维护约法必以实力为基础，孙中山没有军队，缺乏实力，只有寻找合作伙伴，利用军阀反对军阀。1917年7月17日，孙中山借助陆荣廷、唐继尧等西南军阀势力，率章太炎、朱执信、廖仲恺、陈炯明等人南下广东，在广州召开非常国会，组织护法军政府，被推选为大元帅。孙中山力主北伐，恢复约法，但西南各省军阀只是借重孙中山的影响，与北京政府分庭抗礼，“顺时势以保地盘”。孙中山处于西南各省军阀的要挟与“夹缝”中举步维艰，当他深刻地认识到南北军阀如一丘之貉后，不得不愤而辞职，前往上海。
护法战争虽然劳而无功，但在运转过程中，孙中山也拥有了一支看似属于他的军队，这便是陈炯明的粤军。护法军政府成立后，孙中山事事遇阻，唯有作为革命党人的广东省省长朱庆澜真心实意地拥戴孙中山，将他直辖的二十营警卫军拨给孙中山作为护法军的基干队伍，孙中山又以援闽名义，将这二十营人马交给部下陈炯明前往潮汕扩充整编，然后开赴漳州屯驻。孙中山为其提供枪炮，典押自己的房屋维持部队军饷。1918年4月，他离开广州前往上海途中，又专门视察这支队伍，对其经费与弹械供应作出妥善安排。陈炯明不负所望，以八千人的队伍为基础，加强训练，不断扩编，在短短的时间内，终于打造成一支能征善战，拥有两万人之众的粤军。1920年10月，粤军挥师西进，一举击溃占据广州的军阀陆荣廷、莫荣新。孙中山得以从上海返回广州，重组军政府，1921年5月5日，出任广东革命政府（非常）大总统。
孙中山对民国元年迫不得已的辞职耿耿于怀，心中一直存有难以抹去的“总统情结”。哪怕与袁世凯处于“蜜月”时期，准备一心从事经济建设之时，对总统一职也心向往之。一次，孙中山对袁世凯说：“十年以内大总统非公莫属。”有人问：“十年以后呢？”孙中山毫不掩饰地答道：“维持现状，我不如袁；规划将来，袁不如我。为中国目前计，此十年内，仍宜以袁氏为总统，我专尽力于社会事业；十年以后，国民欲我出来服役，尚不为迟。”
不料孙中山的话真的应验了，辞掉临时大总统的他，十年之后，出任非常大总统。只是此时的“服役”就职，他将面临比民国元年更加严峻、复杂、凶险的政治局势。
于是，一种奇怪的现象出现了，中华大地一时间出现了两个中央政府——北京北洋政府与广东革命政府，双方都标榜自己为正统，视对方为非法；都以武力为手段，以消灭对方、统一全国为目的。
有了广州这一大本营，又讨平了广西的陆荣廷桂系势力，两广联成一体，1921年10月8日，孙中山向广东革命政府非常国会提出北伐议案，并获通过。
然而，就在孙中山紧锣密鼓地成立北伐军大本营，以大元帅名义下达北伐令，分军出师北伐并取得节节胜利之时，却发生了一件令他做梦也没有想到的非常事件——陈炯明叛变！
陈炯明在思想认识上与孙中山有着严重的分歧，他不主张北伐，认为“以广东一省之力，而抵抗全国武人，殊非易事”。陈炯明的本意，是想从广州着手，将广东建设成方方面面起表率作用的模范省，推及西南，然后影响全国。基于这样的思想，陈炯明对孙中山的出师北伐，武力统一中国极不以为然，认为是一种冒险，绝无成功希望，对其命令常常阳奉阴违或有意阻挠。比如孙中山要求调动四十营粤军参加北伐，由广东承担北伐军费，陈炯明不便公开反对，就以不作明确答复的方式回避拖延。作为广东人的陈炯明，以为广州由他率领的粤军打下，便将广东视为个人地盘，既不容他人染指，也不愿损耗自己为孙中山出力。如果将他们两人作一比较的话，孙中山是一位名符其实的政治家，他高瞻远瞩、胸怀远大，着眼点在于全国乃至世界；而陈炯明充其量只是一时得势的政客，他的着眼点，是脚下的地盘与目前的蝇头小利。
