袁世凯在朝鲜差点小命难保，好不容易积累起来的一点资本几乎输得一干二净，落魄逃归，在天津散居了一段时间。当然，他并不甘心于自己的失利与失败，已尝到权力滋味与甜头的他，以其特殊而敏锐的政治嗅觉，于表面的无所事事，正紧张地观察、分析着时局的发展与走向。
如果从道德的角度评判衡量，袁世凯的个人品质令人非议之处着实多多。为了功名与升迁，他会挖空心思、不择手段地抓住关键人物加以利用。一旦可资利用的价值不多，“余热”有限，就会马上抛弃对方，甚至落井下石，反目为仇。他曾拜张謇为师，随着地位的上升，袁世凯对张謇的态度随之也起了变化，变得不甚尊重、不以为然了，称呼也由过去的老师变为先生，后又改为某翁、某兄，“愈变愈奇”。作为江南名流的张謇何曾受得这等闷气，恼怒之际，不禁与其他幕友联名写了一封数千言的长信，说他小人得志、忘恩负义，如此之类的话语送了一大堆，将他好一顿臭骂。袁世凯也被深深刺痛，两人于是断交。如果没有吴长庆的主动接纳与栽培举荐，袁世凯何去何从，命运还真难逆料，其发迹更是难以想象。应该说吴长庆不仅是他的世交长辈，也是他的大恩人。然而，当他径直攀缘上另一棵“大树”李鸿章，拥有一定的资质，声望逐渐提高后，便“露才扬己”，说吴长庆生性胆小，难图大事，开始有意夺权，两人关系日渐疏远。袁世凯能引起光绪皇帝、慈禧太后的注意并不断升迁，与李鸿章的大力赏识与多次保奏密切相关。
李鸿章对他的称赞可谓绝无仅有：“环顾宇内，人才无出袁世凯者。”刚开始，他对李鸿章的知遇之恩感激涕零，但一到关键时刻，就做出不利于李鸿章的事情。袁世凯对中日两国实力、军力深有了解，甲午战争爆发，他料定清廷必败，那么李鸿章必将因此而失势。于是，袁世凯急欲改换门庭，加紧暗中活动，寻找新的晋身之阶。甲午战争还在进行之际，他便秘密进京，遍访好友，散布不利于李鸿章的真情内幕，如李鸿章对日交涉如何软弱，两次调回吴长庆军队如何失算，与伊藤博文所订条约如何错误，他本人在日处理朝鲜问题时李鸿章如何掣肘，淮军纪律如何败坏，等等等等。为表白洗刷自己，袁世凯还将自己与李鸿章之间的往来电文摘要抄录数十份，呈送京城意欲投靠的要人如军机大臣李鸿藻、军机大臣兼户部尚书翁同龢、兵部尚书荣禄、庆亲王奕劻等人。这些权贵大多与李鸿章有着方方面面的错综复杂的矛盾纠葛，为博取他们的欢心，以图东山再起，袁世凯便以这种贬损李鸿章的方式，来迎合他们极欲“摧折”他的心理。本已处境不妙的李鸿章遭此一击，更是大受诟病，一时间弹章四起，言路纷乘。他在幕僚面前不禁叹道：“至一生事业，扫地无余……此中苦况，将向何处宣说？”
一番“紧锣密鼓”的活动很快就见成效，正是这些新靠山的联合保奏与举荐，光绪帝下旨，任命袁世凯为新建陆军督办大臣。
当然，袁世凯此次获得成功，部分出卖李鸿章，只是其“系统工程”的一个有机部分而已。为巴结这些达官权贵，他动用一切关系四处活动、八方经营，如拜李鸿藻之门，是经好友徐世昌介绍；与翁同龢结识，走的是堂兄袁世勋的路子。拜师托请拉关系，“走后门”只能混个脸儿熟，贬损李鸿章也只能获得他们的一点好感，而要让他们站出来真正说话办事，袁世凯凭借的，还是自己的才能与实力。甲午一败，清军的衰弱腐朽暴露无遗，朝野上下，自然出现了一片强军御侮的呼声。
袁世凯“独具慧眼”，一下子就抓住了问题的核心与要害，及时拿出了一个整顿旧军、改练新军的计划，包括拟建新式陆军的营制、饷章，聘请外国军官的合同等，上呈督办军务处。他还根据自己的治军经验写了一本名为《治兵管见》的军事专著，被凡见过此书的人“目为奇书”。袁世凯久居军营，在朝鲜有过编练新军的经验，对中、日双方军队也算得上知己知彼，理论与实践兼具一身，加之具有日军加害于他的深仇大恨，内心涌动着一股强军兴国的澎湃激情，因此，本来就对袁世凯已经认可的李鸿藻、翁同龢、荣禄、奕劻等人，对他的才华也就格外地赏识。在他们的共同举荐下，袁世凯受到了光绪皇帝的召见。不过就当时的情形而言，文韬与武略、理论与实践兼备的合适人选，除了袁世凯，一下子还真的找不出第二个。
