医院诊断结果表明，孙中山所患肝癌已进入晚期。孙中山暴躁易怒，从医学的角度而言，怒则伤肝，他的“大炮”性子显然给他的肝脏带来了一定的麻烦。如果他不是一位职业革命家，如果他对革命事业不是那么过于急躁，如果他不是非常急切地考虑改变国家积贫积弱的现状并为之长期焦躁、忧虑，那么，他极有可能不会患上肝病，至少不是属于不治之症的肝癌。
既已进入肝癌晚期，肉体生命非人力所能挽回，本是名医的孙中山一旦得知实情，自能以一种达观的态度面对死亡，在生命的最后时刻做一些力所能及的事情。
临终前夕，孙中山留下了三篇遗嘱，一为国事；二为家事；第三篇则用英语口述，由鲍罗廷、陈友仁、宋子文、孙科记录，留给苏联政府。
在给苏联的遗书中，孙中山说道：“我遗下的是国民党。我希望国民党在完成其由帝国主义制度解放中国及其他被侵略国之历史的工作中，与你们合力共作……我已命国民党长此继续与你们提携，我深信你们政府亦必继续前此予我国之援助。”孙中山已明确地预见到他缔造的国民党将对中国的政治、社会与前途产生极其深刻的影响，只是没有想到蒋介石领导下的国民党，会在短时间内违背他的遗愿，令他所希望的国共、中俄长期而真诚的合作化为泡影。
关于家事，他一生坦荡无私，所有积蓄全部用于革命，无甚家产，唯有华侨赠给他的一幢位于上海利爱路29号的房子，再就是一些常用的书籍与衣物。他最放心不下的是年轻的爱妻宋庆龄，宋庆龄真挚的爱情，是他不断失意与打击中的强有力的支撑，是他长期处于激动与暴躁状态中的心灵的温暖与抚慰。弥留之际，他感谢宋庆龄十年来为他献出的美丽青春与纯真感情，一再叮嘱廖仲恺夫人何香凝，希望她好好照顾宋庆龄。
在留给国民党的遗嘱中，孙中山特别强调：“现在革命尚未成功，凡我同志，务须依照余所著《建国方略》、《建国大纲》、《三民主义》及《第一次全国代表大会宣言》，继续努力，以求贯彻。”
孙中山的个人理论、学说与思想，主要体现在国事遗嘱中他特别强调“务须依照”、“以求贯彻”的《三民主义》与《建国方略》之中。
1905年，孙中山首次提出以民族、民权、民生为内容的“三大主义”；1906年底概括为三大革命——民族革命、政治革命、社会革命；后确定为三民主义，即民族主义、民权主义与民生主义。三民主义源于林肯的“民有、民治、民享”，其意思，据孙中山的一次演讲阐释，“是要把全国的主权，都放在本族人民手内；一国的政令，都是由人民所出；所得的国家利益，由人民共享。”
孙中山的思想理论，有一个不断形成、发展、充实、成熟的过程。
三民主义学说，产生于民族主义，经过民权主义，完成于民生主义，三者互为条件、互相联系、互相作用。作为一个完整的体系，三民主义又有旧三民主义到新三民主义的过渡与发展。
前此曾经提及的民族主义，便由早期狭隘的“驱逐鞑虏”，推翻满清政府，到汉、满、蒙、回、藏等族共为一体，熔为一炉，铸成一中华民族，然后发展为反对帝国主义。
民权主义是三民主义的核心，孙中山认为：“世界潮流，由神权流到君权，由君权流到民权；现在流到了民权，便没有办法可以反抗。”因此，“主张民权，就是顺应世界的潮流。”孙中山提倡的民权主义，最初含义是“建立民国”，即建立资产阶级民主共和国。但孙中山并不满足于西方民主国家的“三权分立”，他认为中国古代也有三权宪法，即考试权、君权、弹劾权，于是，便与西方资产阶级国家的立法权、行政权、司法权来了个中外融合，提出“五权宪法”以“救三权鼎立之弊”。所谓的五权宪法，即立法权、行政权、司法权、弹劾权、考试权，他在《五权宪法之讲解》中指出：“行政设一执行政务底大总统，立法就是国会，司法就是裁判官，与弹劾、考试同是一样独立的。”为使政权真正掌握在人民手中，孙中山提出了“权能区分”的构想。
