历史事实，但君主立宪却长期弥漫心中挥之不去。
他认为中国需要一个强人作为社会的主导与象征，不然就会缺乏凝聚力成为一盘散沙。袁世凯的出现，使他看到了新的希望，“世凯之才，一时无两”。他觉得袁世凯就是一个足以担当国家元首重任的强人，一个可以引导旧中国逐步走向英国式议会宪政的巨人，他甚至表示：“项城（袁为河南项城人）此时一去，则天下必乱，而必至于覆亡。”正因为如此，也就难怪一些非史学领域宣扬新权威的知识分子将严复视为中国近代权威主义的先驱了。而严复与袁世凯之间的亲密关系，更是加强了他的这种认识。早在天津北洋水师学堂任职时，严复就与小站练兵的袁世凯相识了，并且一直过从甚密。比如光绪死后载沣摄政，将袁世凯开缺回籍，前往送行的三四个友人，其中就有严复。当时的他，十分伤感地挥动手臂，目送袁世凯登车，仓皇离开京师。
患难之中见真情，袁世凯复出，严复自然受到器重，在南北和谈中，就被袁世凯任命为北方代表团的代表。在复杂多变的政局里，严复开始为袁世凯出谋献策。清帝退位，袁世凯当选为中华民国临时大总统，任命严复为暂管京师大学堂总监督事务，不久又任命他为大总统府顾问、参政院参政、约法会议议员，后又聘为宪法起草委员会委员。
有学者认为，严复的思想转变源于1914年爆发的欧洲第一次世界大战。他以英文为媒介，奉西学西制为圭臬，一场毁灭性的战争，让他感到了一股深深的失望：“西国文明，自今番欧战，扫地遂尽。”西方文明连自身都不能挽救，又如何拯救中国？“觉彼族三百年之进化，只做到‘利己杀人，寡廉鲜耻’八个字。回观孔孟之道，真量同天地，泽被圜区。”然而，当我们查阅史料，就会发现，早在第一次世界大战爆发之前的1913年，二百余人发起北京孔教会，严复便名列发起人之首。他在给熊纯如的书札中写道：“中国目前危难，全由人心之非，而异一线命根，仍是数千年来先王教化之泽。”“他日中国果存，必恃数千年旧有之教化，决不在今日之新机……”严复认为一个国家可以模仿他国的物质文明，但立国精神不能“乞灵他种之文明余唾”。此时的他，视“四书五经为中国最富矿藏”，撰文鼓吹“以儒教为中国国教”，奉“孔子为中国救主”，与早期对孔子儒教的猛烈批判形成鲜明对照。
严复的这种转变，与袁世凯欲行封建帝制的前奏自然有着一定关联。1912年，袁世凯宣布“中华立国以孝悌忠信礼义廉耻为人道之大经”，下令恢复孔教。1913年9月13日，北京举行癸丑仲秋丁祭的祭孔活动，严复在国子监发表公开演讲，标题为《“民可使由之不可使知之”讲义》。他还在中央教育会发表《读经当积极提倡》的演说，突出强调学习四书五经的重要性，为袁世凯的“尊孔读经”推波助澜。当年8月，严复与梁启超、夏曾佑等人联名上书国会，要求在宪法中将孔教明确定为国教。