1895年12月16日，袁世凯奉旨前往距天津六十余里，离北京三百里许，素有京津南大门之称的小站，接管定武军，督练新建陆军。
袁世凯的人生，也因此而进入了第二个重要阶段。
清军由八旗、绿营，经曾国藩的湘军、李鸿章的淮军，已发生了重大变化。由早期的弓、矢、刀、矛等冷兵器，发展到鸟枪、火铳，然后又配以洋枪、大炮等新式军械，其发展趋势，已由中世纪的原始军队向近代化军队日渐过渡，且战斗力也在不断提升，湘军超过八旗、绿营，淮军又超出湘军之上。但就总体而言，清军之编练，并未达到真正近代化的程度。特别是中日两军对垒，清军简直可以称得上不堪一击、一触即溃、一溃千里。袁世凯投笔从戎置身庆字营，已深刻认识到淮军之不足。因此，他在编演朝鲜亲军时，在淮军勇营的操练之外，又采用了英美装备与德式操法。而小站练兵，他更是全盘更新：聘请了十多名德国、日本、美国军事教官；武器装备由德国进口，清一色的曼利夏步枪、马枪、手枪和格鲁森速射炮，包括电台、手表、帐篷、雨衣、雨帽、毯子等，全部都是洋货；他成立新建陆军督练处，下设参谋、执法、督操三个营务处，以及粮饷局、军械局、转运局、军医局、教习处等，订立各种章程，完善军队的组织制度；建制更是以德国和日本的近代化军队为准，分为步、炮、马、工程、辎重等五个兵种。
新建陆军（简称新军）以过去的四千七百五十名定武军为基础，后又在河南、山东、皖北、苏北、奉天等地招募了二千二百五十名，共计七千人。新军不像湘军、淮军那样私自招募组成，但袁世凯从曾国藩、李鸿章身上吸取养料，决心将其打造为一支替他效忠的“袁家军”。为此，袁世凯任命军官，多用自己亲信；还有一部分则为陆军大臣荫昌与李鸿章推荐的军事骨干，他便通过拜把兄弟、收义子门生等方式，建立紧密牢靠的宗法式关系，让他们成为他的心腹死党。为让官兵效忠，新军各营都供奉有袁世凯的长生禄位牌，每日上操、下操集合之时，将领都要大声问道：“咱们吃谁的饭？”所有士兵异口同声地回答：“吃袁宫保（袁世凯曾被宫廷封为太子少保，简称‘宫保’）的饭！”再问：“咱们穿谁的衣？”再答：“穿袁宫保的衣！”又问：“咱们为谁出力？”又答：“替袁宫保出力！”
如果说袁世凯发迹于朝鲜，那么他真正起家，便是小站练兵。在几千年的中国封建社会里，谁握有军权，谁就能够左右政局，主宰全国。历经十多年摸爬滚打，早已深谙官场之道的袁世凯自然十分看重这支即将崛起的新军，几乎将所有心血付诸其中。他每天都要身穿军服，足蹬马靴，腰扎皮带，斜挂佩刀，白天观操，夜晚巡营。且军令如山，法纪严明，一旦发现违法乱纪者，严惩不贷。比如一天晚上巡营时，他发现一名士兵偷偷吸食鸦片，当即抽出佩刀将其斩杀。
袁世凯深知淮军克扣士兵饷银的陋习，为防止新军出现类似舞弊现象，每于饷银发放之时，他总是亲自监督，保证让每一分饷银如实发放到普通士兵手中，这也博得了士兵们对他的特殊好感。为让官兵效忠于己，打起仗来勇往直前，袁世凯不仅经常训话，要他们“公忠体国，深明大义”，“亲上死长”，还像曾国藩那样编了一首《劝兵歌》，让新军士兵扯开嗓门唱个不休：“为子当尽孝，为臣当尽忠。朝廷出利借国债，不惜重饷来养兵。一兵吃穿百十两，六品官俸一般同。如再不为国出力，天地神鬼必不容。自古将相多行伍，休把当兵自看轻。一要用心学操练，学了本事好立功。二要打仗真奋勇，命该不死自然生。你若常记此等话，必然就把头目升。如果全然不经意，轻打重杀不容情。”
洋为中用，古为今用，将古今中外熔为一炉，袁世凯继曾国藩、李鸿章之后，将操兵、练军、治军简直发挥到了极致，进入到一个全新的层次。于是，他编练的这支新建陆军，仿佛横空出世，很快就成为一支国内最具战斗力的近代化军队。