政治权力包括政权与治权（即权与能），人民享有的直接民权为政权，授予政府的权力与职能，属治权。因此，“除宪法上规定五权分立外，最要的就是县治，行使直接民权。直接民权才是真正的民权。直接民权凡四种：一选举权，一罢官权，一创制权，一复决权。”用人民的四个政权管理政府的五个治权，“人民和政府的力量，才可以彼此平衡。”孙中山“权能区分”的理论，是想造成一个完全属于人民使用，能够为人民谋幸福的“万能政府”。为达此目的，鉴于中国民智未开的情形，孙中山又设计了军政、训政、宪政等三个循序以进的方法与步骤。实行军政，即以武力扫平群寇，清除障碍，奠定民国基础；训政即引导人民，实行地方自治；实行宪政，即为“建设完成时期”，以宪法为依据，解除军政府的兵权及行政权，然后由国民公举大总统，选举议员组织国会，一切政事按宪法办理。依孙中山的想法，完成此程序，以九年为期，唯有“国民循序以进，养成自由平等之资格”，才能奠定“中华民国之根本”。
民生主义是三民主义的一个重要组成部分。如果说民族主义、民权主义是为了解决迫在眉睫的民族独立与主权在民两大问题，那么民生主义则不仅是解决现实的生计问题，更着眼于欧美各国经济发达之后所带来的积重难返的社会问题，为中国未来的顺畅发展提前设计预防措施。孙中山早期的民生主义内容比较单一，唯有“平均地权”而已。辛亥革命后，增加了发展社会经济，“节制资本”等新的内容。概而言之，振兴实业是民生主义的物质基础；均富、同富，实现“自由、平等、博爱之境域”的大同社会，是民生主义的目标与理想；平均地权、节制资本，是实现民生主义的办法。
《建国方略》则由《孙文学说》、《实业计划》、《民权初步》三部分组成。《孙文学说》又名《行易知难》，属心理建设范畴，孙中山以大量的事实，一反传统的“知之非艰，行之惟艰”以及王阳明的“知行合一”说，推出了自己的独特观点——行易知难，对广大民众进行科学、民主、理性的启蒙，分阶段循序进入民主共和。《实业计划》属物质建设方面的内容，孙中山提出了涉及交通、农业、矿业等方面在内的六个庞大的实业发展计划，每一计划都有十分详尽的规划方案及具体的建设措施，形成一幅中国未来社会宏伟的经济发展蓝图。
这些计划，虽然大多流于设想，但其广阔的胸襟、超迈的视野、富于远见的卓识实在令人钦佩不已，哪怕今天，对中国的社会发展与经济建设仍具有一定的参考价值与指导意义。《民权初步》一章，则提出了中国的社会建设问题，集中宣传他的政治启蒙思想，对民权作了明晰的表述，视集会自由、出版自由、思想自由为基本的人权。《民权初步》于学理的探讨不多，内容主要是对召集会议、选举代表、发言表决、提议附议等方面的规定与说明。千里之行始于足下，孙中山的目的，是想在民众中培养一种民主集会的习惯。集会是民主最起码的基础，他认为搞“民权”的第一步就是懂得如何开会，会中如何决议，决议后如何施行。
孙中山的三民主义与建国方略，并非凭空想象，而是基于中国现实，综合古今中外文明成果的结晶。受社会时代与个人认识的局限，我们不难发现，孙中山对现代西方民主政治的了解不够系统，研究也不够深入，其思想理论的逻辑性尚不够严密，某些方面带有理想主义乃至虚幻空想的成分，也不乏粗陋失误之处；但就总体而言，孙中山的论述大多富于创见，闪耀着真理的火花，予人以借鉴启迪，许多内容永远也不会过时。
孙中山能够超越常人，就在于他不仅是一个革命活动家、社会实践家，更是一位理论家与思想家。无论知识结构，还是精神气质、思维方式，孙中山都不同于古代士人，也有别于近代知识分子。他的足迹遍及世界各地，融古今中外文明成果于一身，以高瞻远瞩、吞吐万象、富于创新的雄迈与气势，创立理论，规划未来，以理论指导实践，将理论付诸实践，将二者有机地结合在一起。所有这些，只有孙中山一人能够做到，这也是他得以超越中国古代历史人物的伟大之处。