近来部分书籍、文章为陈炯明“辩诬”，说陈炯明是想推行美国式的联邦制，实行联省自治。其实，所谓的联邦制、联省自治，在中国这块有着几千年封建专制土壤的国度，只能起离心力的作用，那就是各路军阀占地为王，将整个国家分裂成无数小国，给西方列强特别是日本的各个击破、瓜分瓦解、乘机吞灭带来便利。联邦制于列强环伺的中国而言，只会加速崩溃的进程，带来亡国亡种的惨剧。
即使认识有别，不予支持也就罢了，然而，以势力范围、个人利益为重的陈炯明忘了自己的实力资本，其实源于孙中山，更忘了孙中山对他的栽培提携之恩，竟然发动武装叛变，炮轰总统府，欲置孙中山于死地而后快。
陈炯明的这一举动实在出乎孙中山意料之外，他想粤军由自己一手培养，主要将领陈炯明、叶举等人跟随他多年，即使不赞同北伐，也不至于向他动武。然而他错了！孙中山一辈子在很多事情上都显得十分天真，或是过于轻信他人，或是将事情看得过于简单，结果犯下无以更改的错误。当然，也正因为这种天真，使得孙中山始终葆有着一股浪漫的革命激情与纯粹的理想情怀，全身透射着一股特殊的人格魅力。
陈炯明叛变后，马上派人联系吴佩孚，欲对孙中山南北夹击。此举一旦施行，北伐军将陷入全军覆没的境地，孙中山此后东山再起的一点火种也将全部扑灭。幸而吴佩孚不屑与他联合：“竞存（陈炯明字）太无人格了，别人可以打中山，你不能打中山。”就连吴佩孚手下的将领曹锟、王承斌、熊秉琦也鄙视陈炯明，认为与他联合，今后自己的部下效仿这种犯上作难怎么办？
陈炯明叛变孙中山，于公于私，都无半点可取之处。于私是犯上作乱，违反传统人伦，德行有亏；于公则破坏内部和平，阻挠统一大计。对此，笔者以为李宗仁的一段话说得最为到位：“陈氏最大的错误，在于其为人有欠光明磊落。他身为革命党员，受中山厚托，揽军政大权于一身，如以中山计划为不可行，大可剀切陈词，力辩此计划的非计。如中山不纳，也大可洁身引退，以见一己的坦诚无私。做一个革命党人，原应以国家民族为重，不能盲从领袖。而陈炯明既不敢公开提出自己的主张，对中山的计划又口是而心非。到了最后关头，竟至唆使部曲叛变，不论公谊私交，陈氏都不应出此下策，沦为叛逆，实不可恕。”
于陈炯明的叛变，孙中山可谓痛心疾首、后悔莫及：“文率同志为民国而奋斗垂三十年，中间出死入生，失败之数不可偻指，顾失败之惨酷未有甚于此役者。”
因此，继承孙中山北伐政策，统一全国后的国民党总裁蒋介石，可以原谅他过去的一切政敌如吴佩孚、段祺瑞、曹锟等人，而对陈炯明，却一直持不予宽恕的立场，不予理睬的态度。
一次，陈炯明部下兼好友马育航问他，如果让你重新选择，是支持北伐，将联省自治的理想推迟三五年，还是与孙中山决裂，让联省自治变得遥遥无期？陈炯明闻言，睁大眼睛，木然呆坐，长久默然。此时的陈炯明，心中是否产生了一丝悔意？然而，他也是一位极富个性的人物，一般不会轻易表露自己内心的真实情感。
1933年9月22日，年仅55岁的陈炯明在贫病交加中郁郁而终。
陈炯明叛变造成的直接后果，是中断了北伐进程，但内里的深远影响，却一直为人们所忽略：由孙中山个人及其领导的革命党人，到中国社会的未来发展变化及走向，都或深或浅打上了因陈炯明叛变而留下的历史烙印。
为肃清内乱，孙中山一方面联合部分滇军、桂军等军阀势力组成讨贼军；一方面目光向外，获取俄国援助，以俄为师，联俄联共，重塑国民党，“改组党务，创立党军，宣传党义”。
作为权宜之计，孙中山联合军阀讨陈，便在某种程度上等于将自己降低到了军阀的水准，与“树立真正之共和”的目标越来越远。随着形势的好转，又不得不回过头来驱逐、消灭那些曾经与之合作、利用过的军阀。孙中山向西方列强呼吁援助，却没有任何一个西方国家支持他。即他在广州成立的南方革命政府，也得不到他们的承认。唯有苏联，不仅主动废除过去强加在中国头上的一切不平等条约，并愿意在外交上、物质上给予孙中山以实质性的帮助。这是他一生中得到的唯一一次国际援助，不得不十分珍惜并加以利用，正如他自己所说的那样，就像一个溺水之人抓住了一根救命的稻草。