袁世凯练军成功，同时也使得小站新军成为创练新军的模范样板，全国各地再度添练新军，必从小站抽调军事骨干担任教官。正是从他编练的新军中，走出了四个民国总统（袁世凯、冯国璋、徐世昌、曹锟），六个民国总理、陆军总长（段祺瑞、王士珍、段芝贵、唐绍仪、张怀芝、靳云鹏），三十四个督军，这不能不说是袁世凯的功劳，也是他创造的一个不大不小的近代奇迹。
小站新军是袁世凯的看家资本与起家基础，他能继续前行，一步步迈向权力的顶峰，自然得益于这支一手创建起来的新军。然而，新军在给他带来权力与荣耀的同时，也带来了危机与危险。袁世凯的最后失败与覆灭，也出自这支新军。
早在练军之初，袁世凯就被监察御史胡景桂参了一本，说他“徒尚虚文”，“浪费国帑”，克扣军饷，诛戮无辜。一般而言，只要被监察御史参奏，一旦查出什么纰漏，就会小命难保；哪怕没有什么问题，也会惹出一身臊，最轻也得撤职。因此，袁世凯闻讯，好似被人当头一棒，再度感到了官场的险恶，不觉“心神恍惚，志气昏惰，所有夙志，竟至一冷如冰”。幸而奉旨查办的荣禄在观看编练只有三个月的新军洋操表演之后，对其焕然一新的军纪军容大为赞赏，“旌旗一色鲜明，颇有马鸣风萧气象。”据有关资料记载，是令荣禄称奇的是，袁世凯居然能把军队练得像家养的鸽子一般，放收自如，一声唿哨，曲尽其妙。因此，他不仅以查无实据、“毋庸置议”复奏，还将袁世凯着实褒扬了一番，说他“血性耐劳，勇于任事”，是一个“不可多得”的将才。一桩坏事就此变成好事，袁世凯“扭亏为赢”，不降反升，虽仍专管练兵事宜，但已加官为直隶按察使。
小站练军初成，一时间令各方瞩目。
维新变法期间，袁世凯因其手中拥有的资本与实力，再次被推到了“风口浪尖”。
当缺乏实力的维新派感到变法有异，即将遭到慈禧太后的残酷扼杀之时，他们的目光，不禁落在了身居小站、手拥兵权的袁世凯身上。加之袁世凯一度倾向维新，是强学会的发起人之一，并捐钱五千元，还提出过一套自己的改革变法方案。于是，康有为认为：“可救上者，只此一人。”他想利用这支雄居海内的新建陆军进攻京城，保护光绪皇帝，保证变法持续长久地进行下去。在他的建议下，光绪皇帝两次召见袁世凯，夸他兵练得好，将其提拔为候补侍郎，许以专折具奏之权，告诉他以后可与荣禄各办各事。
只要稍具政治头脑的人，就可知道光绪的这种频繁召见背后所隐藏的真实含义。这自然引起了慈禧、荣禄的警觉，为防袁世凯被维新派所用，狡猾的荣禄制造英俄两国在海参崴开战的谣言，趁机调动军队驻扎长辛店与天津陈家沟，切断新军由小站进入北京的必由之路。
一方倚重利用，一方早有防范，袁世凯就这样被置于帝党与后党两派势力并不对等的夹缝之中。
眼看光绪不保，戊戌变法即将失败，维新派领袖无计可施，只有将最后的赌注押在袁世凯身上。康有为道：“往袁处明言之，成败在此一举。”于是，就有了见诸各种史书的谭嗣同夜访袁世凯，要求他举兵诛杀荣禄，囚杀慈禧，发动军事政变的记载。
袁世凯在谭嗣同的一再追问下被迫表态，因慈禧与光绪有前往天津阅兵的计划，他流露出一副大义凛然的气概，说“诛荣禄如杀一狗耳”，但前提是“若皇上在仆营”，并表示马上返回天津加紧部署。
袁世凯虽未进入权力中枢，但对宫廷之争多少耳闻，凭他敏锐的政治嗅觉，深知帝、后两党的矛盾已经不可调和，且摊牌在即。他似乎闻到了一股浓浓的血腥味道。光绪虽为皇帝，实权却握于慈禧之手，军权尽归荣禄。就荣禄当时掌控的军队而言，北洋其他各军四五万，淮、泗各军七十多营，京城旗兵数万。而袁世凯的小站新军虽为一支劲旅，但只有区区七千人，出兵最多六千，怎么也不可能在后党警觉防范的情况下攻入北京。因此，他趁阅兵之际，在自己的地盘上收拾荣禄与慈禧，看似托词，实则切实可行。这也说明袁世凯的确能够审时度势，不好虚言空言。但问题的关键是，事情并未拖到阅兵那一天，慈禧就发动了宫廷政变，将光绪囚禁在南海瀛台，宣布重新训政。