《建国方略》完成后，孙中山继续创作《国家建设》，内容包括民族主义、民权主义、民生主义、五权宪法、地方政府、中央政府、外交政策、国防计划共八册，与《建国方略》前后衔接、相互补充。令人遗憾的是，陈炯明叛乱，军队猛攻观音山，总统府与粤秀楼被炮火夷为废墟，他已完成的《民族主义》一册，《民权主义》、《民生主义》两册的大部分，以及其他各册的思想线索、提纲等“数年心血所成之各种草稿，并备参考之西籍数百种”，全部毁于炮火。
孙中山的一生，失败总是多于成功，他曾以一种乐观主义的口吻不无激情地说道：“我不善处成功，而善处失败；愈失败，我的精神愈焕发。”在近三十年的政治风雨中，他经历过十一次武装起义，三次建立革命政权，两次改组国民党，毅然举起护国战争、护法战争、北伐战争大旗，最后北上议政逝于北京。当我们回望近代历史，凝视这一成功与失败、希望与失望、大起与大落、悲剧与喜剧相互交织的复杂而独特的个体生命的人生轨迹时，分明窥见了一根贯穿始终，闪烁着炫目光彩的红线，那就是孙中山的人格魅力。
孙中山一生追求圣贤人格，以中外伟人自我勉励，特别推崇、景仰中国的远古明君汤武及美国开国总统华盛顿。他一辈子矢志不渝的革命事业，其中的“革命”二字便源于汤武；他学习华盛顿，在关键时刻功成身退，只是中国的情势，常迫使他不得不一而再、再而三地“出山”不已。他的人品之高尚，人格之伟大，哪怕政敌也不得不公认佩服。吴敬恒在致陈炯明书信中的一句话最具代表性：“孙文从不记人之恶，几为古今中外少有。”事实也正是如此，哪怕令他痛心疾首至极的陈炯明，只要悔过，他也愿重新接纳，重归于好。但倔强的陈炯明拒绝了孙中山，两人最终未能握手言和。孙中山鲜有私仇私敌，却有着无数公敌，但为了实现他的理想与目的，为了中国的前途与未来，他随时准备捐弃前嫌与之合作。除了必欲彻底推翻的满清朝廷而外，他几乎与其政敌都有过一定程度的合作，比如如康有为、梁启超、袁世凯、陆荣廷、莫荣新、沈鸿英、张作霖、冯国璋等等。
长期的内外纷争给孙中山造成的打击与伤害，其内部的矛盾与分裂，又在某种程度上甚于外敌。陈炯明自不待言，杨衢云、黄兴、宋教仁、章太炎、冯自由等人，都在一定程度上令他心酸。
杨衢云作为最早的社团——辅仁文社的首领，与孙中山的兴中会合并，无疑壮大了反清斗争的革命力量，但内部纷争也随之而来。一次，孙中山与杨衢云发生激烈争论，杨衢云一把揪住孙中山的辫子就要动武，孙中山只有隐忍不发。广州起义前夕，革命党人召开会议，推选一名“合众政府大总统”，以作为革命成功后建立国家政权之预备。最有资格当选的，唯有杨衢云与孙中山两人，但拥护他们的双方互不相让，争执非常激烈，几乎闹到翻脸大打出手的地步了。于是，孙中山只有主动谦让，事情才得以顺利解决。
黄兴在设计国旗、发动“二次革命”、改组中华同盟会等问题上都与孙中山意见不合；宋教仁在国体上力主建立内阁负责制，还在其他一些事情上与孙中山对着干；章太炎动不动就与孙中山过不去，在不明真相的情况指责孙中山贪污挪用捐款，鼓动罢免孙中山的同盟会总理职务；老革命党人冯自由极力反对国民党与共产党合作，不满孙中山的容共态度，多次指责，并要求孙中山“向党员引咎道歉，以平多数党员之公愤”……面对这一切来自内部明的暗的矛盾纷争，孙中山所采取的，总是不计前嫌，以其宽阔的胸襟一一化解。他的身上，总有一个强大的磁场，吸附着一批又一批德才兼备的优秀追随者，“一往无前，愈挫愈奋，再接再厉”，前仆后继地完成他的远大理想与未竟事业。