但联俄的结果，则使得孙中山在“向后转”改组中华党，崇奉一个领袖的基础上，变得更加左倾倒退。对此，史扶邻在《孙中山：勉为其难的革命家》中一针见血地指出：“他愈了解布尔什维克的胜利，便愈决意要落实其一党专政的计划。”梁启超也说他“晚年已整个做了苏俄傀儡，没有丝毫自由”。其结果是逐渐远离英美主流文明，形成“一个领袖，一个政党，一个主义”的威权政治体制：成立黄埔军校，学习苏联红军将党凌驾于军队之上组建党军；又将党军制度推而广之以建立党国，而党国统治在某种程度、某些方面甚至要比皇权统治更加专制、更加残暴……这样的发展结果，恐怕是一辈子崇奉“天下为公”，追求民主自由的孙中山所万万没有想到，也万万不愿见到的！
1924年10月，中国政局出现了一次新的转机。
北京政府陆军检阅使、直军第三军总司令冯玉祥在第二次直奉战争期间，趁直、奉两军在山海关、石门寨激战之际，10月19日突然回师北京，发动武装政变，包围总统府，囚禁贿选总统曹锟。接着迫使曹锟辞职，吴佩孚南逃，直系军阀垮台。
北京政变得以发动，除直系内部矛盾外，实与孙中山革命理论的广泛宣传密不可分。孙中山曾指示于右任、焦易堂等秘密联系冯玉祥，送他六千本《三民主义》，一千本《建国大纲》和《建国方略》。冯玉祥又将这些赠书作为必须悉心研读的资料，分发给部队官兵。据冯玉祥《我的生活》一书所述：“中山先生把他手写的《建国大纲》命孔庸之先生送给我，使我看了对革命建国的憧憬，益加具体化，而信心益加坚强。其间，徐季龙先生奉中山先生之命，常常驻在我们军中，教育总长黄膺白先生及其他国民党友人亦过从至密，他们都多次和我洽商反直大计。”
因此，政变成功后的冯玉祥第一个想到的就是孙中山，马上拍发电报，邀他北上，主持国家政局。
孙中山曾与段祺瑞、张作霖订有共同讨伐曹锟、吴佩孚的协议，如今曹吴已倒，和平的希望与曙光出现在东方天际，一向推崇武力夺取政权的孙中山，接电后当即决定北上，召开国民会议，以共同协商的方式达到革命之目的。这既是孙中山基于现实、依据情势的一种调整与转变，也是他晚年思想认识的向前发展。
赴京前夕，许多同志都劝孙中山不要北上自投罗网，因为那里是北洋军阀的范围，他们的军队仍在，势力仍强；那里更是一块封建皇权的凝聚之地，浓得化不开的专制氛围，会令人压抑、窒息。但孙中山慨然答道：“明知其异常危险，将来能否归来尚不一定。然余北上，是为革命，是为救国救民而奋斗，又何危险之可言耶？况余年已五十九岁，虽死亦可安心矣。”
1924年11月13日，孙中山动身离开广州，他的心头，突然涌出一股莫可名状的沉痛与悲壮：“这次北上，不论成败，决不回来，革命大任，交黄埔军校同志负之！”
颇有意味的是，孙中山每次离开广州，似乎都有一种壮士一去不复返的悲壮情绪笼罩心头。1922年出师北伐前，他曾说道：“我北伐而胜，固势不能回两广；北伐而败，且尤无颜再回两广。”而此次可谓一语成谶，孙中山真的再也没有回到生他养他的故乡广东，没有回到他所建立的唯一一块根据地。离开广州时，他已患病在身，沿途二十多天宣传革命的连续演讲，与中外友人的频繁会晤及通宵达旦的谈话，还有了解情势的不时读报，大脑不停地思考国策大计……过度的劳累与忧愤，使得病情不断加重。抵达北京时，他已病得不能走下火车，只能躺在一张藤椅上被人抬下，更不能像以前那样进行声情并茂、振奋人心、吸引大众的演讲，只能以传单的形式散发一份简短的《入京宣言》。